La spectrométrie de masse en tandem est désormais une technique de choix pour l'analyse du protéome humain ou de micro-organismes. Typiquement, les protéines sont tout d'abord digérées en peptides protéotypiques, ceux-ci étant ensuite séparés par chromatographie liquide avant d'être analysés par MS/MS. L'identification et la quantification de ces peptides rapporteurs de protéines permet la mise en évidence d'un phénotype ou d'un mécanisme cellulaire particulier, dans un organisme complexe. Des approches par spectrométrie de masse ciblée et non ciblée coexistent et sont complémentaires dans l'analyse protéomique. Les travaux présentés ici se sont focalisés sur le développement de méthodes ciblées, et plus particulièrement en mode SRM, à travers deux applications chez des micro-organismes modèles. Ainsi, une première étude s'est portée sur la quantification absolue des protéines du virus chimère dengue – fièvre jaune candidat vaccin. Par l'utilisation d'une stratégie de quantification de type AQUA, nous avons pu développer, valider et transférer le dosage des quatre sérotypes du virus chimère candidat vaccin. Les problématiques soulevées à travers ce projet nous ont amené à proposer des étapes à contrôler lors du développement d'un dosage par la stratégie AQUA.Dans une seconde partie, nous nous sommes attachés à développer une analyse quantitative sans marquage de 445 protéines afin d'étudier l'infection d'un phytopathogène, Dickeya dadantii, sur une plante modèle. Afin d'assurer un transfert simple et rapide de cette analyse multiplexée, nous proposons un nouvel outil d'acquisition indépendant des temps de rétention. Cet outil développé en partenariat avec la R&D Sciex à Toronto est appelé « Scout-MRM » / Tandem mass spectrometry is now a technique of choice for human or micro-organisms proteome analysis. Typically, proteins are first digested into surrogates’ peptides, separated by liquid chromatography before being analyzed by MS/MS. The ultimate goal is the identification and the quantification of these peptides, belonging to proteins and highlighting a phenotype or a cellular mechanism in a complex organism. Both targeted and untargeted approaches are used and are complementary in proteomic analysis. The work presented here is focused on the development of targeted methods, and more particularly in the SRM mode, through two applications involving micro-organisms. So, the first study concerned to absolute quantification of viral proteins of the chimeric yellow-dengue fever, vaccine candidate against dengue. By using the AQUA quantification strategy, we were able to develop, to validate and to transfer the method for the four chimeric virus serotypes. Then, problems met during development process, lead us to suggest check points to verify when using AQUA strategy. In a second part, we attempted to develop a quantitative label free analysis of 445 proteins to study the infection of the phytopathogen Dickeya dadantii, on a model plant. To ensure a simple and fast transfer of this multiplex, we purpose a new acquisition tool, independent from retention time. This tool was developed in a partnership with the R&D Sciex, Toronto and is called “Scout-SRM”

Les médicaments traditionnels à base de plantes (tradimédicaments) sont très utilisés par les populations africaines. Mais leur qualité est difficile à maîtriser, car ce sont des mélanges complexes de plusieurs drogues végétales ou des préparations à base de drogues végétales d'origine souvent inconnue et/ou très variable. Le profil chromatographique des métabolites phytochimiques constitue un outil important pour l'évaluation de la qualité de ces produits.L'objectif de ce travail est de proposer un protocole de préparation des échantillons et d'établissement de profil par chromatographie liquide et chromatographie en phase gazeuse des métabolites apolaires, pour l'évaluation de la qualité des médicaments traditionnels à base de plantes.La méthodologie est basée sur le traitement chimiométrique des profils chromatographiques des métabolites apolaires issus de différents lots de feuilles de Combretum micranthum et Mitracarpus scaber.Le profilage métabolique s'est effectué par chromatographie liquide sur Carbone Graphite Poreux en milieu non-aqueux et par chromatographie en phase gazeuse à haute température, couplées à la spectrométrie de masse, après extraction au dichlorométhane et élimination de la chlorophylle adsorbée sur charbon actif.L'analyse chimiométrique des données utilisant l'analyse PLS-discriminante avec ou sans correction orthogonale du signal, appliquée aux profils chromatographiques des feuilles de Combretum micranthum et Mitracarpus scaber, a montré de faibles différences entre les lots de chaque drogue végétale, et une différenciation claire des deux drogues végétales.Les deux méthodes d'analyse par chromatographie liquide et chromatographie en phase gazeuse permettent de détecter la plupart des métabolites secondaires apolaires bioactifs ou non déjà identifiés dans les feuilles des deux espèces.

Les médicaments traditionnels à base de plantes (tradimédicaments) sont très utilisés par les populations africaines. Mais leur qualité est difficile à maîtriser, car ce sont des mélanges complexes de plusieurs drogues végétales ou des préparations à base de drogues végétales d’origine souvent inconnue et/ou très variable. Le profil chromatographique des métabolites phytochimiques constitue un outil important pour l’évaluation de la qualité de ces produits.L'objectif de ce travail est de proposer un protocole de préparation des échantillons et d’établissement de profil par chromatographie liquide et chromatographie en phase gazeuse des métabolites apolaires, pour l’évaluation de la qualité des médicaments traditionnels à base de plantes.La méthodologie est basée sur le traitement chimiométrique des profils chromatographiques des métabolites apolaires issus de différents lots de feuilles de Combretum micranthum et Mitracarpus scaber.Le profilage métabolique s’est effectué par chromatographie liquide sur Carbone Graphite Poreux en milieu non-aqueux et par chromatographie en phase gazeuse à haute température, couplées à la spectrométrie de masse, après extraction au dichlorométhane et élimination de la chlorophylle adsorbée sur charbon actif.L'analyse chimiométrique des données utilisant l’analyse PLS-discriminante avec ou sans correction orthogonale du signal, appliquée aux profils chromatographiques des feuilles de Combretum micranthum et Mitracarpus scaber, a montré de faibles différences entre les lots de chaque drogue végétale, et une différenciation claire des deux drogues végétales.Les deux méthodes d'analyse par chromatographie liquide et chromatographie en phase gazeuse permettent de détecter la plupart des métabolites secondaires apolaires bioactifs ou non déjà identifiés dans les feuilles des deux espèces. / The traditional herbal medicines are widely used by African people. But their quality control is difficult, because they are complex mixtures of several herbal drugs or herbal drugs preparations. Their origin is often unknown and/or highly variable. The chromatographic profile of phytochemical metabolites is an important tool for quality assessment of these products.The objective of this work is to propose a protocol for sample preparation and liquid chromatographic and gas chromatographic profiling of non-polar metabolites for quality assessment of africain traditional herbal medicinal products.The methodology is based on the chemometric treatment of chromatographic profiles of non-polar metabolites from different batches of leaves of Combretum micranthum and Mitracarpus scaber.Metabolic profiling is carried out by non-aqueous liquid chromatography on Porous Graphitic Carbon and by high temperature gas chromatography, coupled with mass spectrometry, after extraction with dichloromethane and removal of chlorophyll adsorbed on activated charcoal.The chemometric data analysis using PLS-discriminant analysis with or without orthogonal signal correction applied to the chromatographic profiles of leaves of Combretum micranthum and Mitracarpus scaber showed small differences between batches of each herbal drug, and a clear differentiation two herbal drugs.Both analyses by liquid chromatography and gas chromatography methods detect most non-polar metabolites bioactive or/not already identified in the leaves of both species.