Made available in DSpace on 2014-08-20T14:38:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Leonardo_Talavera_Campos.pdf: 765527 bytes, checksum: a64dcd74a213c1abd1bde1d1bf1ddd18 (MD5) Previous issue date: 2011-02-22 / Study was divided into two independent and complementary parts. The first objective was to evaluate the behavior of additive genetic trends for weight traits and selection indices in cattle population of Aberdeen Angus breed evaluated in PROMEBO®. Data were provided by the National Breeders Association (ANC), with animals produced from 1974 to 2010. The traits were: birth weight (BW), with 70,156; weight gain from birth to weaning (WWG), with 181,491; and post-weaning weight gain (PWG), with 113,323 animals, respectively. Characteristics were pre-adjusted for known environmental effects. Other variables were the weaning and final selection indexes. It was includes, beside WWG and PWG, scrotal circumference (SC) in the final stage (yearling) and visual scores collected at the weaning and yearling. Weighting percentages were applied for index constituents. The statistical model included additive genetic effects of sire and dam and environmental effects of contemporary groups. The estimates were obtained by Method GenSys, using a denomined gametic model on univariate analysis. In regression analysis using arithmetic means of breeding values or EPDs was used the least squares method weighted by the number of observations, obtained by PROC REG (SAS, 1996). Significant additive direct genetic trends estimated to the weight characters WWG, PWG and weight gain from birth to yearling (YWG = WWG + PWG) and selection indices at weaning and yearling, show that, as selection criteria, are providing moderate genetic progress in this population of Angus. Results for birth weight suggested that it is almost stabilized, which is desirable in order to avoid calving problems. The second part of the study was to evaluate a selection criterion for efficiency to weaning in beef cattle herds controlled by PROMEBO®. This criterion was the relationship between weight gain from birth to weaning of calves (WWG) and cow weight (CW), obtained in two ways, appear in the denominator of equation (1) real cow weight at weaning of their product, a percentage expressing this efficiency (EFF), or (2) metabolic weight of cow at weaning from each of their calves, resulting in the efficiency in metabolic weight (EMW). The bulls were evaluated by calves who have greater WWG (output), compared to the cost of production ("input"), measured by the metabolic weight of their mother cows for EMW, or actual bodyweight of cows for EFF. Records from performance data including weight of 10,350 calves and their mothers, referring to the progenies of 330 sires from Angus breed, produced between 1982 to 2002, in three herds from two farms located in the region Frontier West of Rio Grande do Sul. The mixed model solutions were obtained through a computer program PROC MIXED (SAS Institute Inc., 2001). The heritability was estimated by covariance between paternal half-siblings. The heritability estimates, of moderate magnitude, were 0,187±0,023 (18,69%) for EMW and 0,167±0,022 (16,73%) for EFF. Despite of difficulties and constraints statistics, selection criteria for efficiency analysis, in particular, efficiency in metabolic weight (EMW), showed reasonable heritability. This opens prospects for allowing a selection of sires that provide a greater return and economic efficiency, transmitting to their offspring genetic potential for a greater weight gain in relation step to the maintenance requirements of cows, mothers of their products. Ratios as EFF and EMW, due positive association with feed efficiency, indicate that were an important alternative for selection because the moderate heritability and ease of measurement in practice. / Este trabalho foi dividido em duas partes. O objetivo do primeiro estudo foi avaliar as tendências genéticas aditivas para características de crescimento e índices de seleção na população de bovinos da raça Aberdeen Angus, avaliados pelo PROMEBO®. Os dados foram disponibilizados pela Associação Nacional de Criadores (ANC), com animais produzidos entre os anos de 1974 e 2010. As características estudadas foram: peso ao nascer (PN); ganho de peso do nascimento à desmama (GND), e ganho de peso pós-desmama (GDS), com 70.156, 181.491 e 113.323 animais, respectivamente, sendo pré-ajustadas para efeitos ambientais conhecidos. Outras variáveis estudadas foram os índices de seleção à desmama e final. Incluem, além do GND e GDS, perímetro escrotal (PE) na fase final (ano ou sobreano) e escores de avaliação visual coletados nas fases de desmama e final. Ponderações percentuais foram aplicadas sobre as características para compor os índices. O modelo estatístico incluía os efeitos genéticos aditivos de touro e vaca e efeitos ambientais de grupos contemporâneos. As estimativas foram obtidas pelo Método GenSys, utilizando-se um modelo chamado de gamético, em análises univariadas. Nas análises de regressão, ao usar médias aritméticas dos valores genéticos ou DEPs, foi usado o método de quadrados mínimos ponderados, pelo número de observações, com base no PROC REG (SAS, 1996). As tendências genéticas aditivas diretas para as características de crescimento GND, GDS e ganho de peso do nascimento (sobre)ano (GNS = GND + GDS) e índices de seleção à desmama e final, foram significativas e indicam que, como critério de seleção, estão proporcionando moderado progresso genético nesta população da raça Angus. Resultados da avaliação genética para peso ao nascer indicam que o mesmo encontra-se praticamente estabilizado, o que é desejável visando-se evitar problemas de parto. A segunda parte do estudo teve como objetivo avaliar um critério de seleção para eficiência à desmama nos rebanhos controlados pelo PROMEBO®. O critério foi a relação entre o ganho de peso do nascimento à desmama do terneiro (GND) e o peso da vaca (PV), obtida de duas formas, constando no denominador da equação: (1) peso da vaca real na desmama de seu produto, expressando esta eficiência em percentagem (EFF); ou (2) peso metabólico da vaca na desmama de cada um de seus filhos, resultando na eficiência em peso metabólico (EPM). Os touros pais foram avaliados através de filhos que tenham maior GND ( output ), em relação ao custo de produção ( input ), medido através do peso metabólico de suas mães para EPM, ou peso corporal real das vacas para EFF. Foram analisados dados ponderais de 10.350 terneiros, e suas respectivas mães, referentes às progênies de 330 touros pais da raça Aberdeen Angus, produzidos entre os anos de 1982 a 2002, em três rebanhos de duas fazendas localizadas na região da Fronteira Oeste do Rio Grande do Sul. As soluções de modelos mistos foram obtidas através do programa PROC MIXED (SAS Institute Inc.,2001). O método de estimação da herdabilidade foi o da covariância entre meio-irmãos paternos. As estimativas de herdabilidade obtidas, de magnitude moderada, foram de 0,187±0,023 (18,69%) para EPM e 0,167±0,022 (16,73%) para EFF. Apesar de dificuldades e restrições estatísticas, os critérios de seleção para eficiência analisados, em especial, eficiência em peso metabólico (EPM), apresentaram razoável herdabilidade. Este fato abre perspectivas para, como característica do touro pai ou do produto, permitir a seleção de reprodutores que fornecem um maior retorno ou eficiência econômica, transmitindo à sua progênie potencial genético para um maior ganho de peso em relação às necessidades de mantença das mães de seus produtos. Relações como EFF e EPM - ao se pressupor, com base na literatura, uma positiva associação com eficiência alimentar -, indicam ser uma alternativa importante tanto pela herdabilidade moderada como pela facilidade de mensuração na prática.

As novas biotecnologias em reprodução, como a transferência de embriões e a fecundação in vitro, de certo modo, despertaram nos produtores e pesquisadores da área de melhoramento animal o interesse na seleção de fêmeas, antes pouco explorada dada a grande ênfase empregada na seleção e avaliação de reprodutores machos. A cada ano é percebido que a pecuária de corte funciona como uma empresa e, como tal, deve-se preocupar com todos os detalhes e não enfocando apenas um, como o mais importante, e é com isso que o Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN-USP) estuda cada vez mais um número maior de características como, stayability e suas possíveis aplicações à seleção das vacas Nelore, pois tem grande importância econômica. Com o objetivo de analisar a característica stayability sob enfoque Bayesiano, em registros de produção de vacas da raça Nelore, inicialmente foram implementados dois tamanhos de cadeia de Gibbs (225 ou 550 mil), dois períodos de descarte amostral (25 ou 50 mil) e duas formas de tomadas de amostra (a cada 1000 ou 250 rodadas). Os registros foram codificados como 0 (fracasso, ou menos de três partos até os 6 anos de idade) ou 1 (sucesso, ou pelo menos três partos até os 6 anos de idade) e os arquivos sofreram restrição ou não para NEP (Número Efetivo de Progênie), para número de touros dentro do grupo de contemporâneos (GC) e exclusão de grupos inteiros com média para a característica igual a 0 ou 1 (ou seja, sem variabilidade dentro do GC). Testaram-se três definições para GC. Utilizou-se o software MTGSAM for threshold (Multiple-Trait Gibbs Sampler for Animal Models), sob modelo unicaráter de touro-avô materno, para obtenção de componentes de (co)variância, estimativas de herdabilidade e soluções para cada touro (que originam as Diferenças Esperadas na Progênie - DEPs). As análises resultaram em amostras com baixa correlação serial, mostraram pequenas diferenças entre as estimativas pontuais de herdabilidade e alta correlação de rank para as DEPs dos 4180 touros avaliados. Adotou-se a implementação tamanho da cadeia/descarte amostral/amostragem como 225mil/25mil/1000 para as análises subseqüentes. A comparação entre estimativas de herdabilidade obtidas sob modelo de limiar e sob modelo linear não mostrou vantagens do primeiro, sendo que análises sob modelo linear, que têm reduzido tempo de processamento, poderiam ser preferidas quando houver muitos registros de produção, bastando transformar as estimativas de herdabilidade para escala subjacente. As comparações, sob modelo linear ajustadas para escala subjacente, entre a stayability padrão (0 ou 1) e a alternativa (considerando o número de partos até os seis anos de idade para aquelas vacas antes codificadas com valor 1), mostraram que podem ocorrer alterações na classificação de um número significativo de touros avaliados, mesmo sendo nas posições intermediárias do rank, talvez pela ligeira capacidade da característica alternativa em detectar variabilidade entre touros. Classificaram-se os 4180 touros em ordem decrescente e foram estudadas as genealogias dos 42 melhores (também chamados de TOP 1% ou aqueles que apresentam DEP para stayability superior a 57,6%) para identificar famílias importantes e avaliar a variabilidade genética da stayability. Além do touro Karvadi Imp. (essencialmente presente como avô, bisavô ou tataravô das mães dos touros TOP1%), outros genearcas com grande representatividade entre os TOP1% foram os touros Godhavari Imp. (via Kurupathy e Neofito), Rolex (via Cardeal), Rastã e Falo da BV (estes últimos pela via materna). / The new reproduction technologies like embryo transfer and in vitro fertilization brought to animal breeding researchers, and producers, a growing interest in the selection of females, which was a subject not well explored before, when the focus used to be only on evaluation and selection of males. The beef cattle industry is becoming more competitive each year, and the producers must think about all the aspects and details that can affect the production process. The PMGRN-USP (Nelore Breeding Program of the São Paulo University) studies a large number of traits to be used as selection criteria. Among these traits, there is stayability, which has a great economic importance. The aim of this project was to analyze the trait stayability, with a Bayesian approach, in a Nelore cattle population. Firstly, the implementation used two lengths of Gibbs chain (225 or 550 thousand), two periods of burn-in (25 or 50 thousand) and two thinning intervals (at each 1000 or 250 rounds). The cows were classified as 0 (failure, or less than three calves until six years of age), or 1 (success, or at least 3 calves until six years of age). The data were, or were not, restricted for NEP (Effective Number of Progeny), for number of sires in the contemporary group (GC), and for lack of variability in the contemporary group. Three different definitions of GC were tested. The software MTGSAM for threshold (Multiple-Trait Gibbs Sampler for Animal Models) was used, under an univariate sire-maternal grandsire model to get the (co)variance components, the heritability estimate and the solutions to each sire (that are used to get the Expected Progeny Differences - EPD). The results showed a low serial correlation in the samples, small differences among heritability estimates and a high rank correlation among the EPD estimates of the 4180 sires evaluated. The implementation 225000/25000/1000 was adopted to the subsequent analysis. The comparison between the heritability estimates obtained under the threshold model and the linear model didn’t show any advantage to the first. The analysis under linear models could be preferred because of its reduced processing time in large data sets, needing only a transformation of the heritability estimates to the underlying scale. The comparisons, under linear model adjusted to the underlying scale, between the standard stayalility (0 or 1) and the alternative (obtained from the perception of the fertility differences among the cows classified as 1) showed a variation in the position of a considerable number of sires in the rank, maybe because the alternative trait gets some additional variation among sires. 4180 sires were classified in a rank and the genealogies of the 42 best sires (or TOP 1%, or the ones with stayability EPD greater than 57,6%) were studied to identify major families and evaluate the genetic variation of stayability. Besides of Karvardi Imp (a bull very present as an ascendant (2, 3 or 4 generations) of the dams of the TOP1% sires), another founder sires with influence among the TOP1% were Godhavari Imp (via Kurupathy and Neofito), Rolex (via Cardeal), Rastã, and Falo da BV (the last two via maternal).

As novas biotecnologias em reprodução, como a transferência de embriões e a fecundação in vitro, de certo modo, despertaram nos produtores e pesquisadores da área de melhoramento animal o interesse na seleção de fêmeas, antes pouco explorada dada a grande ênfase empregada na seleção e avaliação de reprodutores machos. A cada ano é percebido que a pecuária de corte funciona como uma empresa e, como tal, deve-se preocupar com todos os detalhes e não enfocando apenas um, como o mais importante, e é com isso que o Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN-USP) estuda cada vez mais um número maior de características como, stayability e suas possíveis aplicações à seleção das vacas Nelore, pois tem grande importância econômica. Com o objetivo de analisar a característica stayability sob enfoque Bayesiano, em registros de produção de vacas da raça Nelore, inicialmente foram implementados dois tamanhos de cadeia de Gibbs (225 ou 550 mil), dois períodos de descarte amostral (25 ou 50 mil) e duas formas de tomadas de amostra (a cada 1000 ou 250 rodadas). Os registros foram codificados como 0 (fracasso, ou menos de três partos até os 6 anos de idade) ou 1 (sucesso, ou pelo menos três partos até os 6 anos de idade) e os arquivos sofreram restrição ou não para NEP (Número Efetivo de Progênie), para número de touros dentro do grupo de contemporâneos (GC) e exclusão de grupos inteiros com média para a característica igual a 0 ou 1 (ou seja, sem variabilidade dentro do GC). Testaram-se três definições para GC. Utilizou-se o software MTGSAM for threshold (Multiple-Trait Gibbs Sampler for Animal Models), sob modelo unicaráter de touro-avô materno, para obtenção de componentes de (co)variância, estimativas de herdabilidade e soluções para cada touro (que originam as Diferenças Esperadas na Progênie - DEPs). As análises resultaram em amostras com baixa correlação serial, mostraram pequenas diferenças entre as estimativas pontuais de herdabilidade e alta correlação de rank para as DEPs dos 4180 touros avaliados. Adotou-se a implementação tamanho da cadeia/descarte amostral/amostragem como 225mil/25mil/1000 para as análises subseqüentes. A comparação entre estimativas de herdabilidade obtidas sob modelo de limiar e sob modelo linear não mostrou vantagens do primeiro, sendo que análises sob modelo linear, que têm reduzido tempo de processamento, poderiam ser preferidas quando houver muitos registros de produção, bastando transformar as estimativas de herdabilidade para escala subjacente. As comparações, sob modelo linear ajustadas para escala subjacente, entre a stayability padrão (0 ou 1) e a alternativa (considerando o número de partos até os seis anos de idade para aquelas vacas antes codificadas com valor 1), mostraram que podem ocorrer alterações na classificação de um número significativo de touros avaliados, mesmo sendo nas posições intermediárias do rank, talvez pela ligeira capacidade da característica alternativa em detectar variabilidade entre touros. Classificaram-se os 4180 touros em ordem decrescente e foram estudadas as genealogias dos 42 melhores (também chamados de TOP 1% ou aqueles que apresentam DEP para stayability superior a 57,6%) para identificar famílias importantes e avaliar a variabilidade genética da stayability. Além do touro Karvadi Imp. (essencialmente presente como avô, bisavô ou tataravô das mães dos touros TOP1%), outros genearcas com grande representatividade entre os TOP1% foram os touros Godhavari Imp. (via Kurupathy e Neofito), Rolex (via Cardeal), Rastã e Falo da BV (estes últimos pela via materna). / The new reproduction technologies like embryo transfer and in vitro fertilization brought to animal breeding researchers, and producers, a growing interest in the selection of females, which was a subject not well explored before, when the focus used to be only on evaluation and selection of males. The beef cattle industry is becoming more competitive each year, and the producers must think about all the aspects and details that can affect the production process. The PMGRN-USP (Nelore Breeding Program of the São Paulo University) studies a large number of traits to be used as selection criteria. Among these traits, there is stayability, which has a great economic importance. The aim of this project was to analyze the trait stayability, with a Bayesian approach, in a Nelore cattle population. Firstly, the implementation used two lengths of Gibbs chain (225 or 550 thousand), two periods of burn-in (25 or 50 thousand) and two thinning intervals (at each 1000 or 250 rounds). The cows were classified as 0 (failure, or less than three calves until six years of age), or 1 (success, or at least 3 calves until six years of age). The data were, or were not, restricted for NEP (Effective Number of Progeny), for number of sires in the contemporary group (GC), and for lack of variability in the contemporary group. Three different definitions of GC were tested. The software MTGSAM for threshold (Multiple-Trait Gibbs Sampler for Animal Models) was used, under an univariate sire-maternal grandsire model to get the (co)variance components, the heritability estimate and the solutions to each sire (that are used to get the Expected Progeny Differences - EPD). The results showed a low serial correlation in the samples, small differences among heritability estimates and a high rank correlation among the EPD estimates of the 4180 sires evaluated. The implementation 225000/25000/1000 was adopted to the subsequent analysis. The comparison between the heritability estimates obtained under the threshold model and the linear model didn’t show any advantage to the first. The analysis under linear models could be preferred because of its reduced processing time in large data sets, needing only a transformation of the heritability estimates to the underlying scale. The comparisons, under linear model adjusted to the underlying scale, between the standard stayalility (0 or 1) and the alternative (obtained from the perception of the fertility differences among the cows classified as 1) showed a variation in the position of a considerable number of sires in the rank, maybe because the alternative trait gets some additional variation among sires. 4180 sires were classified in a rank and the genealogies of the 42 best sires (or TOP 1%, or the ones with stayability EPD greater than 57,6%) were studied to identify major families and evaluate the genetic variation of stayability. Besides of Karvardi Imp (a bull very present as an ascendant (2, 3 or 4 generations) of the dams of the TOP1% sires), another founder sires with influence among the TOP1% were Godhavari Imp (via Kurupathy and Neofito), Rolex (via Cardeal), Rastã, and Falo da BV (the last two via maternal).