Cofatores ferro-enxofre são grupos prostéticos inorgânicos ubíquos e evolutivamente ancestrais, cuja formação é dependente de complexas maquinarias protéicas. Três sistemas de formação distintos já foram determinados, denominados sistemas NIF, ISC e SUF. Apesar de bem descritos em diversos organismos, estas maquinarias são pouco caracterizadas no filo Firmicutes, o qual agrupa diversas bactérias patogênicas, e onde Enterococcus faecalis aparece como um representante clinicamente relevante. O objetivo deste estudo foi identificar a maquinaria biossintética de formação dos cofatores [Fe-S] de E. faecalis mediante análises de bioinformática, determinação das regiões promotoras do operon e de elementos cis-atuantes, padrão de expressão gênica, caracterização bioquímica dos elementos encontrados e comparação entre as maquinarias de associação do cofator [Fe-S] presente em Proteobacteria e Firmicutes através da capacidade de complementação deste sistema nos sistemas ISC e SUF de Azotobacter vinelandii e Escherichia coli, respectivamente. Metodologias de bioinformática permitiram identificar representantes da maquinaria SUF de formação dos cofatores [Fe-S], previamente identificado em Proteobacteria, apresentando os genes sufB, sufC, sufD e sufS e a presença de sufU, o único representante homólogo do sistema ISC, codificando possível proteína arcabouço, no lugar de sufA; da mesma forma, sufE e sufR não foram identificadas. A alta conservação deste sistema foi verificada em Firmicutes através de análises filogenéticas. Análise de sequências primária e estrutural de SufU verificaram um padrão estrutural similar à IscU. Modelagem molecular de SufU de E. faecalis apresentou dados de alta flexibilidade na região do sítio ativo, bem como a presença de região específica em Firmicutes, denominada região Gram-positiva (GPR), possivelmente envolvida em interações com outros fatores e/ou reguladores. SufU e o complexo SufSU são capazes de reconstituir cofactor [4Fe-4S], apresentando-se portanto como a proteína arcabouço do sistema. A enzima SufS purificada apresenta PLP ligado como cofator e atividade de cisteína desulfurase. Esta enzima apresenta um residuo catalítico essencial de cisteína na posição 365 , e necessita SufU como ativador, onde outro residuo de cisteína (128) atua como aceptor do enxofre durante a reação de transpersulfuração. SufC apresenta atividade ATPase, porém em nível reduzido em comparação ao homólogo de E. coli; SufD apresenta alta similaridade com homólogo de proteobactérias. Por outro lado, SufB não apresenta os resíduos de cisteína previamente descritos como importantes na formação dos cofatores [Fe-S] em outros organismos, assim sua função no sistema ainda deve ser determinada. Experimentos in vivo demonstraram a conservação específica de sistemas biossintéticos dos cofatores [Fe-S], onde o operon SUF de E. faecalis não foi capaz de complementar os sistemas ISC de Proteobacteria, porém complementou sistema SUF de E. coli, tornando viáveis mutantes de ambos os operons sufABCDSE e iscRSU-hscBA-fdx. / Iron-sulfur clusters are ubiquitous and evolutionary ancient inorganic prosthetic groups, which biosynthesis depends on complex protein machineries. Three distinct assembly systems involved in the maturation of cellular Fe-S proteins have been determined, designated the NIF, ISC and SUF systems. Although well described in several organisms, these machineries are poorly understood in the Firmicutes phylum, which groups several pathological bacteria, where Enterococcus faecalis rises as a clinical relevant representative. The aim of this study was to identify the E. faecalis [Fe-S] cluster biosynthetic machinery through bioinformatics analysis, determination of operon promoter regions and cis-acting elements, relative genetic expression pattern, biochemical characterization of putative elements, and comparison of Proteobacteria and Firmicutes machineries through the ability of complementing Azotobacter vinelandii and Escherichia coli ISC and SUF systems, respectively. Bioinformatics methods enabled us to identify representatives of the SUF machinery for [Fe-S] cluster biosynthesis, previously verified in Proteobacteria showing conserved sufB, sufC, sufD and sufS genes and the presence of sufU, the only ISC homolog representative, coding for putative scaffold protein, instead of sufA; neither sufE nor sufR are present. High conservancy of this system for Firmicutes bacteria was verified through phylogenetic analysis. Primary sequences and structural analysis of the SufU protein demonstrated its structural-like pattern to the scaffold protein IscU. E. faecalis SufU molecular modeling showed high flexibility over the active site regions, and demonstrated the existence of a specific region in Firmicutes, the Gram positive region (GPR), a possible candidate for interaction with other factors and/or regulators. SufU is able to reconstitute a [4Fe-4S] cluster, such as the complex SufSU, arising as the scaffold protein in the system. Purified SufS corresponds to a PLP containing enzyme with cysteine desulfurase activity. It encloses a catalytically essential cysteine residue at position 365, and requires SufU as activator, where another cysteine residue (128) works as a proximal sulfur acceptor site for transpersulfurization reaction. SufC presents ATPase activity, though in a reduced level, when compared to the Escherichia coli homolog; SufD also shares high similarity with proteobacterial SufD. On the other hand, SufB does not present cysteine residues previously described as important involved in the [Fe-S] cluster formation process of other organisms, therefor its function in the system still have to be determined. In vivo experiments enabled us to dfemonstrate the conservancy of specific [Fe-S] cluster biosynthetic systems, where E. faecalis SUF operon was not able to complement Proteobacteria ISC systems, but complemented E. coli SUF system, turning viable mutants of both sufABCDSE and iscRSU-hscBA-fdx operons.

Submitted by Suelen Reis (suziy.ellen@gmail.com) on 2013-04-23T13:15:59Z No. of bitstreams: 1 Tese Adalberto-sec.pdf: 2049819 bytes, checksum: 0026f018d6cf9d214f61bde027fee682 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Meirelles(rodrigomei@ufba.br) on 2013-05-08T11:52:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Adalberto-sec.pdf: 2049819 bytes, checksum: 0026f018d6cf9d214f61bde027fee682 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-08T11:52:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Adalberto-sec.pdf: 2049819 bytes, checksum: 0026f018d6cf9d214f61bde027fee682 (MD5) Previous issue date: 2004 / Sendo a doença periodontal alterações imuno-inflamatórias resultantes da resposta do hospedeiro à placa bacteriana, a eliminação da placa e cálculo com descontaminação das superfícies radiculares são condições fundamentais para restabelecimento e manutenção da saúde periodontal. O objetivo deste trabalho foi avaliar, ?in vitro?, a efetividade de dois métodos de raspagem mecânica ? manual e ultrasônica ? associadas ou não ao digluconato de Clorexidina, e, ainda, este usado separadamente, em dentes comprometidos periodontalmente. As unidades dentárias foram seccionadas transversalmente na região cervical e ápice radicular, ficando a porção experimental com aproximadamente 10mm. A amostra constava de trinta e cinco dentes, divididos em sete grupos. As porções dentais experimentais foram vedadas com resina e os grupos codificados e identificados por cores diferentes, em razão do tratamento a ser realizado em cada um dos grupos, como se segue: grupo 1- raspagem manual; grupo 2- raspagem ultra-sônica; grupo 3- raspagem manual associada ao digluconato de Clorexidina; grupo 4- raspagem ultra-sônica associada ao digluconato de clorexidina; grupo 5- uso isolado de digluconato de clorexidina; grupo 6- controle negativo (-); e grupo 7- controle positivo (+). Os fragmentos foram esterilizados e contaminados com cepa de Enterococcus faecalis 5u-ATCC- 29212, exceto o grupo controle positivo. No grupo 1, foi utilizado tratamento com movimentos sequênciais de curetas manuais de Gracey, em direção longitudinal; nos demais grupos seguiu-se a mesma normatização de instrumentação, quando necessário; O grupo 2 foi tratado com ultrasom em potência de 70; O grupo 3 foi tratado com curetas manuais de Gracey, mais aplicação de Clorexidina; O grupo 4 foi tratado com ultrasom em potência de 70%, mais aplicação de Clorexidina; O grupo 5 foi tratado somente com Clorexidina; O grupo 6 referiu-se ao grupo contaminado não tratado (grupo controle negativo); e o grupo 7 referiu-se ao grupo estéril não tratado (grupo controle positivo). Após realização dos diversos experimentos entre os diferentes grupos amostrais, e os dados serem avaliados, pôde-se concluir que: tanto as instrumentações isoladas, quanto as associadas à Clorexidina foram efetivas no controle da bactéria Enterococcus faecalis, e, ainda, a efetividade foi similar para ambos os métodos de raspagem ? manual e ultra-sônica ? no controle da bactéria. / Salvador

O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito antibacteriano e a dissolução de biofilme promovido pela terapia fotodinâmica (PDT) associada com o hipoclorito de sódio (NaOCl) 2,5% e a clorexidina (CHX) sobre biofilmes mono-espécie e multi-espécies. No modelo de biofilme mono-espécie, quarenta e seis prémolares inferiores foram contaminados com cepas de Enterococcus faecalis (ATCCC 29212) por 21 dias. Os espécimes foram divididos em três grupos de acordo com a solução irrigadora utilizada: soro fisiológico, CHX 2% e NaOCl 2,5%. Após irrigação com 5 mL de cada irrigante, a PDT foi realizada. Amostras foram coletadas previamente aos protocolos de irrigação (S1), após irrigação (S2) e após PDT (S3). No modelo de biofilme multi-espécies, sessenta blocos de dentina bovina foram infectados intraoral e divididos em seis grupos: soro fisiológico, soro fisiológico/PDT, CHX, CHX/PDT, NaOCl e NaOCl/PDT. Microscopia confocal a laser foi usada para avaliar a porcentagem e o biovolume de células vivas e o volume total de biofilme. Todos os grupos reduziram as contagens de UFCs após os procedimentos de irrigação (S1-S2); porém a CHX e o NaOCl promoveram as menores contagens de UFCs (P < 0,05). A PDT diminuiu significativamente a contagem bacteriana no grupo do soro fisiológico (S2-S3; P < 0,05). No modelo de biofilme multi-espécies, a menor quantidade de células vivas foi observada nos grupos CHX, CHX/PDT, NaOCl e NaOCl/PDT, sem diferenças entre si (P > 0,05). A PDT não reduziu o volume total de biofilme (P > 0,05); porém parece diminuir o biovolume e a quantidade de células vivas após irrigação com CHX 2% e NaOCl 2,5%. A terapia fotodinâmica associada ao soro fisiológico reduziu a carga bacteriana em canais infectados com E. faecalis. A PDT parece reduzir a quantidade e o volume de células vivas, mas não o volume total de células em biofilme multiespécies induzido in situ. Finalmente, o tipo de irrigante foi decisivo para dissolver biofilme multi-espécies. / The aim of this study was to evaluate the antibacterial effect and the biofilm dissolution promoted by photodynamic therapy (PDT) associated with 2.5% NaOCl and 2% CHX over monospecies and multispecies biofilms. In monospecies biofilm model, forty-six mandibular premolars were contaminated with Enterococcus faecalis strains (ATCC 29212) broth culture for 21 days. Specimens were divided into three groups according to the irrigant used: saline, 2% of CHX and 2.5% of NaOCl. After irrigation with 5 mL of each irrigant, PDT was performed. Samples were collected at baseline (S1), after irrigation (S2) and after PDT (S3). In multispecies biofilm model, sixty bovine dentin blocs were infected intraorally, and divided into six groups: saline, saline/PDT, CHX, CHX/PDT, NaOCl and NaOCl/PDT. Confocal laser scanning microscopy was used to assess the percentage and the biovolume of live cells and the total biovolume. All groups reduced UFC’ counts after irrigation procedures (S1-S2); however CHX and NaOCl promoted the lowest UFCs counts (P < 0.05). PDT significantly reduced the bacterial counts in saline group (S2-S3; P < 0.05). In multispecies biofilm model, the lowest amount of live cells was observed in CHX, CHX/PDT, NaOCl and NaOCl/PDT groups, with no differences among them (P > 0.05). PDT did not reduce the total biovolume (P > 0.05); however it appears to decrease the biovolume and the amount of live cells after irrigation with 2% CHX and 2.5% NaOCl. PDT associated with saline reduced the bacterial load in canal infected with E. faecalis. PDT seems to reduce the amount and the biovolume of live cells, but did not reduce the total biovolume of cells in multispecies biofilm induced in situ. Finally, the irrigant was decisive to dissolve multispecies biofilm.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O objetivo deste estudo foi comparar a capacidade de selamento apical de três materiais retrobturadores em dentes submetidos à infiltração microbiana por Enterococcus faecalis. Além de analisar a ocorrência da infiltração microbiana em relação à variável tempo. Para tal, foram utilizados 45 incisivos superiores permanentes humanos extraídos, instrumentados com o sistema rotatório ProTaper Universal (MAILLEFER) e obturados pela técnica Híbrida de Tagger, com cimento endodôntico: AH Plus (DENTSPLY). A apicetomia foi realizada com a remoção de 3mm do terço apical e o retropreparo confeccionado com pontas ultrasônicas. As amostras foram subdivididas, aleatoriamente, em três grupos com 15 dentes cada, e dois grupos controles. Os materiais utilizados para a retrobturação foram MTA branco (ANGELUS), Sealer 26 (Dentsply), Palacos-R (HERAEUS KULZER). Foram confeccionados dispositivos para fixação dos dentes aos tubos Eppendorfs. As amostras foram inoculadas com cepas de E. faecalis e incubadas a 37C, por um período de 60 dias, para análise da presença de turvação do meio Enterococosel. Para a realização da análise estatística foram utilizados os seguintes testes: Quiquadrado pela correção de Yates, Prova Exata de Fisher e pela curva de sobrevivência com os testes Mantel-Cox e o Gehan-Breslow-Wilcoxon. Os resultados mostraram que todos os grupos nos quais foi realizada a obturação e a posterior retrobturação apresentaram infiltração. Comparando todos os grupos, houve diferença significativa entre o Palacos-R e o Sealer 26. Mas não houve diferença significativa entre o Palacos-R e o MTA e nem do MTA com o Sealer 26. Em relação aos materiais retrobturadores, o Palacos-R obteve a menor infiltração, seguido do MTA branco e do Sealer 26. / The objective of this study was to compare the apical sealing ability of three root-end filling materials in teeth submitted to the microbial leakage by Enterococcus faecalis. Besides analyzing the occurrence of the microbial leakage in relation to the variable time.For such, 45 incisiv permanent superior teeth extracted from humans were used, which were instrumented with ProTaper Universal system (MAILLEFER) and filled by the Hybrid of Tagger compaction technique, with endodontic sealer: AH Plus (DENTSPLY). The apices were resected with the removal of 3mm of the apical third and the root-end cavities prepared with ultrasonic tips. The samples were subdivided, randomly, in three groups with 15 teeth each, and two control groups. The materials used for the retrofilling were white MTA (ANGELUS), Sealer26 (DENTSPLY), Palacos-R (HERAEUS KULZER). Devices were made for fixation of the teeth to the Eppendorf tubes. The filling samples were inoculated with strains of E. faecalis and incubated at 37C, for a period of 30 days, for analysis of the presence of turbidity of Enterococosel medium. For the accomplishment of the statistical analysis the following tests were used: Quisquare by Yates correction, Fisher Exact Test and survival curve testing Mantel-Cox and the Gehan-Breslow-Wilcoxon. The results showed that all the groups in which the filling was accomplished and the subsequent retrofilling presented leakage. Comparing all the groups, it had significant difference between the Palacos-R and Sealer 26. But it did not have significant difference between the Palacos-R and the MTA and nor of the MTA with Sealer 26. In regard to only the root-end filling materials, Palacos-R obtained the smallest leakage, followed by white MTA and Sealer26.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / O objetivo deste trabalho consistiu na análise da infiltração apical em dentes retrobturados por três materiais: MTA, iROOT SP e Endo CPM Sealer. Para tal, foram utilizados 51 dentes humanos extraídos, incisivos centrais superiores, que foram instrumentados manualmente com limas tipo K, pela técnica Crown-down, obturados com compactação lateral e, após serem apicectomizados a 3mm aquém do ápice foram submetidos à retrobturação, com os três materiais propostos. As amostras foram divididas, randomicamente, em três grupos: GI MTA, GII iROOT SP e GIII Endo CPM Sealer, cada grupo com 15 amostras. Os dentes foram inseridos em tubos de eppendorfs, e feitos a impermeabilização do remanescente radicular utilizando duas camadas de cianocrilato, epóxi, e outra camada de esmalte. Em cada eppendorf foi adicionado caldo TSB estéril e uma suspensão de Enterococcos faecalis e adaptado ao frasco de vidro com meio de cultura enterococcosel. A infiltração bacteriana foi verificada pela turvação do meio de cultura. Após a análise no período de 60 dias, podemos concluir que durante esse tempo ocorreram infiltrações no Grupo I, 43,75 % das amostras apresentaram turvamento do meio de cultura demonstrando persistência da infecção. Já no Grupo II, 31,25 % das amostras tiveram crescimento bacteriano. Por fim no Grupo III, 25,00 % houve a infiltração. Grupos controle positivo e negativo para crescimento bacteriano foram realizados (n=3, cada). Os cimentos testados comportaram-se de maneira semelhante frente à infiltração bacteriana durante o período testado. / The objective of this study consisted in the analysis of apical leakage in retrofilled teeth by three materials: MTA, iROOT SP and Endo CPM Sealer. 51 extracted human central incisors were instrumented manually with K-type files by Crown-down technique, filled by lateral compactation and apicectomyzed to 3mm below the apex. Then, teeth were retrofilling with the three proposed materials. The samples were divided, randomly, in three groups: GI - MTA, GII - iROOT SP and GIII - Endo CPM Sealer, each group with 15 samples. Teeth were inserted into eppendorf tubes, and the remaining root were sealed using two layers of cyanoacrylate, epoxy, and another layer of nail varnish. In each eppendorf tube were added sterile TSB broth and a suspension of Enterococcos faecalis. The body proof was adapted to a glass bottle with culture medium Enterococcosel. The bacterial leakage was checked by turbidity of the culture medium. After analysis within 60 days the bacterial leakage was recorded: the Group I showed infiltration in 43.75% of body proof, the Group II in 31.25% and Group III 25%. Positive and negative control groups for bacterial growth were performed (n = 3, each). We can conclude that the tested cements behave similarly to bacterial infiltration front during the period tested.

The aim of this study was to evaluate the chemical and antimicrobial properties of sodium hypochlorite solutions at different concentrations before and after contact with Enterococcus faecalis. Different concentrations of sodium hypochlorite solution (0.5%, 1%, 2.5% and 5.25%) were exposed to the pathogen for 30 minutes, 20 minutes, 10 minuntes and 15 seconds respectively. The antimicrobial activity of the solutions was evaluated using the agar diffusion test. Freshly manipulated and resulting NaOCl solutions were placed inside wells prepared on agar plates. After the incubation period, the inhibition of bacterial growth formed around the wells were measured with the aid of digital calipers. The hydrogen potential of the solutions was measured by digital pH meter. Was also performed to quantify the amount of active chlorine and chloramines from initial and resulting solutions. It was found that the residual hypochlorite solutions showed no statistically significant difference in relation to antimicrobial activity and pH.Regarding the active chlorine content, the resulting solutions decreased at all concentrations. Chloramines were not found in any of the solutions tested. It was concluded that, at the time intervals tested, the physicochemical properties of the residual NaOCl were not changed, except the amount of free chlorine. / O objetivo deste estudo foi avaliar as propriedades químicas e antimicrobianas de soluções de hipoclorito de sódio em diferentes concentrações antes e após o contato com o Enterococcus faecalis. Diferentes concentrações de soluções de hipoclorito de sódio (0,5%, 1%, 2,5% e 5,25%) foram expostas ao microorganismo por 30min., 20 min., 10 min. e 15 segundos respectivamente. A ação antimicrobiana das soluções foi avaliada através do teste de difusão em ágar. Soluções de NaOCl recém manipuladas e resultantes foram colocadas no interior de poços preparados em placas de ágar. Após o período de incubação, os halos de inibição de crescimento bacteriano formados ao redor dos poços foram mensurados com auxílio de paquímetro digital. O potencial hidrogeniônico das soluções foi mensurado por pHmetro digital. Também foi realizada a quantificação do teor de cloro ativo e de cloraminas das soluções iniciais e resultantes. Constatou-se que as soluções residuais de hipoclorito não apresentaram diferença estatisticamente significanteem relação a atividade antimicrobiana e pH. Em relação ao teor de cloro ativo, houve diminuição das soluções resultantes em todas as concentrações. Não foram encontradas cloraminas em nenhuma das soluções testadas. Concluiu-se que, nos intervalos de tempo testados, as propriedades físico-químicas do NaOCl residual não foram alteradas, com exceção à quantidade de cloro livre.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-09Bitstream added on 2014-06-13T20:22:22Z : No. of bitstreams: 1 lima_rkp_dr_arafo.pdf: 692401 bytes, checksum: 6c17d09894639b5d27ecc81f49ce48d5 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este estudo objetivou avaliar a capacidade de liberação e difusão de íons hidroxila, e a atividade antibacteriana de medicações intracanal, in vitro. No primeiro experimento, canais radiculares de dentes bovinos foram instrumentados. Uma cavidade de 4 mm de comprimento, 2 mm de largura e 0,5 mm de profundidade foi confeccionada no terço médio/apical radicular de cada amostra. A abertura coronária e a superfície externa radicular foram seladas com adesivo e esmalte para unhas, exceto a área da cavidade preparada. Os canais radiculares foram preenchidos com as seguintes medicações: G1: hidróxido de cálcio (Ca(OH)2)/soro; G2: Calen; G3: Calen/PMCC; G4: Calen/Clorexidina (CLX) a 0,4%. Os dentes foram armazenados individualmente em frascos contendo água destilada a 37oC. As medições do pH foram realizadas nos períodos de 1, 3, 7, 14, 21, 30 e 60 dias, com utilização de pHmetro digital. Os resultados mostraram aumento significativo do pH a partir de 3 dias para a pasta Calen/CLX e para as demais pastas a partir de 7 até os 14 dias. Para a pasta Calen ocorreu aumento até os 21 dias. A pasta Calen/PMCC apresentou pH mais elevado até 21 dias, sendo os resultados semelhantes para todos grupos aos 30 dias. Aos 60 dias, os maiores valores de pH foram observados para as pastas Calen/PMCC e Calen. Conclui-se que as diferentes composições de pastas à base de Ca(OH)2 proporcionam difusão de íons hidroxila pela dentina radicular. Em outro experimento, 106 dentes humanos unirradiculados tiveram seus canais radiculares contaminados com Enterococcus faecalis e incubados a 37°C por 21 dias. Em seguida, foram divididos de acordo com a medicação intracanal e o período em: G1: Calen - 7 dias; G2: Calen - 14 dias; G3: Calen/PMCC - 7 dias; G4: Calen/PMCC - 14 dias; G5: Calen/CLX a 0,4% - 7 dias; G6: Calen/CLX a 0,4% - 14 dias; G7: Calen/CLX a 1% - 7 dias; G8: Calen/CLX a 1% - 14 dias.... / The aim of this study was to evaluate the release and diffusion of hydroxil ions, and the antibacterial activity of intracanal medication, in vitro. At first study, root canals from bovine teeth were instrumented. A cavity with 4 mm of length, 2 mm of width and 0.5 mm of depth was opened at middle/apical third of each sample. The coronal opening and the external surface of the roots were coated with a nail polish layer and a layer of sticky wax, except on the cavity area. Root canals were filled with the following intracanal medication: G1: calcium hydroxide powder with saline solution (Ca(OH)2); G2: Calen; G3: Calen/PMCC; G4: Calen/Chlorhexidine (CHX) 0.4%. Teeth were stored individually in recipients with distilled water at 37oC. Measurements of pH were made at periods of 1, 3, 5, 7, 14, 21, 30 and 60 days, using a digital pH meter. Results showed a significant increase of pH from 3 days for Calen/PMCC, and from 7 until 14 days for the other medications. For Calen, an increase was observed until 21 days. Calen/PMCC showed the highest pH until 21 days, and all the groups had similar results at 30 days. At 60 days, the highest pH values were observed for Calen/PMCC and Calen. It is possible to conclude that different compositions of calcium hydroxide pastes caused diffusion of hydroxil ions through radicular dentin. In another study, 106 single-rooted human teeth had their root canals contaminated with Enterococcus faecalis and incubated at 37oC for 21 days. Then, these teeth were divided according to intracanal medication and periods: G1: Calen - 7 days; G2: Calen - 14 days; G3: Calen/PMCC - 7 days; G4: Calen/PMCC - 14 days; G5: Calen/CHX 0.4% - 7 days; G6: Calen/CHX 0.4% - 14 days; G7: Calen/CHX 1% - 7 days; G8: Calen/CHX 1% - 14 days. Microbiological samples were collected immediately after intracanal medication removal and after seven days. After serial 10-fold dilutions and culture... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-17Bitstream added on 2014-06-13T19:20:40Z : No. of bitstreams: 1 arandagarcia_aj_dr_arafo.pdf: 276892 bytes, checksum: ce8d5151d3d18872dcf1b45140fe73e1 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O objetivo deste estudo foi avaliar a efetividade antibacteriana de soluções irrigadoras e do sistema Endox Plus no preparo de canais radiculares. Capítulo 1 - Para comparar a efetividade antibacteriana da solução de hipoclorito de sódio (NaOCl), MTAD BioPure e do Sistema Endox Plus durante o preparo biomecânico, foram utilizadas 70 raízes de dentes humanos unirradiculados contaminadas com cepa de E. faecalis (ATCC 29212) e incubadas por 21 dias. Os espécimes foram divididos em cinco grupos: GI- Sistema Endox Plus, GII- NaOCl 2.5 % /MTAD, GIII- NaOCl 2,5% /EDTA, GIV- solução salina (controle positivo), GV- Controle negativo (sem instrumentação/irrigação). Foi realizada a análise microbiológica das amostras por meio de diluições seriadas e a contagem das UFCs. Os dados obtidos foram analisados estatisticamente por ANOVA e Tukey post-hoc (p < 0,05). Todos os espécimes mostraram crescimento bacteriano após o período de contaminação com similar contagem de UFC/mL log, sem diferença estatística entre os grupos. Após os procedimentos houve uma redução da quantidade de bactérias em todos os grupos, exceto no controle negativo. Não houve diferenças estatísticas significantes entre os GI e GIV. Os grupos II e III não mostraram crescimento bacteriano, mostrando diferença estatística com os outros grupos. Na coleta final, houve um aumento na contagem bacteriana nos grupos I, II, III e IV, sem diferença significativa entre eles. Porém, houve diferença na proliferação bacteriana quando comparados com a coleta pós-preparo. O sistema Endox Plus demonstrou a menor efetividade antibacteriana quando comparado às soluções de NaOCl 2,5% /MTAD e NaOCl 2,5% /EDTA e, todos os procedimentos avaliados permitiram a proliferação bacteriana após 7 dias, mostrando a permanência... / The aim of this study is to evaluate the antimicrobial effectiveness of irrigating solutions and the Endox Plus system in the treatment of the root canals. Chapter I- In order to compare the antimicrobial effectiveness of sodium hypochlorite solution (NaOCl), MTAD Biopure and Endox Plus system during chemomechanical preparation, were used 70 single-rooted human teeth, which were contaminated with the strain of E. faecalis (ATCC 29212) and incubated for 21 days. The specimens were divided into five groups: GI- Endox Plus system, GII- NaOCl 2.5% /MTAD, GIII- NaOCl 2.5% /EDTA, GIV- saline solution (positive control), GV- negative control (without instrumentation/irrigation). Microbiological analysis of the samples consisted in evaluation of the CFUs. The data obtained were statistically analyzed by ANOVA tests and Tukey post-hoc (p<0.05). The specimens showed bacterial growth after the initial incubation period with similar counting of CFU/mL log, with no statistical difference among the groups. After the procedures there was a decrease of the amount of bacteria in all groups, except in the negative control. There were no statistically differences between the GI and GIV. The GII and GIII didn’t show bacterial growth, showing statistical differences with the other groups. In the final sample, bacterial counts increased in groups I, II, III, IV, with no statistically significant differences among the groups, but there was a difference when compared to the post-instrumentation sample. The Endox Plus system presented the lowest antibacterial effectiveness when compared to the solutions of NaOCl 2.5% /MTAD y NaOCl 2.5% /EDTA and all the evaluated procedures allowed the recovery of bacteria 7 days after treatment, demonstrating persistence of infection in the root canal system. Chapter II- The antibacterial... (Complete abstract click electronic access below)

Cofatores ferro-enxofre são grupos prostéticos inorgânicos ubíquos e evolutivamente ancestrais, cuja formação é dependente de complexas maquinarias protéicas. Três sistemas de formação distintos já foram determinados, denominados sistemas NIF, ISC e SUF. Apesar de bem descritos em diversos organismos, estas maquinarias são pouco caracterizadas no filo Firmicutes, o qual agrupa diversas bactérias patogênicas, e onde Enterococcus faecalis aparece como um representante clinicamente relevante. O objetivo deste estudo foi identificar a maquinaria biossintética de formação dos cofatores [Fe-S] de E. faecalis mediante análises de bioinformática, determinação das regiões promotoras do operon e de elementos cis-atuantes, padrão de expressão gênica, caracterização bioquímica dos elementos encontrados e comparação entre as maquinarias de associação do cofator [Fe-S] presente em Proteobacteria e Firmicutes através da capacidade de complementação deste sistema nos sistemas ISC e SUF de Azotobacter vinelandii e Escherichia coli, respectivamente. Metodologias de bioinformática permitiram identificar representantes da maquinaria SUF de formação dos cofatores [Fe-S], previamente identificado em Proteobacteria, apresentando os genes sufB, sufC, sufD e sufS e a presença de sufU, o único representante homólogo do sistema ISC, codificando possível proteína arcabouço, no lugar de sufA; da mesma forma, sufE e sufR não foram identificadas. A alta conservação deste sistema foi verificada em Firmicutes através de análises filogenéticas. Análise de sequências primária e estrutural de SufU verificaram um padrão estrutural similar à IscU. Modelagem molecular de SufU de E. faecalis apresentou dados de alta flexibilidade na região do sítio ativo, bem como a presença de região específica em Firmicutes, denominada região Gram-positiva (GPR), possivelmente envolvida em interações com outros fatores e/ou reguladores. SufU e o complexo SufSU são capazes de reconstituir cofactor [4Fe-4S], apresentando-se portanto como a proteína arcabouço do sistema. A enzima SufS purificada apresenta PLP ligado como cofator e atividade de cisteína desulfurase. Esta enzima apresenta um residuo catalítico essencial de cisteína na posição 365 , e necessita SufU como ativador, onde outro residuo de cisteína (128) atua como aceptor do enxofre durante a reação de transpersulfuração. SufC apresenta atividade ATPase, porém em nível reduzido em comparação ao homólogo de E. coli; SufD apresenta alta similaridade com homólogo de proteobactérias. Por outro lado, SufB não apresenta os resíduos de cisteína previamente descritos como importantes na formação dos cofatores [Fe-S] em outros organismos, assim sua função no sistema ainda deve ser determinada. Experimentos in vivo demonstraram a conservação específica de sistemas biossintéticos dos cofatores [Fe-S], onde o operon SUF de E. faecalis não foi capaz de complementar os sistemas ISC de Proteobacteria, porém complementou sistema SUF de E. coli, tornando viáveis mutantes de ambos os operons sufABCDSE e iscRSU-hscBA-fdx. / Iron-sulfur clusters are ubiquitous and evolutionary ancient inorganic prosthetic groups, which biosynthesis depends on complex protein machineries. Three distinct assembly systems involved in the maturation of cellular Fe-S proteins have been determined, designated the NIF, ISC and SUF systems. Although well described in several organisms, these machineries are poorly understood in the Firmicutes phylum, which groups several pathological bacteria, where Enterococcus faecalis rises as a clinical relevant representative. The aim of this study was to identify the E. faecalis [Fe-S] cluster biosynthetic machinery through bioinformatics analysis, determination of operon promoter regions and cis-acting elements, relative genetic expression pattern, biochemical characterization of putative elements, and comparison of Proteobacteria and Firmicutes machineries through the ability of complementing Azotobacter vinelandii and Escherichia coli ISC and SUF systems, respectively. Bioinformatics methods enabled us to identify representatives of the SUF machinery for [Fe-S] cluster biosynthesis, previously verified in Proteobacteria showing conserved sufB, sufC, sufD and sufS genes and the presence of sufU, the only ISC homolog representative, coding for putative scaffold protein, instead of sufA; neither sufE nor sufR are present. High conservancy of this system for Firmicutes bacteria was verified through phylogenetic analysis. Primary sequences and structural analysis of the SufU protein demonstrated its structural-like pattern to the scaffold protein IscU. E. faecalis SufU molecular modeling showed high flexibility over the active site regions, and demonstrated the existence of a specific region in Firmicutes, the Gram positive region (GPR), a possible candidate for interaction with other factors and/or regulators. SufU is able to reconstitute a [4Fe-4S] cluster, such as the complex SufSU, arising as the scaffold protein in the system. Purified SufS corresponds to a PLP containing enzyme with cysteine desulfurase activity. It encloses a catalytically essential cysteine residue at position 365, and requires SufU as activator, where another cysteine residue (128) works as a proximal sulfur acceptor site for transpersulfurization reaction. SufC presents ATPase activity, though in a reduced level, when compared to the Escherichia coli homolog; SufD also shares high similarity with proteobacterial SufD. On the other hand, SufB does not present cysteine residues previously described as important involved in the [Fe-S] cluster formation process of other organisms, therefor its function in the system still have to be determined. In vivo experiments enabled us to dfemonstrate the conservancy of specific [Fe-S] cluster biosynthetic systems, where E. faecalis SUF operon was not able to complement Proteobacteria ISC systems, but complemented E. coli SUF system, turning viable mutants of both sufABCDSE and iscRSU-hscBA-fdx operons.

Orientador: Samira Esteves Afonso Camargo / Banca: Luana Marotta Reis de Vasconcelos / Banca: Jonatas Rafael de Oliveira / Resumo: A matriz de hidrogel é um biomaterial de nanofibra peptídica tridimensional que induz o crescimento, migração e proliferação celular, assim favorecendo a regeneração tecidual. O objetivo deste trabalho foi avaliar a biocompatibilidade e a atividade antimicrobiana da matriz de hidrogel associado ao extrato romã e ao antimicrobiano ciprofloxacino. Para isso, foram realizadas análises microbiológicas sobre Enterococcus faecalis (ATCC 4083) em cultura planctônica, por meio d ensaio de microdiluição em caldo e em biofilme pelo teste de MTT. Para os ensaios da biocompatibilidade, foi utilizada cultura de macrófagos (RAW 264.7). A citotoxicidade foi avaliada pelo ensaio de MTT e a genotoxicidade foi realizado pelo teste de micronúcleo. A análise estatística foi realizada pelos testes ANOVA e Tukey, adotando o nível de significância 5%. Os resultados demonstraram que a matriz de hidrogel associado ao extrato de romã não apresentou atividade antimicrobiana para a cultura planctônica como para o biofilme de E. faecalis. Porém, não foi citotóxico e genotóxico para RAW 264.7. Por outro lado, o antimicrobiano ciprofloxacino apresentou atividade antimicrobiana sobre E. faecalis,além de ter apresentado efeitos citotóxico e genotóxico para os macrófagos. Com isso, foi possível concluir que o extrato de romã associado ou não a matriz de hidrogel apresenta ausência de citotóxico, genotóxico e efeito antimicrobiano / Abstract: The hydrogel matrix is a three-dimensional peptide nanofiber biomaterial that induces cell growth, migration and proliferation, thus favoring tissue regeneration. The objective of this work was to evaluate the biocompatibility and antimicrobial activity of the hydrogel matrix associated with the pomegranate extract and the antimicrobial ciprofloxacin. For this, microbiological analyzes on Enterococcus faecalis (ATCC 4083) were carried out in planktonic culture, by means of the microdilution test in broth and in biofilm by the MTT test. For the biocompatibility assays, macrophage culture (RAW 264.7) was used. Cytotoxicity was assessed by the MTT assay and genotoxicity was performed by the micronucleus test. Statistical analysis was performed by the ANOVA and Tukey tests, adopting the significance level 5%. The results showed that the hydrogel matrix associated with the pomegranate extract did not show antimicrobial activity for the planktonic culture as for the E. faecalis biofilm. However, it was not cytotoxic and genotoxic for RAW 264.7. On the other hand, the antimicrobial ciprofloxacin showed antimicrobial activity on E. faecalis, besides having cytotoxic and genotoxic effects for the macrophages. With this, it was possible to conclude that the pomegranate extract associated or not with the hydrogel matrix shows absence of cytotoxic, genotoxic and antimicrobial effect / Mestre