L’objectif général de ma thèse est de développer une modélisation spatialisée à l’échelle d’un versant, afin de mieux rendre compte des principales voies de transfert des pesticides dans les terrains agricoles. Je cherche à adopter une approche simplifiée, mais qui permet néanmoins de représenter les discontinuités existantes (parcelles, fossés, talus … etc). En effet, on souhaite pouvoir quantifier les mécanismes du transfert des pesticides en prenant en compte l’influence des éléments du paysage (parcelles, fossés, bandes enherbées …etc) sur la partition des transferts d’eau et de pesticides en surface et en subsurface. On s’appuie pour ce développement sur les données acquises sur le bassin versant expérimental de la Morcille (69), qui servent à fournir des ordres de grandeur et un cadre pour tester la pertinence des développements effectués. Une synthèse bibliographique sur les processus en jeu et les modèles existants a conduit au choix de la plateforme de modélisation hydrologique CMF, développée à l’université de Giessen (Kraft, 2012). Cette dernière permet une modélisation orientée objet d’un système hydrologique (colonne de sol, versant, bassin versant ...etc) et propose une grande variété d’équations physiques pour la représentation des processus hydrologiques. Le travail est mené sur trois étapes, une première consiste à l’évaluation du comportement de la plateforme et la validation de sa réponse via la comparaison dans un premier temps via un modèle 1D suite à une comparaison avec Hydrus1D. Dans un second temps, nous avons mené des simulations en 2D en comparant avec le modèle Cathy en se basant sur les travaux de Sulis et al. (2010) et avec Hydrus2D (Simunek et al., 1999 & Simunek et al., 2001) sur un versant inspiré du versant expérimental de la Morcille. La deuxième étape consiste à la prise en compte des écoulements préférentiels dans certains types de sol structurés, nous paraît nécessaire pour une meilleure représentation des processus en jeu. La représentation du transfert préférentiel des produits phytosanitaires via les macropores vers la ressource en eau représente encore un défi pour la recherche. L’approche à double perméabilité (DP) choisie contient le développant d’une nouvelle fonction d’infiltration dans les macropores. Notre modèle DP contient également deux fonctions alternatives d’échange matrice-macropores ; la première est proportionnelle à la différence des teneurs en eau des deux compartiments du sol (Philip, 1968). La deuxième fonction d’échange est une onde diffusante basée sur l’approche présentée par van Genuchten (1993). La dernière partie de la thèse consiste en la modélisation des solutés suivant successivement les deux approches : simple porosité et double perméabilité, en considérant le transport des solutés par convection et une adsorption linéaire. La validation de notre approche de modélisation est menée en comparant avec les simulations d’Hydrus1D/2D. / The aim of my thesis is to develop a spatial scale modeling of a catchment, to better reflect the main pathways of pesticides in agricultural lands. We are looking to adopt a simplified approach, yet it allows to represent the existing discontinuities (plots, ditches, embankments ... etc). Indeed, we wish to quantify the mechanisms of transfer of pesticides taking into account the influence of landscape features (patches, ditches, grass strips ... etc) on the partition of water transfers and pesticides in surface and subsurface. It relies for this development on the acquired data on the experimental watershed Morcille (69), which serve to provide orders of magnitude and a framework to test the relevance of business developments. A literature review on the processes involved and the existing models led to the choice of hydrological modeling framework CMF, developed at the University of Giessen (Kraft, 2012). CMF allows for object oriented modeling of a hydrologic system (soil column, slope, watershed etc.) and offers a wide variety of physical equations for the representation of hydrological processes. The work is conducted in three steps, the first involves assessing the behavior of CMF and validating its response via the comparison initially via a 1D model following a comparison with Hydrus1D. Secondly, we conducted 2D simulations comparing with the Cathy model based on the work of Sulis et al. (2010) and Hydrus2D (Simunek et al., 1999 & Simunek et al., 2001) on a hillslope inspired from the experimental slope of Morcille. The second step is to take account of preferential flow in certain types of structured soil, seems necessary for better representation of the processes. The representation of the preferential transfer of pesticides through macropores to water resources is still a research challenge. The dual permeability approach (DP) contains selected developing the infiltration of a new function in the macropores. Our DP model also contains two alternative exchange functions matrix-macropores; the first one is proportional to the difference of the water contents of the two compartments of the soil (Philip, 1968). The second exchange function is a diffusing wave based on the approach outlined by van Genuchten (1993). The last part of the thesis consists in the modeling of solutes successively following two approaches: single dual porosity and permeability, considering the convective transport of solutes and a linear adsorption. The validation of our modeling approach is conducted by comparing with the Hydrus1D / 2D simulations.

La modélisation des massifs rocheux fracturés est un problèmes important dans de nombreux secteurs industriels, y compris, mais sans s'y limiter à l'exploitation pétrolière et gazière. Dans la littérature, les roches fracturées sont reconnues comme des milieux à double porosité et double perméabilité dans lesquels le réseau de fractures fournit la perméabilité primaire et la matrice rocheuse la perméabilité secondaire. L'idée de la dissociation de l'écoulement à l'intérieur du réseau de fractures et de la matrice,la double perméabilité, est toujours contestée pour les réservoirs fracturés. De nombreuses contributions sur cette question ont été présentées dans la littérature et les méthodes utilisées pourraient être classées dans deux approches principales : approches continues et discontinues. Chaque approche a ses avantages et ses limites. Pour surmonter les limites en gardant les avantages de ces deux approches, une approche nommée Embedded Fracture Continumm Approach (EFCA) qui emprunte le concept du modèle continu et intègre également l'effet des fractures explicites est considérée dans cette thèse. L'idée principale de cette approche repose sur le concept de la « cellule fracturée » représentant un milieu poreux qui a ses propres propriétés calculées à partir des propriétés de la matrice poreuse et des fractures qui la traversent. Le code de calcul développé dans le cadre de ce travail est basé sur la bibliothèque source DEAL.II. L'exactitude de l'EFCA a été étudiée à travers de différents tests. Plusieurs applications traitées dans ce travail comme la détermination des propriétés hydro-mécaniques effectives d'un site réel, estimation de la production de puits dans laquelle les fractures sont modélisées explicitement, démontrent la performance de l'EFCA dans la modélisation des roches fracturées ainsi que l'effet de la double porosité et de la double perméabilité aux comportements des réservoirs fracturés. / Fractured rock masses modeling is a challenge issue in many field of industry including but not limited to oiland gas exploitation. In the literature, fractured rock masse are in many cases recognized as double permeability medium in which fracture network provides the primary permeability and rock matrix plays asthe second one. The idea of dissociation of flow inside the fracture network and the matrix, the double permeability, is still challenged for fractured reservoirs. Numerous contributions on this issue have been presented in the past could be cast in two main approaches: continuum media approach and discontinuous approach. Each approach has its advantages and limitations. To overcome the limitation and to take advantage of these two approaches, the Embedded Fractured Continuum Approach (EFCA) which borrows the concept of continuum models and also incorporates the effect of explicit fractures is considered in this thesis. The principal idea of this approach lies on the concept of fracture cell representing a porous medium that has their own properties calculated from the properties of porous matrix and fractures intersecting it.The development in this work was conducted by using the library source code DEAL.II. The accuracy of EFCA was investigated through different verifications. Through some applications: determination of effective hydro-mechanical properties of an actual site, estimation of well production in which necessary fractures are modeled explicitly, we demonstrate the performance of the EFCA in the modeling fracture drock masses as well as the effect of double porosity and double permeability on behaviours of fractured reservoirs.