Selon l'hypothèse de l'effet de dilution, les écosystèmes les plus riches en espèces seraient également les moins propices à la circulation des agents infectieux du fait de la présence d'hôtes non compétents constituant des impasses épidémiologiques. Dans cette thèse, nous explorons l'existence de ce phénomène sur le modèle des leishmanioses cutanées zoonotiques en Guyane. Des outils moléculaires basés sur l'utilisation des technologies de séquençage haut-débit ont été développés pour étudier le système épidémiologique. Ces outils ont ensuite été employés pour caractériser le cycle de transmission des leishmanioses dans des sites forestiers sujets à différents niveaux de perturbation d'origine humaine. Nos résultats semblent globalement congruents avec l'hypothèse de l'effet de dilution, et indiquent un risque infectieux plus élevé sur le site le plus perturbé. Toutefois, les différences observées entre les sites ne sont pas significatives et d'avantage de données seraient nécessaires pour tirer des conclusions générales. / The dilution effect hypothesis states that more diverse ecological communities are less prone to pathogen transmission because of the presence of non-competent hosts acting as epidemiological dead-ends. In this work, we investigate the existence of this phenomenon in the case of zoonotic cutaneous leishmaniases in French Guiana. Molecular tools based on high-throughput sequencing technologies have been developed to study the epidemiological system. These tools were employed to explore leishmaniases transmission cycles in forest sites undergoing different levels of human-induced perturbations. Our results seem generally congruent with the dilution effect hypothesis, indicating higher disease risk in the most perturbed site. However, differences observed between sites were not significant, and more data is needed to draw general conclusions.

Cette thèse étudie le parcours d’une figure politique de second rang de la République fédérale d’Allemagne, August Haußleiter (1905-1989). Ayant grandi dans un milieu rural et protestant, il entra en contact avec le mouvement national-socialiste, sans toutefois adhérer au NSDAP. Après avoir été journaliste local du Fränkischer Kurier, Haußleiter fut propagandiste de la Wehrmacht. Dans l’après-guerre, au mitan de sa vie, il se consacra à la politique. Il fut d’abord député de l’Union chrétienne-sociale de Bavière (1946-1949), puis fonda un parti politique antidémocratique et national-neutraliste, la Deutsche Gemeinschaft, qui se définissait comme mouvement de libération allemand, en opposition au modèle démocratique ouest-allemand. En rejetant la politique germano-allemande et extérieure de la République fédérale et en plaidant pour une Allemagne neutre et unie, Haußleiter était une des voix d’un milieu neutraliste particulièrement hétérogène, s’opposant à différents degrés au « modèle » occidental. Dans le cadre de la libéralisation de la société ouest-allemande des années 1960, Haußleiter tenta de s’ériger en bras parlementaire de l’Opposition extra-parlementaire, dans le cadre de l’Aktionsgemeinschaft Unabhängiger Deutscher. Enfin, face à la prise de conscience accrue des liens entre une croissance démesurée et les problèmes environnementaux au début des années 1970, Haußleiter fut l’une des forces issues de la droite politique qui participèrent à l’initiation du parti vert ouest-allemand Die Grünen. L’intérêt de cette biographie politique découle de la non-linéarité d’une trajectoire individuelle qui amène à décloisonner les catégories politiques classiques de droite et de gauche et à soulever la question de l’existence d’idées, d’acteurs, de structures, de moments et de lieux qui pouvaient faire figure de lien entre ces différents engagements politiques. Se déployant pendant les quarante années de la séparation de l’Allemagne, la carrière politique d’August Haußleiter reflète les évolutions de la « question allemande » des ruines de l’après-guerre à la Wende des années 1989/90 et permet ainsi de questionner les principales mutations de la culture politique ouest-allemande jusqu’à l’unification de l’Allemagne / This PHD thesis examines the career of German politician August Haußleiter (1905-1989). Haußleiter, born the son of a pastor and raised in a rural environment in Bavaria, came into contact with the National Socialist movement, though he did not join the Nazi party. After working as a journalist for the Fränkischer Kurier, he became a military propagandist of the Wehrmacht. In the post-war period, Haußleiter devoted himself to politics. He first served as a deputy of the Christian Social Union (1946-1949), then developed a new antidemocratic and national-neutralist political party, the German Community. This party defined itself in opposition to the democratic model of the German Federal Republic. Haußleiter rejected the West German policies towards the German Democratic Republic and pleaded in favour of a united and neutral Germany. In doing so, Haußleiter was one of the voices of a very heterogenous neutralist environment, with varying degrees of opposition to the occidental model. In the context of the liberalisation of Western German society in the 1960s, Haußleiter attempted to become the parliamentary representation of the German Extra-Parliamentary Opposition inside the Action Community for an Independent Germany, which he had joined in 1965. Against a backdrop of increased awareness around the link between economic growth and environmental problems in the 1970s, Haußleiter participated in the electoral green movement and party. This political biography highlights the non-linear progression of an individual career that breaks down the barriers between the traditional political categories of right and left and raises the question of ideas, actors, structures, moments and places working as ties between different political engagements. Spanning the 40 years of German separation, the political career of Haußleiter reflects the evolutions of the 'German question' from the post-war ruins to the turn of 1989/1990 and questions the main changes in West German political culture until the country’s reunification / Diese Dissertation setzt sich mit der Biografie des zweitrangigen Politikers August Haußleiter (1905-1989) auseinander, der in Nürnberg als Pfarrersohn geboren wurde. Haußleiter war kein Mitglied der NSDAP, kam aber mit der nationalsozialistischen Bewegung in Berührung. Er arbeitete als Journalist im Fränkischen Kurier, bevor er in die Wehrmacht eingezogen wurde, wo er Mitglied verschiedener Propagandakompanien wurde. Nach dem Zweiten Weltkrieg widmete er sich der Politik. Erst als CSU-Abgeordneter im Bayerischen Landtag (1946-1949), bevor er eine antidemokratische und national-neutralistische Kleinpartei gründete, die Deutsche Gemeinschaft, die sich als deutsche Freiheits- und Erneuerungsbewegung verstand und sich gegen die westdeutsche demokratisch-liberale Grundordnung positionierte. Indem er die Deutschland- und Außenpolitik der Bundesrepublik verwarf und für ein neutrales und geeintes Deutschland warb, war Haußleiter ein Vertreter eines sehr heterogenen neutralistischen Lagers, in dem die Opposition zum Westen stark variierte. Im Rahmen der Liberalisierung der westdeutschen Gesellschaft in den 1960er Jahren versuchte Haußleiter erfolglos die Aktionsgemeinschaft Unabhängiger Deutscher, in die die DG 1965 aufging, zum parlamentarischen Arm der Außerparlamentarischen Opposition zu machen. Im Rahmen der immer stärkeren Bewusstwerdung des Zusammenhangs zwischen Wachstum und globalen Umweltproblemen ab Anfang der 1970er Jahre wirkte Haußleiter aktiv an der Gründung der westdeutschen Grünen mit, die seine letzte politische Heimat wurden. Der politische Werdegang Haußleiters erscheint paradox und nur schwer erfassbar, da er sich unentwegt zwischen rechten und linken Denk- und Handlungsstrukturen bewegte und so die herkömmlichen politischen Kategorien in Frage stellt. Diese Dissertation geht der Frage nach, inwiefern Ideen, Akteure, Strukturen, Momente oder Orte es vermochten, zwischen seinen sukzessiven Lebensphasen bzw. parteipolitischen Zugehörigkeiten Brücken zu schlagen. Insofern als sich Haußleiters politische Karriere auf die gesamte Zeit der deutschen Teilung erstreckt, ermöglicht sie es die Frage nach den Wandlungen der politischen Kultur der Bundesrepublik zu beleuchten.

Les écosystèmes tropicaux, en particulier les écosystèmes amazoniens, sont connus pour abriter une importante diversité d'organismes, terrestres ou aquatiques. Cependant, les causes et les processus responsables de cette grande diversité dans les assemblages de poissons d'eau douce restent encore peu connus, et leur identification est un fort enjeu dans l'évaluation future des impacts des perturbations humaines qui sont grandissantes dans ces milieux. Nous avons étudié les processus qui façonnent la diversité et la structure des assemblages de poissons d'eau douce de Guyane dans les petits cours d'eau et les fleuves non impactés par les activités humaines. La diversité au sein des assemblages de petits cours d'eau augmente le long du gradient amont/aval et dans les milieux où l'habitat est plus diversifié. L'identité des espèces change le long de ce gradient, définissant des zones le long du cours d'eau. Les relations spatiales entre les assemblages et leur isolement ont aussi un fort effet sur les assemblages. En incorporant les informations sur les traits des espèces (diversité fonctionnelle) et leur relation de parenté (diversité phylogénétique), nous avons montré que la diversité au sein des assemblages n'était pas influencée par l'environnement ou les interactions entre les espèces. Nous avons aussi confirmé le fort effet de la limite à la dispersion entre les assemblages, en lien avec l'histoire passée des bassins versants, dans les petits cours d'eau et dans les fleuves. De telles études sur les processus structurant les assemblages nécessitent l'acquisition de données biologiques plus complètes, et donc le développement d'une nouvelle méthode d'échantillonnage qui soit exhaustive et non invasive. Pour cela, nous avons testé le metabarcoding environnemental (l'identification moléculaire des espèces présentes à partir d'un échantillon d'eau). Cette méthode donne des résultats complémentaires aux pêches traditionnelles et nécessite encore un travail de développement et des tests supplémentaires pour améliorer son efficacité et permettre son utilisation pour identifier les processus structurant les assemblages. Ces travaux, aussi bien pratiques que théoriques, sont nécessaires au développement d'un meilleur cadre conceptuel sur la structure des assemblages de poissons tropicaux, et dans la construction d'indicateurs d'impacts d'activités humaines sur les écosystèmes. / Tropical ecosystems, especially Amazonian ecosystems, host a great diversity of terrestrial and aquatic organisms. However, the causes and the processes behind this high diversity for freshwater fish assemblages are little known, but their identification will be an asset in the assessment of anthropogenic impacts that are increasing in these regions. We studied the processes that shape the diversity and the structure of freshwater fish assemblages of non-impacted streams and rivers located in French Guiana. Within-assemblage diversity increased along an upstream/downstream gradient and was higher in sites where the habitat was diversified. Species identity changed along this gradient, which created zones along the stream. Spatial relationships between assemblages and their isolation also greatly impacted species assemblages. Using information about species traits (functional diversity) and their phylogenetic relationships (phylogenetic diversity), we showed that within-assemblage diversity was not influenced by the environment or by species interactions. We also confirmed that dispersal limitation, linked with the past history of drainage basins, had a strong effect on assemblage structure in both streams and in rivers. Future investigations on the processes structuring fish assemblages will need to acquire more exhaustive biological data, and therefore to develop an efficient, and non-destructive sampling method. To this aim, we evaluated the efficiency of environmental metabarcoding applied to aquatic assemblages (the molecular identification of species present from a water sample) and compared it to traditional sampling methods. Currently, metabarcoding gives complementary information to traditional sampling. It thus needs developments and further tests to increase its efficiency and allow its use for assembly processes studies. Pursuing the formalization of a conceptual framework to investigate assembly rules together with the development of an efficient fish sampling protocol are now needed to better understand the structure of tropical fish assemblages. Those theoretical and practical developments will contribute to better evaluate anthropogenic disturbances on aquatic ecosystems.

L'étude s'intéresse à la bactérie Legionella pneumophila (Lpn) dans les biofilms des affluents du lac du Bourget. Elle confirme le caractère ubiquiste de cette bactérie, principalement sous sa forme non cultivable. Elle met aussi en évidence, le caractère local des facteurs naturels de régulation : seule la température de l'eau intervient dans la majorité des sites. Ce déterminisme local a aussi été mis en évidence avec l'étude du réseau hydrographique aixois qui reçoit à la fois des eaux thermales et celles de la rivière Le Tillet. Les perturbations thermique et chimique liées aux arrivées d'eau chaude sont détectables jusqu'à la partie aval du réseau. L'effet d'enrichissement des apports en Lpn qui leur correspondent reste localisé ce qui peut être la manifestation de processus naturels d'autoépuration. Nos résultats montrent également un comportement différent des organismes du groupe des Pseudomonas et des bactéries apparentées vis-à-vis des caractéristiques physico-chimiques. Des expériences effectuées en réacteurs biologiques ont montré qu'une augmentation de la vitesse ou de la température de l'eau est favorable à la présence de Lpn. Un modèle de transport de charges a été construit à partir duquel une gestion de l'utilisation du jet d'eau situé à proximité de la plage municipale d'Aix-les-Bains pourrait être faite pour tenir compte des périodes durant lesquelles des fragments de biofilms susceptibles de contenir des Lpn sont transportés en masse par le réseau aixois en direction de la plage. / The study concerns the occurrence of the bacteria Legionella pneumophila (Lpn) in biofilms from Lake Bourget tributaries. It confirms the ubiquity of the bacteria in flowing waters, but mainly as viable but non culturable state. It highlights that main environmental control factors are local, at the exception of water temperature which is involved in most studied sites. Local control of biofilms development has also been demonstrated in the study of the Aix-les-Bains hydrological network which receives hot springs water and water from the Tillet river. Thermal and chemical disturbances induced by hot waters entrances could still be detected at the farthest downstream part of the network. Biofilms enrichment in Lpn related to theses incomings kept localized possibly due to self-purification processes. Our results depict different answers of microorganisms like Pseudomonas and related bacteria towards physicochemical characteristics. Two experiments were performed based on biological reactors, showing that increases of water temperature or water flow, both enhance Lpn concentration. An hydrological transport model has been designed to serve the management of a waterspout sited by the Aix-les-Bains beach. It is written especially to address periods where biofilms transport holding high Lpn concentrations should be avoided.

L'accroissement de la production de déchets ménagers dans les grandes villes du monde depuis les années 1970 engendre un débat sur leur traitement et l'échelle de leur gestion qui s'articule avec la question de la protection environnementale et de la salubrité publique. il doit aussi composer avec les inégalités du service de gestion des déchets privatisé, source d'un urbanisme en fragmentation lié à la différenciation socio-spatiale des métropoles.a buenos aires, ce débat apparaît lors de la crise argentine (1999-2003), quand plusieurs milliers de cartoneros pauvres arrivent du conurbano pour récupérer et revendre les déchets recyclables de la capitale. il coïncide avec des protestations riveraines et environnementalistes face à la saturation des décharges contrôlées du modèle métropolitain de gestion des déchets. enfin, les municipalités veulent intervenir dans la gouvernance métropolitaine en décidant des modalités de gestion des déchets sur leur territoire.au regard de la fragmentation urbaine par les services, il faudra analyser les recompositions territoriales de la gestion des déchets et ses nouveaux acteurs, en se demandant si le concept de développement durable, au-delà de l'outil de marketing urbain, produit une prise de responsabilité fondée sur la valorisation des ordures ménagères et si la montée de la gouvernance locale engendre un modèle métropolitain participatif de gestion des déchets. / Last debates on environmental, social and economical urban performances have given a great share to waste management problems and shown that asserting one’s point of view on urban refuse also commits the metropolitan territories. In Buenos Aires (Argentina), socio-economical fragmentation, suburbanization and decentralization processes challenge the centralized sociotechnical system created in 1977. A difficult transition in the city’s urban ecology put at stake the waste recollection and treatment urban services organization. During the last military dictatorship (1976-1983), sanitarism had been a guide for waste metropolization as well as for the cinturón ecológico project. Nevertheless, this paradigm lasted until the failure of the liberal economic system popped out with the 2001 crisis. Massive wastepicking and recycling by the cartoneros opened the way for waste to become a public environmental problem. Transformations in public action enlighten new issues. At the international level, decision-makers try to promote urban sustainable management, by institutionalizing the waste picking activity, supporting secondary-raw material trade and protecting natural resources. But those projects often convey sanitary and real estate uncertainties among social actors, who try to participate into their governance. They use contestation as a way to put forward their own scenarios, either for transjuridictional and reticular waste picking territories or for waste treatment ones, on the metropolitan edges.

Cette recherche étudie comment les prédispositions comportementales innées, suscitées par des signaux issus d'environnements naturels , influencent le comportement du choix du consommateur. Par l'intégration de concepts et de théories évolutionnistes de l'écologie comportementale au cadre conceptuel du processus de persuasion ainsi que par l'étude neurophysiologique de ce dernier, l'étude offre une définition des concepts du signal naturel et de la prédisposition comportementale innée. En appliquant le protocole de recherche de l'écologie comportementale, le signal naturel du fruit mûr a pu être identifié et testé en l'intégrant dans une communication sur un site de e-commerce dans le cadre d'une expérimentation en laboratoire. Une combinaison des méthodes de l'oculométrie, de l'Affect Misattribution Procedure et du questionnaire déclaratif a permis de quantifier l'effet d'un signal naturel sur les variables centrales du processus de persuasion : l'attention sélective , la motivation d'approche, la mémorisation implicite et explicite, l'attitude implicite et explicite ainsi que l'intention d'achat. L'étude montre que la couleur du signal du fruit mûr influence le processus de persuasion par une voie périphérique sans attirer l'attention du consommateur alors que la forme suscite elle l'attention sélective suivi d'un comportement d'exploration visuelle autour du signal, permettant d'améliorer la mémorisation, l'attitude et par conséquent le comportement de choix. L'étude offre un cadre théorique permettant d'étudier des signaux naturels en mesure d'influencer le choix du comportement du consommateur à travers différentes cultures, devices, médias et supports marketing. / The thesis studies the influence of innate pre-existing behavioral biases for natural signals influencing product choice. By integrating evolutiannory concepts and theories from the discipline of behavioral ecology into the conceptual framework of the persuasion process on the one hand, and by the neurophysiological study of this processes on the other, this study offers a definition of the concepts of natural signals and pre-existing biases. Using the research protocol of behavioral ecology, the study shows that ripe fruits are natural signals. Their influence on the process of persuasion was tested by quantifying its effects on the following variables : selective attention, approach motivation, explicit and implicit memorization, explicit and implicit attitude as well as purchase intention. The results show that the color of a ripe fruit influences the persuasion process via a peripheral route without attracting attention, whereas the shape of the signal attracts selective attention and triggers a visual exploration behavior which improves memorization attitude and products choice. The study offers a theoretical framework for the study of natural signals and their influence throughout different cultures and media and throughout various forms of marketing materials and communication devices.

Le palmier à huile africain Elaeis guineensis Jacqu. (Arecales : Arecaceae) est une plante tropicale d’intérêt économique et la première source mondiale d’huile végétale. La production d’huile dépend de la pollinisation par des charançons du genre Elaeidobius (Coleoptera : Curculionidae). Ces insectes sont impliqués dans une relation mutualiste spécialisée avec leur plante-hôte : ils se développent au dépend des inflorescences mâles qu’ils détectent par le biais des odeurs émises durant l’anthèse, tandis que les inflorescences femelles sont pollinisées en mimant les odeurs mâles. Une maladie mortelle sévissant en Amérique du sud et qui touche l’E. guineensis a contribué au développement de variétés commerciales d’hybrides interspécifiques, résultat du croisement entre E. guineensis et le palmier à huile sud-américain Elaeis oleifera (Knuth) Cortés. Mais ces hybrides s’avèrent naturellement mal pollinisées et nécessitent l’intervention d’une pollinisation assistée couteuse et contraignante. Cette thèse part de l’hypothèse que la communication chimique qui permet la rencontre entre les deux espèces de palmiers et leurs pollinisateurs respectifs est déficiente chez les hybrides.L’objectif principal de cette thèse a été d’étudier le fonctionnement du système de pollinisation des deux espèces de palmiers afin de comprendre pourquoi les hybrides sont mal pollinisés. L’étude a été conduite dans une plantation commerciale en Equateur, dans laquelle coexistent les deux espèces E. guineensis et E. oleifera avec leur insecte pollinisateur respectif, le charançon africain Elaeidobius kamerunicus Faust. et le charançon sud-américain Grasidius hybridus O’Brien & Beserra (Coleoptera : Curculionidae) et des palmiers hybrides interspécifiques. En utilisant des techniques de piégeages et l’échantillonnages des odeurs florales, nos résultats ont montré le système de pollinisation des deux espèces de palmier est basé sur l’émission d’un signal chimique spécifique et une duperie olfactive, renforcée par un phénomène de thermogénèse. Les deux insectes sont attirés en faible proportion sur les hybrides, qui possèdent une composition chimique intermédiaire à celle des espèces parentales. Des tests physiologiques et comportementaux ont permis d’identifier les composés organiques volatils clés responsables de l’attraction des insectes pollinisateurs.Ce travail devrait contribuer à apporter des connaissances théoriques sur le système de pollinisation du palmier à huile, et permettre d’élaborer des méthodes pratiques de gestion des pollinisateurs afin de réduire les coûts en pollinisation assistée. / The African oil palm Elaeis guineensis Jacqu. (Arecales: Arecaceae) is a tropical plant of economic interest and the world's leading source of vegetable oil. Oil production depends on pollination by weevils of the genus Elaeidobius (Coleoptera: Curculionidae). These insects are involved in a specialized mutualist relationship with the host plant: they develop at the expense of the male inflorescences they detect through the odors emitted during the anthesis, while the female inflorescences are pollinated by mimicking the male odors. E. guineensis is affected by a lethal disease in South America that leads to the development of commercial varieties of interspecific hybrids, resulting from artificial crossing between E. guineensis and the South American oil palm Elaeis oleifera (Knuth) Cortés. However, the natural pollination of these hybrids is inadequate and require the intervention of a costly assisted pollination. This thesis hypothesizes that the chemical communication underlying the successful encountering between each oil palm species and their respective pollinators is deficient in hybrid palms.The main objective of this work was to study the functioning of the pollination system for both oil palm species to understand why natural pollination in hybrids is inefficient. The study was conducted in a commercial plantation in Ecuador, including the two species E. guineensis and E. oleifera present with their respective pollinating insects, the African weevil Elaeidobius kamerunicus Faust. and the South American weevil Grasidius hybridus O'Brien & Beserra (Coleoptera: Curculionidae), as well as interspecific hybrid palms. Using techniques of trapping and sampling of floral odors, our results showed the pollination system of both species of palm is based on the emission of a specific chemical signal and an olfactory deception, reinforced by a phenomenon of thermogenesis. The two insects are attracted in a small proportion to hybrid palms, which have an intermediate chemical composition compare to parent species. Physiological and behavioral tests permit the identification of the key volatile organic compounds responsible for pollinator attraction.This work should contribute to theoretical knowledge about the oil palm pollination system and the development of practical methods for pollinator management to reduce costs in assisted pollination.

Les nouvelles technologies de séquençage des génomes ont permis de révéler l’extraordinaire diversité des séquences virales dans des groupes d’hôtes jusque-là largement inexplorés. Ainsi, notre connaissance des virus d’arthropodes, infectant les animaux les plus diversifiés et abondants sur Terre, était jusque-là essentiellement réduite à des espèces d’intérêt économique et médical. Les nouvelles données de diversité virale chez les arthropodes illustrent le besoin d’étendre l’inventaire viral à l’échelle de l’écosystème et d’inclure les virus comme une composante essentielle de leur fonctionnement et de leur évolution.Dans ces travaux de thèse, j’ai développé et appliqué deux approches d’étude de la diversité virale chez des arthropodes, ainsi que de la circulation des virus dans des écosystèmes, en me focalisant sur des espèces d’intérêt agronomique : i) une approche virus-centrée par fouille de bases de données nucléotidiques, en recherchant la présence d’un groupe de petits virus à ADN inféodés aux arthropodes, les densovirus ii) une approche arthropode-centrée, utilisant une méthode séquençage haut débit de génomes viraux (métagénomique virale) pour analyser des communautés virales associées à des arthropodes de différents niveaux trophiques échantillonnés dans des agroécosystèmes.Mes résultats ont permis de :(i) Mettre en évidence que les densovirus sont largement présents dans l’ensemble du règne animal - notamment chez une grande diversité d’arthropodes - et qu’ils sont très diversifiés génétiquement, ce qui a permis de mieux appréhender histoire évolutive de ce groupe de virus ;(ii) Découvrir de nouveaux virus chez certains ravageurs de cultures : le tétranyque tisserand (Tetranychus urticae, Acarien) provenant de populations de laboratoires, ainsi que le puceron vert du pois (Acyrthosiphon pisum, Hémiptère), le phytonome de la luzerne (Hypera postica, Coléoptère) et l’armigère de la tomate (Helicoverpa armigera, Lépidoptère) provenant de populations naturelles échantillonnées dans des cultures de luzerne et des prairies. Ces études ont permis de mettre en évidence la présence de viromes spécifiques de chaque espèce d’arthropode et de caractériser la distribution de certains virus dans des communautés d’arthropodes d’un même écosystème. Plus de 60 nouvelles espèces de virus d’arthropodes et de plantes ont été découvertes. Leurs liens évolutifs avec des espèces de virus connues ont été caractérisés par des analyses phylogénétiques.(iii) Enfin, les travaux menés en (ii) ont également permis d’optimiser la méthodologie permettant d’obtenir et d’analyser des viromes obtenus à partir d’échantillons multiplexés, optimisant notamment l’étape d’attribution taxonomique des séquences obtenues par séquençage à haut débit, réduisant ainsi leur proportion en « matière noire » inhérente aux analyses des viromes. / High throughput sequencing technologies have revealed the extraordinary diversity of viral sequences in hitherto largely unexplored host groups. Thus, our knowledge about arthropod viruses, infecting the most diverse and abundant animals on Earth, was hitherto essentially reduced to species of economical and medical interest. New data on viral diversity in arthropods illustrate the need to expand viral inventory at the scale of the ecosystem and to include viruses as an essential component of their functioning and their evolution.In my thesis, I developed and applied two approaches to study the diversity of viruses in arthropods and how virus circulate in ecosystems, focusing on species of agronomic interest: (i) a virus-centered approach by exploring nucleotidic sequence databases, searching for the presence of a group of small DNA viruses infecting arthropods, the densoviruses (ii) an arthropod-centered approach at the scale of the ecosystem, using a viral metagenomic method to analyze viral communities associated with arthropods from different trophic levels from the same agroecosystems.My results showed that:(i) Densoviruses are spread throughout the animal kingdom - particularly in a wide diversity of arthropods - and are highly diverse genetically, which led to a better understanding of the evolutionary history of this group of viruses;(ii) A number of new viruses can be described in pests: the spider mite (Tetranychus urticae, Acari) from laboratory populations, as well as the green pea aphid (Acyrthosiphon pisum, Hemiptera), the alfalfa weevil (Hypera postica, Coleoptera) and the cotton bollworm (Helicoverpa armigera, Lepidoptera) from natural populations sampled from alfalfa crops and grasslands. These studies also highlighted that specific viromes are associated with each pest species, and I characterized the distribution of some of these viruses in arthropod communities. In total, more than 60 new species of arthropod and plant viruses were discovered. Their evolutionary links with known virus species was characterized by phylogenetic analyzes.(iii) The work realized in (ii) also contributed to optimize a methodology to prepare and analyze viromes from multiplexed samples, that is particularly suitable to optimize the taxonomic allocation of sequences and thus reduce the "dark matter" that is inherent to viral metagenomics analyses.

Ips typographus est le principal ravageur de l'épicéa en Europe, s’attaquant en masse aux arbres vivants en période d’épidémie, par le biais d’une communication chimique. Comme de nombreuses autres espèces de scolytes « agressives », le typographe se reproduit uniquement sur des arbres affaiblis ou des chablis en périodes d’endémie, quand les densités de population ne sont pas suffisantes pour surmonter les défenses des arbres vivants. Ces ressources sont en général présentées dans la littérature comme étant dispersées et imprédictibles dans le temps et l’espace. De plus, ces ressources affaiblies sont sans doute disponibles pour de nombreuses espèces compétitrices. Ces caractéristiques imposent des contraintes importantes sur la dynamique de population et l’écologie du typographe et principalement sur sa stratégie de prospection. Cela dit, cette espèce et ces questions sont très peu étudiées en période d’endémie.Durant ma thèse de doctorat, je me suis attelé à tout d’abord caractériser les facteurs déterminant la distribution spatio-temporelle des chablis, qui va influencer l’évolution des stratégies de dispersion. Cet aspect s’est prolongé par l’étude de la « durée de vie » des chablis, c’est-à-dire la période durant laquelle ils sont colonisables par les scolytes après déracinement. Cet aspect a été mis en parallèle avec les capacités de défenses de ces mêmes arbres et leurs effets sur la sélection de l’hôte et le succès des scolytes. Enfin, les données obtenues par ces études ont été intégrées à un modèle spatialement explicite visant à valider les hypothèses comportementales relatives à la prospection pour les ressources chez le typographe, à savoir une dispersion aléatoire à grande distance suivie d’un recrutement au niveau des ressources nouvellement trouvées.Les résultats obtenus au cours de cette thèse confirment l’importance de la prospection sociale et de l’agrégation dans la découverte et l’exploitation de ressources dispersées, dont la dégradation intrinsèque représente une faible contrainte temporelle. Ces comportements ont sans doute été développés chez des insectes saproxyliques en raison de l’avantage qu’ils apportent en termes de découverte de ressources. Dans un second temps, ces comportements auraient pu permettre l'attaque d‘arbres vivants, notamment en réponse à une pression de compétition inter-spécifique importante sur des ressources peu défendues. / Option Biologie des organismes du Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Disturbance can take various forms and are characteristic of any ecosystem including mangroves. When maintained within certain allowable limits, disturbances permits maintenance of a given stable state which is equivalent to resilience hence the ecological status is not compromised. Disturbances may disrupt the natural balance of processes within such ecosystems including changes in sediment budgets and salinity and tidal regimes. As such, it may trigger a series of responses in tree establishment and development. While such responses may be displayed in loss of stability of a forest and may culminate in irreversible degradation of the system, disturbances could also result in improved performance of physiological processes and consequently tree growth. It may equally lead to the development of adaptive mechanisms to counteract the resultant otherwise stressful effects. Sediment accretion is one of the important natural processes within the mangrove environment particularly in the face of relative sea level rise. In each case, sediment fluxes are gradual and while the trees thrive from the benefits of terrestrial sediment, the system ensures balance in elevation for possible sea level rise scenario. However, abrupt and/or rapid sediment input leading to partial burial of the trees may be detrimental to the trees development in the short term and the entire ecosystem in the long run. But how are ecophysiological processes affected before the mangroves trees die from partial sediment burial? What is the threshold below which normal tree functioning is ensured.The main objective of this study was to understand the impacts of disturbance on mangrove trees, as individuals and as an assemblage. Specifically the study targeted large sedimentation on selected ecophysiological processes (phenology, water transport), root development and general physiognomy and hence its impact on wood formation in mangroves. A survey was also done on the extent of wood exploitation and other human activities, in order to obtain background information on the environmental management in the area and hence to help create an integrated picture of the evolving mangrove ecosystem in the human-nature context.Main question: What is the significance of sedimentation in shaping the ecological status of mangrove forests? / Doctorat en Sciences / Author's maiden name: Judith Auma OKELLO / Due to a technical Di-Fusion bug it was not possible to input the correct date of the defense. The correct date is Thursday 30 June 2016. / info:eu-repo/semantics/nonPublished