Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Oyster farming is a fishing activity that has been showing growth among the years to supply Brazil´s commercial demand. In Brazilian estuaries, two native oysters represent most of this type of mollusk population: Crassostra rhizophorae and Crassostrea brasiliana. Due to their great resemblance and also for sharing the same ecological traits, the lack of morphological distinction in between the two species do complicate the visual identification. Hence, genetic analysis is mandatory to distinguish them. Owing to fishing industry, it is crucial to identify accurately cultivated oysters aiming productivity growth, also providing sustainable and responsible use of natural resources. The transference of one organism to another habitat, under economic purposes, may trigger several hazards to the ecosystem; therefore it must be ensured that there is gene flow between the two locations to avoid such ecological damages. To do this, an analysis of DNA haplotypes may be used among the samples to estimate genetic structure. This research used DNA samples extracted from the adductor muscle of the shell of 180 oysters gathered at three estuaries of Sergipe: São Francisco, Vaza Barris and Piauí-Real. Levels of genetic variability were determined through amplification of two mitochondrial genes: 16S, for the species identification, and cytochrome oxidase subunit I (COI), for genetic identity and population diversity. Of the 156 analyzed oysters, 49 were identified as C. rhizophorae and 107 as C. brasiliana. The two species co-occurred in all three examined estuaries. C. brasiliana is more frequent in lower salinity waters and next to oyster farming sites. Molecular marker COI delivered the same polymorphism levels for both species, and 14 haplotypes for C. rhizophorae, 12 haplotypes for C. brasiliana. AMOVA analysis detects the absence of geographical structuring in both species´ populations due to the low FST value. According to the acquired data, it can be stated that there is gene flow in high levels between populations of the two native oyster species at the analyzed estuaries. The higher genetic diversity for C. brasiliana is situated on Piauí-Real estuary. It may be related to the North-South direction of ocean currents in this region, which favors the migration of larvae to South estuaries, on the other hand it hinders the flow of unique haplotypes of Piauí-Real estuary to others located to the North. Moreover, the higher diversity for C. rhizophorae was detected in Vaza Barris river, due to the absence of any oyster farming sites in this estuary, whereas the choice of C. brasiliana for cultivation because it has better performance for commercial purposes. Thus, it can be concluded that, from a genetically speaking, the translocation of native oysters among the researched estuaries for cultivation would not affect local populations. / O cultivo de ostras ostreicultura é uma atividade pesqueira que vem crescendo no Brasil ao longo dos anos para suprir a demanda comercial local. Nos estuários brasileiros, duas ostras nativas apresentam a maior abundância populacional: Crassostrea rhizophorae e Crassostrea brasiliana e, por consequência, são as principais espécies exploradas. Devido à grande semelhança e por também apresentarem hábitos ecologicamente similares, as pequenas variações morfológicas entre as duas espécies prejudicam a identificação visual, tornando-se necessárias análises genéticas que possibilitem sua diferenciação. Tendo em vista o setor pesqueiro, a identificação das ostras cultivadas é essencial para o aumento da produtividade, além de possibilitar o uso sustentável e responsável dos recursos naturais. O transporte de um organismo para outro habitat, com finalidade econômica, pode desencadear diversos prejuízos para o ecossistema, portanto é preciso certificar que há fluxo gênico entre os locais para evitar tais danos ecológicos. O presente trabalho teve por objetivo diferenciar as espécies de Crassostrea por meio de amostras de DNA extraídas do músculo adutor da concha de 180 ostras coletadas em três estuários de Sergipe: São Francisco, Vaza Barris e Piauí-Real. Os níveis de variabilidade foram determinados através da amplificação de dois genes mitocondriais: DNA ribossomal 16S, para a identificação das espécies e citocromo oxidase I (COI), utilizado para identidade genética e diversidade populacional. Dos 156 indivíduos utilizados para a análise genética, 49 foram identificados como C. rizophorae e 107 como C. brasiliana, sendo que as duas espécies coocorreram nos três estuários analisados. C. brasiliana é mais frequente em locais de salinidade mais baixa e também junto aos sítios de ostreicultura. O marcador COI apresentou o mesmo nível de polimorfismo para as duas espécies e 14 haplótipos para C. rhizophorae, 12 haplótipos para C. brasiliana. O teste AMOVA detectou a inexistência de estruturação geográfica nas populações das duas espécies, devido ao baixo valor de fixação FST. De acordo com os dados obtidos, é possível afirmar que há grande fluxo gênico entre as populações das duas espécies de ostras nativas dos estuários analisados. A maior diversidade genética para C. brasiliana encontra-se no estuário do complexo fluvial Piauí-Real, podendo estar relacionada ao sentido Norte-Sul das correntes marinhas nessa região, que favorece a migração de larvas para estuários do Sul, entretanto dificulta o fluxo de haplótipos exclusivos do complexo Piauí-Real para estuários localizados ao Norte. Por outro lado, a maior diversidade para C. rhizophorae foi encontrada no rio Vaza Barris, devido a ausência de criatórios comerciais de ostras nativas neste estuário, sabendo que nos viveiros são cultivadas ostras da espécie C. brasiliana, por possuir melhor desempenho para fins comerciais. Dessa forma, podese concluir que, do ponto de vista genético, a translocação de ostras nativas entre os estuários analisados para cultivo, não afetaria as populações locais.