Tese (Doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, 2012. / Submitted by Sabrina Silva de Macedo (sabrinamacedo@bce.unb.br) on 2012-06-22T13:33:05Z No. of bitstreams: 1 2012_LucianoCoelhoMilhomensCemin.pdf: 8570536 bytes, checksum: 4b4edb3b81a616dacb859d177664b5e8 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-08-09T13:29:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_LucianoCoelhoMilhomensCemin.pdf: 8570536 bytes, checksum: 4b4edb3b81a616dacb859d177664b5e8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-09T13:29:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_LucianoCoelhoMilhomensCemin.pdf: 8570536 bytes, checksum: 4b4edb3b81a616dacb859d177664b5e8 (MD5) / O uso de código de barras de DNA ou DNA barcodes pode, teoricamente, permitir aidentificação de qualquer material biológico portador de DNA intacto. As dificuldadesde identificação e circunscrição taxonômica, o número insuficiente de especialistas eo crescente interesse no uso e na comercialização de suas espécies fazem dasAraceae um grupo ideal para o estabelecimento de uma ferramenta de identificaçãomolecular como esta. Assim, o principal objetivo deste estudo foi avaliar aaplicabilidade e o funcionamento de um fragmento do marcador matK como códigode barras de DNA, utilizando como modelo a família Araceae. Pela primeira vezdentro de Araceae, o uso de um marcador como sequência barcode foi avaliado emgrande escala. O fragmento-alvo de matK, de aproximadamente 725pb, mostrou-sesuficientemente variável para tal tarefa, sendo capaz de recuperar, na maioria doscasos, identificações inequívocas para os diferentes gêneros e espéciesamostrados. A busca BLAST® mostrou-se mais eficiente que o método de distânciaem recuperar identificações ao nível específico (68% e 81,5%, respectivamente). Ofragmento-alvo apresentou ainda forte sinal filogenético, refletindo grande parte dasrelações entre os diferentes táxons de Araceae. Embora o fragmento-alvo apresentelimitações no reconhecimento de espécies proximamente relacionadas, osresultados obtidos apontam para uma nova circunscrição taxonômica emXanthosoma Schott, na qual as principais espécies cultivadas de taioba seriam, naverdade, uma única espécie, com marcada amplitude de variação fenotípica,alcançada tanto por processos naturais quanto pela intervenção do homem. Ofragmento-alvo de matK mostrou-se ainda como uma ferramenta capaz de procedera identificação de um táxon desconhecido, servindo como base para a descrição deum novo gênero em Araceae: Lorenzia E.G. Gonç. gen. nov. inéd., instituído pelacriação da espécie Lorenzia umbrosa E.G. Gonç. sp. nov. inéd. Finalmente, autilização de uma abordagem DNA barcoding pode, futuramente, auxiliar naconservação e o uso sustentável das espécies de Araceae. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The use of DNA barcodes can, theoretically, allow the identification of any biologicalmaterial carrier of DNA intact. The difficulties of identification and taxonomiccircumscription, the insufficient number of specialists and the growing interest in theuse and marketing of species make Araceae an ideal group for the establishment ofa molecular identification tool. Thus, the main objective of this study was to evaluatethe applicability and operation of a marker fragment of matK as a barcode DNA,using the family Araceae as a model. For the first time in the Araceae, the use of amarker as barcode sequence was evaluated on a large scale. The target fragment ofmatK, approximately 725pb, was sufficiently variable for the task, which was able torecover in most cases, unambiguous identification of different genera as well asspecies level. The BLAST® search was more efficient than the method of retrievingdistance identification specific level (68% and 81.5%, respectively). The targetfragment presented a strong phylogenetical signal, largely reflecting the relationshipsbetween different taxa of Araceae. Although the target fragment showed limitations inthe recognition of closely related species, the results suggested a new taxonomiccircumscription of Xanthosoma Schott, in which the most cultivated species of tarowere, in fact, a single species, with large phenotypical variation as a result of bothnatural processes and human intervention. The target fragment of matK was capableof identifying an unknown taxon, which was as the basis for the description of a newgenus of Araceae: Lorenzia E.G. Gonç. gen. nov. ined., established by the creationof Lorenzia umbrosa E.G. Gonç. sp. nov. ined. Finally, the use of a DNA barcodingapproach may further assist in the conservation and sustainable use of Araceaespecies.

Diss. (sammanfattning) Göteborg : Göteborgs universitet, 2007. / Härtill 5 uppsatser.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-08-02T21:31:07Z No. of bitstreams: 1 2017_RilvaGrigórioPinhoSoares_Parcial.pdf: 1974750 bytes, checksum: c82423d41fe8c42186f2c33214461f19 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-06T21:12:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_RilvaGrigórioPinhoSoares_Parcial.pdf: 1974750 bytes, checksum: c82423d41fe8c42186f2c33214461f19 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-06T21:12:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_RilvaGrigórioPinhoSoares_Parcial.pdf: 1974750 bytes, checksum: c82423d41fe8c42186f2c33214461f19 (MD5) Previous issue date: 2017-10-06 / O hormônio tireoideano (HT) regula a transcrição de redes complexas de genes e controlam diversos aspectos do desenvolvimento em humanos. Seus efeitos são mediados pelos receptores do hormônio tireoideano (TR), que são fatores de transcrição que se ligam ao DNA, em regiões denominadas de elementos responsivos ao TR (TRE), regulando positivamente e negativamente a transcrição. Comparação entre a isoforma alfa 1 (TRα1) e beta 1 (TRβ1) indicam que, com exceção do domínio N-terminal (NTD), estas isoformas possuem alta homologia em sua estrutura primária, especificamente 85% no domínio de ligação ao DNA (DBD), 64% na Hinge e 84% no domínio de ligação ao ligante (LBD). Dos 370 aminoácidos (aa) que compõem o DBD, Hinge e LBD, apenas 61 aa os tornam diferentes entre si, dos quais 17 aa estão localizados no DBD, 04 aa na Hinge e 40 aa no LBD. Ainda, o que difere TRβ1 da isoforma beta 2 (TRβ2) é somente o domínio NTD. Apesar de possuírem alta homologia de sequência, evidências bioquímicas mostram que essas isoformas desempenham papéis específicos ao mediar a ação dos HT. O objetivo deste estudo foi investigar os efeitos de cada domínio das isoformas TRα1 e TRβ1 e TRβ2 na atividade transcricional do TR, fazendo a correlação entre os diferentes domínios e sua função em TRE positivamente e negativamente regulados, F2 e TSHA, respectivamente. Para tanto, foram utilizadas 11 construções de quimeras contendo sequências alternadas das regiões dos domínios NTD, DBD e LBD de TRα1, TRβ1 e TRβ2 e 2 construções de deleções do NTD de TRα1 e TRβ1. Transfecções e ensaios de gene repórter foram realizados para estudar o papel dos diferentes domínios. A atividade transcricional das quimeras mostrou os efeitos dos domínios na ativação e repressão. Em F2, o NTD de TRβ2 mostrou ser responsável por maior ativação. Os resultados sugeriram ainda um sinergismo entre DBD de TRα1 e LBD de TRβ1, que pôde ser observado tanto na presença como na ausência de T3. Tanto o NTD de TRα1 quanto o de TRβ1 parecem inibir a ativação. O LBD de TRα1 parece exercer importante papel repressor, sugerindo que este possa ser o domínio responsável por TRα1 apresentar menor ativação que TRβ1, enquanto o LBD de TRβ1 parece ser o responsável por sua maior ativação. Em TSHA, observou-se sinergismo entre DBD de TRβ1 e LBD de TRα1, diferente daquele observado em F2. As maiores repressões foram observadas nas quimeras que apresentavam LBD de TRβ1 e DBD de TRα1, sugerindo que estes interagem sinergisticamente entre si. As maiores respostas de ativação independente do ligante ocorreram nas quimeras com a presença de qualquer um dos domínios de TRα1. Nestes, contudo, os NTDs do TRα1 e TRβ1 exerceram papeis distintos. Assim, o NTD de TRβ1 atua na ativação independente do ligante e na repressão dependente do ligante, enquanto o NTD de TRα1 não parece exercer influência em ambas as condições. Em conclusão, a relação entre os domínios observada na atividade transcricional do TR é de fundamental importância para a compreensão das características funcionais das isoformas do TR. O uso das quimeras poderá ser uma ferramenta importante para auxiliar na compreensão da ação do TR em promotores naturais, e no desenvolvimento de tiromiméticos seletivos. / Thyroid hormone (HT) regulates the transcription of complex gene networks and controls various aspects of development in humans. Its effects are mediated by thyroid hormone receptors (TRs), which are transcription factors that bind to DNA, in regions called TR-responsive elements (TRE), regulating the transcription in positively and negatively ways. Comparison between TRα1 and TRβ1 isoforms indicates that, except for the N-terminal domain (NTD), these isoforms present high homology in its primary structure, specifically 85% in the DNA binding domain (DBD), 64% in the Hinge domain and 84% in the ligand binding domain (LBD). Among the 370 amino acids (aa) only 61aa differed from each other, 17aa in DBD, 4aa in Hinge, and 40aa in LBD. Further, what differs from TRβ1 of the β2 isoform (TRβ2) is only the NTD domain. Despite this high homology, biochemical evidence shows that they exert isoform specific roles in mediating the action of HT. The aim of this study was to investigate the effects of each domain of TRα1 e TRβ1 e TRβ2 on TR transcriptional activity, correlating the different domains to transcription activity function on positively and negatively regulated TREs, F2 and TSHA, respectively. For this, 11 constructions of chimeras which contained alternate sequences of the NTD, DBD, and LBD of TRα1, TRβ1 and TRβ2 and 2 constructions of NTD deletions of TRα1 and TRβ1 were used. Transfections and reporter gene assays were carried out to study the role of different domains. Transcriptional activity of chymeras showed the effects of the different domains on activation and repression. In F2, TRβ2-NTD showed the highest transcriptional activation. The results also suggested a synergism between TRα1-DBD and TRβ1-LBD that could be observed in the presence and absence of T3. The NTD of TRα1 and TRβ1 appears to inhibit activation. TRα1-LBD seems to play an important repressor role, suggesting that it may be the domain responsible for the lower activation exhibited by TRα1 to in comparison to TRβ1, whereas TRβ1-LBD seems to be responsible for its higher activation. In TSHA, synergism was observed between TRβ1-DBD and TRα1-LBD, different from that observed in F2. The major values obtained for repression were observed in the chymeras which contained TRβ1-LBD and TRα1-DBD, suggesting that they synergistically interact with each other. The highest ligand-independent activation responses occurred in the chimeras which contained any of the TRα1 domains. In these, however, the NTDs of TRα1 and TRβ1 played different roles. Thus, TRβ1-NTD acts on ligand-independent activation and binding-dependent repression, whereas NTD-α does not appear to exert influence on both conditions. In conclusion, the relationship between TR domains and its effect on the transcriptional activity of TR are of fundamental importance for understanding the functional characteristics of TR isoforms. The use of chimeras may be an important tool to aid in the understanding of TR action in natural promoters, and in the development of selective thyromimetics.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2010. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-05-21T22:36:45Z No. of bitstreams: 1 2010_GabrielFalcaoAlencar.pdf: 7027823 bytes, checksum: 3bf1e72d9a1d70ddb841a4686fc1d977 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-05-21T22:48:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_GabrielFalcaoAlencar.pdf: 7027823 bytes, checksum: 3bf1e72d9a1d70ddb841a4686fc1d977 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-21T22:48:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_GabrielFalcaoAlencar.pdf: 7027823 bytes, checksum: 3bf1e72d9a1d70ddb841a4686fc1d977 (MD5) / Introdução: A maloclusão de Classe III pode ser consequência de crescimento exagerado da mandíbula, pouco desenvolvimento da maxila ou combinação de ambos. Análises de segregação apontaram diversos padrões de herança, especialmente herança autossômica dominante com penetrância incompleta, modelo poligênico com presença de um limiar, multifatorial e a presença de um gene principal. Evidência de ligação foi observada nos cromossomos 1p, 3q, 6q, 11q, 12q e 19q. Análise prévia com uma família informativa colombiana apontou para uma região candidata no cromossomo 7p. Objetivo: Identificar regiões cromossômicas envolvidas no desenvolvimento da maloclusão de Classe utilizando famílias brasileiras e colombianas. Materiais e Métodos: Foram coletadas amostras biológicas de 200 indivíduos de 36 famílias selecionadas (presença de dois ou mais membros afetados no heredograma) do Brasil e da Colômbia. Três SNPs no cromossomo 7 – rs1044701, rs1299548, and rs1882600 – que haviam mostrado evidência de ligação na análise prévia e cinco SNPs adicionais – rs1294611, rs9640034, rs9640038, rs11526212, rs7800782 – foram genotipados, via PCR em tempo real, em todas as amostras. O programa MENDEL foi utilizado para realizar a análise de ligação paramétrica e os parâmetros foram fixados: padrão de herança autossômica dominante com penetrância incompleta (80%) e 1% para o alelo causador. Após essa análise, buscamos por possíveis genes candidatos utilizando o banco de dados NCBI. Resultados: Evidência de ligação foi observada para o SNP rs1882600 (LOD=2,38) e sugestão de ligação foi observada no SNP rs1299548 (LOD máximo=1,09). Evidência de exclusão foi encontrada nos SNPs rs1044701 (LOD = -5.68) e rs7800782 (LOD = -5.34, when =0). Foi sugerido a região 7p22.2 – 7p21.3 como possível região de ligação, onde 11 genes candidatos foram propostos. Conclusão: Entre esses 11 genes candidatos, chama atenção, o COL28A1, pois já foi observada a presença da família do Colágeno no desenvolvimento da mandíbula em humanos e camundongos. Nosso resultado sugere fortemente a existência de heterogeneidade de locus no desenvolvimento da Classe III. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Introduction: Class III Malocclusion can be caused by the overgrowth of the mandible, the undergrowth of the maxilla or a combination of both. Segregation heritability analysis pointed out several inheritance patterns, especially autosomal dominant inheritance with incomplete penetrance, polygenic threshold model, multifactorial etiology, and the presence of a major gene. Evidence of linkage was found for chromosomes 1p, 3q, 6q, 11q, 12q, and 19p. A previous analysis with one big Colombian family pointed to a possible candidate region on chromosome 7p. Aim: Identify chromosomal regions that lead to the development of Class III Malocclusion employing families from Brazil and Colombia. Material and Methods: 200 individuals from selected families (at least two affected member in the pedigree) from Colombia and Brazil had their biological samples collected. The three SNPs in chromosome 7 – rs1044701, rs1299548, and rs1882600 – that had shown evidence of linkage in the previous analysis and five additional SNPs - rs1294611, rs9640034, rs9640038, rs11526212, rs7800782 – in the q-terminal direction were genotyped, via RT-PCR, for all samples. For the parametric linkage analysis the MENDEL software was employed using the parameters for a dominant pattern of inheritance, with incomplete penetrance (80%) and 1% for the allele disease. After the analysis, we searched for possible candidate genes employing the NCBI databank. Results: Evidence of linkage (LOD=2.38) for the SNP rs1882600, suggestion of linkage for the SNP rs1299548 (LOD max.=1,09). and evidence of exclusion for rs1044701 (LOD = -5.68) and rs7800782 (LOD = - 5.34, when =0) were observed. The region between 7p22.2 – 7p21.3 was proposed as possible linked region, where 11 candidate genes were proposed. Conclusion: From the 11 candidate genes, one is very interesting, the COL28A1, due to the presence of the Collagen family in previous analysis in human and mice. The results strongly suggest the existence of locus heterogeneity.