This work presents an enhancement to the classification tree algorithm which forms the basis for Random Forests. Differently from the classical tree-based methods that focus on one variable at a time to separate the observations, the new algorithm performs the search for the best split in two-dimensional space using a linear combination of variables. Besides the classification, the method can be used to determine variables interaction and perform feature extraction. Theoretical investigations and numerical simulations were used to analyze the properties and performance of the new approach. Comparison with other popular classification methods was performed using simulated and real data examples. The algorithm was implemented as an extension package for the statistical computing environment R and is available for free download under the GNU General Public License.

Rhizopogon is a hypogeous fungal genus that forms ectomycorrhizae with genera of the Pinaceae. The greatest number and species of Rhizopogon are found in coniferous forests of the Pacific Northwestern United States, where members of the Pinaceae are also concentrated. Rhizopogon spp. are host-specific primarily with Pinus spp. and Pseudotsuga spp. and thus are an important component of these forest ecosystems. Rhizopogon includes over 100 species; however, the systematics of Rhizopogon have not been well understood. Currently the genus is placed in the Boletales, an order of ectomycorrhizal fungi that are primarily epigeous and have a tubular hymenium. Suillus is a stipitate genus closely related to Rhizopogon that is also in the Boletales and host specific with Pinaceae. I examined the relationship of Rhizopogon to Suillus and other genera in the Boletales. Infrageneric relationships in Rhizopogon were also investigated to test current taxonomic hypotheses and species concepts. Through phylogenetic analyses of large subunit and internal transcribed spacer nuclear ribosomal DNA sequences, I found that Rhizopogon and Suillus formed distinct monophyletic groups. Rhizopogon was composed of four distinct groups; sections Amylopogon and Villosuli were strongly supported monophyletic groups. Section Rhizopogon was not monophyletic, and formed two distinct clades. Section Fulviglebae formed a strongly supported group within section Villosuli. Taxonomic revisions were proposed. Suillus, Truncocolumella, and the Gomphidiaceae were transferred to the Rhizopogonaceae. In Rhizopogon, sections Amylopogon, Rhizopogon, and Villosuli were elevated to subgenera. Subgenus Roseoli was erected to accommodate the second section Rhizopogon Glade. In section Fulviglebae, Stirps Vinicolor, Rhizopogon ochraceisporus, R. subclavitisporus, and R. clavitisporus were transferred to subgenus Villosuli while the remaining species in section Fulviglebae were transferred to subgenus Rhizopogon. / Graduation date: 1999

This study presents a petrographic description and a classification of ordinary chondrite NWA 6514 and aims to establish the first high-precision Pb-Pb age of a single ordinary chondrite chondrule. Furthermore, the distribution of different isotopic Pb signatures among chondritic components will be investigated by Laser Ablation Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry (LA-ICP-MS). This study shows that NWA 6514 can be classified as a highly unequilibrated (subtype 3.10) L or LL chondrite that has experienced moderate terrestrial weathering (W2) and a low degree of shock (S2). The LA-ICP-MS measurements suggest that radiogenic Pb signatures have been locally preserved in chondrules. However, the Pb isotopic compositions of leaches from a large chondrule obtained by thermal ionization mass spectrometry show an anomalous distribution that indicates the presence of an exotic Pb component. The best estimate for the chondrule formation age is a model age of the last leach (4566.8 ± 2.6 Myr).

This study presents a petrographic description and a classification of ordinary chondrite NWA 6514 and aims to establish the first high-precision Pb-Pb age of a single ordinary chondrite chondrule. Furthermore, the distribution of different isotopic Pb signatures among chondritic components will be investigated by Laser Ablation Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry (LA-ICP-MS). This study shows that NWA 6514 can be classified as a highly unequilibrated (subtype 3.10) L or LL chondrite that has experienced moderate terrestrial weathering (W2) and a low degree of shock (S2). The LA-ICP-MS measurements suggest that radiogenic Pb signatures have been locally preserved in chondrules. However, the Pb isotopic compositions of leaches from a large chondrule obtained by thermal ionization mass spectrometry show an anomalous distribution that indicates the presence of an exotic Pb component. The best estimate for the chondrule formation age is a model age of the last leach (4566.8 ± 2.6 Myr).

The genus Lopidea Uhler is revised for America north of Mexico. The relationship of Lopidea to other orthotyline genera is discussed and it is proposed that the genus Ilnacora Reuter is the sister group of Lopidea. Forty-eight species of Lopidea are recognized in North America, one of which is described as new. The following synonymies are created (junior names first): Lopidea navajo Knight = L. arizonae Knight; L. chelifer Knight = L. balli Knight; L. paddocki Knight and L. deserta Knight = L. bullata Knight; L. trispicata Knight = L. chandleri Moore; L. burkei Knight= L. confraterna (Gibson); L. arkansae Knight and L. biselli Knight = L. davisi Knight; L. denmani Knight and Schaffner= L. falcicula Knight; L. mohave Knight = L. garryae Knight; L. amorphae Knight and L. wisteriae Chandler= L. hesperus (Kirkaldy); L· marginalis (Reuter) = L. instabilis (Reuter); L. texana Knight, L. polingorum Knight and L. matamorensis Knight = L. major Knight; L. drakei Knight = L. marginata Uhler; L. phlogis Knight, L. petalostemi Knight and L. johnstoni Knight = L. minor Knight; Lopidea raineri Knight, Lopidea sculleni Knight, Lopidea rolfsi Knight and Lopidea wilcoxi Knight = Lopidea nigridia nigridia Uhler; Lopidea nigridea hirta Van Duzee, Lopidea usingeri Van Duzee, Lopidea discreta Van Duzee, Lopidea fallax Knight, Lopidea nicholi Knight, Lopidea yakima Knight, Lopidea audeni Knight, Lopidea eriogoni Knight, Lopidea calcaria Knight, Lopidea chamberlini Knight, Lop idea angustata Knight, Lop idea rubrofusca Knight and Lopidea flavicostata Knight and Schaffner = Lopidea nigridia aculeata Van Duzee; Lopidea medleri Akingbohungbe = Lopidea nigridia serica Knight Uhler; L. oregona Hsiao, L. calli Knight, L. knowltoni Knight, L. dawsoni Knight, L. utahensis Knight and L. yampae Knight = L. picta Knight; L. staphyleae sanguinea Knight = L.s. staphyleae Knight; L. taurula Knight, L. malvastri Knight, L. nevadensis Knight and L. fuscina Knight = L. taurina Van Duzee; L. stitti Knight and L. becki Knight = L. ute Knight. A sample of 16 speciation events derived from cladistic analyses suggests that vicariance can account for at least 50% of species generation in Lopidea. The frequency of sympatric host plant speciation may be as high as 30% and speciation by peripheral isolation has been rare if it has occurred at all. / Graduation date: 1991

Le présent travail porte sur la classification de structures arborescentes selon leurs symétries. Plus précisément, il fait l'objet de celle des arbres plans, des 2-arbres k-gonaux exterplanaires, des 2-arbres k-gonaux sans sommets de degré 4 et des 2-arbres polygonaux exterplanaires. Ceci est fait en déterminant le développement moléculaire de ceux-ci vus comme espèces de structures. Le développement moléculaire des arbres plans est obtenu à l'aide du théorème de dissymétrie des arbres R-enrichis (voir Bergeron, Labelle et Leroux, 1994) et par l'utilisation d'une formule d'addition pour Ck(B) où B est une espèce et Ck est l'espèce des cycles orientés de longueur k. Cette formule se trouve dans (Ducharme, 2005). En généralisant cette formule au cas où B est pondérée, nous obtenons le développement moléculaire des arbres plans pondérés par la distribution des degrés de leurs sommets. En ce qui a trait aux 2-arbres k-gonaux exterplanaires, une telle classification pour k = 3 a été faite dans (Labelle, Lamathe et Leroux, 2003; Lamathe 2003) et pour k = 4,5 dans (Ducharme, 2005) en utilisant des formules d'addition d'espèces auxiliaires exprimant des espèces pointées qui, à l'aide d'un théorème de dissymétrie, peuvent exprimer les espèces des 2-arbres k-gonaux exterplanaires. Le seul résultat manquant dans (Ducharme, 2005), pour obtenir le développement moléculaire des 2-arbres k-gonaux exterplanaires, est celui des 2-arbres k-gonaux exterplanaires pointés en un polygone. Celui-ci est obtenu par l'énumération de classes diédrales de mots dont les lettres représentent chacune un type d'isomorphie de 2-arbres k-gonaux exterplanaires pointés en une arête orientée. C'est aussi par l'énumération de classes diédrales que nous obtenons une nouvelle formule d'addition de Pn donnant le développement moléculaire de Pn(B) en fonction de celui des puissances de l'espèce B où Pn est l'espèce des polygones de taille n (cycles non orientés de longueur n). Les espèces apparaissant dans cette formule sont de la forme Pbic 2i (N, M, L) ou Cj(K) où K, L, M et N sont des espèces moléculaires, i|k, j|k et Pbic 2i (X, Y, Z) est une espèce moléculaire de polygones bicolorés. Nous donnons également une condition pour déterminer si Pbic 2i (N₁, M₁, L₁) et Pbic 2j (N₂, M₂, L₂) sont isomorphes dans le cas où N₁, M₁, L₁, N₂, M₂ et L₂ sont des espèces asymétriques. Comme le développement moléculaire des différentes espèces pointées de 2-arbres k-gonaux exterplanaires ne font appel qu'à des espèces asymétriques et aux espèces Ci et Pbic 2i(X, Y, Z) dans lesquelles on a substitué des espèces asymétriques, on peut facilement regrouper les termes semblables pour obtenir le développement moléculaire des 2-arbres k-gonaux exterplanaires. Les coefficients de ce développement moléculaire sont exprimés en fonction de ceux des puissances entières de l'espèce des 2-arbres k-gonaux exterplanaires pointés en une arête orientée. Ces derniers coefficients sont obtenus par inversion de Lagrange. Pour le cas des 2-arbres k-gonaux sans sommets de degré 4, nous faisons une distinction entre les types dont le groupe d'isomorphismes d'ordre 2 est généré par une rotation non trivial et ceux dont le groupe est généré par une réfexion. Ceux-ci sont isomorphes à NE₂ (M) mais seront respectivement associés à l'espèce NC₂ (M) et à l'espèce Pbic 2 (N, M, 1). En plus, seules certaines classes diédrales de mots, dont les lettres représentent chacune un type d'isomorphie de 2-arbres k-gonaux sans sommets de degré 4 pointés en une arête externe orientée dont les sommets sont de degré 2, représentent un type de 2-arbres k-gonaux sans sommets de degré 4. Les coefficients du développement moléculaire des 2-arbres k-gonaux sans sommets de degré 4 sont ensuite exprimés en fonction des coefficients de celui de puissances d'espèces asymétriques obtenus encore par inversion de Lagrange. Le cas des 2-arbres polygonaux exterplanaires est très similaire au cas des 2-arbres k-gonaux exterplanaires où k est pair. L'étiquetage est effectué aux sommets plutôt qu'aux polygones, ce qui occasionne des changements mineurs aux définitions des classes diédrales à énumérer. Les espèces moléculaires de leur développement moléculaire peuvent encore être décrites à l'aide d'espèces asymétriques et de Ci et Pbic 2j (X, Y, Z) où i et j sont des entiers. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Arboresence, 2-arbres, Exterplanaire, Moléculaire, Développement.

In this paper, we purpose a kernel-based fuzzy clustering algorithm to cluster data patterns in the feature space. Our method uses kernel functions to project data from the original space into a high dimensional feature space, and data are divided into groups though their similarities in the feature space with an incremental clustering approach. After clustering, data patterns of the same cluster in the feature space are then grouped with an arbitrarily shaped boundary in the original space. As a result, clusters with arbitrary shapes are discovered in the original space. Clustering, which can be taken as unsupervised classification, has also been utilized in resolving classification problems. So, we extend our method to process the classification problems. By working in the high dimensional feature space where the data are expected to more separable, we can discover the inner structure of the data distribution. Therefore, our method has the advantage of dealing with new incoming data pattern efficiently. The effectiveness of our method is demonstrated in the experiment.

Thèse doctorat : Informatique : Villeurbanne, INSA : 2006. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. p. 145-153.

Thesis (M.S.)--Rochester Institute of Technology, 2009. / Typescript. Includes bibliographical references (leaves 76-80).

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniv., 2009. / Härtill 4 uppsatser.