La soberanía alimentaria es un proyecto político emanado de los movimientos sociales rurales, que surgió como alternativa al marco de la seguridad alimentaria de los organismos internacionales. Este proyecto ha dado lugar a un movimiento global conformado por movimientos sociales de distinta índole, incluyendo los movimientos urbanos, quienes están desarrollando una amplia variedad de experiencias en ciudades de todo el mundo, en busca de una mayor sustentabilidad y justicia del sistema alimentario. Para saber si estas iniciativas contribuyen a la construcción de soberanía alimentaria, y en qué medida, hacen falta conceptos, métodos y herramientas específicas que permitan analizar y evaluar este proceso. El objetivo de este trabajo es proponer un marco teórico-conceptual y metodológico que permita identificar los elementos clave del proceso de transición hacia el nuevo paradigma de la soberanía alimentaria en espacios urbanos, y desarrollar indicadores para evaluar dicho proceso, realizando un estudio de caso en San Cristóbal de Las Casas, Chiapas (México). El marco resultante puede guiar la investigación sobre la implantación de sistemas alimentarios urbanos orientados a la soberanía alimentaria y proporcionar un soporte empírico al discurso por la soberanía alimentaria en espacios urbanos. Este análisis ha dado luz a una serie de aspectos teóricos clave para la construcción de soberanía alimentaria en espacios urbanos, tales como el foco de atención de las estrategias urbanas y su escala de acción; la necesidad de alianzas; y la importancia de las expresiones de democracia para alcanzar los objetivos sociales y ecológicos del nuevo paradigma agroalimentario. A través de una metodología participativa, se ha construido un sistema de 30 indicadores de soberanía alimentaria en espacios urbanos y se ha realizado un diagnóstico en hogares de San Cristóbal de Las Casas, que revela que la soberanía alimentaria de las familias se encuentra vulnerada.