Le contexte lié au changement global et aux risques encourus par la biodiversité ont conduit les gestionnaires à développer des outils afin de préserver notre environnement et la biodiversité De nombreuses questions ont alors été soulevées notamment au sujet de la connectivité entre populations à préserver et de la définition des aires protégées. En milieu marin cette question soulève le problème des capacités de dispersion et du lien entre durée de la phase larvaire et flux de gènes. Dans ce contexte nous avons choisi d'étudier la connectivité entre populations de deux espèces à valeur commerciale et patrimoniale que sont l'oursin commun Paracentrotus lividus et le sar commun Diplodus sargus. Dans le cas de P. lividus, l'étude combinant plusieurs jeux de données utilisant des marqueurs moléculaires différents, à la fois produits pendant ce travail de thèse et issus de la littérature, a mis en évidence une différenciation génétique significative insoupçonnée à l'échelle régionale (40km) pour une espèce présentant une phase larvaire pélagique pouvant atteindre un mois. Cette étude a également permis de caractériser l'intensité et la direction des flux de gènes entre les bassins océaniques du sud-est de l'Atlantique Nord, de la Méditerranée et de l'Adriatique. / The context related to global change and risks of biodiversity loss have led managers to develop tools to help preserve our environment and the associated biodiversity. Many questions have been raised especially concerning the connectivity between populations and the definition of marine protected areas. These questions raise the problem of dispersal abilities and of the relationship between pelagic larval duration and gene flow. In this context we have chosen to study the connectivity between populations of two species of high commercial and patrimonial values: the edible sea urchin Paracentrotus lividus and the white seabream Diplodus sargus. In the case of P. lividus, the study combining several data sets and using different molecular markers, produced during this work or obtained from the literature, showed unexpected significant genetic differentiation at the regional scale (40km) for a species with a pelagic larval duration of up to one month. This study also allowed us to characterize the intensity and direction of gene flow between ocean basins of the southeastern North Atlantic, Mediterranean Sea and Adriatic Sea. Indeed gene flow was asymmetric and oriented from the Atlantic to the Mediterranean Sea and from the Adriatic Sea and to the Mediterranean Sea. These findings raise important questions about the origin of these different levels of differentiation and led me to make several assumptions on the impact of phenomena such as local adaptation, selective effects coupled with endogenous barriers, hydrological factors and / or biogeochemical. Several research perspectives are proposed to test these hypotheses.

Atualmente, os consumidores valorizam produtos com garantia de qualidade e que sejam obtidos de cadeias ecologicamente corretas e socialmente justas. A rastreabilidade da cadeia produtiva possui importância fundamental para o aumento do consumo de pescado. Um dos principais gargalos da cadeia produtiva é o reduzido aproveitamento do resíduo do processamento. A elaboração de silagem de pescado é uma alternativa para minimizar os problemas ambientais e de sanidade, provenientes do resíduo de pescado, porém esta deve ser preparada com agentes acidificantes sustentáveis e que sejam selecionados através de análise de mercado levando em consideração os riscos ambientais e para a saúde humana, o custo e a facilidade de compra do agente acidificante, um dos objetivos dessa pesquisa. A utilização do ácido cítrico aparentou ser a melhor escolha. Avaliou-se o desempenho de 180 alevinos de sargo (Diplodus sargus) (21,30 ± 0,87 g) alimentados com 6 dietas isoenergéticas (3.941 kcal/kg), contendo dois níveis de proteína bruta PB (35 e 45%) e três níveis de inclusão (0, 10 e 20%) de silagem de resíduos provenientes da indústria conserveira da cidade do Porto, Portugal. Não houve mortalidade e as dietas experimentais foram bem aceitas. Não houve diferença (P<0,05) no consumo das rações, fator de condição, índice hepatossomático, índice de conversão alimentar e ganho de peso. É possível a inclusão de até 20% de silagem em dietas para o sargo e sugere-se a utilização das rações formuladas contendo 45% de PB por apresentarem menor custo de produção e empregarem maior quantidade de material residual proveniente do processamento de pescado. Em Portugal, o setor pesqueiro ocupa espaço destacado entre as atividades econômicas. A relevância desta cadeia produtiva resulta, essencialmente, do fato de que o pescado é componente fundamental da alimentação e responsável por elevado número de empregos da população. No Brasil, com o aumento do número de indústrias beneficiadoras, o resíduo desta atividade tornou-se um sério problema. Buscou-se classificar o resíduo do beneficiamento da tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus), conforme a Associação Brasileira de Normas Técnicas (ABNT NBR 10004:2004), foram coletadas vinte e quatro amostras; três em cada período (ago/07, set/2007, out/2007, dez/2007, fev/2008, mai/2008, jul/2008, ago/2008). Todas as amostras foram classificadas como Classe II, do tipo Não Inerte devido aos teores de chumbo, manganês, surfactantes e ferro. Esses resíduos devem ser destinados a aterros sanitários construídos conforme normas específicas. Entretanto, estão sendo descartados de forma irregular, diretamente em recursos hídricos ou enterrados sem tratamento com riscos ao ambiente e à saúde humana e animal pela possibilidade de lixiviação de metais / Currently, consumers value products with assurance of quality and obtained from environmentally friendly and socially just chain. The traceability of the commodity chain has fundamental importance to increase the fish consumption. One of the main bottlenecks in the commodity chain is the reduced utilization of processing residue. The elaboration of fish silage is an alternative to minimize the environmental and sanity problems from fish residue. In order to select the most appropriate acid for the preparation of chemical fish silage, market analysis considering environmental and human risks, cost and supply of acidifying agent was performed. The use of citric acid seems to be the best choice. The performance of 180 bream fingerlings (21.30 ± 0.87 g) fed six isoenergetic diets (3,941 kcal/kg) containing two levels of crude protein - CP (35 and 45%) and three levels of inclusion of silage (0, 10 and 20%) was evaluated. There was no mortality and the experimental diets were well accepted. There was no difference (P<0.05) in diets intake, condition factor, hepatosomatic index, food conversion ratio and weight gain. Weight gain and food conversion ratio were 9.61 g and 2.77, 9.23 g and 2.99, 9.95 g and 3.04, 11.81 g and 2.86, 13.41 g and 2.14, and 11.36 g and 2.41 for treatments 1 (35% CP; 0% inclusion), 2 (35% CP, 10% inclusion), 3 (35% CP, 20% inclusion), 4 (45% CP; 0% inclusion), 5 (45% CP, 10% inclusion) and 6 (45% CP, 20% inclusion), respectively. Therefore, it is possible to include up to 20% of fish silage in diets for bream and suggests the use of diets containing 45% CP because of their lower cost of production and for using higher amount of residual material from fish processing. The fisheries sector occupies an important position in the economic activities in Portugal. Its relevance is due to fish being a fundamental component of food and responsible for employment opportunities. In Brazil, the increasing number of fish processing industries, the residue of this activity has become a serious problem. The residue from the processing of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) was classified according to the Brazilian Association of Technical Standards (ABNT NBR 10004:2004). A total of twenty-four samples were collected, three in each period (Aug/07, Sep/2007, Oct/2007, Dec/2007, Feb/2008, May/2008, Jul/2008, Aug/2008). All analyzed samples were classified as Class II, Non Inert, due to the lead, manganese, iron and surfactants levels. These wastes should be disposed of in landfills constructed according to environmental standards. However, they are being improperly disposed, dumped directly into water or buried without proper treatment, providing risk to the environment and human and animal health due to possible leaching of metals

Atualmente, os consumidores valorizam produtos com garantia de qualidade e que sejam obtidos de cadeias ecologicamente corretas e socialmente justas. A rastreabilidade da cadeia produtiva possui importância fundamental para o aumento do consumo de pescado. Um dos principais gargalos da cadeia produtiva é o reduzido aproveitamento do resíduo do processamento. A elaboração de silagem de pescado é uma alternativa para minimizar os problemas ambientais e de sanidade, provenientes do resíduo de pescado, porém esta deve ser preparada com agentes acidificantes sustentáveis e que sejam selecionados através de análise de mercado levando em consideração os riscos ambientais e para a saúde humana, o custo e a facilidade de compra do agente acidificante, um dos objetivos dessa pesquisa. A utilização do ácido cítrico aparentou ser a melhor escolha. Avaliou-se o desempenho de 180 alevinos de sargo (Diplodus sargus) (21,30 ± 0,87 g) alimentados com 6 dietas isoenergéticas (3.941 kcal/kg), contendo dois níveis de proteína bruta PB (35 e 45%) e três níveis de inclusão (0, 10 e 20%) de silagem de resíduos provenientes da indústria conserveira da cidade do Porto, Portugal. Não houve mortalidade e as dietas experimentais foram bem aceitas. Não houve diferença (P<0,05) no consumo das rações, fator de condição, índice hepatossomático, índice de conversão alimentar e ganho de peso. É possível a inclusão de até 20% de silagem em dietas para o sargo e sugere-se a utilização das rações formuladas contendo 45% de PB por apresentarem menor custo de produção e empregarem maior quantidade de material residual proveniente do processamento de pescado. Em Portugal, o setor pesqueiro ocupa espaço destacado entre as atividades econômicas. A relevância desta cadeia produtiva resulta, essencialmente, do fato de que o pescado é componente fundamental da alimentação e responsável por elevado número de empregos da população. No Brasil, com o aumento do número de indústrias beneficiadoras, o resíduo desta atividade tornou-se um sério problema. Buscou-se classificar o resíduo do beneficiamento da tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus), conforme a Associação Brasileira de Normas Técnicas (ABNT NBR 10004:2004), foram coletadas vinte e quatro amostras; três em cada período (ago/07, set/2007, out/2007, dez/2007, fev/2008, mai/2008, jul/2008, ago/2008). Todas as amostras foram classificadas como Classe II, do tipo Não Inerte devido aos teores de chumbo, manganês, surfactantes e ferro. Esses resíduos devem ser destinados a aterros sanitários construídos conforme normas específicas. Entretanto, estão sendo descartados de forma irregular, diretamente em recursos hídricos ou enterrados sem tratamento com riscos ao ambiente e à saúde humana e animal pela possibilidade de lixiviação de metais / Currently, consumers value products with assurance of quality and obtained from environmentally friendly and socially just chain. The traceability of the commodity chain has fundamental importance to increase the fish consumption. One of the main bottlenecks in the commodity chain is the reduced utilization of processing residue. The elaboration of fish silage is an alternative to minimize the environmental and sanity problems from fish residue. In order to select the most appropriate acid for the preparation of chemical fish silage, market analysis considering environmental and human risks, cost and supply of acidifying agent was performed. The use of citric acid seems to be the best choice. The performance of 180 bream fingerlings (21.30 ± 0.87 g) fed six isoenergetic diets (3,941 kcal/kg) containing two levels of crude protein - CP (35 and 45%) and three levels of inclusion of silage (0, 10 and 20%) was evaluated. There was no mortality and the experimental diets were well accepted. There was no difference (P<0.05) in diets intake, condition factor, hepatosomatic index, food conversion ratio and weight gain. Weight gain and food conversion ratio were 9.61 g and 2.77, 9.23 g and 2.99, 9.95 g and 3.04, 11.81 g and 2.86, 13.41 g and 2.14, and 11.36 g and 2.41 for treatments 1 (35% CP; 0% inclusion), 2 (35% CP, 10% inclusion), 3 (35% CP, 20% inclusion), 4 (45% CP; 0% inclusion), 5 (45% CP, 10% inclusion) and 6 (45% CP, 20% inclusion), respectively. Therefore, it is possible to include up to 20% of fish silage in diets for bream and suggests the use of diets containing 45% CP because of their lower cost of production and for using higher amount of residual material from fish processing. The fisheries sector occupies an important position in the economic activities in Portugal. Its relevance is due to fish being a fundamental component of food and responsible for employment opportunities. In Brazil, the increasing number of fish processing industries, the residue of this activity has become a serious problem. The residue from the processing of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) was classified according to the Brazilian Association of Technical Standards (ABNT NBR 10004:2004). A total of twenty-four samples were collected, three in each period (Aug/07, Sep/2007, Oct/2007, Dec/2007, Feb/2008, May/2008, Jul/2008, Aug/2008). All analyzed samples were classified as Class II, Non Inert, due to the lead, manganese, iron and surfactants levels. These wastes should be disposed of in landfills constructed according to environmental standards. However, they are being improperly disposed, dumped directly into water or buried without proper treatment, providing risk to the environment and human and animal health due to possible leaching of metals

La destruction d'une partie des habitats est souvent la cause principale de leur fragmentation. Or, depuis les années 1960-1970, l'anthropisation du littoral du golfe du Lion a engendré la création d'habitats fragmentés, non pas par une destruction, mais bien par un apport nouveau via l'installation massive d'enrochements côtiers artificiels. Cette étude a eu pour but principal de comprendre le rôle de ces structures en comparaison à des zones naturelles (lagunes, zone rocheuse) dans le maintien des populations de poissons de la côte rocheuse située plus au sud. Le sar commun, poisson caractéristique des zones rocheuses, a été utilisé comme modèle. Des comptages d'adultes et de juvéniles en plongée subaquatique, des marquages directs mais aussi l'utilisation de la microanalyse chimique des otolithes ont été utilisés afin de répondre à ces interrogations. Les aménagements littoraux jouent un rôle de nourricerie non négligeable. Selon les années, les densités de juvéniles sont de 30 à 109 fois supérieures à celles observées sur les habitats naturels, que ce soit sur la côte rocheuse ou dans la lagune. La présence de seulement deux groupes principaux de géniteurs sur la côte catalane française pourrait expliquer de telles différences. Un des deux alimenterait les enrochements côtiers artificiels, il serait situé au cap Leucate. Le second, dans la réserve de Cerbère-Banyuls exporterait des juvéniles vers la côte espagnole suivant un courant dominant nord-sud. De plus, la lagune aurait perdu son rôle de nourricerie au profit des aménagements littoraux. Nos résultats montrent aussi qu'il existe une connectivité lors de la phase adulte entre ces structures côtières et les zones rocheuses naturelles. Elle a lieu principalement au printemps et en automne. 20 % des sars ayant fait leur installation sur les aménagements littoraux les quittent pour la côte rocheuse. Sur cette côte un tiers des sars sont issus d'une installation sur des habitats artificiels de la côte sableuse. Cette étude souligne le rôle majeur que peuvent avoir ces habitats artificiels dans le maintien, voire l'extension des populations de sars communs au niveau de la côte catalane, mais aussi de l'ensemble du golfe du Lion. La fragmentation de l'habitat est dans ce cas positive. Elle pourrait être à l'origine de l'apparition de nouvelles espèces sur la côte du Languedoc-Roussillon comme le sar tambour, Diplodus cervinus et le denti, Dentex dentex

La destruction d'une partie des habitats est souvent la cause principale de leur fragmentation. Or, depuis les années 1960-1970, l'anthropisation du littoral du golfe du Lion a engendré la création d'habitats fragmentés, non pas par une destruction, mais bien par un apport nouveau via l'installation massive d'enrochements côtiers artificiels. Cette étude a eu pour but principal de comprendre le rôle de ces structures en comparaison à des zones naturelles (lagunes, zone rocheuse) dans le maintien des populations de poissons de la côte rocheuse située plus au sud. Le sar commun, poisson caractéristique des zones rocheuses, a été utilisé comme modèle. Des comptages d'adultes et de juvéniles en plongée subaquatique, des marquages directs mais aussi l'utilisation de la microanalyse chimique des otolithes ont été utilisés afin de répondre à ces interrogations.<br />Les aménagements littoraux jouent un rôle de nourricerie non négligeable. Selon les années, les densités de juvéniles sont de 30 à 109 fois supérieures à celles observées sur les habitats naturels, que ce soit sur la côte rocheuse ou dans la lagune. La présence de seulement deux groupes principaux de géniteurs sur la côte catalane française pourrait expliquer de telles différences. Un des deux alimenterait les enrochements côtiers artificiels, il serait situé au cap Leucate. Le second, dans la réserve de Cerbère-Banyuls exporterait des juvéniles vers la côte espagnole suivant un courant dominant nord-sud. De plus, la lagune aurait perdu son rôle de nourricerie au profit des aménagements littoraux.<br />Nos résultats montrent aussi qu'il existe une connectivité lors de la phase adulte entre ces structures côtières et les zones rocheuses naturelles. Elle a lieu principalement au printemps et en automne. 20 % des sars ayant fait leur installation sur les aménagements littoraux les quittent pour la côte rocheuse. Sur cette côte un tiers des sars sont issus d'une installation sur des habitats artificiels de la côte sableuse.<br />Cette étude souligne le rôle majeur que peuvent avoir ces habitats artificiels dans le maintien, voire l'extension des populations de sars communs au niveau de la côte catalane, mais aussi de l'ensemble du golfe du Lion. La fragmentation de l'habitat est dans ce cas positive. Elle pourrait être à l'origine de l'apparition de nouvelles espèces sur la côte du Languedoc-Roussillon comme le sar tambour, Diplodus cervinus et le denti, Dentex dentex.