Les techniques d'élevage intensif appliquées dans les systèmes agricoles ont une influence négative sur la biodiversité des animaux domestiques. Une des mesures mises en œuvre afin de juguler ce phénomène d'érosion génétique est la conservation des ressources génétiques des animaux d'élevage (RGAs). La problématique de conservation est d'arbitrer entre des impératifs de préservation et le caractère fini des ressources financières. Cette problématique a été abordée en retenant l'approche développée par Weitzman comme cadre d'analyse et des races ovines et caprines retenues dans le cadre d'un projet de recherche européen (Econogene) comme objet de recherche. Choisir les races à préserver revient à élaborer et à pondérer des critères de conservation. Dans le cadre de cette thèse, cette question a été approchée sous trois angles prospectifs distincts : politique, génétique et économique. Le quatrième angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles d'optimisation comme outils d'aide à la décision. Le premier angle s'est focalisé sur les déterminants des décisions des choix de conservation observés au niveau de l'Union européenne. Les résultats ont montré que les programmes de conservation opèrent indépendamment des risques d'extinction. Le second angle se place au niveau génétique. Les résultats ont révélé que les races originales présentent de faibles taux d'hétérozygotie et vice versa. Le troisième angle s'est attaché à analyser les critères de conservation et leur pondération par le biais d'une analyse économique intégrant les points de vue d'un échantillon d'experts. Les résultats ont permis de montrer que la dissemblance génétique est perçue comme l'attribut le plus important. Enfin, le dernier angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles bioéconomiques comme outils d'aide à la décision. A travers les résultats de ce travail, certaines implications empiriques et méthodologiques ont pu être identifiées. Celles-ci constituent une ébauche d'une vision pour la conservation des RGAs qui devrait s'articuler en quatre volets : un volet protection, un volet conservation, un volet valorisation et un volet recherche.

Les techniques d'élevage intensif appliquées dans les systèmes agricoles ont une influence négative sur la biodiversité des animaux domestiques. Une des mesures mises en œuvre afin de juguler ce phénomène d'érosion génétique est la conservation des ressources génétiques des animaux d'élevage (RGAs). La problématique de conservation est d'arbitrer entre des impératifs de préservation et le caractère fini des ressources financières. Cette problématique a été abordée en retenant l'approche développée par Weitzman comme cadre d'analyse et des races ovines et caprines retenues dans le cadre d'un projet de recherche européen (Econogene) comme objet de recherche. Choisir les races à préserver revient à élaborer et à pondérer des critères de conservation. Dans le cadre de cette thèse, cette question a été approchée sous trois angles prospectifs distincts : politique, génétique et économique. Le quatrième angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles d'optimisation comme outils d'aide à la décision. Le premier angle s'est focalisé sur les déterminants des décisions des choix de conservation observés au niveau de l'Union européenne. Les résultats ont montré que les programmes de conservation opèrent indépendamment des risques d'extinction. Le second angle se place au niveau génétique. Les résultats ont révélé que les races originales présentent de faibles taux d'hétérozygotie et vice versa. Le troisième angle s'est attaché à analyser les critères de conservation et leur pondération par le biais d'une analyse économique intégrant les points de vue d'un échantillon d'experts. Les résultats ont permis de montrer que la dissemblance génétique est perçue comme l'attribut le plus important. Enfin, le dernier angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles bioéconomiques comme outils d'aide à la décision. A travers les résultats de ce travail, certaines implications empiriques et méthodologiques ont pu être identifiées. Celles-ci constituent une ébauche d'une vision pour la conservation des RGAs qui devrait s'articuler en quatre volets : un volet protection, un volet conservation, un volet valorisation et un volet recherche.

La chèvre (Capra hircus) est l'un des premiers ongulés domestiqués il y a plus de 10 000 ans dans le croissant fertile. L'histoire de la domestication a été abordée par l'analyse comparée de la diversité génétique des chèvres domestiques et de celle de son ancêtre sauvage (Capra aegagrus). Nous avons tout d'abord mis au point une méthode standard permettant d'établir une nomenclature claire des haplogroupes mitochondriaux, et aussi de définir de nouveaux haplogroupes lorsque cela s'avère pertinent. Cette méthode a été utilisée pour analyser 2430 séquences d'ADN mitochondrial (fragment HV1 de la région de contrôle), incluant 946 nouveaux échantillons issus de régions très peu étudiées jusqu'ici (notamment le Croissant Fertile). Les haplogroupes mitochondriaux présentent une forte diversité génétique qui est essentiellement distribuée entre haplogroupes au sein des régions géographiques. Même avec un jeu de donnée aussi important que celui-ci, il est très difficile de comprendre l'histoire de la domestication en se basant uniquement sur l'analyse des animaux domestiques. L'étude conjointe de la diversité des chèvres et de leurs ancêtres sauvages (les aegagres) ont apporté les informations permettant de reconstituer l'histoire de la domestication. Ces données ont été acquises à partir de 487 aegagres issus de 43 localités recouvrant l'ensemble de l'aire de répartition de l'espèce. Chez les 308 aegagres génétiquement proches des chèvres, nous avons trouvé la signature d'une croissance démographique plus forte que chez les autres aegagres. Cela suggère un nouveau scénario de domestication de la chèvre en deux étapes. La domestication sensu stricto aurait été précédée d'une phase de gestion des troupeaux sauvages par l'homme (la pré-domestication). Ces processus se sont déroulés sur une vaste zone comprenant l'Est de l'Anatolie, l'ensemble du Zagros, le Plateau Iranien Central et le Nord Est de l'Iran, où les aegagres génétiquement proches des chèvres sont toujours présents. L'analyse comparée de la diversité nucléaire et mitochondriale chez les chèvres et les aegagres démontre qu'une grande partie de la diversité génétique sauvage a été capturée par les domestiques. Il n'y a donc pas eu de goulot d'étranglement au moment de la domestication de la chèvre. Ce scénario est très différent des modèles précédents qui mettaient en avant des processus à échelle réduite, avec des centres de domestication très localisés et une forte réduction de diversité génétique.