Ce mémoire, consacré au développement de méthodes physico-chimiques pour le contrôle de la médication par l'Harpagophytum et l'Eleutherococcus, principes actifs utilisés en phytothérapie équine, est constitué de cinq chapitres. Le premier chapitre situe les enjeux des recherches entreprises ; il détaille le principe d'un contrôle de la méditation et le déroulement de celui-ci. Les propriétés, tant botaniques que pharmacologiques, des plantes étudiées, l'Harpagophytum procumbens et l'Eleutherococcus senticosus y sont également présentées. Dans le second chapitre, les différentes techniques expérimentales et les méthodes théoriques employées au cours de cette thèse sont détaillées. Cela concerne la préparation d'échantillon avec les différentes métho! des d'extraction, l'analyse par couplage chromatographie – spectrométrie de masse, et la modélisation moléculaire. Le troisième chapitre, dédié à l'étude de l'Harpagophytum, est présenté sur publications. L'extraction des principes actifs à partir des fluides biologiques équins, leur analyse par LC/MS, une approche théorique de la cationisation de l'harpagide par le sodium ainsi qu'une approche métabolique de l'harpagoside y sont développées. Une application directe de ces résultats à l'étude des éleutherocoques est présentée dans le chapitre 4, complétée par la recherche des principes actifs dans les compléments alimentaires. Le cinquième et dernier chapitre est un bilan des applications, des résultats et des perspectives qui découlent du travail effectué au cours de ces trois anné! es.