Sistemas biológicos podem ser representados por redes que armazenam não apenas informações de conectividade, mas também informações de características de seus nós. No contexto biomolecular, esses nós podem representar proteínas, metabólitos, entre outros tipos de moléculas. Cada molécula possui características anotadas e armazenadas em bases de dados como o Gene Ontology. A comparação visual dessas redes depende de ferramentas que permitam o usuário identificar diferenças e semelhanças entre as anotações feitas sobre as moléculas (atributos) e também sobre as interações conhecidas (conexões). Neste trabalho de mestrado, buscou-se desenvolver técnicas que facilitem a comparação desses atributos sobre as moléculas, tentando manter no processo a visualização das redes em que essas moléculas estão inseridas. Como resultado, obteve-se a ferramenta VisPipeline-MultiNetwork, que permite comparar até seis redes, utilizando operações de conjuntos sobre as redes e sobre seus atributos. Dessa forma, diferentemente da maioria das ferramentas conhecidas para a visualização de redes biológicas, o VisPipeline-MultiNetwork permite a criação de redes cujos atributos são derivados das redes originais por meio de operações de união, intersecção e valores exclusivos. A comparação visual das redes é feita pela visualização do resultado dessas operações de conjuntos sobre as redes, por meio de um método de comparação lado-a-lado. Já a comparação dos atributos armazenados nos nós das redes é feita por meio de diagramas de Venn. Para auxiliar este tipo de comparação, a técnica InteractiVenn foi desenvolvida, em que o usuário pode interagir com um diagrama de Venn efetuando operações de união entre conjuntos. Essas operações de união aplicadas sobre os conjuntos são também aplicadas sobre as respectivas formas no diagrama. Esta característica da técnica a diferencia das outras ferramentas de criação de diagramas de Venn. Integrando essas funcionalidades, o usuário é capaz de comparar redes sob diversas perspectivas. Para exemplificar a utilização do VisPipeline-MultiNetwork, dois casos no contexto biomolecular foram estudados. Adicionalmente, uma ferramenta web para a comparação de listas de cadeias de caracteres por meio de diagramas de Venn foi desenvolvida. Ela também implementa a técnica InteractiVenn e foi denominada InteractiVenn website. / Biological systems can be represented by networks that store not only connectivity information, but also node feature information. In the context of molecular biology, these nodes may represent proteins, metabolites, and other types of molecules. Each molecule has features annotated and stored in databases such as Gene Ontology. A visual comparison of networks requires tools that allow the user to identify differences and similarities between nodes attributes as well as known interactions between nodes (connections). In this dissertation, we sought to develop a technique that would facilitate the comparison of these biological networks, striving to maintain in the process the visualization of the network connectivities. As a result, we have developed the VisPipeline-MultiNetwork tool, which allows comparison of up to six networks, using sets of operations on networks and on their attributes. Unlike most known tools for visualizing biological networks, VisPipeline-MultiNetwork allows the creation of networks whose attributes are derived from the original networks through operations of union, intersection and unique values. A visual comparison of the networks is achieved by visualizing the outcome of such joint operations through a all-in-one comparison method. The comparison of nodes attributes is performed using Venn diagrams. To assist this type of comparison, the InteractiVenn technique was developed, in which the user can interact with a Venn diagram, performing union operations between sets and their corresponding diagrams. This diagram union feature differs from other tools available for creating Venn diagrams. With these tools, users manage to compare networks from different perspectives. To exemplify the use of VisPipeline-MultiNetwork, two case studies were carried out in the biomolecular context. Additionally, a web tool for comparing lists of strings by means of Venn diagrams was made available. It also implements the InteractiVenn technique and its site has been named InteractiVenn.

Sistemas biológicos podem ser representados por redes que armazenam não apenas informações de conectividade, mas também informações de características de seus nós. No contexto biomolecular, esses nós podem representar proteínas, metabólitos, entre outros tipos de moléculas. Cada molécula possui características anotadas e armazenadas em bases de dados como o Gene Ontology. A comparação visual dessas redes depende de ferramentas que permitam o usuário identificar diferenças e semelhanças entre as anotações feitas sobre as moléculas (atributos) e também sobre as interações conhecidas (conexões). Neste trabalho de mestrado, buscou-se desenvolver técnicas que facilitem a comparação desses atributos sobre as moléculas, tentando manter no processo a visualização das redes em que essas moléculas estão inseridas. Como resultado, obteve-se a ferramenta VisPipeline-MultiNetwork, que permite comparar até seis redes, utilizando operações de conjuntos sobre as redes e sobre seus atributos. Dessa forma, diferentemente da maioria das ferramentas conhecidas para a visualização de redes biológicas, o VisPipeline-MultiNetwork permite a criação de redes cujos atributos são derivados das redes originais por meio de operações de união, intersecção e valores exclusivos. A comparação visual das redes é feita pela visualização do resultado dessas operações de conjuntos sobre as redes, por meio de um método de comparação lado-a-lado. Já a comparação dos atributos armazenados nos nós das redes é feita por meio de diagramas de Venn. Para auxiliar este tipo de comparação, a técnica InteractiVenn foi desenvolvida, em que o usuário pode interagir com um diagrama de Venn efetuando operações de união entre conjuntos. Essas operações de união aplicadas sobre os conjuntos são também aplicadas sobre as respectivas formas no diagrama. Esta característica da técnica a diferencia das outras ferramentas de criação de diagramas de Venn. Integrando essas funcionalidades, o usuário é capaz de comparar redes sob diversas perspectivas. Para exemplificar a utilização do VisPipeline-MultiNetwork, dois casos no contexto biomolecular foram estudados. Adicionalmente, uma ferramenta web para a comparação de listas de cadeias de caracteres por meio de diagramas de Venn foi desenvolvida. Ela também implementa a técnica InteractiVenn e foi denominada InteractiVenn website. / Biological systems can be represented by networks that store not only connectivity information, but also node feature information. In the context of molecular biology, these nodes may represent proteins, metabolites, and other types of molecules. Each molecule has features annotated and stored in databases such as Gene Ontology. A visual comparison of networks requires tools that allow the user to identify differences and similarities between nodes attributes as well as known interactions between nodes (connections). In this dissertation, we sought to develop a technique that would facilitate the comparison of these biological networks, striving to maintain in the process the visualization of the network connectivities. As a result, we have developed the VisPipeline-MultiNetwork tool, which allows comparison of up to six networks, using sets of operations on networks and on their attributes. Unlike most known tools for visualizing biological networks, VisPipeline-MultiNetwork allows the creation of networks whose attributes are derived from the original networks through operations of union, intersection and unique values. A visual comparison of the networks is achieved by visualizing the outcome of such joint operations through a all-in-one comparison method. The comparison of nodes attributes is performed using Venn diagrams. To assist this type of comparison, the InteractiVenn technique was developed, in which the user can interact with a Venn diagram, performing union operations between sets and their corresponding diagrams. This diagram union feature differs from other tools available for creating Venn diagrams. With these tools, users manage to compare networks from different perspectives. To exemplify the use of VisPipeline-MultiNetwork, two case studies were carried out in the biomolecular context. Additionally, a web tool for comparing lists of strings by means of Venn diagrams was made available. It also implements the InteractiVenn technique and its site has been named InteractiVenn.

Dissertação(mestrado) - Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós–Graduação em Oceanografia Biológica, Instituto de Oceanografia, 2011. / Submitted by Cristiane Gomides (cristiane_gomides@hotmail.com) on 2013-12-16T09:25:09Z No. of bitstreams: 1 PryscillaLombardi.pdf: 580969 bytes, checksum: 93052956b501213ab99477552cb8d616 (MD5) / Rejected by cristiane soares (krikasoares@live.com), reason: faltam dados na citação on 2013-12-18T20:04:52Z (GMT) / Submitted by Cristiane Gomides (cristiane_gomides@hotmail.com) on 2014-01-13T12:08:26Z No. of bitstreams: 1 PryscillaLombardi.pdf: 580969 bytes, checksum: 93052956b501213ab99477552cb8d616 (MD5) / Approved for entry into archive by cristiane soares (krikasoares@live.com) on 2014-02-23T02:02:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PryscillaLombardi.pdf: 580969 bytes, checksum: 93052956b501213ab99477552cb8d616 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-23T02:02:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PryscillaLombardi.pdf: 580969 bytes, checksum: 93052956b501213ab99477552cb8d616 (MD5) Previous issue date: 2011 / Esta dissertação é composta de uma Introdução Geral, dois capítulos e Conclusões Finais. O primeiro capítulo, intitulado “Comparação da capturabilidade de duas redes de arrasto de praia em um gradiente ambiental desde a região estuarial da Lagoa dos Patos até a zona de arrebentação oceânica (Praia do Cassino), Rio Grande, RS” compara as capturas de duas redes de arrasto de praia de mesmas proporções, diferenciadas pela presença de um saco central em uma das redes, considerando suas abundâncias, riquezas, equitatividades, predominância e similaridade de espécies e a distribuição de comprimento dos indivíduos capturados. O segundo capítulo, que tem como título em português “A influência da distância de arrasto na capturabilidade de uma rede de arrasto de praia”, é apresentado de forma sucinta na língua portuguesa, e na forma completa em inglês, como anexo à dissertação. Este capítulo descreve os padrões de captura de uma rede de arrasto de praia com saco, em três diferentes distâncias de arrasto. É possível concluir que as duas redes de arrasto de praia são eficientes para estudar a estrutura de comunidades de peixes de zonas rasas ao longo de um gradiente estuarino-marinho. E recomenda-se, baseado no estudo piloto, que os arrastos são mais eficientes quando realizados em curtas distâncias. / This dissertation comprises a General Introduction, two chapters and Final Conclusions. The first chapter, entitled, “Catchability comparison of two beach seines in an environmental gradient from the estuary of Patos Lagoon to the adjacent marine surf zone (Cassino beach), Rio Grande, RS”, is entirely presented in Portuguese. This chapter compares the catches of two similar beach seines (differentiated by the presence of a central bag in one of the seines), analyzing their abundances, richness, equitability, species dominance and similarity, and specimens size distribution. The second chapter, “The influence of hauling distance in fish catchability of a bag seine net”, is briefly presented in Portuguese, and fully presented in the English as an appendix. This chapter describes the catch patterns of a beach seine bag, in three different hauling distances. It is possible to conclude that the two beach seines are efficient for studying fish community structure across an estuarine – marine gradient in shallow areas. Based on this pilot study, we recommend the use of short hauling distances.