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Etude du rôle des protéines SMN et ICln dans la maturation et la production des snRNPs du Splicéosome / Functional analysis of the role of the SMN and ICln proteins in the maturation and production of the spliceosomal snRNPs

Barbarossa, Adrien 19 December 2012 (has links)
Les petites particules ribonucléoprotéiques nucléaires (snRNPs) sont les composants majeurs du splicéosome, la machinerie responsable de l'épissage des pré-messagers. La biogenèse des snRNPs est un processus complexe qui fait intervenir de nombreux facteurs comme les protéines SMN et ICln. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé à l'étude du rôle de ces deux protéines dans la maturation et la production des snRNPs du splicéosome.Dans la première partie de mon travail, les modifications internes des snRNAs ont été caractérisées dans des cellules dont les corpuscules de Cajal sont dispersés à cause d'une déficience de la protéine SMN. En effet, en plus de son rôle dans les étapes précoces de formation des snRNPs, la protéine SMN est également requise pour la formation des corpuscules de Cajal, structures nucléaires qui concentrent les scaRNAs impliqués dans le processus de modification post-transcriptionnelle des ARNs. Nous avons pu ainsi montrer que la protéine SMN et les corps de Cajal ne sont pas essentiels à la production des résidus 2'-O-methyl et pseudouridine dans les snRNAs majeurs et mineurs.La deuxième partie de mon travail a porté sur l'étude des relations fonctionnelles entre les protéines ICln et SMN in vivo en utilisant l'organisme modèle S. pombe. Après avoir caractérisé un homologue de la protéine humaine dans la levure fissipare, nous avons montré que la protéine ICln n'est pas essentielle mais est importante pour une croissance optimale des cellules de levure. Notre étude montre aussi que la modulation de l'activité de la protéine ICln ne permet pas de compenser les défauts dans la production de snRNPs observés dans les cellules portant un allèle muté de SMN. Finalement, l'utilisation d'une approche génomique montre que la délétion du gène ICln entraine des défauts différentiels d'épissage, indiquant que le choix des sites et la cinétique d'épissage sont fortement dépendants de la concentration des composants de base du splicéosome. / Small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) are the major components of the spliceosome, the machinery responsible for the splicing of pre-messenger RNAs. The biogenesis of snRNPs is a complex process that involves many factors such as the SMN and ICln proteins. During my thesis, I studied the role of these two proteins in the maturation and the production of the spliceosome snRNPs.The goal of the first part of my work was to characterize the internal modifications of snRNAs in SMN-deficient cells carrying disrupted Cajal bodies. Indeed, in addition to its role in the early stages of snRNPs assembly, the SMN protein is also required for the formation of Cajal bodies which are nuclear structures carrying the scaRNAs involved in the post-transcriptional modification process of RNAs. We could show that the SMN protein and Cajal bodies are not essential for the formation of 2'-O-methyl and pseudouridine residues in the major and minor snRNAs.In the second part of my work, the functional relationships between the ICln and SMN proteins were examined in vivo using the S. pombe model organism. We first identified a fission yeast homologue of the human ICln protein and found that the ICln protein is not essential but important for optimal growth of yeast cells. Our study also showed that the modulation of the activity of the ICln protein does not compensate for defects in the production of snRNPs observed in yeast cells carrying a SMN mutated allele. Finally, the use of a genome-wide approach allowed us to show that deletion of the ICln gene resulted in differential splicing defects, indicating that the choice of splice sites and the kinetics of splicing are strongly dependent on the concentration of the basic components of the spliceosome.
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Imagerie moléculaire de l’ARN de la télomérase dans des cellules cancéreuses humaines

Laprade, Hadrien 07 1900 (has links)
Les télomères sont raccourcis à chaque cycle de réplication de l’ADN à cause du problème de réplication des extrémités. Leur longueur dicte la capacité proliférative des cellules eucaryotes. Des télomères trop courts, aillant atteints la limite de Hayflick, feront entrer les cellules en sénescence réplicative. Pourtant dans les cellules progénitrices ainsi que 90% des cellules cancéreuses la longueur des télomères est maintenue par un complexe ribonucléoprotéique, la télomérase. L’assemblage de ce complexe ainsi que son recrutement aux télomères son des processus dynamiques sous le contrôle d’une régulation fine. Toutefois, comment cette régulation à un impact sur la dynamique de la télomérase dans le noyau n’est toujours pas complétement compris. Dans ce projet nous avons développé une nouvelle méthode se basant sur le système MS2 permettant d’observer pour la première des particules uniques d’ARN de télomérase (hTR) par microscopie à fluorescence sur cellules cancéreuse humaines vivantes. Le suivi en temps réel de ces particules aux télomères a permis de révéler que la télomérase scanne activement les télomères via des interactions courtes avec la protéine télomérique TPP1. Des interactions plus stables nécessaires à l’allongement des télomères peuvent être formées grâce à l’appariement entre hTR et l’ADN simple brin du télomère sous contrôle du domaine OB-fold de la protéine télomérique POT1. Le suivi de ces particules au cours du cycle cellulaire a révélé que ces interactions ne sont pas restreintes à la phase S, la phase d’élongation des télomères. La mesure de la dynamique de hTR dans les corps de Cajal (CBs) couplé à des expériences de photo-activation ont pu montrer que hTERT joue un rôle dans la sortie de hTR des CBs. Enfin des mesures d’intensités de fluorescence de hTR aux télomères montrent qu’une seule particule est recruté sur un télomère en phase S. / Telomeres are shortened at each DNA replication cycle, due to the end replication problem. Their length dictates the proliferative capacity of eukaryotic cells. Too short telomeres, reaching the Hayflick limit, will lead the cells to replicative senescence. However, in stem cells and 90% of cancer cells telomere length is maintained by a ribonucleoproteic complex named telomerase. The assembly of this complex and its recruitment to telomeres are process under a fine regulation. Yet, how this regulation impacts the nuclear dynamics of telomerase is not fully understood. In this project, we developed a new method based on the MS2 system to image for the first time telomerase RNA (hTR) particles in living human cancer cells by fluorescence microscopy. The real time tracking of these particles at telomeres revealed that telomerase actively scan all telomeres by short interactions with the TPP1 shelterin protein. Long stable interaction needed for telomere elongation can be made by the pairing of hTR template and single stranded telomeric DNA under the control of the OB-fold domains of the shelterin protein POT1. By tracking telomerase particle during the cell cycle, we revealed that telomerase recruitment to telomeres is not restricted to S phase, when telomeres are elongated. By measuring the dynamics of hTR in Cajal bodies (CBs) with photo-activation and photo-bleaching technics we showed that hTERT play a role in the hTR exit from CBS. Finally, fluorescence intensity measures of hTR at telomeres showed the recruitment of only one particle on a telomere.

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