L'objectif de ce mémoire est d'introduire le lecteur à la compression de données générale et sans perte et de présenter deux nouvelles techniques que nous avons développées et implantées afin de contribuer au domaine. La première technique que nous avons développée est le recyclage de bits et elle a pour objectif de réduire la taille des fichiers compressés en profitant du fait que plusieurs techniques de compression de données ont la particularité de pouvoir produire plusieurs fichiers compressés différents à partir d'un même document original. La multiplicité des encodages possibles pour un même fichier compressé cause de la redondance. Nous allons démontrer qu'il est possible d'utiliser cette redondance pour diminuer la taille des fichiers compressés. La deuxième technique que nous avons développée est en fait une méthode qui repose sur l'énumération des sous-chaînes d'un fichier à compresser. La méthode est inspirée de la famille des méthodes PPM (prediction by partial matching). Nous allons montrer comment la méthode fonctionne sur un fichier à compresser et nous allons analyser les résultats que nous avons obtenus empiriquement.

Pas toutes les techniques de compression des données adoptent le principe de dictionnaire pour représenter ses mots de code. Le dictionnaire est un ensemble de mots de code associés aux symboles sources lors de l’opération d’encodage. La correspondance entre le mot de code et le symbole source dépend de l’algorithme de compression adopté. Généralement, chaque algorithme construit son dictionnaire selon un ensemble de propriétés. Parmi ces propriétés nous avons celle de préfixe. Elle est primordiale pour les codes de type fixe à variable (FV) tels que l’algorithme de Huffman et celui de Shannon-Fano. Par contre, la propriété préfixe est optionnelle pour les codes de longueur variable à fixe (VF). Donc cela peut causer le but de pouvoir construire un dictionnaire plus performant, comme le cas des codes quasi-instantanés. Dans cette optique, Yamamoto et Yokoo ont éliminé cette condition pour créer un dictionnaire meilleur que celui de Tunstall. Les dictionnaires proposés par Yamamoto et Yokoo sont appelés les codes VF quasi-instantanés ou en anglais almost instantaneous VF codes. En s’appuyant sur leurs contributions, nous avons déduit que leur technique peut fournir dans certains cas des codes variables à fixes sous-optimaux, d’où notre suggestion de correctifs à leurs algorithmes pour en améliorer l’efficacité. Aussi nous proposons un autre mécanisme pour construire des codes VF en utilisant le principe de la programmation dynamique. / Various techniques of data compression use a dictionary to represent their codewords. A dictionary is a set of codewords associated with the source symbols during the encoding operation. The correspondence between the codeword and the symbol source depends on the compression algorithm. Usually, the prefix property is key for the fixed-to-variable type codes FV as demonstrated in the Huffman and the Shannon-Fano algorithms. However, such a property may be eliminated for fixed-length codes in order to build a more efficient dictionary. In this context, Yamamoto and Yokoo excluded this condition to create a dictionary better than Tunstall. This new dictionary is called instantaneous variable-to-fixed code. Based on their contributions, we have deduced that their technique can provide, in some cases, suboptimal variable-to-fixed codes. Hence, we suggested to improve their algorithms. Also, we proposed another mechanism for building optimal AIVF codes by adopting the principle of dynamic programming.

Titre de l'écran-titre (visionné le 7 février 2024) / La croissance rapide des données dans différentes applications telles que la communication en temps réel, les systèmes automobiles et la visioconférence a souligné la nécessité de techniques efficaces de compression des données. La compression des données réduit les besoins de stockage et de transmission des données. La codification d'entropie, qui est une compression de données sans perte, est une méthode largement utilisée. La codification d'entropie consiste à coder des symboles d'une séquence d'entrée en utilisant moins de bits pour les représenter, ce qui réduit la taille totale des données. La codification de Huffman, qui est une technique rapide de codage d'entropie, est utilisée pour sa vitesse et son accélération matérielle. Cependant, son taux de compression n'est pas toujours optimal. Cela devient évident lorsqu'il s'agit de petits alphabets et de symboles avec des probabilités d'occurrence élevées. La codification arithmétique, une méthode alternative, offre de meilleurs taux de compression, mais elle a une complexité computationnelle élevée. Les systèmes de numération asymétriques (ANS), qui sont une approche de codage d'entropie, visent à approcher la limite théorique de la compression des données tout en maintenant une complexité computationnelle inférieure par rapport à la codification arithmétique. ANS comprend deux versions principales : ANS à plage et ANS tabulé. Ce dernier, appelé tANS, utilise une table pour les procédures de codage et de décodage, ce qui le rend plus adapté à une implémentation matérielle. Cependant, bien qu'ANS présente des avantages, des défis subsistent. Trouver une table de codage appropriée, ou un segment clé, pour tANS est important pour son efficacité. Des recherches récentes explorent différentes techniques pour concevoir des segments clés optimaux, en tenant compte de facteurs tels que les probabilités des symboles, l'alphabet source et la taille de la table souhaitée. Le défi consiste à construire un segment clé qui satisfait aux conditions de codage et qui conduit à une longueur moyenne minimale des codes. La technique de tri d'états proposée par Yokoo et Dubé vise à optimiser les segments clés en triant les états en fonction de leurs probabilités stationnaires. Cependant, cette méthode est sous-optimale dans certains cas. L'objectif de cette recherche est d'étudier les limitations et la sous-optimalité de l'algorithme de tri des états en présentant un exemple dans lequel la stratégie de Yokoo et Dubé ne créera pas le segment optimal. Cela permettra une meilleure compréhension des complexités de la conception de clés tANS optimales. Cette étude contribue à l'avancement des techniques de compression des données en abordant les défis et les améliorations possibles dans le contexte du codage d'entropie, en particulier dans le cadre d'ANS et de ses variantes. Cette recherche vise à améliorer notre compréhension de la conception de clés pour tANS et à ouvrir la voie à des solutions plus efficaces pour la compression et la transmission des données dans le paysage numérique en constante évolution. / In the modern world, the significant increase of data has resulted in the demand for efficient data handling in terms of transfer and storage. As hardware advances, data compression has become an essential research field to address this challenge. Rooted in the fusion of mathematics and computer science, data compression utilizes algorithms to reduce data size and optimize storage capacity. This process involves both compression and reconstruction algorithms, seeking to keep similarity of the original data and the reconstructed data. By compression data, the speed of data transfer increases significantly, while the costs of storage hardware and network bandwidth decrease. Data compression divides into two categories: lossy and lossless compression. In lossy compression we may have some loss of information during reconstruction. Contrarily, lossless compression, in which input and output remain equal, is suited for systems involving sensitive data or databases. This thesis focuses on addressing weaknesses of the tANS method, with a particular emphasis on investigating the sub-optimality of the state-sorting technique presented by Yokoo and Dubé. The study discusses the limitations of this technique and explains ANS methods, particularly the theoretical analysis of tANS. The research illustrates an example emphasizing sub-optimality in the state-sorting technique. In conclusion, this research offers valuable insights into the challenges and potential enhancements of tANS compression technique. By delving deeper into the intricacies of ANS-based methods, researchers can contribute to the development of more efficient compression strategies, providing better data handling in an increasingly digitized world.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdorales, 2015-2016 / L’acquisition des signaux électriques provenant des neurones du cerveau permet aux neurobiologistes de mieux comprendre son fonctionnement. Dans le cadre de ce travail, de nouveaux algorithmes de compression des signaux neuronaux sont conçus et présentés. Ces nouveaux algorithmes sont incorporés dans trois nouveaux dispositifs optogénétiques sans fil miniature capable de stimuler optiquement l’activité neuronale et de transmettre sans fil les biopotentiels captés par plusieurs microélectrodes. Deux de ces systèmes sont capables de compresser les signaux provenant de deux microélectrodes ainsi que de stimuler optiquement via deux diodes électroluminescentes (DEL) haute puissance. Afin de réduire la bande passante des transmetteurs sans fil utilisés, ces deux systèmes sont dotés d’un nouvel algorithme de détection des potentiels d’actions qui génère de meilleurs taux de détection que les algorithmes existants, tout en nécessitant moins de ressources matérielles et de temps de processeur. Un troisième dispositif incorporant les algorithmes de détection et de compression fût conçu. Ce dispositif est le seul système optogénétique sans fil comportant 32 canaux de stimulation optique et 32 canaux d’enregistrement électrophysiologiques en parallèle. Il utilise une nouvelle technique de compression par ondelettes permettant d’augmenter significativement le nombre de canaux sous observation sans augmenter la consommation de l’émetteurrécepteur. Cette nouvelle méthode de compression se distingue des méthodes existantes en atteignant de meilleurs taux de compression tout en permettant de reconstruire les signaux compressés avec une meilleure qualité. Au moment de la rédaction de ce mémoire, il s’agit des premiers dispositifs optogénétiques sans fil à offrir simultanément de la stimulation optique multicanal, de l’enregistrement électrophysiologique multicanal ainsi que de la détection/compression in situ des potentiels d’actions. Grâce à leur design novateur et aux innovations apportées par les nouveaux algorithmes de traitement des signaux, les systèmes conçus sont plus légers et plus compacts que les systèmes précédents, rendant ces dispositifs indispensables afin de mener des expériences sur le cerveau de petits animaux libres de leurs mouvements. Les trois systèmes ont été validés avec grand succès par des expériences in vivo sur des souris transgéniques au Centre de Recherche de l’Institut Universitaire en Santé Mentale de Québec (CRIUSMQ). / The electrical signals acquisition from the brain’s neurons allows neuroscientists to better understand its functioning. In this work, new neural signals compression algorithms are designed and presented. These new algorithms are incorporated into three new miniature optogenetic wireless devices. These devices are capable to optically stimulate neural activity and to wirelessly transmit the biopotentials captured by several microelectrodes. Two of these systems are able to compress the signals from two microelectrodes and to stimulate optically via two high-power LED. Both systems feature a new spike detection algorithm to reduce the bandwidth used by the wireless transceiver. This new spike detection algorithm differs from existing algorithms by achieving better detection rate while using less material resources and processing time. A third device incorporating the detection and compression algorithms was designed. This device is the only optogenetic wireless system including 32 optical stimulation channels and 32 electrophysiological recording channels in parallel. This new system has the ability to compress the neural signals using a new wavelet compression technique that significantly increase the number of channels under observation without increasing the consumption of the wireless transceiver. In particular, this new compression technique differs from the existing wavelet based compression methods by achieving better compression ratio while allowing to reconstruct the compressed signals with better quality. At the time of writing this thesis, these are the first three devices that offer simultaneous multichannel optical stimulation, multichannel electrophysiological signals recording and on-the-fly spike detection. The resulting systems are more compact and lightweight than previous systems, making these devices essentials to conduct long term experiments on the brains of small freely moving animals. The three systems were validated within in vivo experiments using transgenic mice at the Centre de Recherche de l’Institut Universitaire en Santé Mentale de Québec (CRIUSMQ).

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2015-2016 / La compression des données est la technique informatique qui vise à réduire la taille de l'information pour minimiser l'espace de stockage nécessaire et accélérer la transmission des données dans les réseaux à bande passante limitée. Plusieurs techniques de compression telles que LZ77 et ses variantes souffrent d'un problème que nous appelons la redondance causée par la multiplicité d'encodages. La multiplicité d'encodages (ME) signifie que les données sources peuvent être encodées de différentes manières. Dans son cas le plus simple, ME se produit lorsqu'une technique de compression a la possibilité, au cours du processus d'encodage, de coder un symbole de différentes manières. La technique de compression par recyclage de bits a été introduite par D. Dubé et V. Beaudoin pour minimiser la redondance causée par ME. Des variantes de recyclage de bits ont été appliquées à LZ77 et les résultats expérimentaux obtenus conduisent à une meilleure compression (une réduction d'environ 9% de la taille des fichiers qui ont été compressés par Gzip en exploitant ME). Dubé et Beaudoin ont souligné que leur technique pourrait ne pas minimiser parfaitement la redondance causée par ME, car elle est construite sur la base du codage de Huffman qui n'a pas la capacité de traiter des mots de code (codewords) de longueurs fractionnaires, c'est-à-dire qu'elle permet de générer des mots de code de longueurs intégrales. En outre, le recyclage de bits s'appuie sur le codage de Huffman (HuBR) qui impose des contraintes supplémentaires pour éviter certaines situations qui diminuent sa performance. Contrairement aux codes de Huffman, le codage arithmétique (AC) peut manipuler des mots de code de longueurs fractionnaires. De plus, durant ces dernières décennies, les codes arithmétiques ont attiré plusieurs chercheurs vu qu'ils sont plus puissants et plus souples que les codes de Huffman. Par conséquent, ce travail vise à adapter le recyclage des bits pour les codes arithmétiques afin d'améliorer l'efficacité du codage et sa flexibilité. Nous avons abordé ce problème à travers nos quatre contributions (publiées). Ces contributions sont présentées dans cette thèse et peuvent être résumées comme suit. Premièrement, nous proposons une nouvelle technique utilisée pour adapter le recyclage de bits qui s'appuie sur les codes de Huffman (HuBR) au codage arithmétique. Cette technique est nommée recyclage de bits basé sur les codes arithmétiques (ACBR). Elle décrit le cadriciel et les principes de l'adaptation du HuBR à l'ACBR. Nous présentons aussi l'analyse théorique nécessaire pour estimer la redondance qui peut être réduite à l'aide de HuBR et ACBR pour les applications qui souffrent de ME. Cette analyse démontre que ACBR réalise un recyclage parfait dans tous les cas, tandis que HuBR ne réalise de telles performances que dans des cas très spécifiques. Deuxièmement, le problème de la technique ACBR précitée, c'est qu'elle requiert des calculs à précision arbitraire. Cela nécessite des ressources illimitées (ou infinies). Afin de bénéficier de cette dernière, nous proposons une nouvelle version à précision finie. Ladite technique devienne ainsi efficace et applicable sur les ordinateurs avec les registres classiques de taille fixe et peut être facilement interfacée avec les applications qui souffrent de ME. Troisièmement, nous proposons l'utilisation de HuBR et ACBR comme un moyen pour réduire la redondance afin d'obtenir un code binaire variable à fixe. Nous avons prouvé théoriquement et expérimentalement que les deux techniques permettent d'obtenir une amélioration significative (moins de redondance). À cet égard, ACBR surpasse HuBR et fournit une classe plus étendue des sources binaires qui pouvant bénéficier d'un dictionnaire pluriellement analysable. En outre, nous montrons qu'ACBR est plus souple que HuBR dans la pratique. Quatrièmement, nous utilisons HuBR pour réduire la redondance des codes équilibrés générés par l'algorithme de Knuth. Afin de comparer les performances de HuBR et ACBR, les résultats théoriques correspondants de HuBR et d'ACBR sont présentés. Les résultats montrent que les deux techniques réalisent presque la même réduction de redondance sur les codes équilibrés générés par l'algorithme de Knuth. / Data compression aims to reduce the size of data so that it requires less storage space and less communication channels bandwidth. Many compression techniques (such as LZ77 and its variants) suffer from a problem that we call the redundancy caused by the multiplicity of encodings. The Multiplicity of Encodings (ME) means that the source data may be encoded in more than one way. In its simplest case, it occurs when a compression technique with ME has the opportunity at certain steps, during the encoding process, to encode the same symbol in different ways. The Bit Recycling compression technique has been introduced by D. Dubé and V. Beaudoin to minimize the redundancy caused by ME. Variants of bit recycling have been applied on LZ77 and the experimental results showed that bit recycling achieved better compression (a reduction of about 9% in the size of files that have been compressed by Gzip) by exploiting ME. Dubé and Beaudoin have pointed out that their technique could not minimize the redundancy caused by ME perfectly since it is built on Huffman coding, which does not have the ability to deal with codewords of fractional lengths; i.e. it is constrained to generating codewords of integral lengths. Moreover, Huffman-based Bit Recycling (HuBR) has imposed an additional burden to avoid some situations that affect its performance negatively. Unlike Huffman coding, Arithmetic Coding (AC) can manipulate codewords of fractional lengths. Furthermore, it has attracted researchers in the last few decades since it is more powerful and flexible than Huffman coding. Accordingly, this work aims to address the problem of adapting bit recycling to arithmetic coding in order to improve the code effciency and the flexibility of HuBR. We addressed this problem through our four (published) contributions. These contributions are presented in this thesis and can be summarized as follows. Firstly, we propose a new scheme for adapting HuBR to AC. The proposed scheme, named Arithmetic-Coding-based Bit Recycling (ACBR), describes the framework and the principle of adapting HuBR to AC. We also present the necessary theoretical analysis that is required to estimate the average amount of redundancy that can be removed by HuBR and ACBR in the applications that suffer from ME, which shows that ACBR achieves perfect recycling in all cases whereas HuBR achieves perfect recycling only in very specific cases. Secondly, the problem of the aforementioned ACBR scheme is that it uses arbitrary-precision calculations, which requires unbounded (or infinite) resources. Hence, in order to benefit from ACBR in practice, we propose a new finite-precision version of the ACBR scheme, which makes it efficiently applicable on computers with conventional fixed-sized registers and can be easily interfaced with the applications that suffer from ME. Thirdly, we propose the use of both techniques (HuBR and ACBR) as the means to reduce the redundancy in plurally parsable dictionaries that are used to obtain a binary variable-to-fixed length code. We theoretically and experimentally show that both techniques achieve a significant improvement (less redundancy) in this respect, but ACBR outperforms HuBR and provides a wider class of binary sources that may benefit from a plurally parsable dictionary. Moreover, we show that ACBR is more flexible than HuBR in practice. Fourthly, we use HuBR to reduce the redundancy of the balanced codes generated by Knuth's algorithm. In order to compare the performance of HuBR and ACBR, the corresponding theoretical results and analysis of HuBR and ACBR are presented. The results show that both techniques achieved almost the same significant reduction in the redundancy of the balanced codes generated by Knuth's algorithm.

La hiérarchie mémoire subit une pression qui ne cesse de croître. Cette pression a eu pour origine la montée en fréquence des processeurs. Cependant, maintenant que la fréquence stagne autour de 3 GHz, le nombre de cœurs d'exécution et donc le nombre de processus s'exécutant simultanément augmentent à leur tour. La hiérarchie mémoire subit alors un nombre croissant de requêtes, conduisant à la saturation de sa bande passante. Les travaux présentés dans cette thèse montrent que la hiérarchie mémoire est souvent utilisée pour transporter des blocs de données totalement nuls. Ces blocs de valeur triviale se trouvent particulièrement nombreux au dernier niveau de cache et au niveau de la mémoire principale. Nous proposons dans ce document d'utiliser un cache spécialisé dans la gestion de ces blocs nuls, le Zero-Content Augmented Cache. Ce dernier est composé d'un cache traditionnel et d'un cache dédié aux blocs nuls. Cette proposition permet à la fois d'augmenter les performances globales du système et de réduire significativement la bande passante mémoire utilisée. Dans ce document, nous proposons également une architecture de mémoire compressée utilisant la présence de blocs nuls, la Decoupled Zero-Compressed Memory. Cette mémoire permet de stocker un working-set plus grand que la taille de la mémoire physique, et donc de réduire significativement le nombre d'accès aux périphériques de stockage de masse.