Las economías que han logrado exitosamente diversificar y agregar valor a sus recursos naturales sugieren que la innovación debe estar en el centro de las reformas políticas y económicas. Esta preocupación ha adquirido importancia en la agenda del gobierno de Chile en las últimas décadas, y se han logrado cambios en varias dimensiones. No obstante, aún existen debilidades sustanciales al interior del Sistema Nacional de Innovación (SNI). Una de las más relevantes es la relación entre el conocimiento y la capacidad productiva, y dentro de ella el vínculo entre la universidad y la empresa (UE). El objetivo principal de este estudio es describir y analizar el debate sobre las relaciones UE en Chile al interior del SNI. Para tal fin se construyó un modelo de incentivos y barreras que recopiló las diversas percepciones y evaluaciones hechas por instituciones y expertos, con énfasis en la participación del Estado en su rol subsidiario, de información y fomento. Esto se ha hecho teniendo como referentes teóricos al SNI, corriente que estudia las realidades nacionales como estructuras integrales de aprendizaje a partir de las cuales se construyen institucionalidades para el desarrollo de la innovación, y el modelo de Triple Hélice, que se enfoca en las interacciones entre los participantes, así como los nuevos roles que pueden tener a partir de ella. Se trata de un estudio exploratorio y analítico que propone una manera de comprender y sistematizar relaciones complejas en las que cada una de sus esferas requiere una indagación profunda y particular. La hipótesis es que el esfuerzo colectivo puede ser potenciado si los agentes conocen, por un lado, sus diferentes trayectorias y limitaciones, y por el otro, sus fortalezas para lograr una mejor articulación, con nuevos instrumentos, y sobre todo con lógicas de coordinación y acercamiento para continuar la maduración hacia un sistema integral. Se detectaron condicionamientos históricos de los agentes, su evolución institucional, sus percepciones sobre el proceso, y los principales retos para una mayor participación conjunta. En la universidad, aunque existen respuestas heterogéneas, la tercera misión es incipiente; los incentivos académicos y la gobernanza no promueven la interacción con el sector externo; las estructuras de interfase, en tanto, no logran reducir las asimetrías. En la empresa hay baja absorción de capital humano, pocas rutinas y redes de innovación, y escasos criterios de riesgo y de largo plazo. El Estado muestra fragmentación y duplicación de instrumentos de apoyo, y tiene baja incidencia en la difusión y evaluación de su oferta. Aunque se gestan cambios positivos, estos agentes requieren un ambiente de confianza y retroalimentación. A partir de este escenario se proponen mejoras para lograr una institucionalidad propia donde los cambios se adhieran a la práctica y puedan ser asimilables por los actores sociales. Entre las recomendaciones principales que se desprenden del análisis, destacan la necesidad de fortalecer la institucionalidad del Consejo Nacional para la Innovación y la Competitividad, con mayores atribuciones y visión de Estado, además de optimizar la difusión de la oferta de apoyo y la coordinación entre los entes implementadores; en la empresa, fomentar los criterios de asociatividad y la capacidad de absorción de capital humano, así como facilitar la creación de empresas de base tecnológica; por último, en la universidad, enfatizar la tercera misión mediante oficinas de transferencia tecnológicas funcionales, criterios de coparticipación con el sector privado y la reestructuración del sistema de recompensas académicas.