Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-06-04T18:27:54Z No. of bitstreams: 1 ludmila_n_rocha_ioc_bp_0020_2010.pdf: 2174715 bytes, checksum: ebf8bfd1505512fa4a3904c3dc6b97f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-04T18:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ludmila_n_rocha_ioc_bp_0020_2010.pdf: 2174715 bytes, checksum: ebf8bfd1505512fa4a3904c3dc6b97f6 (MD5) Previous issue date: 2010 / Instituto Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Em todo o mundo as gastroenterites infantis agudas causadas por rotavírus do grupo A (RV-A) estão associadas a cerca de 611.000 mortes por ano. RV-A pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, e são constituídos de onze segmentos de RNA dupla-fita que codificam para seis proteínas estruturais (VPs) e seis proteínas não-estruturais (NSPs). Os genótipos de RV-A são definidos por dois genes que codificam para as duas proteínas do capsídeo externo, VP4 (P) e VP7 (G). Estudos epidemiológicos demonstraram que mundialmente cinco genótipos G são mais frequentes: G1-G4 e G9; em associação com os genótipos P [8], P [4] ou P [6]. Em 2005 houve a re-emergência do genótipo G3 em crianças internadas em um hospital público no Rio de Janeiro, em concordância com a emergência desse genótipo em diversas partes do mundo, principalmente nos países asiáticos. O objetivo do presente estudo é determinar a relação entre os genes VP4, VP7 e NSP4 de RV-A genótipo G3 isoladas no Rio de Janeiro entre 1996 e 2009. A análise filogenética realizada a partir das seqüências de nucleotídeos dos genes do VP7, VP4 e NSP4 demonstrou que as amostras que circularam em 1996 e 1997 no Rio de Janeiro são distintas daquelas que foram isoladas em 2005 e 2006, sugerindo uma possível introdução deste genótipo no Rio de Janeiro. Em 2009, mais amostras de RV-A G3 foram detectadas no Rio Grande do Sul. A análise dos três genes estudados demonstrou estreita relação genética com as amostras isoladas em 2005. Recentemente, um novo sistema de classificação de rotavírus foi proposto, em que todos os 11 segmentos do genoma de RNA são utilizados e valores de cut-off foram determinados para diferenciar os genótipos. Segundo essa nova classificação, todas as amostras desse estudo foram classificadas como pertencentes aos genótipos G3 – P[8] – E1 para VP7, VP4 e NSP4, respectivamente. Em todos os genes estudados foram observadas mutações pontuais em regiões antigênicas, porém são necessários mais estudos para avaliar a importância na estrutura e função das proteínas. Foram evidenciados eventos de reestruturação genômica entre amostras humanas para o gene que codifica para VP4 (VP8*), os quais podem estar relacionados a uma vantagem adaptativa para o vírus. Os resultados do presente estudo confirmam a importância do monitoramento contínuo e da caracterização molecular das amostras de RV-A a fim de obter melhor entendimento da epidemiologia e a evolução dos RV-A genótipo G3. / Acute gastroenteritis caused by group A rotaviruses (RV-A) are associated to nearly 611,000 deaths of children worldwide per year. RV-A belong to the family Reoviridae, genus Rotavirus, and are characterized by having a segmented genome, composed of 11 segments of double-stranded RNA that encodes six structural proteins (VPs) and six non-structural proteins (NSPs). The genotypes of RV-A are defined by two genes that codify the two outer proteins, VP4 (P) and VP7 (G). Epidemiological studies in several parts of the world have indicated that there are five most common G genotypes: G1-G4 and G9; in association with P [8], P [4] or P [6] genotypes. In 2005, genotype G3 has emerged in hospitalized children in a public hospital in Rio de Janeiro, corroborating the global emergence of this genotype, especially in Asian countries. The present study aims to determine the relationship between the genes VP4, VP7 and NSP4 of stool samples positive for RV-A genotype G3 isolated in Rio de Janeiro between 1996 and 2006. Phylogenetic analyses carried out on the VP7, VP4 and NSP4 genes demonstrated that the samples that circulated in 1996 and 1997 in Rio de Janeiro are distinct from those that were detected in 2005 and 2006, which suggests a possible entering of a new G3 variant in Rio de Janeiro. In 2009, new samples of G3 were detected in Rio Grande do Sul. The analysis of the three studied genes demonstrated a straight genetic relation with the samples identified in 2005. A new rotavirus classification system has been recently proposed, in which all the 11 RNA genome segments are utilized and cut-off values were determinated to differ the genotypes. According to this new classification, all the samples in this study were characterized as genotypes G3 – P[8] – E1 to VP7, VP4 and NSP4, respectively. In all studied genes there were amino acids substitutions in antigenic regions, although more studies are necessary to evaluate the importance in the structure and protein functions. Genomic restructuration events in the VP4 (VP8*) codifying gene between human samples have been been described, which might be related to an adaptive advantage for the virus. The results of the current study confirm the importance of continuous monitoring and molecular characterization of RV-A samples with the purpose of a better understanding of RV epidemiology and evolution.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-09-30T16:24:14Z No. of bitstreams: 1 edna_m_queiroz_ipec_pesquisaclinicadi_0001_2008.pdf: 1325959 bytes, checksum: fdbb83407bcd934e88f394e837a9b759 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-30T16:24:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 edna_m_queiroz_ipec_pesquisaclinicadi_0001_2008.pdf: 1325959 bytes, checksum: fdbb83407bcd934e88f394e837a9b759 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A tuberculose é uma doença antiga e curável que permanece como um dos maiores problema de saúde pública no mundo. Um aumento na incidência coincidiu com a pandemia de HIV/AIDS. Como conseqüência, observou-se um aumento das formas extrapulmonares e disseminadas, mais freqüentes em indivíduos HIV+. Esse estudo visa descrever as formas exclusivamente extrapulmonares de tuberculose, suas características clínicas e desfechos terapêuticos em pacientes com e sem a infecção pelo HIV. A coleta de dados foi retrospectiva, longitudinal, baseada na revisão dos protocolos de atendimento do ambulatório de tuberculose do Instituto de Pesquisa Evandro Chagas - FIOCRUZ. Todos os pacientes com diagnóstico de tuberculose extrapulmonar no período de janeiro de 2003 até dezembro de 2006 foram incluídos. Foram excluídos os pacientes com mais de dois sítios extrapulmonares não contíguos e as formas disseminadas clássicas. A análise dos dados foi descritiva e em algumas situações foram comparados subgrupos através do teste do λ2 ou Mann-Whitney. Foram selecionados 89 pacientes sendo 56,2% HIV negativo, com predomínio do sexo masculino, solteiros, idade <40 anos, raça não branca, baixa escolaridade, renda até 3 salários mínimos, habitantes de casas de alvenaria, sem presença de aglomeração no domicílio, moradores da baixada fluminense e sem fatores de risco aparentes para tuberculose, porém relatavam relações sexuais desprotegidas. Nenhum paciente relatou tratamento anterior para a infecção latente ou tuberculose. O tabagismo foi revelado por 20,7% dos indivíduos, o uso de drogas intravenosas por 2,2 e o alcoolismo por 11%. As doenças pregressas mais freqüentes foram as alergias (21,1%), doenças digestivas (14%), cirurgias (26,7%) câncer/terapia com imunossupressores (5,6%). As co-morbidades mais freqüentes foram: hipertensão arterial (15,5), hepatite (9,8%), diabetes mellitus (4,2%), e doença renal (4,2%). As formas clínicas mais freqüentes foram: ganglionar (56,2%), pleural (12,4%), oftálmica (10,1%), cutânea (7,9%). A sintomatologia variou segundo o sítio. O teste tuberculínico foi positivo na maioria dos pacientes,e os HIV negativos apresentaram menos reação ao teste que os demais nas formas ganglionares (χ2, p=0,03). O diagnóstico de tuberculose foi baseado em critério histopatológico em 59,5%, O diagnóstico por cultura foi possível em 34% dos casos. A carga bacilar foi pequena (< 1+) em 18% das realizadas e observamos a cultura negativa em 72%. O HbsAg foi evidenciado em 18,3% dos casos e a sorologia para hepatite C foi positiva em 6,4%. A maioria dos pacientes (95,6%) foi tratada com esquema I ou I-R. O tempo de tratamento foi mais longo nos casos de tuberculose cutânea que nos demais (M-W, p=0,07). A resistência às drogas anti-tuberculose foi observada em 2 casos. Os eventos adversos foram freqüentes (88,7%) e 22,1% dos casos precisaram interromper o tratamento da tuberculose. A cura foi obtida na maioria dos casos e foi limitada pelo abandono (18%) principalmente em pacientes soronegativos. Um óbito ocorreu em paciente co-infectado com o HIV. As formas exclusivamente extrapulmonares apresentam características demográficas e epidemiológicas diferentes das formas pulmonares, são paucibacilares e de difícil diagnóstico, a cura foi obtida na maioria dos casos e foi limitada pelo abandono. O percentual de óbitos foi baixo. / Tuberculosis is an old curable disease that still is the biggest health problem in the world. An increase in the incidence was concurrent with the HIV/AIDS pandemia. As a consequence an increase in extrapulmonary and disseminated forms was observed, that were frequent in HIV+ individuals. The aim of this study is to describe the strictly extrapulmonary forms of tuberculosis, its clinical, characteristics and therapeutic endpoints in patients with and without HIV infection. Data collection was retrospective, longitudinal, based in the revision of clinical protocols of the tuberculosis outpatients clinics of Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Fiocruz. All patients with diagnosis of extrapulmonary tuberculosis during of January 2003 to December 2006 were included. All patients with more than two extrapulmonary sites or disseminated tuberculosis were excluded. Data analysis was descriptive and in some situations subgroups were compared using the λ2 or Mann-Whitney tests. Were selected 89 patients from these 56,2% were HIV negative, the occurrence was more frequent in male sex, not married , age <40 years, non white race, low schooling, monthly income of more than 3 salaries, living in brick homes, no evident, risk factors for tuberculosis, however they reported sex without protection. No patients reported previous therapy to latent infection or tuberculosis. Tobacco use was revealed in 20,7% of the individuals, injection of drugs by 2,2% and alcohol abuse by 11%. The more prevalents previous pathologies were allergy (21,1%), Gastrointestinal diseases (14%), surgery (26,7%) cancer or therapy with immunossupressors (5,6%). The more frequents co-morbidities were: hypertension (15,5), hepatitis (9,8%), diabetes mellitus (4,2%), and renal disease (4,2%). The more frequents clinical forms were: lymph nodes (56,2%), pleural (12,4%), ophthalmic (10,1%) and cutaneous (7,9%). Symptoms varied according to the site. Tuberculin test was positive in the majority of patients, and the HIV negative presented less reaction to the test than the others in the lymph nodes forms (χ2, p=0,03). Tuberculosis diagnose was based on histopatologic criteria in 59,5% of cases, Isolation in culture was possible in 34% of cases. The bacillus load was small (<1+) in 18% of the performed exams and were negative in 72%. The HbsAg was detected in 18, 3% of cases and hepatitis C serology was positive in 6,4%. Most of the patients (95, 6%) were treated with regimen I or I-R. The length of therapy was longer among cases of cutaneous tuberculosis (M-W,p=0,07). Resistance to anti-tuberculosis drugs was observed in two cases. Adverse events were frequent (88, 7%) and 22, 1% of cases needed tuberculosis treatment interruption. The cure was obtained in most of cases and was affected by the abandonment (18%), mainly in seronegative patients. A death occurred in a patient co-infected with HIV. Strictly extrapulmonary forms present different demographic and epidemiological characteristics from pulmonary forms, are paucibacillary and the diagnose is difficult. The cure was obtained in the majority of cases and was limited by abandonment. The proportion of deaths was low.