Les histones désacétylases HDAC1 et HDAC2 catalysent le retrait d’un groupement acétyle de résidus lysine, dans des protéines histones et non-histones. Les HDAC contrôlent la prolifération, la mort et la différenciation cellulaire. Des propriétés anti-inflammatoires et anti-tumorales ont été attribuées à des inhibiteurs contre les HDAC (HDACi), notamment dans les cellules épithéliales intestinales (CEI). Nous supposons que différents niveaux de HDAC1 ou HDAC2 dans les CEI induisent différentes réponses dans le maintien de l’homéostasie intestinale. Nous avons donc généré des souris hétérozygotes avec un seul allèle de Hdac1 ou Hdac2 dans le contexte de la délétion de l’autre. Les résultats indiquent que les souris Hdac1-/-;Hdac2+/- Villine-Cre présentent un phénotype similaire à celui d’un double mutant, à savoir des défauts d'architecture dans le jéjunum et le côlon, de la dysplasie et hyperplasie, une réduction du nombre de cellules à mucus, mais sans modification du nombre de cellules de Paneth et de la perméabilité épithéliale. Un allèle de Hdac2 n'est donc pas suffisant pour maintenir une homéostasie normale en l'absence de Hdac1. Nous avons aussi vérifié l’effet de la délétion de Hdac1 et Hdac2 à l’âge adulte dans le modèle inductible AhCre. Dans ce contexte, la perte de Hdac1 et Hdac2 entraîne une mortalité accrue après 8 jours, avec un arrêt de prolifération et l’induction de dommages à l’ADN. Nous avons alors exploré l’impact moléculaire de la perte des deux Hdac dans les CEI par une approche protéomique et transcriptomique. Nous avons observé des changements notables dans plusieurs voies de signalisation, associées à la prolifération, à des mécanismes de stress, au métabolisme, surtout lipidique. Ces changements sont en partie régulés post-traductionnellement. Bien que très instructifs, les modèles in vivo ne permettent pas de déterminer si les modifications de l’expression des gènes observées sans Hdac1 et/ou Hdac2 sont intrinsèques aux CEI ou si ces changements dépendent de signaux extrinsèques de la muqueuse ou de la lumière intestinale. Nous avons donc établi des cultures d’entéroïdes à partir de la crypte intestinale, ce qui permet la croissance, l'expansion et la différenciation des CEI progénitrices, sans l’influence de l’environnement. Nous avons entrepris des analyses protéomiques de type SILAC, suite à une inhibition pharmacologique des HDAC de type I, le CI994, ou suite à une délétion génétique de Hdac1 ou Hdac2. L’inhibition pharmacologique entraine un arrêt de prolifération associé à une différenciation altérée en faveur des cellules absorbantes, rappelant le modèle murin sans Hdac1 et Hdac2. Les voies liées à la réplication de l’ADN et au cycle cellulaire sont diminuées. Même si la perte de Hdac1 ou Hdac2 n’affecte pas notablement la croissance et la différenciation des entéroïdes, des voies associées au métabolisme et aux réponses à l’environnement sont augmentées. Au contraire, des entéroïdes sans Hdac1 et Hdac2 ne croissent pas en culture et dégénèrent en moins de 3 jours. Ceci suggère que l’environnement mucosal pourrait soutenir les CEI Hdac1-/-;Hdac2-/- de la niche épithéliale in vivo. Nos données suggèrent que des variations intrinsèques ou extrinsèques de l'activité de HDAC1 et HDAC2 modifient la réponse des CEI à l’environnement et entraînent des perturbations de l'homéostasie intestinale.