Le Quetzal Resplendissant Pharomachrus mocinno est une espèce d’oiseau tropical considérée fortement menacée par la perte de son habitat due aux activités humaines. Le Quetzal Resplendissant joue un rôle important de disperseur de graines et constitue le centre de la culture maya passée et présente. Les recherches sur cette espèce couvrent plusieurs aspects de son histoire naturelle et de sa biologie. Néanmoins, à ce jour, il n’y a aucune description détaillée du comportement et de l’écologie acoustiques de cette espèce, condition préalable à une conservation efficace de l'espèce. L’objectif de cette thèse a été d’étudier tout particulièrement le comportement et l’écologie acoustique de P. mocino dans la forêt nuageuse du Guatemala. Une analyse détaillée des vocalisations de P. mocinno, incluant des expériences de propagation de ses vocalisations dans son habitat, a permis d’identifier deux types de vocalisations destinés à la communication à longue distance et deux autres types de vocalisations destinés à la communication à courte distance. La quantification des différences dans les vocalisations territoriales des deux sous-espèces de Quetzals Resplendissants, P. m. mocinno (partie nord de l’Amérique centrale et sud du Mexique) et P. m. costaricensis (sud de l'Amérique centrale) a révélé de nettes différences entre les sous-espèces, ce qui conforterait l'hypothèse d’espèces distinctes. L'observation de l'espèce dans la canopée dense est difficile et la manipulation des individus est controversée en raison de sa grande importance culturelle. De fait, un système acoustique automatique a été mis au point pour suivre l’espèce de manière non invasive. Le système s'est avéré efficace et a produit des résultats révélant des profils de suivis acoustiques en partie dépendants de variables environnementales. Enfin, la communauté acoustique des oiseaux à laquelle P. mocinno appartient a été analysée afin d’évaluer les interactions interspécifiques de compétition. Les recherches développées ici devraient aider aux décisions de conservation futures concernant le Quetzal Resplendissant et son habitat, la forêt nuageuse. Cette recherche montre également que l'écoacoustique peut constituer une stratégie utile pour aborder les problèmes d'écologie et de conservation dans les zones tropicales. / The Resplendent Quetzal Pharomachrus mocinno is a tropical bird considered in a high risk of danger. Degradation of its habitat caused by human activities is the principal menace. The Resplendent Quetzal is important as seed disperser and is the centre of the past and present Mayan culture. The available studies about the species have covered aspects of the natural history and biology. Nevertheless, the description of the acoustic behaviour and ecology, a prerequisite for the conservation of the species, was not available. The general aim of this PhD thesis was to investigate the acoustic behaviour and ecology of P. mocinno in the cloud forest of Guatemala. A detailed analysis of P. mocinno vocalizations, including propagation experiments of these vocalizations in its habitat, led to identify two vocalizations intended for long range, and two for short range communication. Quantification of acoustic parameters in territorial vocalizations of the two subspecies of the Resplendent Quetzal, P. m. mocinno (north part of Central America and Chiapas) and P. m. costaricensis (south part of Central America), revealed clear differences between the subspecies, that could support a species separation hypothesis. . The observation of the species in the dense canopy is difficult and manipulation of individuals is controversial due to its high cultural importance. Then, an automatic acoustic system was developed as a method to study the species in a non-invasive way. The system proved to be efficient and returned results that revealed acoustic patterns linked to environmental variables. Finally, the acoustic community of other bird species P. mocinno belongs to was analysed so that interspecific competition interactions could be assessed. The research here developed should help in future conservation decisions about the Resplendent Quetzal and its habitat, the cloud forest. This research also illustrates that ecoacoustics can be a valuable strategy to tackle ecology and conservation questions in tropical areas.

Une grande diversité d’animaux produit des sons pour communiquer, s'orienter, ou lors de la réalisation d'actes comportementaux comme la prise de nourriture. Ces sons ne se répartissent pas aléatoirement dans l'espace et le temps suggérant l'existence de règles d'assemblage sonore qui structurent les populations et communautés acoustiques. Les environnements d'eau douce, et en particulier les mares, sont considérés comme les réservoirs d'une importante diversité biologique, et donc potentiellement abritant un nombre significatif d'espèces produisant des sons. Cependant la diversité acoustique de ces milieux naturels n'a jamais été explorée.L'objectif principal de cette thèse est d'explorer pour la première fois la diversité acoustique présente dans les milieux d'eau douce en climat tempéré en étudiant les structures des populations et communautés acoustiques et en explorant les processus pouvant déterminer ces structures.Une revue bibliographique sur la production sonore par les organismes d'eau douce ainsi que des enregistrements d'espèces cibles effectués en laboratoire révèlent qu'une diversité acoustique particulière existe dans les environnements d'eau douce en milieux tempérés. Pour comprendre comment cette diversité est structurée, les communautés acoustiques de trois mares situées dans des environnements différents ont été enregistrées et suivies au cours du temps. Cette étude révèle que les trois mares sont caractérisées par des communautés acoustiques riches et distinctes ayant des dynamiques spatio-temporelles spécifiques. Les facteurs potentiels structurant les communautés acoustiques d’eau douce ont été recherchés en testant si la composition de communautés acoustiques dans six bras morts de la plaine d'inondation du Rhône était liée à des variables environnementales. Nos résultats montrent que les communautés acoustiques des bras morts sont significativement liées à une variable environnementale : le degré de connectivité entre les bras morts et le lit principal de la rivière. Ce résultat suggère un rôle clé de cette variable dans les règles d'assemblage des communautés. Enfin, pour comprendre les processus possibles liant la production de sons et l'environnement naturel, une population de l'insecte aquatique Micronecta scholtzi a été suivie par des enregistrements acoustiques dans une mare méditerranéenne. Le niveau d'activité acoustique de M. scholtzi a été estimé de façon continue à l'aide d'un réseau de 12 capteurs sonores synchronisés. L'activité acoustique était caractérisée par un rythme circadien, dont les propriétés étaient perturbées par la diffusion expérimentale d'un bruit d'origine anthropique. Cette expérience révèle que les effets de la pollution sonore peuvent être observés à l'échelle d'une population d'insectes aquatiques.Ce travail montre ainsi l'existence d'une diversité acoustique dans les milieux d'eau douce et identifie des relations entre production acoustique et facteurs environnementaux. Ce travail ouvre également des perspectives intéressantes d'utilisation de l'acoustique pour aborder des problématiques d'écologie fondamentale et appliquée en milieu d'eau douce. / An important diversity of animal species produces sounds during communication, orientation, movement, or prey-predator acts. These sounds are not distributed randomly in space and time and are therefore thought to follow assembly rules forming either acoustic populations or acoustic communities. Freshwater environments and ponds in particular, are considered as primary resources for biological diversity and as such host a potentially significant number of soniferous species. However the acoustic diversity of these natural environments remains totally unexplored.The main aim of this PhD was to explore for the first time the acoustic diversity found in temperate freshwater by studying the patterns and structural processes of a selection of acoustic populations and communities recorded in several types of freshwater environments. A review of the literature on sound production by freshwater organisms along with laboratory recordings of target species revealed that a valuable acoustic diversity can be found in temperate freshwater environments. To understand how the acoustic diversity is structured, the acoustic communities of three temperate ponds were acoustically monitored. This study revealed that the three ponds were characterized by rich and distinct acoustic communities with specific spatio-temporal dynamics. To further understand the potential factors structuring freshwater acoustic communities, environmental variables were assessed along with the composition of acoustic communities found in six secondary channels of the Rhône riverine floodplain. Two environmental variables were investigated: the water temperature and the level of lateral connectivity of the secondary channels to the main river. Acoustic communities in the Rhône riverine floodplain were clearly structured by lateral connectivity suggesting a role of this key variable as an assembly rule. Finally to understand the possible processes linking animal acoustics and the natural environment, a population of aquatic insect, Micronecta scholtzi, was acoustically monitored in a Mediterranean pond. The level of M. scholtzi acoustic activity was assessed continuously using a network of twelve synchronised acoustic sensors. The acoustic activity of \textit{M. scholtzi} showed a regular daily pattern that was modified in amplitude and phase by the playback of an anthropogenic noise. This experiment revealed that the effects of noise pollution may emerge at an aquatic insect population level. This PhD unraveled the existence of a significant amount of unexplored acoustic diversity in freshwater environments and identified links between acoustics and the environment. This research opens interesting perspectives in the use of acoustic to tackle fundamental and applied ecological questions in freshwater environments.