Στα πλαίσια της διπλωματικής εργασίας μελετήθηκαν οι αλγόριθμοι και τα εργαλεία σχεδίασης Φαρμάκων με τη βοήθεια Η/Υ, που υπάρχουν στη διεθνή βιβλιογραφία. Η μελέτη αναφέρθηκε σε αλγορίθμους «εξ αρχής» σχεδιασμού φαρμακοφόρων μορίων (de novo drug design). Στόχος της διπλωματικής εργασίας ήταν η σχεδίαση ενός πλαισίου αξιολόγησης των σχετικών εργαλείων και αλγορίθμων σχεδιασμού Φαρμάκων με τη βοήθεια Η/Υ και η αναφορά πιθανών βελτιώσεων στα ανοικτά προβλήματα που προκύπτουν. / The thesis was about algorithms and tools for drug design with the use of computers, algorithms and tools which already exist in the international bibliography. The study referred to algorithms for de novo drug design. The aim of the thesis was the design of a frame for the evaluation of the relevant tools and algorithms and also the report of possible improvements to the open issues that arise.