Cette thèse porte sur l'architecture gothique flamboyante du comté de Bourgogne dela fin du XIVe siècle aux grands chantiers du XVIe siècle : Notre-Dame de Gray etNotre-Dame de Dole. Le corpus compte dix-sept monuments comprenant une majoritéd'églises paroissiales et deux chapelles commanditées par de puissants seigneurs comtois.Cette étude s'inscrit dans un vaste cadre chronologique et permet de poser unjalon dans la compréhension de l'architecture flamboyante en France. La confrontationdes sources écrites à l'analyse monumentale des édifices permet d'appréhender la complexité et la diversité des formes qui s'introduisent dans le comté de Bourgogne à la findu Moyen Âge et dans la première moitié du XVIe siècle. / This thesis focuses on the Flamboyant Gothic architecture of County of Burgundyfrom the late XIV century to the large construction sites of the XVI century : Notre-Dame de Gray and Notre-Dame de Dole. The corpus has seventeen monuments mostlycomprised of parish churches, but also of two chapels commissioned by powerful lordsof the County. This study is part of a broad chronological framework and helps lay amilestone in the understanding of the flamboyant architecture in France. The approachis a comparative analysis of sources and monumental buildings, which allows us tounderstand the complexity and the diversity of forms that were introduced into theCounty of Burgundy in the late Middle Ages and in the first half of XVI century.