Les couvertures d'infrastructure de transport en milieu urbain sont des opérations urbaines répondant à un certain nombre de problématiques de politique publique relatives à des questions urbaines, foncières, etc. Elles s'attachent notamment à la résorption et au traitement de l'effet de coupure et autres nuisances générées par la présence de grand linéaires routiers ou ferroviaires au sein d'un tissu urbain dense. Ces interventions, résolument complexes, souffrent de l'absence de cadre spécifique et d'un manque de vision globale.Afin de proposer des méthodes et des outils d'évaluation des couvertures d'infrastructures en milieu urbain aux acteurs concernés par ces projets, ce travail de doctorat élabore une méthode fondée sur une approche systémique. La modélisation fonctionnelle permet d'intégrer la complexité que représente le système couverture d'infrastructure dans son contexte urbain et de formaliser les interactions caractérisant le système, les hiérarchiser et y associer des méthodes d'évaluations. Le travail de modélisation, dans sa phase de validation, est mené sur plusieurs couvertures, concernant des typologies d'infrastructures différentes et de contextes urbains contrastés. Des perspectives d'évaluation sont alors envisagées sur la base du modèle fonctionnel obtenu. / Structural covers for transport infrastructures in an urban environment answer to public policy issues relating to urban questions, real estate questions, etc. They adress in particular the absorption and processing of the barrier effect and other nuisances generated by the presence of large road or rail linear within a dense urban fabric. These interventions, resolutely complexes, suffer from the absence of a specific framework and a lack of overall global vision.In order to propose methods and tools for urban structural cover assessment to the actors affected by these projects, this PhD work thesis develops a method based on a systemic approach. Functional modeling allows to integrate the complexity that represents the system infrastructure cover in its urban context, and to formalize the interactions that characterize the system, to prioritize them and to associate them evaluation methods. The modeling work in its validation phase is conducted on several structural covers, concerning different infrastructure types and contrasting urban contexts. Some perspectives of assessment are considered, based on the obtained functional model.