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Distinguishing long non-coding RNAs from protein coding transcripts based on machine learning techniques

Schneider, Hugo Wruck 28 September 2017 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-12-18T16:34:15Z No. of bitstreams: 1 2017_HugoWruckSchneider.pdf: 2108041 bytes, checksum: 6be494b560adf8d5114b2439b4b025c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-02-20T20:23:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_HugoWruckSchneider.pdf: 2108041 bytes, checksum: 6be494b560adf8d5114b2439b4b025c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-20T20:23:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_HugoWruckSchneider.pdf: 2108041 bytes, checksum: 6be494b560adf8d5114b2439b4b025c0 (MD5) Previous issue date: 2018-02-20 / Dentre as análises que devem ser realizadas nos projetos de sequenciamento, um problema importante é a distinção entre transcritos codificadores de proteinas (PCTs) e RNAs nãocodificadores longos (lncRNAs). Esse trabalho investiga potenciais características dos lncRNAs e propõe dois métodos para distinção dessas duas classes de transcritos (PCTs e lncRNAs). O primeiro método foi proposto com base em máquinas de vetores de suporte (SVM), enquanto o segundo utilizou técnicas de aprendizado semi-supervisionado. O mé- todo utilizando SVM obteve excelentes resultados, quando comparados a outras propostas existentes na literatura. Esse método foi treinado e testado com dados de humanos, camundongos e peixe-zebra, tendo atingido uma acurácia de ≈ 98% com dados de humanos e camundongos, e de ≈ 96% para os dados do peixe-zebra. Ainda, foram criados modelos utilizando várias espécies, que mostraram classificações melhores para outras espécies diferentes daquelas do treinamento, ou seja, mostraram boa capacidade de generalização. Para validar esse método, foram utilizados dados de ratos, porcos e drosófilas, além de dados de RNA-seq de humanos, gorilas e macacos. Essa validação atingiu uma acurácia de mais de 85%, em todos os casos. Por fim, esse método foi capaz de identificar duas sequências dentro do Swiss-Prot que puderam ser reanotadas. O método baseado em aprendizado semi-supervisionado foi treinado e testado com dados de humanos, camundongos, ornitorrincos, galinhas, gambás, orangotangos e rãs, tendo sido utilizadas cinco técnicas de aprendizado semi-supervisionado. A contribuição desse método foi que ele permitiu a redução do tamanho do conjunto de dados classificados, utilizados no treinamento. No melhor caso, somente 2 sequências bem anotadas foram usadas no treinamento, o que, comparado com outras ferramentas disponíveis na literatura, indica um ganho expressivo. A acurácia obtida pelo método nos melhores casos foram de ≈ 95% para dados de humanos e camundongos, ≈ 90% para dados de galinhas, gambás e orangutangos, e ≈ 80% para dados de ornitorrincos e rãs. Dados de RNA-seq foram utilizados para teste, tendo sido obtida acurácia de mais de 95%. Esses dados foram utilizados para treinamento dos modelos de orangotango e de rã, que também apresentaram acurácias excelentes. / Among the analyses that have to be performed in sequencing projects, an important problem to be addressed is the distinction of protein coding transcripts (PCTs) and long non-coding RNAs (lncRNA). This work investigates potential characteristics of the lncRNAs and proposes two methods for distinguishing these two classes of transcripts (PCTs and lncRNAs). The first methods was based on Support Vector Machine (SVM), while the second one used semi-supervised learning techniques. The SVM based method obtained excellent results when compared to other methods in the literature. This method was trained and tested with data from human, mouse and zebrafish, and reached accuracy of ≈ 98% for human and mouse data, and ≈ 96% for zebrafish data. Besides, models with multiple species were created, which improved the classification for species different from those used in the training phase, i.e., these models could also be used in the classification of species different from those that were used in the training phase. To validate this method, data from rat, pig and drosophila, and RNA-seq data from humans, gorillas and macaque were used. This validation reached an accuracy of more than 85% for all the species. Finally, this method was able to identify two sequences within the Swiss-Prot database that were reannotated. The semi-supervised based method was trained and tested with data from human, mouse, platypus, chicken, opossum, orangutan and xenopus, in five semi-supervised learning techniques. The contribution of this method was the reduction of the size of the classified training data set. In the best scenario, only two annotated sequences were used in the training phase, which is an expressive gain when compared to other tools available in the literature. Accuracies obtained by the method in the best cases were ≈ 95% for human and mouse datasets, ≈ 90% for chicken, opossum and orangutan datasets, and ≈ 80% for data platypus and xenopus datasets. RNA-seq data were used for testing, having obtained more than 95% of accuracy. This data was used to train the orangutan and xenopus models, also leading to an excellent accuracy.
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Extração de feições retas e cálculo de entidades pontuais a partir de dados LASER para o ajustamento relativo de faixas /

Santos, Renato César dos. January 2015 (has links)
Orientador: Mauricio Galo / Banca: Edson Aparecido Mitishita / Banca: Aluir Porfirio Dal Poz / Resumo: Essa dissertação tem por objetivo principal propor uma metodologia para obtenção de entidades pontuais a partir da intersecção de retas concorrentes extraídas a partir de dados LiDAR (Light Detection And Ranging) obtidos por sistemas de varredura LASER (Light Amplification by Estimulated Emission of Radiation), e utilização dos pontos extraídos no ajustamento relativo de faixas LASER. Para tal propósito, será apresentada uma revisão de conceitos relativos à classificação de pontos 3D, extração de segmentos de retas e entidades pontuais, e os modelos matemáticos utilizados para minimizar as discrepâncias entre faixas LASER. O procedimento apresentado nesse trabalho pode ser dividido em três principais fases: extração das feições de interesse, determinação das feições correspondentes e estimação dos parâmetros que modelam as discrepâncias. As entidades pontuais são obtidas a partir da intersecção de segmentos de retas concorrentes, extraídos sobre o conjunto de dados LASER por meio do conceito da análise de componentes principais e do método dos mínimos quadrados (MMQ)... / Abstract: The main objective of this dissertation is to propose a methodology to obtaining point entities from the intersection of concurrent lines, and use of these points at the relative adjustment of LASER strips. For such purpose, it will be presented a review of concepts about 3D point classification, extraction of line segments and point entities, and the mathematical models used to minimize the discrepancies between LASER strips. The procedure presented in this work can be divided into three main stages: extraction of features of interest, determining the corresponding features and estimation of the parameters that model the discrepancies. The point entities are derived from the intersection of concurrent lines segments, which are extracted from LASER data set through the concept of principal component analysis (PCA) and least squares method (LSM). The correspondence among the point entities is established by the ICP method (Iterative Closest Point), while the parameters are estimated using the LSM... / Mestre
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Influência de densidades populacionais e adubação nitrogenada de cobertura na nutrição e produtividade de cultivares de feijão / Influence of population densities and nitrogen fertilization of coverage in the nutrition and productivity of bean cultivars

Perino, Marcos Antônio [UNESP] 28 April 2017 (has links)
Submitted by MARCOS ANTONIO PERINO null (marcos.perino@gmail.com) on 2017-06-01T19:14:45Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO CORREÇÃO - com ficha.pdf: 588790 bytes, checksum: 02db76abf6d50300008c19cf17387c6a (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-06-02T13:32:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 perino_ma_me_bot.pdf: 588790 bytes, checksum: 02db76abf6d50300008c19cf17387c6a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T13:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 perino_ma_me_bot.pdf: 588790 bytes, checksum: 02db76abf6d50300008c19cf17387c6a (MD5) Previous issue date: 2017-04-28 / A cultura do feijão comum (Phaseolus vulgaris L.) é bastante exigente em nitrogênio (N). Contudo, vários fatores como o precedente cultural, a cultivar e a população de plantas podem afetar as respostas da cultura à adubação nitrogenada. Dessa forma, objetivou-se com o presente trabalho avaliar o desempenho de cultivares de feijoeiro sob diferentes densidades populacionais na presença ou ausência da aplicação de N em cobertura. Para tanto, foram realizados dois experimentos no município de Ourinhos-SP, ambos cultivados na safra “da seca” no ano agrícola 2012/2013 e no ano de 2014/2015. O delineamento experimental adotado foi o de blocos completos ao acaso, em esquema fatorial 4x3x2 em faixas, com quatro repetições. Os tratamentos foram compostos por quatro cultivares de feijão (IAC Formoso, IPR Campos Gerais, TAA Bola Cheia e Pérola), dispostos em faixas, três densidades populacionais (6, 9 e 12 plantas m-1) e dois níveis de N (0 e 50 kg ha-1) em cobertura. Os dados obtidos foram submetidos à análise de variância. As médias foram comparadas pelo teste de Tukey a 5% de probabilidade. A adubação nitrogenada de cobertura aumentou o teor de N nas folhas, o número de vagens por planta e a massa de 100 grãos apenas no ano de maior disponibilidade hídrica, porém, incrementou a produtividade de grãos nos dois anos de cultivo. A população de plantas não afetou a produtividade de grãos dos cultivares estudados. A cultivar TAA Bola Cheia, foi 11,4% mais produtiva que as demais cultivares, porém, em apenas um dos cultivos, sendo que no segundo cultivo não houve diferenças entre as cultivares. A cultivar TAA Bola Cheia apresentou rendimento de peneira maior que as demais cultivares nos dois anos de avaliação e menores populações de planta tenderam a proporcionar maiores rendimentos de peneira do feijoeiro comum. / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) crop is quite demanding regarding nitrogen (N). However, several factors such as the cultural precedence, cultivar, and plant population may affect the crop responses to N fertilization. Thus, the objective of this work was to assess the performance of common bean cultivars under different plant population densities in the presence or absence of the sidedressing N application. In order to achieve that objective, two experiments were carried out in the municipality of Ourinhos-SP, in the 2012/2013 and 2014/2015 dry growing seasons. A randomized complete block design was adopted, in a 4x3x2 factorial scheme with strips, and four replications. The treatments were composed of four common bean cultivars (IAC Formoso, IPR Campos Gerais, TAA Bola Cheia, and Pérola), three populational densities (6, 9, and 12 plants m -1 ), and two sidedressing N levels (0 and 50 kg ha-1 ). The data were submitted to analysis of variance. The means were compared by the Tukey test at a 5% probability. Sidedressing N fertilization increased the leaf N concentration, the number of pods per plant, and the mass of 100 grains only in the year of greater water availability, but increased the grain yield in the two growing seasons. The plant population in the row did not affect the grain yield of the studied cultivars. On average, the cultivar TAA Bola Cheia was 11.4% more productive than the other cultivars, but in only one of the growing season, and in the second growing season there were no differences among the cultivars. The cultivar TAA Bola Cheia presented higher sieve yield than the other cultivars in the two growing seasons and lower plant populations tended to provide higher sieve yields of the common bean crop.
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Indicador multivariado policórico : proposta de indicador para o diagnóstico da aprendizagem organizacional /

Ribeiro Junior, Hugo José. January 2013 (has links)
Orientador: Rosaura de Menezes Selles Ribeiro / Coorientador: Anderson Paulo de Paiva / Banca: Fernando Augusto Silva Marins / Banca: Marcela Aparecida Guerreiro Machado de Freitas / Banca: Marly Monteiro de Carvalho / Banca: Carlos Henrique Pereira Mello / Resumo: Este trabalho propõe o desenvolvimento, validação e teste de um indicador multivariado para o diagnóstico de práticas da Aprendizagem Organizacional (AO) nas organizações, com vistas ao planejamento da Gestão do Conhecimento (GC). Este indicador, construído a partir da Análise de Componentes Principais (ACP), estende a aplicação do Índice Global Multivariado (IGM) de Paiva et al. (2010) para dados ordinais, com a extração de escores de componentes principais realizada a partir da matriz de correlação policórica. Este novo indicador, denominado "Indicador Multivariado Policórico (IMP)", fornece uma forma mais robusta de análise da estrutura de correlação e covariância de variáveis aleatórias discretas que se adéquam à distribuição de probabilidade Multinomial, característica dos protocolos estabelecidos com base em escalas ordinais do tipo Likert. Assim, para desenvolver a proposta, foi utilizada uma adaptação do protocolo Organizational Learning Survey de Goh e Richards (1997), que permitiu uma série de simulações para verificar a adequação e a sensibilidade do indicador frente a diferentes cenários. Como forma de validação e teste, o protocolo foi aplicado no Laboratório Nacional de Astrofísica (LNA), onde se obteve o diagnóstico da AO. A principal constatação desta tese foi a correlação positiva detectada entre o viés da média e IMP e o aumento da correlação dos questionários, o que implicada em diagnósticos ora subestimados, ora superestimados. Além de diagnósticos enviesados pela utilização da média, constatou-se também a alta correlação positiva observada entre o segundo autovalor da matriz de correlação policórica e o alfa de Cronbach, o que mostra como o indicador pode sugerir também o nível de confiabilidade interna dos questionários. Diferenças significativas também foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study proposes the development, validation and test of a multivariate indicator for the diagnostic of Organizational Learning (OL) practices in the organizations in order to contribute to the planning of Knowledge Management (KM). This indicator was built from the Principal Component Analysis (PCA) ), extends the application of the Global Multivariate Index (GMI) for ordinal data, with the extraction of principal component scores taken from the polychoric correlation matrix. This new indicator, called Multivariate Polychoric Indicator (MPI), provides a more robust analysis of covariance and correlation structure of discrete random variables that fit the Multinomial probability distribution, characteristic of established protocols based on the ordinal scales Likert. Thus, to develop the proposal, we used an adaptation of the Goh and Richards' Organizational Learning Survey protocol, which allowed a series of simulations to verify the appropriateness and sensitivity of the indicator against different scenarios. As a form of validation and testing, the protocol was applied in the National Astrophysical Laboratory (LNA), which revealed the diagnosis of OL. The main finding of this thesis was the detected positive correlation among the average bias and MPI and the increased correlation of the questionnaires, which sometimes involved in diagnostics under or overestimated. Besides diagnostics skewed by the use of the average, there was also a high positive correlation observed between the second eigenvalue of the polychoric correlation matrix and Cronbach's alpha, which shows how the indicator can also suggest the level of internal reliability of the questionnaires. Significant differences were also observed in relation to the extraction of components based on the Pearson's correlation r matrix, observed both on simulated data as in the... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Estruturação do Eumenine Mastroparano por dinâmica molecular em misturas de TFE-água /

Melo, Denise Cavalcante de. January 2007 (has links)
Orientador: Jorge Chahine / Banca: Alexandre Suman de Araújo / Banca: José Roberto Ruggiero / Resumo: O tetradecapeptídeo Eumenine mastoparano - AF (EMP-AF) extraído do veneno de vespa, em solução aquosa contendo trifluoretanol (TFE) mostra conformação helicoidal anfipática de acordo com os dados de Ressonância Magnética Nuclear (RMN) e Dicroísmo Circular (CD). A seqüência de aminoácidos tem o N-terminal amidado e três lisinas carregadas (5, 8 e 12). Nesse trabalho, investigamos a estrutura conformacional desse peptídeo em solução aquosa contendo TFE por simulação de dinâmica molecular usando o pacote GROMACS. As simulações foram feitas usando uma caixa cúbica que inclui o TFE (30%) e moléculas de água (70%). O método da troca de réplica foi usado para simular o sistema no intervalo de temperatura (280K - 350K) uniformemente distribuída em 14 processadores. Cada réplica numa dada temperatura T tem uma estrutura aleatória como conformação inicial. Em intervalos fixos de tempo, duas réplicas vizinhas tentam trocar conformações de acordo com a probabilidade de Boltzmann ( - onde = ( )( U), é 1/kBT e U a energia potencial). Apresentamos trajetórias que mostram claramente a formação de uma estrutura helicoidal (resíduos 3 e 12). Juntamente com a estrutura helicoidal, outras conformações tais como estruturas helicoidais parciais e folhas- também exibem estabilidade relativamente alta. A estrutura helicoidal está de acordo com as 20 estruturas disponíveis obtidas por RMN, com valores pequenos de RMSD. Também mostramos que a diversidade de estruturas obtidas por RMN está relacionada com flutuações globais da cadeia, como indicado pela análise de componentes principais. A projeção da trajetória de equilíbrio na primeira componente principal, de uma estrutura helicoidal obtida como conformação inicial, mostrou flutuações que aproximadamente reproduzem a diversidade de estruturas de RMN, que são devidas principalmente à flexibilidade do N- terminal do peptídeo. / Abstract: Tetradecapeptide eumenine mastoparan-AF (EMP-AF) (14 residues) extracted from wasp venom, in solution with water and trifluoroethanol (TFE) show amphiphatic helical conformation, according with Nuclear Magnetic Resonance (NMR) and Circular Dichroism (CD) data. The amino acid sequence has amidated N-terminus and three charged lysine (5, 8 and 12). In this work, we have investigated structural conformations of this peptide in TFE aqueous solution by molecular dynamics simulations using GROMACS package. The simulations have been done using a cubic box that included TFE (30%) and water molecules (70%). The replica-exchange method was used to simulate the system in the temperature range (280K - 350K) uniformly distributed in 14 processors. Each replica, at a given T has a coil structure as the initial conformation. At fixed time intervals, two neighboring replica try to exchange configurations with Boltzmann probability e-D, where D = (Db)(DU), b is 1/kBT and U is potential energy. We present trajectories, which clearly show the formation of the helix structure of the peptide (residues 3 to 12). Along with the helix structure, other conformations, such as partial helical structure and b-sheet, also show relatively high stability. The helical structure shows good agreement with the twenty available NMR structures, with relatively small values of RMSD. It is also shown that this diversity of the NMR structures is related to global fluctuations of the chain, as indicated by a principal component analysis. The projection of equilibrium trajectory, with the obtained helix as the initial conformation, on the first principal component, showed fluctuations that nearly reproduce the diversity of the NMR structures, which are due, mainly, to the flexibility of the N-terminus of the peptide. / Mestre
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CoordenaÃÃo e ReconfiguraÃÃo DinÃmica de Componentes em uma Plataforma de ComputaÃÃo Paralela / Coordination and Dynamic Reconfiguration of Components in a Parallel Computing Platform

Juliano Efson Norberto Sales 30 November 2012 (has links)
nÃo hà / Long running applications are very common in High Performance Computing (HPC) domains. During the execution of this kind of application, some improvements or corrections can be identified and applied without making invalid the data that has been processed. In these cases, the ability to make changes in a parallel program during execution is considered useful. Dynamic reconfiguration is the term used to describe this technique, which can be implemented using different alternatives, like architecture description languages (ADL). An ADL allows a the specification of a software based on exogenous conectors to combine and define data types and protocols for orchestrating the interaction between components. This research has the goal of designing an ADL and implementing a configuration interpretation environment for the HPE component-based parallel computing platform. The main purpose of this language is to provide the ability to specify exogenous connectors and support dynamic reconfiguration. Case studies evaluate the performance of the component interpretation developed by the ADL, as well as validate the actions of dynamic reconfiguration. The results are an evidence that the overhead in the interpretation process for realistic problem instances is acceptable, in such a way that, when used wisely, the connectors can be used even in production scenarios. In some cases, the interpretation weight can be disregarded. The reconfiguration experiments are also deemed satisfactory, making the simplicity of the mechanism the major draw of the solution. / Nos domÃnios da ComputaÃÃo de Alto Desempenho (CAD), sÃo comuns aplicaÃÃes com tempo de execuÃÃo de longa duraÃÃo. Durante a execuÃÃo de uma aplicaÃÃo dessa natureza, podem ser identificadas melhorias ou correÃÃes nos algoritmos em execuÃÃo que nÃo invalidam o processamento previamente realizado. Neste cenÃrio, a capacidade de realizar modificaÃÃes em tempo de execuÃÃo se mostra de grande utilidade. A esta tÃcnica chamamos reconfiguraÃÃo dinÃmica, a qual, dentre outros meios discutidos ao longo do trabalho, pode ser implementada a partir do uso de linguagens de propÃsito especÃfico como as linguagens de descriÃÃo de arquitetura (ADL). Uma ADL permite a especificaÃÃo de um sistema de software a partir da construÃÃo de conectores exÃgenos com a funÃÃo de combinar e definir os formatos de dados e protocolos nas interaÃÃes de componentes. Este trabalho de pesquisa tem como objeto o projeto de uma ADL e a implementaÃÃo de um ambiente de interpretaÃÃo de configuraÃÃo para a plataforma de componentes paralelos HPE (Hash Programming Environment). Essa linguagem tem como principal propÃsito oferecer a capacidade de especificar conectores exÃgenos e suporte à reconfiguraÃÃo dinÃmica. Estudos de caso avaliam o desempenho da interpretaÃÃo dos componentes desenvolvidos pela ADL, como tambÃm validam as operaÃÃes de reconfiguraÃÃo dinÃmica. Os resultados mostram sobrecarga considerada aceitÃvel no processo de interpretaÃÃo, para instÃncias realÃsticas de problemas, de forma que, quando utilizado com prudÃncia, os conectores podem ser utilizados atà mesmo em cenÃrios de produÃÃo. Em alguns casos, o peso da interpretaÃÃo chega a ser desprezÃvel. Os ensaios de reconfiguraÃÃo tambÃm se mostram satisfatÃrios para os requisitos apresentados, sendo um dos principais diferencias da soluÃÃo, a simplicidade de uso do mecanismo.
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Ativação de componentes de software com a utilização de uma ontologia de componentes / Component loading with utilization of a components ontology

Augusto Carbol Lorza 16 July 2007 (has links)
Atualmente, existem muitos estudos para agregar mais valor às informações disponíveis na Web visando melhorar os resultados da interação dos usuários com a Web; uma das linhas de estudo é a Web Semântica, que propõe a adição de informação semântica à Web atual por meio de ontologias. A organização internacional que define os padrões para a Web (W3C) já propôs vários padrões para tornar a Web Semântica viável, porém, além de padrões, também é preciso criar ou adaptar ferramentas que explorem as suas potencialidades. Uma ferramenta que dá um suporte significativo para a Web atual e que pode ser adaptada para trabalhar com a Web Semântica é o Servidor de Aplicações. Com adição de informações semânticas, na forma de ontologias, tem-se um Servidor de Aplicações Baseado em Ontologias (OBAS). Neste trabalho foi desenvolvido um sistema protótipo para oferecer as características mínimas de um OBAS, e desta forma, foram investigadas as tecnologias para a Web Semântica que viabilizassem uma solução de acordo com os padrões recomendados pela W3C. Os componentes de software de um OBAS têm suas propriedades e comportamentos relacionados de forma semântica usando-se ontologias. Como uma ontologia é um modelo conceitual explícito, suas descrições dos componentes podem ser consultadas e inferidas, melhorando o desempenho do servidor através da combinação dos componentes mais apropriados a uma tarefa, da simplificação da programação, pois não é mais necessário saber todos os detalhes de um componente para ativá-lo / Many studies have been carried out to add more value to the available information in the Web with a view to improving the results of the users\' interaction with the Web. Semantic Web is one line of research with focus on this issue and proposes the insertion of semantic information to the current Web through ontologies. Several patterns have been proposed by W3C, the international organization that defines patterns to the Web as an attempt to make the Semantic Web viable. However, besides patterns, it is also necessary to create or adapt tools to explore their potentialities. Application Server is a tool which gives significant support to the current Web and could be adapted to work with the Semantic Web. By adding semantic information, in the ontology form, we have an Ontology-Based Application Server (OBAS). This study develops a protoptype system which aims to offer the minimum characteristics of an OBAS. We have therefore investigated the semantic web which could provide a solution according to the patterns recommended by W3C. Properties and behaviors of software components of OBAS are semantically related by means of ontologies. Given that ontology is an explicit conceptual model, its component descriptions can be consulted and inferred, and hence improve the performance of the server. This is done by applying the most appropriate components to a given task and simplifying programming since components can be activated with no need to know all their details
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Avaliação do Potencial Carcinogênico do Carbendazim e seus metabólitos

Silva, Renato César da 31 January 2014 (has links)
Submitted by Danielle Karla Martins Silva (danielle.martins@ufpe.br) on 2015-03-13T14:16:30Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Renato César da Silva.pdf: 4551591 bytes, checksum: e7d717e148bd95890c67dfefdc1e3c53 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T14:16:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Renato César da Silva.pdf: 4551591 bytes, checksum: e7d717e148bd95890c67dfefdc1e3c53 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / FACEPE / O potencial carcinogênico do carbendazim e seus metabólitos foi analisado utilizando um tratamento estatístico dos parâmetros eletrônicos obtidos a partir de cálculos AM1 e DFT/BLYP/6-311++G(d,p). A interação carcinógeno-DNA é descrita através da Teoria da Ressonância Não Sincronizada da Ligação Covalente como um processo de transferência de elétron envolvendo os orbitais de fronteira HOMO e LUMO, modelo já desenvolvido por Pavão e Leão. Através de uma Análise de Componentes Principais da afinidade eletrônica, energia de interação carcinógeno-DNA, atração eletrostática e permeabilidade da membrana celular (momento de dipolo e coeficiente de partição) obtivemos evidência que o carbendazim exibe atividade carcinogênica. Para os metabólitos do carbendazim, a análise dos parâmetros eletrônicos também exibiram similaridade aos carcinógenos conhecidos. Embora existam poucos dados na literatura sobre a carcinogenicidade destes compostos, os resultados do presente estudo indicam que o uso deste fungicida representa um risco para a saúde da população, em especial para os trabalhadores rurais. Desta forma, os resultados aqui obtidos podem servir de subsídios para a aplicação de uma política de saúde pública baseada no princípio da precaução.
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Systematic Development of Trustworthy Component-based Systems

Teixeira Ramos, Rodrigo 31 January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6881_1.pdf: 1905257 bytes, checksum: 04bfefe5198fb11e1af4564f77de083a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Petróleo Brasileiro S.A. / Apesar de componentes serem tratados como unidades básicas de composição no desenvolvimento baseado em componentes (CBD), para que eles obtenham um disseminado status de serem facilmente conectados como peças de lego a integração de componentes precisa ser cuidadosamente projetada, sistematizada e verificada; somente isto poderá garantir arquiteturas confiáveis. Além dos argumentos gerais sobre redução de custo através de reuso, abordagens CBD precisam oferecer uma interessante, e frutífera, oportunidade para o desenvolvimento de sistemas críticos de alta qualidade e viável no contexto industrial. Para alcançar esta meta, propomos neste trabalho uma abordagem sistematizada para a construção de sistemas baseados em componentes (CBS) confiáveis. A abordagem foca na realização de análises que consideram preocupações de engenharia no CBD. Ela se baseia em um modelo de componentes que caracteriza os blocos de construção de nossa abordagem de desenvolvimento, e que impõe as restrições necessárias para sua interação segura. Além disto, definimos restrições de construção para o nosso modelo de componentes, baseadas em regras de composição para componentes. Estas permitem verificar quando dois componentes são compatíveis para trocarem informações. As regras de composição compreendem um método sistematizado para preservar, por construção, propriedades comportamentais em composições de componentes; em particular, focamos na preservação de progresso local e da ausência de deadlock nas composições. Como conseqüência, é possível prever o comportamento de uma vasta gama de CBS, antes de sua implementação, com base em propriedades conhecidas do sistema. Em nossa abordagem, também propomos alternativas de verificação mais amenas: a) predições de condições de composição baseadas na análise de metadados de componentes; b) simplificações em verificações de componente associados a estilos arquiteturais específicos. Toda a abordagem é apoiada pela álgebra de processos CSP, que oferece modelos semânticos que suportam uma vasta gama de verificações e comparações de processos. Além disto, ilustramos a aplicação desta abordagem através de dois estudos de caso, que focam em diferentes aspectos da nossa abordagem, e verificamos mecanicamente a preservação de propriedades comportamentais de componentes na evolução dessas aplicações
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Uma biblioteca de componentes semânticos para especificação de linguagens de programação

Travassos Sarinho, Victor January 2003 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:58:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4739_1.pdf: 546621 bytes, checksum: 436ff68296454e12baa513372b9a2fe8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Semântica de ações, um formalismo para especificação de linguagens de programação, define um conjunto padrão de operadores que descrevem conceitos comuns encontrados em linguagens de programação. Estes operadores facilitam a especificação de linguagens de programação porque eles liberam o projetista de linguagens da manipulação de definições complexas usadas para descrevê-las. Entretanto, as especificações em semântica de ações não foram projetadas para serem reusadas ou estendidas. De fato, copiar/colar especificações é o único caminho para reutilizar semânticas de linguagens de programação, ou seja, é extremamente ineficiente e perigosa, no sentido de não produzir uma especificação totalmente confiável, seja por funções semânticas extremamente restritas à linguagem, seja por diferenças sintáticas mínimas que impedem uma integração adequada. Também devemos considerar o fato de que a maioria das linguagens existentes apresentam uma grande semelhança conceitual do ponto de vista semântico, uma vez que o desenvolvimento de novas linguagens de programação geralmente é influenciado por linguagens previamente existente. Portanto, o objetivo deste trabalho é, através do uso da semântica de ações baseada em componentes, uma técnica que permite melhorar a reutilização de especificações em semântica de ações, definir componentes semânticos para estruturas sintáticas abstratas, capazes de representar conceitos de linguagens de programação separados pelos diversos paradigmas de linguagens de programação existentes, e organizados de forma hierárquica garantindo assim um alto grau de reutilização semântica. Como resultados, produzimos uma biblioteca de componentes semânticos, formada pelo agrupamento de componentes semânticos capazes de representar conceitos de linguagens de expressões, imperativas, funcionais e orientada a objetos; e projetamos uma linguagem multiparadigma denominada EIFOO, formada pelo agrupamento dos componentes semânticos especificados em cada um dos paradigmas abordados neste trabalho

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