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Código de barras de DNA como ferramenta para o estudo da biodiversidade de peixes da família Cichlidae na bacia Amazônica

Carvalho, Ana Paula Costa de 30 June 2014 (has links)
Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-21T19:24:42Z No. of bitstreams: 2 Dissertação versão final_Ana Paula Costa - 01-10-15.pdf: 2003966 bytes, checksum: 68aa721e528f0278eed6af11f939591d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T19:24:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação versão final_Ana Paula Costa - 01-10-15.pdf: 2003966 bytes, checksum: 68aa721e528f0278eed6af11f939591d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-06-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Neotropical cichlids are a diverse group, which comprises about 60 genera and at least 1300 species are recognized. They are distributed in Central and South America, Texas, West Indies, Africa, Madagascar, Syria, Israel, Iran, Sri Lanka, southern coast of India. The diversity found in the Cichlid family covers the most different morphological and ecological aspects that facilitate the adaptation of this fish family. In addition, evidence based on molecular data showed that most of the diversification of the Neotropical fish fauna occurred recently. These features make it difficult to understand the taxonomy and identification of this fauna, becoming a major challenge for molecular tools. In this context, this study aimed to test the effectiveness of DNA barcode methodology (COI gene) to identify and delineate the diverse ictiofauna of freshwater cichlids in the Neotropics. For this purpose, 59 species of Amazon basin fish were analyzed, being sampled by up to five specimens, morphologically identified beforehand, and 147 DNA barcode sequences obtained. Morphological data were combined with the molecular where only nine species showed agreement in both methods of identification. Of the 45 species analyzed, 40 (88.8%) were correctly identified by the barcode sequencing. The main values of intraspecific and interspecific genetic divergence by K2P in molecular clusters were 0% and 55%. Seven cryptic species (15.5%) as well as seven complexes of species (15.5%) were verified and approximately five species (11.2%) showed absence of mutual monophyly. This study is the first to analyze a large number of freshwater fish species in South America, including a large number of closely related species. The results confirmed the effectiveness of barcode to signal cryptic species and species complexes, which have recently undergone a process of irradiation, in addition to discriminate most species analyzed. The results also revealed genetic differences suggesting reproductive isolation and cryptic speciation in seven species. Finally, the results will contribute significantly for the Life Barcode International Project, and for the FISH-BOL campaign providing sequences of barcodes on the identification of these species by specialists and non-specialists, as well as allowing them to be available for use in other applications. / Os ciclídeos neotropicais constituem um grupo variado, no qual compreendem cerca de 60 gêneros e pelo menos 1300 espécies são reconhecidas. São distribuídas na América Central e do Sul, Texas, Índias Ocidentais, África, Madagascar, Síria, Israel, Irã, Sri Lanka, litoral do sul da Índia. A diversidade encontrada na família Cichlidae abrange os mais diferentes aspectos morfológicos e ecológicos, que facilitam na adaptação dos peixes desta família. Além disso, evidências com base nos dados moleculares mostraram que a maior parte da diversificação da ictiofauna Neotropical ocorreu recentemente. Estas características tornam difícil a compreensão da taxonomia e identificação dessa fauna, tornando um grande desafio para as ferramentas moleculares. Neste contexto, o presente estudo teve como objetivo testar a eficácia da metodologia do código de barras de DNA (gene COI) para identificar e delimitar a ictiofauna diversificada de ciclídeos em água doce da região Neotropical. Para esta finalidade, foram analisadas 59 espécies de peixes na bacia Amazônica, sendo amostrado por até cinco espécimes, identificadas a priori morfologicamente, e obtidas 147 sequências de código de barras de DNA. Foram combinados os dados morfológicos com os moleculares, onde apenas nove espécies apresentaram concordância em ambos os métodos de identificação. Das 45 espécies analisadas, 40 (88,8%) foram corretamente identificadas pelas sequências de códigos de barras. Os principais valores de divergência genética intraespecífica e interespecífica pelo K2P nos agrupamentos moleculares foram 0% e 55%. E verificou-se sete espécies crípticas (15,5%), sete complexos de espécies (15,5%) e aproximadamente cinco espécies (1 1,2%) mostraram ausência de monofilia recíproca. Este estudo é o primeiro analisar um grande número de espécies de peixes de água doce da região Neotropical, incluindo um grande número de espécies estreitamente relacionadas. Os resultados confirmaram a eficácia do código de barras para sinalizar espécies crípticas e complexos de espécies, que passaram recentemente por um processo de irradiação, além de discriminar a maioria das espécies analisadas. Os resultados também revelaram divergências genéticas sugestivas de isolamento reprodutivo e especiação críptica em sete espécies. Enfim, os resultados obtidos contribuirão significamente para o projeto Internacional do Código de Barras da Vida, e para a campanha FISH-BOL fornecendo as sequências de código de barras para uso na identificação dessas espécies por especialistas e não-especialistas, e permitindo-lhes estar disponível para uso em outras aplicações.
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Characiformes fósseis (Teleostei: Ostariophysi) da formação entre-córregos, bacia terciária de Aiuruoca, Minas Gerais

Weiss, Fernanda Elisa January 2008 (has links)
A Bacia Terciária de Aiuruoca está localizada no sul do Estado de Minas Gerais, próximo às divisas com os Estados de São Paulo e Rio de Janeiro. A estratigrafia da bacia está representada pelo grupo Aiuruoca, composto por duas formações: Pinheirinho e Entre-Córregos. A Formação Entre-Córregos está constituída por sedimentos pelíticos (folhelhos papiráceos) e seu conteúdo fossilífero inclui plantas, palinomorfos, insetos e vertebrados (peixes e anfíbios). A idade obtida para a parte aflorante da formação é Eoceno-Oligoceno (35-30 milhões de anos). A ictiofauna da Formação Entre-Córregos, ainda não descrita, é representada por espécimes de Cichlidae (Teleostei, Perciformes) e Characiformes (Teleostei). O objetivo do presente trabalho é descrever os caraciformes fósseis e tentar estabelecer suas relações de parentesco. Os três espécimes fósseis estudados de Aiuruoca representam três espécies novas e distintas de Characiformes da família Characidae, onde a Sp. n. “A” distingui-se de Sp. n. “B” principalmente pelo diâmetro da base dos dentes da série interna do pré-maxilar; do formato do processo ascendente e dentígero do pré-maxilar e pela posição da linha lateral. Já a Sp. n. “C” distingui-se das Sp. n. “A” e Sp. n. “B” pelas modificações encontradas na região da nadadeira caudal além do formato do opercular. As semelhanças morfológicas apresentadas por estas três espécies com os membros atuais das subfamílias de Characidae nos permitem relacioná-las a Tetragonopterinae sensu Géry (1977), Glandulocaudinae ou Stevardiinae. A falta de resolução filogenética dos gêneros atuais, ou falta de sinapomorfias descritas com base em características osteológicas preservadas nos fósseis não permite a alocação inequívoca em nenhum dos gêneros atuais.
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Characiformes fósseis (Teleostei: Ostariophysi) da formação entre-córregos, bacia terciária de Aiuruoca, Minas Gerais

Weiss, Fernanda Elisa January 2008 (has links)
A Bacia Terciária de Aiuruoca está localizada no sul do Estado de Minas Gerais, próximo às divisas com os Estados de São Paulo e Rio de Janeiro. A estratigrafia da bacia está representada pelo grupo Aiuruoca, composto por duas formações: Pinheirinho e Entre-Córregos. A Formação Entre-Córregos está constituída por sedimentos pelíticos (folhelhos papiráceos) e seu conteúdo fossilífero inclui plantas, palinomorfos, insetos e vertebrados (peixes e anfíbios). A idade obtida para a parte aflorante da formação é Eoceno-Oligoceno (35-30 milhões de anos). A ictiofauna da Formação Entre-Córregos, ainda não descrita, é representada por espécimes de Cichlidae (Teleostei, Perciformes) e Characiformes (Teleostei). O objetivo do presente trabalho é descrever os caraciformes fósseis e tentar estabelecer suas relações de parentesco. Os três espécimes fósseis estudados de Aiuruoca representam três espécies novas e distintas de Characiformes da família Characidae, onde a Sp. n. “A” distingui-se de Sp. n. “B” principalmente pelo diâmetro da base dos dentes da série interna do pré-maxilar; do formato do processo ascendente e dentígero do pré-maxilar e pela posição da linha lateral. Já a Sp. n. “C” distingui-se das Sp. n. “A” e Sp. n. “B” pelas modificações encontradas na região da nadadeira caudal além do formato do opercular. As semelhanças morfológicas apresentadas por estas três espécies com os membros atuais das subfamílias de Characidae nos permitem relacioná-las a Tetragonopterinae sensu Géry (1977), Glandulocaudinae ou Stevardiinae. A falta de resolução filogenética dos gêneros atuais, ou falta de sinapomorfias descritas com base em características osteológicas preservadas nos fósseis não permite a alocação inequívoca em nenhum dos gêneros atuais.
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Characiformes fósseis (Teleostei: Ostariophysi) da formação entre-córregos, bacia terciária de Aiuruoca, Minas Gerais

Weiss, Fernanda Elisa January 2008 (has links)
A Bacia Terciária de Aiuruoca está localizada no sul do Estado de Minas Gerais, próximo às divisas com os Estados de São Paulo e Rio de Janeiro. A estratigrafia da bacia está representada pelo grupo Aiuruoca, composto por duas formações: Pinheirinho e Entre-Córregos. A Formação Entre-Córregos está constituída por sedimentos pelíticos (folhelhos papiráceos) e seu conteúdo fossilífero inclui plantas, palinomorfos, insetos e vertebrados (peixes e anfíbios). A idade obtida para a parte aflorante da formação é Eoceno-Oligoceno (35-30 milhões de anos). A ictiofauna da Formação Entre-Córregos, ainda não descrita, é representada por espécimes de Cichlidae (Teleostei, Perciformes) e Characiformes (Teleostei). O objetivo do presente trabalho é descrever os caraciformes fósseis e tentar estabelecer suas relações de parentesco. Os três espécimes fósseis estudados de Aiuruoca representam três espécies novas e distintas de Characiformes da família Characidae, onde a Sp. n. “A” distingui-se de Sp. n. “B” principalmente pelo diâmetro da base dos dentes da série interna do pré-maxilar; do formato do processo ascendente e dentígero do pré-maxilar e pela posição da linha lateral. Já a Sp. n. “C” distingui-se das Sp. n. “A” e Sp. n. “B” pelas modificações encontradas na região da nadadeira caudal além do formato do opercular. As semelhanças morfológicas apresentadas por estas três espécies com os membros atuais das subfamílias de Characidae nos permitem relacioná-las a Tetragonopterinae sensu Géry (1977), Glandulocaudinae ou Stevardiinae. A falta de resolução filogenética dos gêneros atuais, ou falta de sinapomorfias descritas com base em características osteológicas preservadas nos fósseis não permite a alocação inequívoca em nenhum dos gêneros atuais.
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Identificação e caracterização de sequências repetidas de DNA no genoma de peixes ciclídeos do gênero Cichla

Teixeira, Wellcy Gonçalves [UNESP] 25 April 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-25Bitstream added on 2014-06-13T19:19:39Z : No. of bitstreams: 1 teixeira_wg_me_botib.pdf: 944579 bytes, checksum: 046ae2a3b20fa26acc2b231873f2a3af (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O genoma dos organismos eucariotos apresenta-se organizado em seqüências simples e repetidas. As seqüências repetidas de DNA estão presentes em centenas a milhares de cópias dispersas ou agrupadas no genoma e localizam-se preferencialmente em regiões heterocromáticas, desempenhando papel relevante na organização do genoma desses organismos. Nesse sentido, a realização de estudos genéticos básicos sobre a organização genômica dessas seqüências repetidas é fundamental para uma melhor compreensão do seu papel biológico assim como o entendimento de sua dinâmica evolutiva entre os diversos grupos de vertebrados. Os Cichlidae constituem uma das mais especiosas famílias de peixes, com cerca de 3.000 espécies distribuídas pela América Central e do Sul, África, e sudeste da Índia. Este grupo passou por um rápido e extenso processo de radiação adaptativa ao longo dos tempos, constituindo-se em importantes entidades biológicas para a realização de estudos evolutivos. Dentre os Cichlidae, as espécies do gênero Cichla (tucunarés), com distribuição exclusiva na América do Sul, apresentam grande importância ecológica e econômica. No entanto, estudos genéticos envolvendo espécies desse gênero são ainda escassos. Assim, o presente trabalho teve por objetivo isolar e caracterizar seqüências repetidas de DNA no genoma de Cichla kelberi. Elementos repetidos de DNA foram isolados por PCR (elementos Rex1, Rex3, Rex6 e Tc1) e digestão enzimática (elemento Tuc), seqüenciados e mapeados cromossomicamente por FISH para o estudo de seu padrão de distribuição no genoma. O elemento Tuc apresentou elevada similaridade com seqüências do gene da transcriptase reversa de Oryzias melastigma, o que sugere tratar-se de um elemento retrotransponível. Análises comparativas do elemento Tuc a bancos de sequência mostraram alta similaridade... / The genome of eucaryote organisms is organized into single and repetitive sequences. The repetitive DNA sequences are represented by hundreds to thousands of dispersed or tandem-arrayed copies preferentially localized on the heterochromatic regions, having important function on the genome organization of the organisms. Therefore, the development of basic genetic studies about the genome organization of these repetitive sequences are fundamental to a better comprehension of their biologic role and the understanding of their evolutionary dinamics. The Cichlidae are one of the most diverse fish families, having about 3.000 species distributed around Central and South America, Africa and Southeast India. This group underwent a large and rapid process of adaptative radiation, becoming an important biological model. Among the Cichlidae, the species of the genera Cichla (tucunarés), with exclusive distribution in South America, have a significative economic and ecologic importance. However genetic studies on species of this genera are scarce. Therefore, this work had the aim to isolate and characterize repetitive DNA sequences of the genome of Cichla kelberi. Repetitive DNA sequences were isolated using PCR (elements Rex1, Rex3, Rex6 and Tc1) and restriction digestion (element Tuc), sequenced and their genome distribution determined by FISH. The Tuc element showed high similarity to sequences of reverse transcriptase gene of the fish Oryzias melastigma, which suggests that such element correspond to an retrotransposon element. Comparative analysis of the Tuc element to DNA sequence data bank showed high similarity with repetitive sequences in the genome of several vertebrates, including fishes, amphibians and mammals. Results of FISH showed an accumulation of obtained elements preferentially in centromeres of all chromosomes of the complement, and few telomeric blocks in some... (Complete abstract click electronic access below)
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Citogenética comparativa de peixes da família Cichlidae

Poletto, Andréia Benedita [UNESP] 31 July 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-31Bitstream added on 2014-06-13T21:03:44Z : No. of bitstreams: 1 poletto_ab_dr_botib.pdf: 1705638 bytes, checksum: 76b096174aaade2107a2ac15d63db4a2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve por objetivo analisar citogeneticamente espécies da família Cichlidae de diferentes origens. Foram feitas análises de uma espécie asiática, de 22 africanas e 30 neotropicais. O número diplóide na família variou de 2n=40 a 2n=60. Os sítios de genes de RNAr 18S variaram de 2 a 9 cromossomos portadores, com sítios terminais para os africanos e em apenas um grande par cromossômico em posição intersticial ou terminal para a maioria dos neotropicais. A hibridação do gene RNAr 5S marcou sítios múltiplos em regiões intersticiais e centroméricas em duas espécies africanas, enquanto que nos ciclídeos neotropicais marcou de um a dois pares, sempre em posição intersticial. Em Haplocromis obliquidens foram encontrados um a dois grandes cromossomos metacêntricos supernumerários e heterocromáticos em 39,6% da população, tanto em fêmea quanto em macho. Este cromossomo B apresentou sítios múltiplos de hibridação de DNAr 18S e sinais leves na região centromérica do DNA satélite centromérico SATA. Sequências repetitivas inseridas em BACs hibridaram de forma difusa por toda a extensão do elemento supernumerário. Esse cromossomo B pode ter se originado a partir de um isocromossomo, ou por acúmulo de DNA repetitivo num pequeno proto-cromossomo B. Em Metriaclima lombardoi um grande cromossomo B metacêntricoe heterocromático foi detectado em 50% das fêmeas e em nenhum macho. Este elemento não apresentou sinais de hibridação de DNAr 18S, porém DNAs repetitivos inseridos em BACs hibridaram nos braços menores do primeiro par do complemento A, fortemente na região centromérica, e de forma difusa ao longo do cromossomo B. Hipotetizamos que este cromossomo B pode ter se originado a partir de um fragmento do primeiro par do complemento A, tendo acumulado DNAs repetitivos como consequência da ausência de recombinação. Sugerimos também que a origem... / This work had the aim of cytogenetic analyses of Cichlidae species from diverse origin. It was analyzed one asian, 22 african and 30 neotropical species. The diploid number ranged between 2n=40 and 2n=60 chromosomes. The 18S rRNA gene sites varied from two to nine bearer chromosomes, in terminal position for the africans ones, and just in one large chromosome pair, in interstitial or terminal position, for the majority of the neotropical ones. The hybridization with 5S rRNA genes labeled multiple sites in two African species, in centromeric and interstitial position, whereas in the Neotropical cichlids it labeled interstitially in one to two pairs of chromosomes. In Haplochromis obliquidens it was found one or two metacentric supernumerary heterochromatic chromosome(s) in 39,6% of the population including males as well as females. This B chromosome showed multiple hybridization sites of 18S rDNA and the SATA centrometromeric satellite DNA slightly labeled in the cetromeric region, while BAC-clone enriched of repeated sequences hybridized scattered along the B chromosome. This B chromosome could have originated from an isochromosome or by accumulation of repetitive DNA in a small proto-B chromosome. In Metriaclima lombardoi a large heterochromatic metacentric B chromosome was detected in 50% of females and none males. This element did not show signals of hybridization of 18S rDNA but BAC-clone enriched of repeated DNAs hybridized in the small arms of first pair of complement, strongly in the centromeric region, and scattered along the B chromosome. We hypothesized that this B chromosome could have originated from a fragment of the A complement, and had acumulated repetitive DNAs as consequence of absence of recombination. We also suggest that the origin of this B from the first chromosome pair could be driving the bearer individuals to present female characteristics independently... (Complete abstract click electronic access below)
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Species Assemblage Structure and Ecomorphological Convergence in Perciform Fishes (Cichlidae and Centrarchidae) in Tropical and Temperate Floodplain Rivers

Montana, Carmen 1976- 14 March 2013 (has links)
In this study, I used two independent perciform lineages (Neotropical Cichlidae and Nearctic Centrarchidae) to examine patterns of species richness and species coexistence a two spatial scales (e.g., macrohabitat and mesohabitat) and to examine inter-faunal patterns of ecomorphological convergence. The study was conducted during the low-water periods in four lowland rivers: the Cinaruco in Venezuela, the Tambopata in Peru, and the Neches and the Brazos rivers in Texas (USA). These rivers were chosen because of their similar characteristics, in terms of geomorphology, sediments, and water quality. The Cinaruco River and the Neches River have clear slightly-stained waters, whereas the Tambopata and the Brazos River have turbid waters with high loads of suspended sediments. I used morphological approaches as a surrogate to investigate patterns of species distribution in niche space, and predict patterns of species richness at different spatial scales. Despite high variation in the number of species in these two perciform assemblages, morphological analysis based on the means and standard deviations of nearest neighbor distance (NND) and mean distance to centroid (CD) revealed similar trends of morphological similarity in relation to species richness. Comparison of observed versus randomized data mesohabitat scale for all four rivers generally supported the niche expansion model of response to increase in species richness. At the scale of mesohabitats within rivers, most species assemblages appear to be organized by competitive interactions in accordance with the niche expansion model. The tropical species-rich Cinaruco River revealed particularly strong support for the niche expansion model. Intercontinental comparison of functional morphology and diets based on analysis of stomach contents and stable isotope ratios indicated broad morphological and dietary overlap between cichlid and centrarchid assemblages. For the most part, morphological ordinations showed that the two groups have diversified in a parallel manner within the confines of ram-suction modes of prey ingestion. This study concludes that even though differences are observed in historical and stochastic factors structuring fish assemblages in different geographic regions, consistent patterns of convergence at the species and assemblage levels results from natural selection under similar environmental conditions.
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Identificação e caracterização de sequências repetidas de DNA no genoma de peixes ciclídeos do gênero Cichla /

Teixeira, Wellcy Gonçalves. January 2008 (has links)
Orientador: Cesar Martins / Banca: Luciana Bolsoni / Banca: Maeli Del Paiva / Resumo: O genoma dos organismos eucariotos apresenta-se organizado em seqüências simples e repetidas. As seqüências repetidas de DNA estão presentes em centenas a milhares de cópias dispersas ou agrupadas no genoma e localizam-se preferencialmente em regiões heterocromáticas, desempenhando papel relevante na organização do genoma desses organismos. Nesse sentido, a realização de estudos genéticos básicos sobre a organização genômica dessas seqüências repetidas é fundamental para uma melhor compreensão do seu papel biológico assim como o entendimento de sua dinâmica evolutiva entre os diversos grupos de vertebrados. Os Cichlidae constituem uma das mais especiosas famílias de peixes, com cerca de 3.000 espécies distribuídas pela América Central e do Sul, África, e sudeste da Índia. Este grupo passou por um rápido e extenso processo de radiação adaptativa ao longo dos tempos, constituindo-se em importantes entidades biológicas para a realização de estudos evolutivos. Dentre os Cichlidae, as espécies do gênero Cichla (tucunarés), com distribuição exclusiva na América do Sul, apresentam grande importância ecológica e econômica. No entanto, estudos genéticos envolvendo espécies desse gênero são ainda escassos. Assim, o presente trabalho teve por objetivo isolar e caracterizar seqüências repetidas de DNA no genoma de Cichla kelberi. Elementos repetidos de DNA foram isolados por PCR (elementos Rex1, Rex3, Rex6 e Tc1) e digestão enzimática (elemento Tuc), seqüenciados e mapeados cromossomicamente por FISH para o estudo de seu padrão de distribuição no genoma. O elemento Tuc apresentou elevada similaridade com seqüências do gene da transcriptase reversa de Oryzias melastigma, o que sugere tratar-se de um elemento retrotransponível. Análises comparativas do elemento Tuc a bancos de sequência mostraram alta similaridade... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genome of eucaryote organisms is organized into single and repetitive sequences. The repetitive DNA sequences are represented by hundreds to thousands of dispersed or tandem-arrayed copies preferentially localized on the heterochromatic regions, having important function on the genome organization of the organisms. Therefore, the development of basic genetic studies about the genome organization of these repetitive sequences are fundamental to a better comprehension of their biologic role and the understanding of their evolutionary dinamics. The Cichlidae are one of the most diverse fish families, having about 3.000 species distributed around Central and South America, Africa and Southeast India. This group underwent a large and rapid process of adaptative radiation, becoming an important biological model. Among the Cichlidae, the species of the genera Cichla (tucunarés), with exclusive distribution in South America, have a significative economic and ecologic importance. However genetic studies on species of this genera are scarce. Therefore, this work had the aim to isolate and characterize repetitive DNA sequences of the genome of Cichla kelberi. Repetitive DNA sequences were isolated using PCR (elements Rex1, Rex3, Rex6 and Tc1) and restriction digestion (element Tuc), sequenced and their genome distribution determined by FISH. The Tuc element showed high similarity to sequences of reverse transcriptase gene of the fish Oryzias melastigma, which suggests that such element correspond to an retrotransposon element. Comparative analysis of the Tuc element to DNA sequence data bank showed high similarity with repetitive sequences in the genome of several vertebrates, including fishes, amphibians and mammals. Results of FISH showed an accumulation of obtained elements preferentially in centromeres of all chromosomes of the complement, and few telomeric blocks in some... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Citogenética comparativa de peixes da família Cichlidae /

Poletto, Andréia Benedita. January 2009 (has links)
Orientador: Cesar Martins / Banca: Eliana Feldberg / Banca: André laforga Vanzela / Banca: Lígia Souza Lima Silveira da Mota / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Resumo: Este trabalho teve por objetivo analisar citogeneticamente espécies da família Cichlidae de diferentes origens. Foram feitas análises de uma espécie asiática, de 22 africanas e 30 neotropicais. O número diplóide na família variou de 2n=40 a 2n=60. Os sítios de genes de RNAr 18S variaram de 2 a 9 cromossomos portadores, com sítios terminais para os africanos e em apenas um grande par cromossômico em posição intersticial ou terminal para a maioria dos neotropicais. A hibridação do gene RNAr 5S marcou sítios múltiplos em regiões intersticiais e centroméricas em duas espécies africanas, enquanto que nos ciclídeos neotropicais marcou de um a dois pares, sempre em posição intersticial. Em Haplocromis obliquidens foram encontrados um a dois grandes cromossomos metacêntricos supernumerários e heterocromáticos em 39,6% da população, tanto em fêmea quanto em macho. Este cromossomo B apresentou sítios múltiplos de hibridação de DNAr 18S e sinais leves na região centromérica do DNA satélite centromérico SATA. Sequências repetitivas inseridas em BACs hibridaram de forma difusa por toda a extensão do elemento supernumerário. Esse cromossomo B pode ter se originado a partir de um isocromossomo, ou por acúmulo de DNA repetitivo num pequeno proto-cromossomo B. Em Metriaclima lombardoi um grande cromossomo B metacêntricoe heterocromático foi detectado em 50% das fêmeas e em nenhum macho. Este elemento não apresentou sinais de hibridação de DNAr 18S, porém DNAs repetitivos inseridos em BACs hibridaram nos braços menores do primeiro par do complemento A, fortemente na região centromérica, e de forma difusa ao longo do cromossomo B. Hipotetizamos que este cromossomo B pode ter se originado a partir de um fragmento do primeiro par do complemento A, tendo acumulado DNAs repetitivos como consequência da ausência de recombinação. Sugerimos também que a origem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work had the aim of cytogenetic analyses of Cichlidae species from diverse origin. It was analyzed one asian, 22 african and 30 neotropical species. The diploid number ranged between 2n=40 and 2n=60 chromosomes. The 18S rRNA gene sites varied from two to nine bearer chromosomes, in terminal position for the africans ones, and just in one large chromosome pair, in interstitial or terminal position, for the majority of the neotropical ones. The hybridization with 5S rRNA genes labeled multiple sites in two African species, in centromeric and interstitial position, whereas in the Neotropical cichlids it labeled interstitially in one to two pairs of chromosomes. In Haplochromis obliquidens it was found one or two metacentric supernumerary heterochromatic chromosome(s) in 39,6% of the population including males as well as females. This B chromosome showed multiple hybridization sites of 18S rDNA and the SATA centrometromeric satellite DNA slightly labeled in the cetromeric region, while BAC-clone enriched of repeated sequences hybridized scattered along the B chromosome. This B chromosome could have originated from an isochromosome or by accumulation of repetitive DNA in a small proto-B chromosome. In Metriaclima lombardoi a large heterochromatic metacentric B chromosome was detected in 50% of females and none males. This element did not show signals of hybridization of 18S rDNA but BAC-clone enriched of repeated DNAs hybridized in the small arms of first pair of complement, strongly in the centromeric region, and scattered along the B chromosome. We hypothesized that this B chromosome could have originated from a fragment of the A complement, and had acumulated repetitive DNAs as consequence of absence of recombination. We also suggest that the origin of this B from the first chromosome pair could be driving the bearer individuals to present female characteristics independently... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Effects of interspecific competition, salinity, and hurricanes on the success of an invasive fish, the Rio Grande cichlid (Herichthys cyanoguttatus)

Lorenz, O. Thomas 07 August 2008 (has links)
The Rio Grande cichlid (Herichthys cyanoguttatus) has been established in the Greater New Orleans Metropolitan Area (GNOMA) for at least 20 years. It is often the most common fish species in urban canals and has also been found in natural waterways outside of the GNOMA. The effects and potential for further spread of H. cyanoguttatus is uncertain. My research addressed how extensive the cichlids spread in the GNOMA, how H. cyanoguttatus interacted with L. macrochirus, a native fish, and what salinity tolerance this species has. Surveys on Lake Pontchartrain and in the GNOMA indicated that H. cyanoguttatus is well established in urban habitats. These surveys also indicate that H. cyanoguttatus has spread rapidly into Bayou Saint John and City Park in recent years and that H. cyanoguttatus populations were relatively unaffected by Hurricanes Katrina and Rita. There is little evidence that H. cyanoguttatus has become established outside of the GNOMA, but this lack of persistence cannot be explained by abiotic variables I measured. Salinity may be a factor and this was measured in growth trials of H. cyanoguttatus. Salinities up to 16 ppt, however, had no significant effect on H. cyanoguttatus growth. Interspecific behavioral experiments were conducted to examine potential biotic interactions with native fish species. Prior resident trials indicated that H. cyanoguttatus was aggressive whether holding territory or not, and that native bluegill (Lepomis macrochirus) was only aggressive while holding territory. Feeding experiments were performed to examine biotic interactions between H. cyanoguttatus and L. macrochirus. Lepomis macrochirus grew faster than H. cyanoguttatus when inter- and intraspecific trials were compared; however, no significant growth differences were seen when trials were structured with L. macrochirus as prior residents. The major findings of my research are a high salinity tolerance of H. cyanoguttatus, a potential mechanism for H. cyanoguttatus affecting native fishes through aggression as residents and invaders, and the presence of H. cyanoguttatus throughout the GNOMA, before and after the hurricanes.

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