Orientador: Paulo Fernando de Arruda Mancera / Resumo: A dengue é a doença viral de caráter febril que se espalha pelo mundo nos últimos anos. Os mosquitos fêmeas da espécie Aedes aegypti são os responsáveis por transmitir o patógeno conhecido como sendo responsável por uma extensa morbidade e mortalidade em cidades tropicais por todo o mundo. A dengue é causada por quatro sorotipos distintos DENV-1, DENV-2, DENV-3, DENV-4, sendo todos capazes de causar doença, e caracterizados como distintos entre si. Esses sorotipos determinam formas clínicas variadas como dengue febril (DV), ou nas formas graves da doença como a febre hemorrágica da dengue (DHF). O modelo matemático proposto neste trabalho considera lactentes nascidos de mãe imune ao vírus da dengue, ou seja, mãe que possui imunidade para dois ou mais sorotipos do DENV. A modelagem matemática é descrita por um sistema de equações diferenciais ordinárias não-lineares. O modelo descreve a quantidade de anticorpos do lactente transferidos pela mãe imune, a interação entre os monócitos infectados e não infectados e o vírus da dengue. O objetivo deste trabalho é investigar a ocorrência da dengue hemorrágica em lactentes com infecção primária. Para isso, obtemos o número reprodutivo básico, analisamos a positividade, a estabilidade local e global do modelo proposto. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:04:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6193_1.pdf: 776005 bytes, checksum: 030afd1b5bece89b5fb9295c3e29f930 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / A caracterização molecular do vírus da dengue é útil na determinação da origem de amostras e, principalmente, na tentativa de se estabelecer uma correlação de virulência dos isolados e sua importância epidemiológica. Embora os quatro sorotipos do vírus da dengue possam causar a febre hemorrágica da dengue considerando a infecção primária, alguns sorotipos parecem estar associados a determinadas formas e a gravidade da doença em diferentes localidades. Neste trabalho, 14 isolados do sorotipo 3 do vírus da dengue foram obtidos de pacientes com diferentes quadros clínicos em Recife entre 2003-2004: 10 pacientes com dengue clássica sendo que cinco deles cursaram com plaquetopenia e outros quatro com diagnóstico de febre hemorrágica da dengue. A extremidade 5 dos genomas virais foi seqüenciada e foram comparadas às seqüências nucleotídicas e polipeptídicas correspondentes às do capsídeo, da membrana e parte do envelope entre si. Os sítios variantes na porção Cterminal do primeiro ¼ da seqüência do envelope sugerem que a apresentação clinica da doença pode estar relacionada à variabilidade do genoma viral, visto que as análises dos dendrogramas gerados a partir das seqüências dos aminoácidos do fragmento seqüenciado do gene do Envelope, formam três clados distintos, um deles apenas com as seqüências originadas de isolados de pacientes com febre hemorrágica da dengue, outro com seqüências de pacientes com dengue clássica com ou sem plaquetopenia e um clado intermediário onde ocorrem semelhanças entre isolados de formas clínicas diferentes

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-04T14:59:51Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Grecilane P. Façanha.pdf: 1966540 bytes, checksum: c7e152489e57c6865d52608e9a8acb41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-04T15:00:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_Grecilane P. Façanha.pdf: 1966540 bytes, checksum: c7e152489e57c6865d52608e9a8acb41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-04T15:00:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Grecilane P. Façanha.pdf: 1966540 bytes, checksum: c7e152489e57c6865d52608e9a8acb41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2010-05-03 / During the second half of the twentieth century dengue spread through the tropical and subtropical regions of the planet, threatening the health of 1/3 of world population. Currently, the disease causes about 50 to 100 million cases per year, including more than 500 thousand reported cases of dengue hemorrhagic fever (DHF) and dengue shock syndrome (DSS), severe disease. In Latin America, unlike Asia, the severe form is most prevalent in adults, although recent studies show that it is occurring a shift of gravity to younger age groups, especially in children under 15 years. In this paper we investigate blood samples from children aged 0 to 10 years, in which was established by RT-PCR infectious virus serotypes circulating within the city of Manaus / AM during 2008 in order to Epidemiological aspects of the occurrence of the virus in childhood. Of the 94 children in the study, sixteen (17.0%) were positive for dengue and DENV-3 was the only viral serotype identified. There was no statistically significant association of the result of RT-PCR in relation to sex (p = 0.315). The average time to diagnosis was 2.8 days (SD ± 0.98). All positive samples wreaked havoc in the first quarter of 2008. All areas and eleven districts were positive for DENV-3. In descending order, the neighborhoods that stood out were: Alvorada (18.75%), Compensa and São José Operário (12.50% each). In this study 83.0% of children examined showed negative for dengue by RT-PCR suggesting the occurrence of other febrile illnesses that need to be clarified. / Durante a segunda metade do século XX a dengue se propagou através das regiões tropicais e subtropicais do planeta, ameaçando a saúde de 1/3 da população mundial. Atualmente a doença causa cerca de 50 a 100 milhões de casos por ano, incluindo-se mais de 500 mil casos notificados de dengue hemorrágico (FHD) e síndrome do choque do dengue (SCD), formas graves da doença. Na América Latina, ao contrário da Àsia, a forma grave é mais prevalente em adultos, apesar de estudos recentes mostrarem que está ocorrendo um deslocamento da gravidade para faixas etárias mais jovens, principalmente em menores de 15 anos. Nesse estudo foram investigadas amostras de sangue de crianças na faixa etária de 0 a 10 anos, nas quais se estabeleceu através da técnica de RT-PCR os sorotipos virais infectantes circulantes no espaço urbano de Manaus/AM durante o ano de 2008 com o intuito de apresentar aspectos epidemiológicos da ocorrência do vírus na infância. Das 94 crianças da casuística, dezesseis (17,0%) foram positivas para dengue e o DENV-3 foi o único sorotipo viral identificado. Não foi encontrada associação estatisticamente significante do resultado da RT-PCR em relação ao sexo (p=0,315). O tempo médio de diagnóstico foi de 2,8 dias (Dp ± 0,98). Todas as amostras positivas grassaram no primeiro trimestre de 2008. Todas as zonas e onze bairros foram positivos para o DENV-3. Em ordem decrescente, os bairros que se destacaram foram: Alvorada (18,75%), Compensa e São José Operário (12,50% cada). No presente estudo 83,0% das crianças analisadas apresentaram resultado negativo para dengue através do RT-PCR sugerindo a ocorrência de outras doenças febris que necessitam ser esclarecidas.

Orientador: Wilson Castro Ferreira Junior / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica / Made available in DSpace on 2018-08-16T08:15:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vilamiu_RaphaelGustavod'Almeida_D.pdf: 17502226 bytes, checksum: af859cc18d3a4c5a74c324d3e6c0865a (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Nesta tese, desenvolvemos uma técnica para gerar grafos à partir de conjuntos de séries temporais considerando a correlação entre estas e uma extensão do Método de Decomposição Empírica (EMD) para grafos (GEMD). Tal trabalho se justifica pelo fato de que uma grande gama de sinais formados por conjuntos de séries temporais não possuem uma localização bem definida em nenhum espaço n-dimensional. Desta forma, as relações entre as séries temporais só são satisfatoriamente representadas com o uso de grafos. Contudo, o desenvolvimento do GEMD é dependente do uso de algum método de interpolação em grafos. Tais métodos são escassos e não produzem propriedades satisfatórias para o uso no GEMD. Para esta finalidade, estendemos a interpolação por Funções de Base Radial (RBF) em Grafos (GRBF), onde a norma euclidiana no cálculo da matriz de interpolação por RBF é substituída pela norma induzida pelo grafo. Testes numéricos sugerem que a extensão possui boas propriedades de convergência e uma técnica é desenvolvida para garantir a existência e unicidade da solução. Finalmente, aplicamos o GEMD em um conjunto de dados de incidência de Dengue Hemorrágica na Tailândia. Os modos intrínsecos encontrados desta forma não apresentam nenhuma onda viajante emanando de nenhuma das províncias, contrastando com o resultado utilizando o EMD original [5]. Além disso, os períodos médios dos modos intrínsecos de [5] são claramente distintos dos encontrados pela decomposição por GEMD / Abstract: In this thesis, we developed a technique to generate a graph from a set of temporal series, which are then decomposed trough an extension of the Empirical Mode Decomposition (EMD) on Graphs (GEMD) created by us. This procedure is justified by the fact that a huge amount of signals cannot be properly localized on an n-dimensional space which can only be properly represented by a graph. The development of the GEMD is dependent on some graph interpolation method. Such methods are scarce in the literature and do not have the necessary properties to accomplish the GEMD decomposition. For this goal, we extend the Radial Basis Functions (RBF) interpolation to graphs (GRBF), where the euclidean norm used in the calculation of the RBF interpolation matrix is substituted by a graph induced norm. Numerical tests suggests that GRBF have good convergence properties and we present a technique which guarantees the existence and uniqueness of the solution. We finally apply the GEMD decomposition to a data set of Dengue Hemorrhagic Fever incidence in Thailand. The intrinsic modes found in this way do not show any traveling wave emanating from any of the provinces, contrasting with the results found using the original EMD [5]. Moreover, the mean period for the intrinsic modes in [5] are clearly diverse of those found by GEMD decomposition / Doutorado / Doutor em Matemática Aplicada

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-07-19T12:20:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilMicroRna.pdf: 6022695 bytes, checksum: fd2a87ff6ebe80e553d7c993c5fe8f88 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-07-20T12:49:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilMicroRna.pdf: 6022695 bytes, checksum: fd2a87ff6ebe80e553d7c993c5fe8f88 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-20T12:49:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilMicroRna.pdf: 6022695 bytes, checksum: fd2a87ff6ebe80e553d7c993c5fe8f88 (MD5) Previous issue date: 2016-06-30 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / IEC - Instituto Evandro Chagas / A dengue é a arbovirose mais prevalente no mundo, causada pelo vírus dengue (DENV) está presente em todos continentes. Por mais de três décadas tem sido um constante problema de saúde pública frequentemente fatal nos casos de dengue hemorrágica (DHF). A patogenia da dengue é intimamente relacionada à resposta imune do hospedeiro, atingindo quadros de inflamação exacerbada e autoimunidade transitória onde todos tecidos são atingidos, sendo o fígado um dos mais importantes no contexto de evolução dos quadros graves devido a intensa replicação viral nesse órgão e sua função significativa no metabolismo. O estudo de microRNAs (miRNA) como elementos regulatórios do metabolismo e da resposta imune durante a infecção é crucial para o entendimento dos mecanismos de regulação da expressão gênica durante a infecção pelo DENV, e pode auxiliar no desenvolvimento de métodos diagnósticos e terapias anti-virais. Utilizamos a abordagem de miRA-Seq, utilizando a plataforma MySeq (Illumina) para identificar o perfil de miRNAs expressos no tecido hepático parafinizado de dez casos de óbito por DHF, comparando com cinco amostras de tecido sem infecção por DENV. Oito miRNAs apresentaram expressão diferencial no fígado de pacientes com DHF, sendo o miR-126-5p (molécula de regulação da proliferação de células endoteliais), e miR-133a-3p, regulados positivamente na DHF e miR-122-5p (um miRNA hepatoespecífico), miR-146a-5p (regulador de Interferon), miR-10b-5p, miR-204-5p, miR-148a-5p, e miR-423-5p regulados negativamente. A análise funcional de vias KEGG e GO, a partir dos genes alvo preditos dos miRNAs superexpressos, identificou a maioria de vias de regulação daapoptose e da resposta imune com envolvimento de genes MAPK, RAS, CDK e FAS e da resposta imune com destaque para NF-kB, famílias CC e CX, Il e TLR. A mesma análise dos genes alvo dos miRNAs sub-expressos também identificou na maioria vias de apoptose e biossintéticas. No nosso conhecimento, essa é a primeira descrição in vivo do perfil de miRNAs no tecido hepático de pacientes com DHF. Os resultados em conjunto mostram uma provável relação dos miRNAs: miR-126-5p, miR-122-5p e miR-146a-5p com a patogenia do DENV no fígado no quadro de DHF através da regulação do reparo endotelial e permeabilidade vascular, controle da homeostase do fígado e regulação da expressão de citocinas inflamatórias. / Dengue is the most prevalent arbovirosis in the world caused by Dengue virus (DENV) and is present in all continents, for more than three decades has been a constant public health concern and often fatal by dengue hemorrhagic fever (DHF). The pathogenesis of dengue is closely related to the host immune response, reaching exacerbated inflammation and transient autoimmunity. All tissues are affected, which liver is one of the most important in severe conditions, due its intense viral replication and its significant role in metabolism. The study of microRNAs (miRNA) as regulatory elements of metabolism and immune response during infection is crucial to understanding the regulatory mechanisms of gene expression on DENV infection, and can help in diagnostic development of anti-viral therapies. We sequenced the miRNoma in MySeq platform (Illumina) to identify the miRNAs profile expressed in FFPE liver tissue, ten DHF fatal cases were compared to five control cases. Eight miRNAs exhibited differential expression in DHF liver, miR-126-5p, a regulatory molecule of endothelial cells, and miR-133a-3p are upregulated in dengue and miR-122-5p, a liver-specific miRNA, miR- 146a-5p, interferon regulator, miR-10b-5p, miR-204-5p, miR-148a-5p and miR-423-5p were downregulated. Functional analysis of KEGG pathways and GO terms with predicted target genes of overexpressed miRNAs found regulatory pathways of apoptosis and immune response, involving MAPK gene, RAS, CDK and FAS; immune response pathways showed NF- kB, CC and CX families, IL and TLR. The same analysis with target genes of downregulated miRNAs also identified in most pathways of apoptosis and biosynthetic pathways of metabolism. In our knowledge, this is the first description of the liver miRNA profile in DHF, the results together show a feasible relationship of miR-126-5p, miR-122-5p and miR-146a-5p with liver pathogenesis of DHF, through endothelial repair and vascular permeability regulation, control of homeostasis and liver expression regulation of inflammatory cytokines.