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Bundles of Semi-flexible Cytoskeletal FilamentsStrehle, Dan 14 May 2014 (has links)
Schaut man durch ein Mikroskop auf eine biologische Zelle mit angefärbten Zytoskelett, so erblickt man lange, mehr oder minder gerade Objekte. Mit ziemlicher Sicherheit gehören diese zu einer von drei Arten von Zytoskelettfilamenten -- Aktin- oder Mikrofilamente, Intermediärfilamente und Mikrotubuli. Schon seit mehreren Jahrzehnten versucht man die mechanischen Eigenschaften lebender Zellen nicht nur zu beschreiben, sondern ihr Verhalten von zwei tieferen Ebenen ausgehend zu verstehen: Inwiefern beschreiben die Eigenschaften von Filamentnetzwerken und -gelen die Zellmechanik und, noch tiefgreifender, wie bestimmen eigentlich die einzelnen Filamente die Netzwerkmechanik. Das Verständnis der Mechanik homogener und isotroper, verhedderter als auch quervernetzter Gele ist dabei erstaunlich detailreich, ohne jedoch vollständig dem jüngeren Verständnis von Zellen als glassartige Systeme zu entsprechen. In den letzten Jahren sind daher anisotrope Strukturen mehr und mehr in den Fokus gerückt, die die Bandbreite möglichen mechanischen Verhaltens enorm bereichern. Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit solch einem hochgradig anisotropen System -- nämlich Aktinbündeln -- unter drei Gesichtspunkten.
Mit Hilfe von aktiven Biegedeformationen wird ein funktionales Modul, das eine differentielle Antwort auf verschiedenen Zeitskalen liefert, identifiziert. Es handelt sich um Aktinfilamente, die durch transiente Quervernetzer gebündelt werden. Während sich das System nach kurz anhaltenden Deformation völlig elastisch verhält, sorgt eine Restrukturierung der Quervernetzer während langanhaltender Deformationen für eine plastische Verformung des Bündels.
In einem weiteren Aspekt widmet sich die Arbeit der frequenz- und längenabhängigen Biegesteifigkeit. Die Methode des Bündel-Wigglings, das Induzieren von \"Seilwellen\", wird dabei genutzt, um aus der Wellenform die Biegesteifigkeit zu berechnen. Bündel von Aktinbündeln zeigen dabei ein Verhalten, das vom klassischen Worm-like-chain-Modell abweicht und stattdessen durch das Worm-like-bundle-Modell beschrieben werden kann.
Der letzte Aspekt dieser Arbeit untersucht den Musterbildungsprozess bei der Entstehung von Aktinbündeln. Gänzlich unerwartet entstehen quasi-isotrope Strukturen mit langreichweitiger Ordnung, wenn der Bündelungsprozess erst nach der Polymerisation von Filamenten frei von zusätzlichen mechanischen Einwirkungen einsetzt. Da dieser Zustand nicht von der klassischen Flüssigkristalltheorie vorhergesagt wird, soll eine Simulation eine Hypothese zum Entstehungsmechanismus testen. Die Annahme einer lateralen Kondensation von Filamenten zu Bündeln reicht demnach aus, um die beobachteten Strukturen zu erzeugen.
Diese Arbeit leistet somit einen Beitrag zum Verständnis hochgradig anisotroper Strukturen und deren Überstrukturen, wie sie auch in lebendigen Zellen reichlich vorhanden sind.:1 Actin filament bundles and patterns
1.1 Actin and other cytoskeletal filaments
1.2 Filament and bundle mechanics
1.2.1 Polymer models
1.2.2 Worm-like bundle theory
1.3 Filament bundling
1.4 Active crosslinkers – contraction and pattern formation
2 Materials and Methods, Instruments and Software
2.1 Actin purification and labeling
2.2 Optical tweezers
2.3 Software libraries for instrument integration
3 Bundle mechanics in the time domain
3.1 Bundle formation and sample preparation
3.2 Bundle bending experiment
3.2.1 LabView VI for bundle bending
3.2.2 Bundle bending
3.2.3 Image analysis and data survey
3.3 Bundle workout – Results of the bending experiments
3.3.1 Multiple bends and elastic response
3.3.2 Endurance test – Plastic response after longer holds
3.3.3 Purely elastic depletion-force induced bundles
3.4 Elastic and plastic deformations of F-actin bundles – Discussion
3.4.1 Bundle formation process and bundle thickness
3.4.2 Elastic response
3.4.3 Elastic versus plastic response
3.5 Differential mechanical response – Summary
4 Bundle mechanics in the frequency domain
4.1 Bundle wiggling – the method
4.2 Bundle formation and sample preparation
4.3 Bundle wiggling experiment
4.3.1 LabView VI for bundle wiggling
4.3.2 Wiggling images to wiggle data
4.4 Bundle wiggling – Results
4.4.1 Bead at end
4.4.2 Wiggling bundled bundles
4.4.3 Thick bundles connected to networks
4.5 Frequency-dependent elastic response of bundles – Discussion
5 Actin bundle networks
5.1 Actin condensation in confined environments – The experiment
5.2 Simulating filament condensation
5.2.1 Implementation details
5.3 Simulation of filament condensation to bundle networks
5.4 Condensation drives pattern formation – Discussion
6 Conclusion
A Calculations
A.1 Subcircular bending arc and radius of curvature
A.2 Correction factor for relaxations times of bundles with bead
B Protocols
B.1 G-actin from rabbit skeletal muscle
B.1.1 Acetone powder prep
B.1.2 Actin prep
B.1.3 Actin gel-filtration
B.2 Buffers
B.3 NEM-myosin beads
B.3.1 NEM-inactivated myosin
B.3.2 NEM-myosin coated beads
B.4 Bundle preps
B.4.1 Depletion force induced and ff-actinin crosslinked bundles
B.4.2 Depletion force induced bundles for wiggling experiments
Bibliography / Being the most basic unit of living organisms, the cell is a complex entity comprising thousands of different proteins. Yet only very few of which are considered to play a leading part in the cell’s mechanical integrity. The biopolymers actin, intermediate filaments and microtubules constitute the so-called cytoskeleton – a highly dynamic, constantly restructuring scaffold endowing the cell not only with integrity to sustain mechanical perturbations but also with the ability to rapidly reorganize or even drive directed motion.
Actin has been regarded to be the protagonist and tremendous efforts have been made to understand passive actin networks using concepts from polymer rheology and statistical mechanics. In bottom-up approaches isotropic, homogeneous actin-gels are well-characterized with rheological methods that measure elastic and viscous properties on different time scales. Cells, however, are not exclusively isotropic networks of any of the mentioned filaments. Rather, actin alone can already be organized into heterogeneous and highly anisotropic structures like bundles. These heterogeneous structures have only come into focus recently with theoretical work addressing bundle networks. and, in the case of the worm-like bundle theory, individual bundles. This work aims at characterizing bundles and bundle-crosslinker systems mechanically in two complementary approaches – in the time as well as in the frequency domain. In addition, it illuminates a bundle formation mechanism that leads to bundle networks displaying higher ordering.:1 Actin filament bundles and patterns
1.1 Actin and other cytoskeletal filaments
1.2 Filament and bundle mechanics
1.2.1 Polymer models
1.2.2 Worm-like bundle theory
1.3 Filament bundling
1.4 Active crosslinkers – contraction and pattern formation
2 Materials and Methods, Instruments and Software
2.1 Actin purification and labeling
2.2 Optical tweezers
2.3 Software libraries for instrument integration
3 Bundle mechanics in the time domain
3.1 Bundle formation and sample preparation
3.2 Bundle bending experiment
3.2.1 LabView VI for bundle bending
3.2.2 Bundle bending
3.2.3 Image analysis and data survey
3.3 Bundle workout – Results of the bending experiments
3.3.1 Multiple bends and elastic response
3.3.2 Endurance test – Plastic response after longer holds
3.3.3 Purely elastic depletion-force induced bundles
3.4 Elastic and plastic deformations of F-actin bundles – Discussion
3.4.1 Bundle formation process and bundle thickness
3.4.2 Elastic response
3.4.3 Elastic versus plastic response
3.5 Differential mechanical response – Summary
4 Bundle mechanics in the frequency domain
4.1 Bundle wiggling – the method
4.2 Bundle formation and sample preparation
4.3 Bundle wiggling experiment
4.3.1 LabView VI for bundle wiggling
4.3.2 Wiggling images to wiggle data
4.4 Bundle wiggling – Results
4.4.1 Bead at end
4.4.2 Wiggling bundled bundles
4.4.3 Thick bundles connected to networks
4.5 Frequency-dependent elastic response of bundles – Discussion
5 Actin bundle networks
5.1 Actin condensation in confined environments – The experiment
5.2 Simulating filament condensation
5.2.1 Implementation details
5.3 Simulation of filament condensation to bundle networks
5.4 Condensation drives pattern formation – Discussion
6 Conclusion
A Calculations
A.1 Subcircular bending arc and radius of curvature
A.2 Correction factor for relaxations times of bundles with bead
B Protocols
B.1 G-actin from rabbit skeletal muscle
B.1.1 Acetone powder prep
B.1.2 Actin prep
B.1.3 Actin gel-filtration
B.2 Buffers
B.3 NEM-myosin beads
B.3.1 NEM-inactivated myosin
B.3.2 NEM-myosin coated beads
B.4 Bundle preps
B.4.1 Depletion force induced and ff-actinin crosslinked bundles
B.4.2 Depletion force induced bundles for wiggling experiments
Bibliography
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Analysis of Bolted Connections in Creo Simulate - Theory, Software Functionality and Application Examples / Analyse von Schraubenverbindungen mit Creo Simulate - Theorie, Softwarefunktionalität und AnwendungsbeispieleJakel, Roland 25 June 2013 (has links) (PDF)
Die Präsentation stellt kurz die Grundlagen der Berechnung von Schraubenverbindungen in Anlehnung an die VDI-Richtlinie 2230 Teil 1 dar. Auch die vier FEM-Modellklassen, die die VDI 2230 Teil 2 (Entwurf) zur Berechnung von Mehrschraubenverbindungen vorschlägt, werden behandelt, und die in Creo Simulate vorhandenen Softwarefeatures zu deren Umsetzung vorgestellt.
Es folgt eine Darstellung, was bei der Linearisierung von Schraubenverbindungen zur vereinfachten Berechnung zu beachten ist, und wieso bei der Berechnung im FEM-System dann nicht notwendigerweise eine Vorspannung benötigt wird.
Ausführlich wird das neue Schraubenfeature in Creo Simulate betrachtet, das eine weitgehend automatisierte Modellierung und Berechnung von Standardverschraubungen erlaubt. Weitere Features, wie die neuen Vorspannelemente, werden erläutert, sowie auch die Grenzen der Software aufgezeigt.
Abschließend werden zwei anspruchsvolle Anwendungsbeispiele vorgestellt: Eine zentrisch belastete Verschraubung mit Berücksichtigung von Elasto-Plastizität und einer komplexen Lasthistorie (Anziehen durch Anzugsmoment, Setzeffekte, Entfall des Torsionsmomentes durch das Anziehen, Betriebskraft) sowie eine exzentrisch belastete Verschraubung, die wegen eines relativ dünnen Flansches starke Biegezusatzbeanspruchungen erfährt. / The presentation shows the foundations of bolt analysis according to VDI-guideline 2230 part 1. In addition, the four FEM model classes proposed in VDI 2230 part 2 (draft) are described, as well as the features available in Creo Simulate to realize these model classes.
Next, the presentation shows the requirements for linearizing bolted connections, and why in a FEM analysis with a linearized connection no preload is necessary.
The new fastener feature introduced in Creo Simulate is explained in detail. This feature allows the automated modeling and analysis of bolted connections having standard geometry. Further software features, like pretension elements, as well as the current software limitations are shown.
Finally, two advanced application examples are shown: A centrically loaded bolted connection taking into account elasto-plasticity and a complex load history (tightening torque, embedding, removal of tightening stress, operational load), and an eccentrically loaded flange connection, which is subjected to high additional bending loads because the flange is relatively thin.
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Lifetime prediction for rocks: a numerical concept based on linear elastic fracture mechanics, subcritical crack growth, and elasto-plastic stress redistributionsLi, Xiang 30 September 2013 (has links)
A lifetime prediction scheme is proposed based on the assumption that the lifetime (time to failure) of rocks under load is governed by the growth of microstructual defects (microcracks). The numerical approach is based on linear elastic fracture mechanics. The numerical calculation scheme is implemented as a cellular automat, where each cell contains a microcrack with length and orientation following certain distributions. The propagation of the microcrack is controlled by the Charles equation, based on subcritical crack growth. The zone inside the numerical model fails if the microcrack has reached the zone dimension or the stress intensity factor of the crack reached the fracture toughness. Macroscopic fractures are formed by these coalesced propagating microcracks, and finally lead to failure of the model. In the numerical approaches, elasto-plastic stress redistributions take place during the forming of the macroscopic fractures. Distinct microcrack propagation types have been programmed and applied to the proposed numerical models. These numerical models are studied under different loading conditions. Numerical results with excellent agreement with the analytical solutions are obtained with respective to predicted lifetime, important parameters for the microcracks, fracture pattern and damage evolution. Potential applications of the proposed numerical model schemes are investigated in some preliminary studies and simulation results are discussed. Finally, conclusions are drawn and possible improvements to the numerical approaches and extensions of the research work are given. / 本文认为微结构缺陷(微裂纹)的扩展决定了受力岩石的寿命(破坏时间)。基于此假设,提出了岩石寿命预测方法。利用线弹性断裂力学理论,通过FLAC进行了数值模拟。数值模型中每个单元定义一条初始裂纹,其长度与方向服从特定分布。基于亚临界裂纹扩展理论,由Charles方程决定微裂纹的扩展(速度)。如微裂纹发展至单元边界,或应力强度系数到达断裂韧度,则单元破坏。宏观裂纹由微裂纹所联合形成,并最终贯穿模型导致破坏。在形成宏观裂纹的过程中,发生弹塑性应力重分布。在数值模型中,编制了不同类型的微裂纹扩展方式,并在不同的受力条件下加以分析。数值模型的岩石寿命,裂纹形状,破坏方式以及一些重要的参数的数值模拟结果与解析解有较好的一致性。对本文所提出的数值模型的初步实际应用进行了分析,并讨论了计算结果。最后讨论了本文所提出的岩石寿命预测方法的可能改良与发展,并对进一步的研究工作给出建议。
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Analysis of Bolted Connections in Creo Simulate - Theory, Software Functionality and Application ExamplesJakel, Roland 25 June 2013 (has links)
Die Präsentation stellt kurz die Grundlagen der Berechnung von Schraubenverbindungen in Anlehnung an die VDI-Richtlinie 2230 Teil 1 dar. Auch die vier FEM-Modellklassen, die die VDI 2230 Teil 2 (Entwurf) zur Berechnung von Mehrschraubenverbindungen vorschlägt, werden behandelt, und die in Creo Simulate vorhandenen Softwarefeatures zu deren Umsetzung vorgestellt.
Es folgt eine Darstellung, was bei der Linearisierung von Schraubenverbindungen zur vereinfachten Berechnung zu beachten ist, und wieso bei der Berechnung im FEM-System dann nicht notwendigerweise eine Vorspannung benötigt wird.
Ausführlich wird das neue Schraubenfeature in Creo Simulate betrachtet, das eine weitgehend automatisierte Modellierung und Berechnung von Standardverschraubungen erlaubt. Weitere Features, wie die neuen Vorspannelemente, werden erläutert, sowie auch die Grenzen der Software aufgezeigt.
Abschließend werden zwei anspruchsvolle Anwendungsbeispiele vorgestellt: Eine zentrisch belastete Verschraubung mit Berücksichtigung von Elasto-Plastizität und einer komplexen Lasthistorie (Anziehen durch Anzugsmoment, Setzeffekte, Entfall des Torsionsmomentes durch das Anziehen, Betriebskraft) sowie eine exzentrisch belastete Verschraubung, die wegen eines relativ dünnen Flansches starke Biegezusatzbeanspruchungen erfährt. / The presentation shows the foundations of bolt analysis according to VDI-guideline 2230 part 1. In addition, the four FEM model classes proposed in VDI 2230 part 2 (draft) are described, as well as the features available in Creo Simulate to realize these model classes.
Next, the presentation shows the requirements for linearizing bolted connections, and why in a FEM analysis with a linearized connection no preload is necessary.
The new fastener feature introduced in Creo Simulate is explained in detail. This feature allows the automated modeling and analysis of bolted connections having standard geometry. Further software features, like pretension elements, as well as the current software limitations are shown.
Finally, two advanced application examples are shown: A centrically loaded bolted connection taking into account elasto-plasticity and a complex load history (tightening torque, embedding, removal of tightening stress, operational load), and an eccentrically loaded flange connection, which is subjected to high additional bending loads because the flange is relatively thin.
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