La primera part de l’estudi mostra els resultats de l’estudi citogenètic en pèrdues gestacionals (mort fetal intraúter, IVE, mort postnatal) de segon trimestre utilitzant els teixits cartilaginós i de placenta, presentant una taxa global de creixement del 83,5%, essent una taxa elevada comparat amb les d’altres sèries. En les morts fetals intraúter es proposa que el teixit d’elecció sigui la placenta ja que aquestes cèl·lules han mostrat una major supervivència. La freqüència d’anomalies cromosòmiques en pèrdues gestacionals (26,3%):6,9% en les morts fetals intrauter, 43,6% en les IVEs i 20% en les morts postnatals. Les freqüències observades i el tipus d’anomalies cromosòmiques detectades estan d’acord amb les descrites a la bibliografia, essent les mes freqüents la trisomia 21, les triploïdies, la trisomia 18, la monosomia X i la trisomia 13. És molt important confirmar el cariotip fetal observat prenatalment després de la IVE o en el naixement, donat que s’ha trobat un 3% dels casos amb discrepància entre el cariotip prenatal i el realitzat després de la finalització de la gestació. Aquestes discrepàncies corroboren el problema de la no detecció de mosaïcisme en el diagnòstic prenatal. Gràcies a la col·laboració amb el registre de defectes congènits europeu EUROCAT s’ha estudiat l’impacte que te l’ecografia prenatal en el cribatge d’anomalies cromosòmiques mostrant que l’ecografia és eficaç i permet diagnosticar gairebé mes d’una tercera part dels casos. La taxa global de detecció va ser del 37,7%, variant des del 26,4% per la trisomia 21 fins quasi el 70% per la trisomia 13 i la síndrome de Turner. Els fetus amb una alteració cromosòmica poc freqüent mostraven mes defectes congènits per ecografia essent la taxa significativament més alta (45,6%) que la observada en les cromosomopaties comunes (34.7%) (p=0,018). Els defectes cardíacs i el retard de creixement intrauterí estan associats amb més freqüència a les delecions cromosòmiques mentre que l’higroma quístic, hidrops i translucència nucal estan associats a les trisomies i duplicacions. El defecte congènit mes freqüent ha estat l’higroma quístic que s’associa a la trisomia 21 i trisomia 18, i l’higroma quístic junt amb l’hidrops en la síndrome de Turner. / The first part of the study shows the results of cytogenetic study in pregnancy losses of second-trimester (stillbirth, termination of pregnancy (TOP), postnatal death) using placental and cartilage tissues, showing an overall success rate of 83.5%, being a high rate compared to other series. In stillbirths we propose that the placental tissue of choice is because these cells have shown a higher survival. The frequency of chromosomal abnormalities in pregnancy losses was 26.3%: 6.9% in stillbirths, 43.6% in TOP and 20% postnatal deaths. The observed frequency and type of chromosomal abnormalities detected are in agreement with those described in the literature, most commonly trisomy 21, the triploidies, trisomy 18, monosomy X and trisomy 13. It is very important to confirm the fetal karyotype seen prenatally after TOP or at birth; we observed 3% of cases with a discrepancy between prenatal karyotype and karyotype obtained after the end of gestation. These discrepancies confirm the problem of not detecting mosaicism in prenatal diagnosis. Thanks to the collaboration with the European Registry of Congenital Anomalies and Twins (EUROCAT) we have studied the impact of prenatal ultrasound screening for chromosomal abnormalities showing that ultrasound is effective to diagnose and almost a third month cases. The overall detection rate was 37.7%, ranging from 26.4% for trisomy 21 to almost 70% for trisomy 13 and Turner syndrome. The fetus with a rare chromosomal disorder showed more defects by ultrasound to be significantly higher rate (45.6%) than in the common chromosomal abnormalities (34.7%) (p = 0.018). The cardiac defects and intrauterine growth retardation are associated more frequently with chromosomal deletions while the cystic hygroma, and hydrops are associated with nuchal translucency and duplications. The most common congenital defect has been associated cystic hygroma in trisomy 21 and trisomy 18, cystic hygroma together with hydrops in Turner syndrome.

ObjectifLe diagnostic prénatal (DPN) a pour but de détecter des pathologies foetales in utero. L’objectif de ce travail était de mettre au point et d’appliquer les techniques d’exploration chromosomique en prénatal. Nous avons, tout d’abord, validé et évalué une plateforme de séquençage basée sur la technologie des semi-conducteurs, Ion Proton®, pour le dépistage prénatal non-invasif (DPNI) des principales aneuploïdies en routine clinique, puis évalué l’intérêt de l’Analyse Chromosomique sur Puces à ADN (ACPA) dans le diagnostic prénatal des retards de croissance intra-utérin (RCIU) foetaux. Matériel et Méthodes Nous avons inclus prospectivement 2505 patientes enceintes analysées par huit laboratoires hospitalo-universitaires de génétique : 695 grossesses à haut risque pour la trisomie 21 (risque ≥1/250 ou avec anomalie échographique) dans une étude de validation de la technique du test ADN libre circulant (ADNlc), et 1810 grossesses à risque, sans anomalie échographique, en routine clinique. Les issues de grossesses étaient toutes disponibles dans l’étude de validation et pour 521 grossesses dans l’étude en routine clinique. L’ADNlc extrait d’échantillons plasmatiques était séquencé, puis les données étaient analysées à l’aide du logiciel WISECONDOR. Les résultats des tests ADNlc étaient comparés aux caryotypes foetaux ou 7 aux données à la naissance. Nous avons aussi évalué le taux d’échec et comparé trois méthodes d’évaluation de la fraction foetale (FF) (RASSF1A, DEFRAG et SANEFALCON). Nous avons rétrospectivement inclus tous les foetus référés pour un prélèvement invasif pour RCIU et étudié les résultats de technique d’hybridation in situ en fluorescence (FISH), caryotypes et ACPA. Résultats Les résultats des deux cohortes de l’étude sur l’ADNlc étaient cohérents et les âges gestationnels n’étaient pas significativement différents ; les données ont été combinées afin d’étoffer la cohorte à analyser. Respectivement, la sensibilité et la spécificité étaient de : 98.3% (95% IC, 93.5–99.7%) et 99.9% (95% IC, 99.4–100%) pour la trisomie 21; 96.7% (95% IC, 80.9–99.8%) et 100% (95% IC, 99.6–100%) pour la trisomie 18 ; et 94.1% (95% IC, 69.2–99.7%) et 100% (95% IC, 99.6–100%) pour la trisomie 13. Le taux de non rendus était de 1.2% initialement puis après réanalyse de 0.6%. L’estimation de la FF avec les méthodes RASSF1A et DEFRAG étaient comparables, toutes deux compatibles avec une utilisation en routine clinique. Parmi les 162 foetus RCIU (78 associés et 84 isolés) inclus dans l’étude ACPA, 15 avaient une FISH pathologique : 10 RCIU associés et cinq RCIU isolés. Parmi 143 foetus étudiés par ACPA, 10 (7%) présentaient un variant du nombre de copies (CNV), tous étaient des RCIUs associés (10/65 soit 15.4%; 95 IC: 8.4%‐26.2%), versus 0/78 dans le groupe RCIUs isolés (95% IC: 0%‐5.6%). Six foetus (4.2%) ont présenté des variants de signification inconnue (VSI) (trois RCIU associés et trois RCIU isolés). Conclusion : Notre étude évaluant le test ADNlc utilisant la technologie des semi-conducteurs est la première étude clinique à rapporter les issues de grossesses dans une population aussi large. La plateforme est performante pour le DPNI des principales aneuploïdies. Notre protocole robuste est facilement applicable en routine clinique. Notre étude souligne une augmentation de rendement diagnostique de l’ACPA de 6.1% (4/65) par rapport au caryotype pour le DPN des foetus présentant un RCIU associé. Aucun CNV pathogène n’a été mis en évidence dans le groupe RCIU isolé. L’ADNlc pourrait-il supplanter l’ACPA dans cette population de RCIU isolé ? Le développement du test ADNlc a permis de limiter le nombre de prélèvements invasifs et donc leurs complications [...]. / ObjectivePrenatal diagnosis allows to detect fetal pathologies in-utero. The goal of this work was both technical development and application of the chromosomal exploration technics in prenatal diagnosis. First, we aimed to validate and evaluate the performance metrics of the highthroughput semiconductor sequencing platform, Ion Proton®, in non-invasive prenatal genetic screening (NIPS) for common fetal aneuploidies in a clinical setting and, then to evaluate the diagnostic utility of prenatal diagnosis using the chromosomal microarray analysis (CMA) for fetuses presenting with isolated or associated intrauterine growth restriction (IUGR). Methods : First, regarding NIPS, a prospective cohort study including 2505 pregnant women from eight academic genetics laboratories (695 high risk pregnancies for trisomy 21 (risk ≥1/250 or with ultrasound anomalies) in a validation study, and 1810 such pregnancies, without ultrasound anomalies, in a real-life NIPS clinical setting) was conducted. An outcome was available for all cases in the validation cohort and for 521 in the clinical cohort. Cell-free DNA from plasma samples was sequenced using the Ion Proton sequencer, and sequencing data were analyzed using the open-access software, WISECONDOR. Performance metrics for detection 10 of trisomies 21, 18 and 13 were calculated based on either fetal karyotype result or clinical data collected at birth. We also evaluated the failure rate and compared three methods of fetal fraction quantification (RASSF1A assay, and DEFRAG and SANEFALCON software). Then, regarding the CMA study, we retrospectively included all fetuses with IUGR referred for prenatal testing and studied by rapid fluorescence in situ hybridization (FISH), karyotype, and CMA. Results :In the NIPS study, results from both cohorts were consistent and their gestational age was not significantly different, so their data were combined to increase the sample size for analysis. Sensitivities and specificities, respectively, were as follows: for trisomy 21, 98.3% (95% CI, 93.5–99.7%) and 99.9% (95% CI, 99.4–100%); for trisomy 18, 96.7% (95% CI, 80.9–99.8%) and 100% (95% CI, 99.6–100%); and for trisomy 13, 94.1% (95% CI, 69.2–99.7%) and 100% (95% CI, 99.6–100%). Our failure rate was 1.2% initially and as low as 0.6% after retesting some of the failed samples. Fetal fraction estimation by the RASSF1A assay was consistent with DEFRAG results, and both were adequate for routine diagnosis. Among the 162 IUGR fetuses (78 associated and 84 isolated IUGR) included in the CMA study, 15 had an abnormal FISH result: 10 associated and five isolated fetal IUGRs. Among the 143 fetuses studied by CMA, 10 (7%) presented pathogenic copy number variations (CNVs). All 10 were in the associated fetal IUGR group (10/65 or 15.4%; 95% confidence interval [CI]: 8.4%‐26.2%) versus 0/78 in the isolated fetal IUGR group (95% CI: 0%‐5.6%). Six fetuses (4.2%) carried variants of unknown significance (VOUS) (three associated and three isolated fetal IUGRs). Conclusion: We described one of the largest studies evaluating Ion Proton-based NIPS and the first clinical study reporting pregnancy outcome in a large series of patients. This platform is highly efficient in detecting the three most common trisomies. Our protocol is robust and can be implemented easily in any medical genetics’ laboratory. Our second study highlighted the added value of CMA in the case of associated fetal IUGR with an incremental yield of 6.1% (4/65) over karyotyping. No pathogenic CNVs were reported in the isolated fetal IUGR group. Could NIPS supplant CMA in isolated fetal IUGR? The development of the NIPS test has reduced prenatal invasive testing and therefore its complications [...].