Lépilepsie myoclonique juvénile (EMJ) est un syndrome épileptique très répandu qui appartient aux épilepsies idiopathiques généralisées. Il se caractérise par des secousses myocloniques et des crises tonico-cloniques débutant pendant ladolescence, entre 12 et 18 ans. Son étiologie est génétique et impliquerait linteraction de plusieurs gènes. Des études de liaisons géniques ont permis lindentification, dans un gène localisé en 6p12, de cinq mutations faux-sens co-ségrégées avec le phénotype de EMJ. Ce gène code une nouvelle protéine, dénommée EFHC1, comportant un motif EF-hand, domaine potentiel de liaison au calcium et trois domaines DM10, de fonction inconnue. L'objectif de notre travail consiste à étudier les propriétés biochimiques et fonctionnelles d'EFHC1. Nous avons dabord étudié la localisation subcellulaire dEFHC1 dans différentes lignées cellulaires (HEK-293, HeLa et COS-7) au moyen de deux approches complèmentaires. Dune part nous avons surexprimé la protéine couplée à lEGFP, un marqueur fluorescent permettant se visualisation et dautre part, nous avons étudié la localisation de la protéine endogène au moyen dun anticorps spécifique. Dans les cellules en mitose, EFHC1 montre clairement une association avec le fuseau mitotique, spécialement au niveau des pôles et du corpuscule de Fleming pendant la cytokinèse. EFHC1 co-localise également avec le centrosome dans les cellules en interphase et en mitose. Dans le but de déterminer la région d'EFHC1 impliquée dans lassociation au fuseau mitotique, nous avons effectué des analyses au moyen de différentes formes tronquées de la protéine couplées à lEGFP. Les résultats indiquent que lextrémité N-terminale d'EFHC1, contenant les 45 premiers acides aminés de la protéine est cruciale pour ladressage au fuseau mitotique. Nous avons démontré, au moyen dexpériences dimmunoprécipitations et de co-sédimentation de microtubules, une association directe dEFHC1 avec lα-tubuline, composant des microtubules. Cette interaction est médiée par un nouveau domaine dassociation aux microtubules situé au niveau de lextrémité N-terminale de la protéine, entre les acides aminés 1 et 45. Dautre part, nous avons mis en évidence un rôle important dEFHC1 dans la régulation de la division cellulaire. En effet, la surexpression dune forme tronquée dEFHC1 ne contenant que les 45 premiers acides aminés de la protéine, agissant comme un dominant-négatif, ainsi que linhibition dexpression dEFHC1 par expression de shRNAs induit de façon significative des fuseaux mitotiques anormaux (fuseaux unipolaires, anomalies de condensation des chromosomes au niveau de la plaque équatoriale pendant la métaphase). De plus, nous avons observé que les cellules invalidées en EFHC1 présentaient un défaut de progression mitotique résultant du blocage des cellules en prométaphase anormale, conduisant à une augmentation significative de lindex mitotique (% de cellules en mitose) et à de lapoptose. Enfin, nous avons démontré un rôle dEFHC1 dans la corticogenèse cérébrale. En effet, linvalidation dEFHC1 (shRNAs et dominants-négatifs) dans le néocortex de rat en développement au moyen des techniques délectroporations ex vivo et in utero conduit à un défaut de migration neuronale radiaire. Nous avons montré que celui-ci résultait dune diminution de sortie de cycle cellulaire des cellules progénitrices neuronales conduisant à une accumulation de celles-ci, dune altération de larchitecture des prolongements de la glie radiaire, dune augmentation de la mort cellulaire par apoptose et dun défaut de locomotion des neurones post-mitotiques.

Dans un contexte ou la nécessite d'innover est au cœur des préoccupations des entreprises et des pouvoirs publics, cette thèse contribue a la compréhension des déterminants des comportements d'innovation des entreprises et des conditions d'efficacité des interventions publiques en la matière. les quatre contributions proposées, essentiellement empiriques, montrent l’importance de considérer deux dimensions jusqu'ici souvent ignorées : l'organisation ou la structure des incitations internes, et l'heterogeneite entre entreprises, en particulier selon leur niveau technologique. le premier chapitre montre que les organisations centralisées ou décentralisées induisent des processus de gestion de l'information différents, qui les rendent plus ou moins favorables a l'innovation selon l’age de l’entreprise, son niveau technologique ou le degré d’heterogeneite de son environnement. le second chapitre montre que la concurrence des pays a bas couts est un déterminant significatif des réorganisations des portefeuilles de produits des entreprises industrielles ; mais que seules les plus productives y associent un véritable effort d'innovation. le troisième chapitre examine la nature des incitations conférées par le système des brevets en adoptant une approche structurelle. ils affectent l'intensité, mais aussi la direction des efforts d'innovation des entreprises, davantage incitées a innover en produits qu’en procédés. enfin, le dernier chapitre propose une analyse conjointe de deux dispositifs visant a promouvoir l'effort d'innovation des jeunes entreprises. nous mettons en évidence leur différentiel d’attractivite au sein de cette population d’entreprises. / In a context where both business and government consider innovation as crucial, this thesis aims at contributing to the debate on the determinants of firms' innovative behavior, and on the design of devices to be set up to support it. the four proposed contributions are primarily empirical and show the importance of considering two dimensions often ignored so far: first, organizational aspects, and the structure of internal incentives; second, firm heterogeneity, especially in terms of technological level. the first chapter shows that centralized and decentralized organizations rely on differentiated processes of information management, which make them more or less favorable to innovation depending on the firm’s age, technological level or on the magnitude of heterogeneity observed in its environment. the second chapter shows that competition arising from low cost countries is a significant determinant of reallocation in firms’ product portfolios, but that more productive firms only are able to introduce genuine product innovations. the third chapter adopts a structural approach to examine the incentives conferred by the patent system. patents affect the intensity, but also the direction of firms’ innovative efforts, since they convey incentives that are biased towards product innovation and against process innovations. the final chapter provides a joint analysis of two programs aiming at supporting the innovative effort of young businesses. we highlight their differential attractiveness within this population of firms.

Lors des infections bactériennes, selon les tissus infectés, et selon la nature des pathogènes, l’organisme répond en mobilisant différents acteurs. Nous avons décidé d’utiliser le modèle du zebrafish ou Danio rério pour étudier la réponse immunitaire innée dans les situations d’infection bactérienne où les phagocytes professionnels ne peuvent pas venir au contact direct des bactéries. Pour cela, j’ai développé un modèle d’infection de la notochorde del’embryon de zebrafish. Lors de l’injection des bactéries dans ce compartiment, les bactéries se retrouvent protégées par une épaisse gaine de collagènes que les phagocytes ne peuvent pas pénétrer. Alors que les mycobactéries,protégées par la gaine de collagène ne sont pas détectées par les phagocytes, les bactéries E. coli sont immédiatement détectées ce qui déclenche une importante inflammation locale autour de la notochorde. Alors que les bactéries E. coli, bien qu’inaccessibles à la phagocytose sont éliminées dans les première 24 heures qui suivent l’injection, l’inflammation dure plusieurs jours.J’ai étudié les mécanismes qui conduisent à cette inflammation persistante et ses conséquences à long terme sur le développement du poisson. J’ai montré le rôle central de la cytokine IL1b dans ce processus, et j’ai développé une lignée transgénique qui permet d’étudier l’induction de cette cytokine in vivo chez le poisson.J’ai ensuite étudié le rôle des deux principales populations de phagocytes dans l’élimination des bactéries E coli. J’ai montré que les macrophages ne sont pas impliqués dans la disparition des bactéries alors que les neutrophiles, bien qu’incapable de pénétrer à l’intérieur de la gaine de collagène sont nécessaires à l’élimination des bactéries.J’ai ensuite montré que la myelopéroxidase et le monoxyde d’azote ne sont pas impliqués dans l’élimination des bactéries alors que les espèces réactives de l’oxygène produites par les neutrophiles sont nécessaires pour éradiquer l’infection. / In bacterial infections, according to the infected tissue and the nature of pathogens, the body responds by mobilizing various actors. I decided to use zebrafish or Danio rerio model to study the innate immune response to bacterial infection in the situations that professional phagocytes cannot come in direct contact with the bacteria. For this, I developed a model of infection in the notochord of zebrafish embryo. Upon injection of bacteria in this compartment, the microbes find themselves protected by the thick collagensheath where the phagocytes cannot penetrate. While mycobacteria are not detected by phagocytes; E. coli bacteria are sensed and a significant local inflammation around the notochord is mounted. The E. coli, although inaccessible to phagocytosis are eliminated within the first 24 hours after injection, the inflammation lasts several days.I studied the mechanisms that lead to this persistent inflammation and its long term consequences on the development of the fish. I showed the central role of the cytokine IL1B in this process, and I developed a transgenic line that allows studying in vivo the induction of this cytokine in fish.I then studied the roles of the two main populations of phagocytes in the elimination of E. coli. I revealed that macrophages are not involved in the removal of bacteria but neutrophils, although unable to penetrate inside the collagen casing, are necessary for the bacterial elimination. I also confirmed that myeloperoxidase and nitrogen monoxide are not involved in the removal of bacteria, rather the reactive oxygen species produced by neutrophils are needed to eradicate the infection.

Au cours du développement embryonnaire, la plupart des éléments de la plante sont mis en place. Ce processus donne lieu à un embryon mature qui possède toutes les caractéristiques d'une jeune plantule. Ces étapes se déroulent durant les premiers stades du développement et sont associées à un changement de forme, ou morphogenèse. Ces deux processus sont stéréotypés chez Arabidopsis thaliana.Au cours du développement embryonnaire, l'embryon passe d'une forme globulaire avec une symétrie radiale, à un embryon en forme de cœur avec une symétrie bilatérale. Ces changements sont basés sur des événements de croissance différentielle et de divisions cellulaires avec des orientations particulières de la surface de division dans l'embryon, des mécanismes qui sont étroitement régulés et sous le contrôle de facteurs moléculaires. Si certaines caractéristiques des stades de développement sont connues, comme le nombre de cellules ou encore des événements moléculaires, d'autres comme le changement de symétrie et l’acquisition d'une forme, qui est spécifique de l'embryon, n'ont pas encore été étudiées. Pour comprendre l'origine de la forme de cœur, une description multi-échelle et une quantification précises des changements de forme ont été réalisées. Pour cela une collection pré-existante d'image embryons fixés à différents stades du développement, a été enrichie de 47 embryons pour couvrir le développement embryonnaire précoce sur 8 générations cellulaires. Chaque embryon de la collection a été numérisé en 3D et ses cellules segmentées. À partir de ces images, une filiation cellulaire de l'embryon et des données de description de l'organisation des cellules ont été générées.L'évolution des paramètres mesurés montre un changement progressif de la forme qui démarre de manière très précoce et bien avant que des modifications morphologiques ne soient supposées. Pour suivre l'évolution de traits caractéristiques de la forme et l'attribuer à des dynamiques cellulaires particulières, des mesures sur les événements de division et de croissance cellulaire ont été calculées. Des modifications de croissances cellulaires apparaissent très précocement alors que l'embryon n'est encore que globulaire. Les caractéristiques des divisions changent également, les plans de division passent d'une orientation stéréotypée à une orientation variable. Malgré la variabilité, des comportements similaires apparaissent au cours des générations cellulaires mais également au sein des différents précurseurs des tissus et organes de l'embryon.La variabilité des divisions observées est questionnée à travers la recherche de règles simulées à l'aide d'un modèle stochastique 3D de partitionnement volumique. En testant une règle de minimisation stochastique de l'aire de la surface de partition, l'ensemble des orientations des plans de division observés ont pu être reproduites dans les formes observées et avec une répartition du volume donnée. L'hypothèse d'une règle stochastique basée sur la géométrie cellulaire et la minimisation de l'aire de la surface est envisagée, mais les générations avancées laissent entrevoir l'action progressive d'une autre contrainte sur la mise en place du plan de division. L'ensemble du phénotypage devrait définir de bonnes bases pour mieux comprendre les facteurs moléculaires qui régulent les mécanismes cellulaires de division et de croissance impliquée dans la mise en place de la forme de cœur de l'embryon. / During embryonic development, the major body plans of the plant are implemented. This process gives rise to a mature embryo which possess all the characteristics of a young seedling and is associated with a morphological change. These two processes are stereotyped in Arabidopsis thaliana embryo development.Over the developmental process, the embryo shape switches from a globular form, with a radial symmetry, to a heart form with a bilateral symmetry. These changes are based on a differential cellular growth and on particular cell division plane orientation in the embryo, mechanisms that are tightly regulated and under control of molecular factors.If a number of cellular and molecular steps are known, the evolution of the symmetry and the acquisition of the specific embryo shape have not yet been explored.To understand the origin of the heart shape, we proceed to a detailed multi-scale description and quantification of embryo shape changes during embryo stages. We completed a collection of fixed embryo images with 35 embryos distributed along the embryo development over eight cell generations. The embryos have been digitized in 3D and cell segmented. From these images, embryo cell lineages have been reconstructed and their cell organizations characterized.The evolution of parameter measurements showed a progressive change of the shape. The change has begun at an early embryo stage where morphology still look like a globular form.To correlate the morphological change and the cells events, the division and the cell growth were inferred through measurements. The cell growth behavior changed in the globular embryo. Changes in the division behavior were also observed. The division plan orientations stopped to be stereotyped. Despite the variability, similar behaviors were observed over cell generations and also among precursor of tissues and organs of the embryo.The cell division behavior has been further analyzed by a search of the realized division rules which explain observations with a stochastic model of volume partition. A division rule based on a stochastic 3D surface area minimization has reproduced all observed division plane orientations depending on the volume repartition among daughter cells. The hypothesis of a stochastic division rule based on the cell geometry with a surface area minimization of surface passing through the mother cell centroid seemed to become apparent. But divisions in older cell generations suggested a progressive action of another factor on the division plane.The overall phenotyping the embryo early development should provide a framework for the analysis of molecular factors involved in the heart shape.

La spécification de l’identité ventrale ou dorsale des progéniteurs au cours du développement du télencéphale est la première étape cruciale du développement du cortex cérébral. Les gènes doublesex and mab-3 related (Dmrt) Dmrt3 et Dmrt5 codent pour des facteurs de transcription à doigt de Zinc. Ces gènes sont coexprimés selon un gradient fort caudomédialement à plus faible rostrolatéralement dans le primordium du cortex cérébral. Nous avons d’abord démontré qu’ils étaient tous deux nécessaires pour la formation normale de l’hème corticale, l’hippocampe et le néocortex caudomédian. Nous avons plus récemment adressé le rôle de Dmrt3 et Dmrt5 dans le contrôle de la régionalisation dorsale/ventrale du télencéphale chez la souris, en comparant les phénotypes d’embryons simple knock out (KO) aux double KO (dKO), et par une expression ectopique de Dmrt5 dans le télencéphale ventral. Nous avons mis en évidence que DMRT3 et DMRT5 agissent comme des régulateurs critiques de l’identité dorsoventrale des cellules progénitrices en réprimant les régulateurs ventralisants. Les régulateurs transcriptionnels précoces de la destinée ventrale exprimés dans la partie dorsale de l’éminence ganglionnaire latérale tel que Gsx2 sont régulés positivement dans le télencéphale dorsal embryons dKO et régulés négativement lorsque les progéniteurs du télencéphale ventral expriment Dmrt5 de manière ectopique. La surexpression conditionnelle de Dmrt5 au sein du télencéphale entier génère un profil d’expression et des défauts très similaires à ceux observés lors d’une activité Gsx2 diminuée. De plus, les embryons Emx2 ;Dmrt5 double KO montrent un phénotype similaire à celui des embryons dKO. DMRT3, DMRT5 et le facteur de transcription à homéobox EMX2 peuvent se lier à un enhancer spécifique du télencéphale ventral dans le locus Gsx2. Ensemble, nos résultats montrent des fonctions coopératives de DMRT3, DMRT5 et EMX2 dans la distinction entre identité dorsale et ventrale au sein du télencéphale. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Titre du projet: Recherche de marqueurs moléculaires précoces de l’anomalie florale mantled du palmier à huile Objectifs : - identifier des marqueurs d’expression de la variation somaclonale mantled par comparaison entre les transcriptomes conformes et variants.- valider la capacité de discrimination des marqueurs sélectionnés lors des stades précoces du processus in vitro. Stratégie et Méthode: Analyse transcriptomique de l’inflorescence normale de palmier à huile et construction d’un transcriptome de référence. Technique : RNAseq, séquençage Illumina.Identification des séquences et voies de régulation d’intérêt. Technique: analyse bioinformatique des données de séquençage.Comparaison entre les trancriptomes issus d’inflorescences normales vs. mantled par re-séquençage de banques obtenues ) partir de différents génotypes clonaux. Technique : Illumina.Identification des séquences présentant de manière cohérente des profils d’expression dépendant du phénotype. Technique : analyse bioinformatique des données de séquençage, analyse statistique des profils d’expression. Validation des marqueurs candidats sur des paires de régénérants normal/mantled issus de lignées clonales variées, ainsi que sur des cultures in vitro à différents stades du processus de régénération. Technique : PCR quantitative (q-PCR). / Project title : Search for early molecular markers of the mantled floral variation of oil palmObjectives : - identifying expression markers of the mantled somaclonal variation through the comparison between the true-to-type and the variant transcriptome. - assessing the discriminating power of the selected markers at early stages of the in vitro process.Strategy and Methods : Transcriptomic analysis of the normal oil palm inflorescence, construction of a reference transcriptome. Technique : RNAseq, Illumina sequencing.Identification of sequences and pathways of interest. Technique : bioinformatic analysis of sequencing data.Comparison between the normal and the mantled inflorescence transcriptome through the re-sequencing of libraries generated from several different clonal lines. Technique : Illumina. Identification of sequences displaying consistently a phenotype-dependent differential expression pattern. Technique : bioinformatic analysis of sequencing data, statistical analysis of expression patterns. Validation of candidate markers on normal/mantled regenerant palm pairs from different clonal lines and on normal-/mantled-derived in vitro cultures at various stages of the industrial regeneration process. Technique : quantitative PCR (q-PCR).

Les Jeux Massivement Multi-Joueurs sont des applications distribuées sur Internet dans lesquels on retrouve des problématiques de persistance, de sécurité, de temps-réel, de passage à l'échelle, et d'utilisation critique des ressources des machines et du réseau.<br />Nous proposons un cadre pour la réalisation de telles applications afin de favoriser la réalisation de game-play innovants en permettant une mise au point très fine des interactions.<br />Nous décrivons les techniques actuelles et démontrons comment chaque solution pour la réalisation d'une interaction donnée est fortement liée à la description fonctionnelle de cette interaction dans le cadre du game-play considéré.<br />Notre proposition consiste en un outil de prototypage basé sur un framework doté d'une sémantique simple pour faciliter le développement, mais permettant de gérer très finement les ressources bas-niveau afin de ne pas manquer de généricité. L'outil est destiné à être utilisé dans un cadre réaliste de méthodologie de développement basée sur le raffinement successif de prototypes permettant de valider au plus tôt les choix techniques.<br />Nous présentons le framework que nous avons développé, qui définit un modèle très fin de réplication des données représentant le monde virtuel le long de l'application distribuée. La sémantique utilisée repose sur un modèle d'exécution coopératif et reproductible, dont nous donnons la formalisation des principaux traits sous une forme opérationnelle. Nous décrivons l'organisation du code produit, ainsi que la manière dont le framework s'inscrit dans notre proposition finale et détaillons un exemple complet pour illustrer son utilisation.

L'objectif de cette thèse est d'étudier la croissance et le développement du manguier (Mangifera indica L.) en lien avec un facteur exogène, la température, et plusieurs facteurs endogènes architecturaux de type structurel (topologie) et temporel. Les études sont menées à l'échelle de l'organe (l'axe végétatif, ses feuilles et l'axe florifère) et de la succession des axes (végétatifs ou florifères) sur plusieurs cycles de croissance. À la première échelle, l'étude met en évidence une relation allométrique négative entre la vitesse relative de croissance, positivement reliée à la température, et la durée de croissance de l'organe. Cette relation est commune entre les trois organes et les deux cultivars étudiés. Par ailleurs, des modèles de segmentation montrent que les stades phénologiques classiquement admis sont caractérisés par des vitesses absolues de croissance contrastées. Cette approche met en évidence des asynchronismes entre l'axe végétatif et ses feuilles. À la seconde échelle, l'effet des facteurs architecturaux sur le développement est analysé pour quatre cultivars. Nos résultats montrent de fortes interactions entre certains facteurs structurels (ex. position de l'axe, apicale vs. latérale) ou temporels (ex. date d'apparition), et des caractéristiques développementales qualitatives (ex. occurrence de la floraison), quantitatives (ex. nombre d'inflorescences) ou temporelles (ex. date de floraison). Ces résultats font ressortir une " mémoire de l'effet architectural " qui se propage d'un cycle de croissance aux suivants. Nos études multi-échelles permettent de quantifier les parts respectives des facteurs endogènes et exogènes contribuant aux variations phénotypiques (incluant la plasticité) du manguier.

L'objectif de cette thèse est d'étudier la croissance et le développement du manguier (Mangifera indica L.) en lien avec un facteur exogène, la température, et plusieurs facteurs endogènes architecturaux de type structurel (topologie) et temporel. Les études sont menées à l'échelle de l'organe (l'axe végétatif, ses feuilles et l'axe florifère) et de la succession des axes (végétatifs ou florifères) sur plusieurs cycles de croissance. À la première échelle, l'étude met en évidence une relation allométrique négative entre la vitesse relative de croissance, positivement reliée à la température, et la durée de croissance de l'organe. Cette relation est commune entre les trois organes et les deux cultivars étudiés. Par ailleurs, des modèles de segmentation montrent que les stades phénologiques classiquement admis sont caractérisés par des vitesses absolues de croissance contrastées. Cette approche met en évidence des asynchronismes entre l'axe végétatif et ses feuilles. À la seconde échelle, l'effet des facteurs architecturaux sur le développement est analysé pour quatre cultivars. Nos résultats montrent de fortes interactions entre certains facteurs structurels (ex. position de l'axe, apicale vs. latérale) ou temporels (ex. date d'apparition), et des caractéristiques développementales qualitatives (ex. occurrence de la floraison), quantitatives (ex. nombre d'inflorescences) ou temporelles (ex. date de floraison). Ces résultats font ressortir une « mémoire de l'effet architectural » qui se propage d'un cycle de croissance aux suivants. Nos études multi-échelles permettent de quantifier les parts respectives des facteurs endogènes et exogènes contribuant aux variations phénotypiques (incluant la plasticité) du manguier. / The aim of this work is to study mango (Mangifera indica L.) growth and development in relation to an exogenous factor, temperature, and to endogenous factors, whether structural (topology) or temporal. The study is carried out at two scales: the organ (vegetative axis, its leaves, and reproductive axis) and the succession of axes (vegetative or reproductive). At the first scale, there was a common negative allometric relationship between the relative growth rate, positively related to temperature, and the duration of growth of the organ. This relationship is common between the three organs and the two studied cultivars. Otherwise, segmentation models reveal that the phenological stages classically studied are characterized by contrasted values of absolute growth rate. This approach shows asynchronisms between the axis and its leaves. At the second scale, the effect of endogenous factors on mango development is investigated for four cultivars. Our results reveal strong interplays between some structural (e.g. axis position, apical vs. lateral) or temporal (e.g. date of burst) factors, and qualitative (e.g. occurrence of flowering), quantitative (e.g. number of inflorescences) or temporal (e.g. date of flowering) developmental traits. These results highlight a “memory of the architectural effect” which spreads from one growing cycle to the followings. Our multiscale study enables to quantify the respective contributions of endogenous and exogenous factors to the phenotypic variations (including plasticity) of mango.

La régulation transcriptionnelle des eucaryotes supérieurs est un processus hautement contrôlé du point de vue spatial et temporel lors du développement, ou en réaction à l’environnement. La transcription ciblée des gènes codant requiert l’assemblage d’un complexe de pré-initiation (PIC) aux promoteurs comprenant l’ARN Polymérase (Pol) II et les facteurs généraux de transcription (GTFs) et dépend de la médiation d’un signal par les facteurs activateurs de transcription (TFs). Les années récentes ont montré que la transition de l’initiation vers l’élongation productive de la transcription représente une étape clé de la régulation de l’expression des gènes. Ce processus est également contrôlé par la structure de la chromatine, les modifications d’histones et par la présence d’éléments cis-régulateurs tels que les ‘enhancers’ ou les ‘silencers’. Au cours de ma thèse, nous avons entrepris de décrypter les mécanismes de régulation transcriptionnelle impliqués dans les étapes du développement lymphocytaire. Nous avons essentiellement travaillé sur des thymocytes primaires murins isolés au stade de différenciation double positif (DP, CD4+/CD8+) pour lequel de nombreuses séquences de type ‘enhancers’ ont été caractérisées dans la littérature scientifique. Nous avons également utilisé des lymphocytes B humains (Raji) immortalisés pour certaines des expériences impliquant des manipulation génétiques complexes permettant l’étude de mutants du domaine carboxy-terminal (CTD) de Pol II. En couplant des approches d’analyse à l’échelle du génome au séquençage à haut-débit, nous avons établi des cartographies fines de la localisation de Pol II, des GTFs, des TFs,de modifications d’histones (ChIP-Seq) et de nucléosomes (MNase-seq) ainsi que la caractérisation de populations variées d’ARN par RNA-seq. Nos principaux résultats ont révélé (i) l’assemblage du PIC et la transcription des enhancers tissus-spécifiques, (ii) l’existence de plateforme d’initiation de la transcription (TIPs) aux enhancers et aux promoteurs tissus-spécifique, (ii) que le contenu en GC représente l’un des principaux éléments promoteurs mammifères en permettant une ouverture transcription-indépendante de la chromatine, (iv) l’importance d’une nouvelle modification post-traductionnelle du domaine CTD de Pol II pour la progression de l’enzyme en élongation et finalement (v) que la modification de l’histone H3 sur le résidu K36 methylé corrèle avec l’épissage des transcrits Pol II. Globalement, les résultats les plus important de ce manuscrit consistent dans la mise en évidence de la transcription des enhancers comme caractérisant l’expression des gènes tissus-spécifiques et dans l’importance des ilots CpG comme éléments promoteurs mammifères permettant la formation d’une structure ouverte de la chromatine. / Transcriptional regulation in higher eukaryotes resembles a tightly controlled temporal and spatial process, as exemplified during development or an organism’s response to environmental stimuli. Directed transcription requires the assembly of the preinitiation complex (PIC) at the promoter of protein-coding genes, including RNA Polymerase (Pol) II and the general transcription factors (GTFs), mediated by activating transcription factors (TFs). Several rate-limiting steps further control the progression of Pol II initiation to productive elongation of the gene. This process is further controlled by chromatin structure, histone modifications as well as cis-regulatory elements, such as enhancers or silencers. We set out to decipher some of these regulatory mechanisms during the tightly controlled process of lymphocyte development. Our work primarily made use of primary mouse thymocytes in CD4+/CD8+ double positive (DP, CD4+/CD8+) stage during T-cell development. To our advantage, many developmentally important cis-regulatory regions are well characterized in this cell population. For genetic manipulations, we made use of the Raji B-cell lymphoma cell-line. Using high throughput genome-wide approaches based on next generation sequencing (NGS), we performed both localization studies of Pol II, GTFs, TFs, histone modifying enzymes, histone modifications and nucleosomes as well as deep-sequencing of different RNA transcript populations. In summary, we find that (i) PICs assemble at tissue-specific enhancers leading to local transcription, (ii) large transcription initiation platforms (TIPs) at tissue-specific promoters and enhancers exist, which correlate with high CG-content of the DNA and transcription factor binding sites (TFBS), (iii) GC-content regulates the nucleosomal structure and initiation, including directionality, at promoters, (iv) Pol II is phosphorylated at a new residue of it C-terminal domain (CTD) in the 3’ regions of genes and (v) splicing events can influence the chromatin structure. Altogether, these results show that PIC formation at and transcription of enhancers are important for the regulation of T-cell target genes, that CpG islands represent important if not the major regulatory promoter element in mammals guiding tissue-specific gene expression and nucleosome structure, as well as novel mechanisms of Pol II elongation and the effect on chromatin structure.