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Écologie de la circulation des agents infectieux dans les populations d'oiseaux coloniaux : inférence par l’utilisation de la sérologie / Ecology of infectious agent circulation in colonial birds : inference using serological approaches

Gamble, Amandine 28 September 2018 (has links)
Malgré leur importance reconnue pour la santé publique et la conservation, les études sur l’écologie et l’évolution des maladies infectieuses dans les populations sauvages souffrent de contraintes sur la disponibilité de données permettant l’identification des processus impliqués dans les systèmes considérés. Les méthodes sérologiques (i.e., détection d’anticorps dans des échantillons biologiques) permettent de retracer l’exposition à des agents infectieux spécifiques mais leur interprétation est complexe. Par exemple, la prévalence d’individus séropositifs dans une population résulte d’une combinaison de dynamiques épidémiologiques (ex. : l’incidence de la maladie) et démographiques (ex. le taux de renouvellement de la population). Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est de montrer comment les processus sous-jacents à la circulation d’agents infectieux en populations sauvages peuvent être inférés à partir de données sérologiques. Tout d’abord, j’illustre comment les études transversales focalisée sur une espèce sentinelle à l’interface entre populations sauvages et humaines peuvent permettre d’efficacement décrire informer sur les patterns d’exposition à une hiérarchie d’échelles spatiales. Ensuite, je compare les avantages et inconvénients de ce type d’approches transversales à ceux d’approches longitudinales basées sur les suivis d’individus marqués et je propose une solution pour intégrer ensemble ces deux types de données pour quantifier les dynamiques éco-épidémiologiques. Finalement, en utilisant une population menacée d’oiseaux longévifs régulièrement touchée par des épizooties de choléra aviaire comme cas d’étude, j’illustre les bénéfices de combiner la sérologie avec d’autres approches. Ce travail souligne la valeur des études à long-terme de l’exposition d’hôtes à des agents infectieux en milieu naturel, où les processus écologiques et évolutifs sont clés pour comprendre les dynamiques éco-épidémiologiques et peuvent avoir d’importantes implications pour la conservation de la biodiversité. / Despite their increasingly recognized interest for public health and biodiversity conservation, investigations on the ecology and evolution of infectious diseases in wildlife have been hampered by the difficulty of collecting data allowing efficient inference of underlying processes. Serology (i.e., detection of antibodies in biological samples) is a useful tool to detect past exposure to specific infectious agents. Still, interpreting serological data is not straightforward. For instance, the prevalence of seropositive individuals in a population is driven by a combination of epidemiological (e.g., disease incidence) and demographic (e.g., population turnover) dynamics. In this context, the objective of this thesis is to show how processes underlying infectious agent circulation in wild populations can be inferred from serological data. First, I illustrate how cross-sectional studies focusing on a sentinel species at the wildlife-human interface can efficiently inform on patterns at a hierarchy of scales. Then, I compare the pros and cons of such cross-sectional approaches to longitudinal sampling designs involving marked individuals when attempting to quantify the dynamics of infectious agents and I propose a way to integrate those two approaches in future studies. Finally, using avian cholera epizootics in a threatened long-lived seabird on an isolated island as a case study, I illustrate the benefits of combining serology with other approaches. This work notably highlights the value of detailed long-term studies of host exposure to infectious agents in the wild, where ecological and evolutionary processes are likely critical drivers of disease dynamics and can have important implications for biodiversity conservation.
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Sélection de l'habitat d'une espèce exotique en milieu urbain : le cas de la perruche à collier Psittacula krameri / Habitat selection of an exotic species in urban areas : the case of the ring-necked parakeet Psittacula krameri

Le Louarn, Marine 13 December 2017 (has links)
L’étude des mécanismes qui régissent le succès d’établissement et d’expansion des espèces exotiques apparait primordial pour l’appréhension de leurs potentiels impacts. Ce travail de thèse a pour objet d’étude la Perruche à collier \textit{Psittacula krameri}, un Psittacidé largement introduit en Europe. Les objectifs de ces travaux relèvent de l’étude des facteurs qui peuvent influencer le succès d’établissement de cette espèce en milieu urbain, par l’analyse de la sélection de l’habitat à l’étude des traits comportementaux. Les résultats montrent que la sélection de l’habitat est associée aux activités humaines, de par la préférence de l’espèce pour les zones urbanisées dans lesquelles l’espèce semble être attirée par les lumières artificielles et les espèces végétales exotiques. La comparaison de la sélection de l’habitat avec une espèce native en expansion, le Choucas des tours \textit{Corvus monedula}, a permis de montrer que la Perruche à collier est contrainte spatialement aux zones suburbaines tandis que le Choucas pourrait être capable de s’étendre aux zones les plus urbanisées. Une approche expérimentale et éthologique a mis en lumière le comportement agressif de la Perruche à collier et une monopolisation passive des ressources alimentaires, suggérant un avantage compétitif sur les espèces natives. L’ensemble des résultats de cette thèse laisse présager un potentiel de forte croissance démographique des populations et contribue aux connaissances nécessaires pour comprendre les mécanismes qui régissent l’établissement et le succès des espèces en expansion, native et exotique, tant au travers de l’étude spatiale que comportementale. / Identifying the mechanisms which may allow invasive species to establish and spread is not only a scientific question of interest but also a crucial knowledge to acquire for the management of these species. This thesis work focuses on the ring-necked parakeet, \textit{Psittacula krameri},, a Psittacine species widely introduced throughout Europe.This thesis aimed to study factors underlying the spatiotemporal distribution and which may explain the urban success of this species, from the analysis of habitat selection to behavioral traits. Results showed that habitat selection is closely related to anthropic activities, the species showing a clear preference for suburban zones and green urban areas in which the species seems to be attracted by artificial lights and exotic tree species. Using the Western jackdaw, a native range-expanding and co-occurring species, distribution modelling allowed to predict the potential future distribution and showed that, while the jackdaw may spatially expand in the more urbanized part of the city, the ring-necked parakeet may be restricted to suburban areas in the future. An ethological experiment highlighted the agonistic behavior of the ring-necked parakeet and a passive monopolization of resources, suggesting a competitive advantage over native species, exacerbated by temporal niche overlap and avoidance behavior by native species. This thesis suggests that parakeets have the potential to reach high numbers in urban areas and the overall findings provide further insight into the mechanisms allowing the establishment and spread of expanding species, native and exotic, through spatial and behavioral factors.

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