A bacia hidrográfica do Rio Passa-Cinco, localizada na região centro-leste do Estado de São Paulo, faz parte do complexo hidrográfico do Rio Corumbataí e têm importância regional em função do seu potencial hídrico. A região do Rio Passa-Cinco compõe um cenário agrícola bastante diversificado, com um histórico de uso e ocupação que por muitos anos contribuiu para supressão da vegetação nativa original, comprometendo não somente sua manutenção e capacidade hídrica, como também, a sobrevivência dos componentes faunísticos e vegetacionais. Neste contexto, no interior paulista a fragmentação florestal, a perda de diversidade biológica, o desenvolvimento rural realizado ás custas das ações antrópicas, não são antagônicos, mas o resultado de um processo exploratório que modificou a paisagem, que por conseqüência, influenciou na biodiversidade local de modo geral. Dessa forma, a região do Rio Passa-Cinco possui o cenário propício para o tipo de investigação sugerida, pois, são esses ambientes antropizados chamados de agroecossistemas - com agricultura, silvicultura, pecuária e os reduzidos remanescentes florestais que vêm mantendo a diversidade de fauna nessas regiões. Logo, as populações humanas que habitam e usam esses agroecossistemas são os conhecedores e os protagonistas tanto das agressões, como da conservação dessa diversidade. Desta forma, o conhecimento humano local emerge aqui como o objeto da pesquisa apresentada. Onde, através das bases conceituais da etnobiologia, uma área de conhecimento híbrida das ciências antropológicas e das ciências biológicas, buscou sob o olhar do "outro" inventariar a fauna e entender o que eles pensam sobre o meio ambiente nessa bacia hidrográfica. O inventário de mastofauna e avifauna revelou que os moradores conhecem cerca de 37 espécies de mamíferos e 90 espécies de aves, indicou ainda as cognições dos moradores rurais em relação ao agroecossistema da região do Rio Passa-Cinco. Os resultados gerados permitem contrapor o conhecimento do senso comum com o técnico científico, fornecendo subsídios para uma discussão conceitual sobre conhecimento de fauna, interdisciplinaridade e conservação. / Passa-Cinco River drainage basin is located in the mid-west area of São Paulo State and is part of the Corumbataí River watershed, and has local geographic importance due to its high hydric potential. The area looks like an agricultural mosaic, that had a slash and burn history, devastating the native vegetation and the consequences are seen in the reduction of native animals and plants biodiversity and in the hydric capacity. In this scenario, forest fragmentation, biodiversity loss and crops development, all related with human activities, are not antagonist, but the result of an exploitation that modify the landscape and consequently have influence on local biodiversity. So the Passa-Cinco River region was the chosen spot to investigate this kind of anthropic environment, known as agroecosystem, with agriculture areas, silviculture, cattle raising and small areas of native vegetation, that still helps to maintain fauna diversity. In these circumstances, local people inhabiting this environment are the experts and protagonists that can destroy or preserve biodiversity. Their knowledge is the goal of this investigation, based on ethnobiology concepts; with the aim of producing a mammal and bird inventory at the Passa- Cinco basin, and trying to understand what they think about their environment. Mammal and bird inventory showed that locals know about 37 mammals and 90 birds species and that they have knowledge idea of the agroecosystem concept. The results suggest that is possible to face the common sense with the scientific knowledge, allowing a conceptual and philosophic discussion about the academic and popular science.