Contribution du modèle Age-Période-Cohorte à l'étude de l'épizootie d'Encéphalopathie Spongiforme Bovine en France et en Europe

Les maladies chroniques psychiatriques et les retards mentaux sont les maladies les plus fréquentes au sein des affections de longue durée (ALD) en pédiatrie (28%). A ce jour, il existe peu d’études de cohortes longitudinales décrivant les différents aspects épidémiologiques et les parcours de soins d’une population d’enfants et d’adolescent atteints de maladies psychiatriques chroniques. L’analyse des données du système national d’informations inter-régimes de l’Assurance Maladie en France (SNIIR-AM) combinant les remboursements ambulatoires et les hospitalisations (PMSI) peut permettre de mieux préciser ces parcours de soins en tenant compte des éventuelles comorbidités, en précisant les facteurs prédictifs des hospitalisations. Cette étude se base sur des données d’observations en population. Mieux comprendre l’influence des facteurs prédictifs d’hospitalisation répétée pourrait permettre d'aider à une meilleure planification hospitalière. Objectifs : Il s’agit de répondre aux deux questions suivantes : (i) Qui sont les enfants et adolescents atteints d'ALD psychiatriques, quelles sont leurs consommations de soins ambulatoires et quelle est leur fréquence d’hospitalisation, selon le PMSI « médecine, chirurgie, obstétrique » (MCO)? (ii) Quels sont les facteurs prédictifs du parcours de soins en hospitalisation et les meilleurs modèles pour prédire les hospitalisations répétées ? Méthodologie : Il s’agit d’une étude épidémiologique non interventionnelle utilisant le SNIIR-AM. Une cohorte anonyme exhaustive des maladies chroniques psychiatriques et des retards mentaux identifiés en 2006 par l’ALD (N°23) inclut l’ensemble des 56644 enfants et adolescents jusqu’à 16 ans, suivis 3 ans par un chaînage individuel des données : ALD, données générales et diagnostics, comorbidités, remboursements des médicaments délivrés en pharmacie, hospitalisation du PMSI « MCO » et date de décès. L’étude est descriptive et prédictive pour permettre d’identifier les facteurs de risque d’hospitalisation répétée.
Nous avons comparé différents modèles statistiques tels que le modèle de régression logistique, de régression polytomique et de Poisson à inflation de zéros pour tenir compte de la fréquence élevée des patients non hospitalisés au cours du suivi. Résultats : 31% des patients ont été hospitalisés au moins une fois au cours du suivi. Les maladies psychiatriques les plus fréquentes sont les retards mentaux non spécifiques, les troubles du développement, les troubles de la personnalité et les troubles mixtes des conduites et troubles émotionnels. Une analyse stratifiée a été réalisée séparant les populations avec comorbidités neurologiques ou non-neurologiques (N=25096, 44%) et sans-comorbidités (N= 31548, 56%) car il apparaît que les comorbidités sont des facteurs très significatifs du risque d’hospitalisation. Cela permet de mieux évaluer l’influence des facteurs prédictifs liée à la maladie psychiatrique chronique. Le sexe féminin, l’âge de diagnostic précoce, un niveau socio-économique faible, le retard mental, un trouble de la personnalité, un trouble mixte des conduites et émotionnel, la dépression, les manies et troubles de l’humeur, le trouble alimentaire, la psychose, les prescriptions d’antipsychotiques, d’anxiolytiques et les antécédents d’hospitalisations sont des facteurs de risque dans la population sans comorbidité pour l’hospitalisation répétée au cours du suivi. La comparaison des facteurs de risques d’hospitalisations des différents modèles multivariés a permis d’identifier une majorité qui est similaire dans les différents modèles. Cela est en faveur de la robustesse de la prédiction. Le modèle polytomique rajoute une dimension au modèle de régression logistique, mais le modèle de Poisson à inflation de zéros est le plus précis lorsqu’il est réalisé dans la population sans comorbidité pour préciser les facteurs de risque liés aux diagnostics psychiatriques. (...) / Chronic psychiatric diseases and neurological comorbidities in children and adolescents

Une lésion du foie est une cause potentielle de mortalité lors d'un accident de la route. D'une part, les conséquences corporelles des accidents de la route ont été colligées dans le département de la Côte d'Or, avec un intérêt spécifique pour les lésions hépatiques. Une lésion abdominale était présente chez 14 % des blessés hospitalisés. Dix-sept pour cent des lésions abdominales intéressaient le foie. La présence d'une lésion abdominale était un facteur de gravité des blessures. D'autre part, un protocole expérimental était élaboré afin de connaître le comportement du foie lors d'un choc. Des corps donnés à la science ont été soumis à des décélérations brutales frontales et latérales. Nous avons mis en évidence des caractéristiques non connus du comportement du foie en cas de choc et nous proposons des modèles de comportement. Une meilleur connaissance de l'épidémiologie et de la biomécanique des lésions hépatique est indispensable afin d'améliorer leur prévention.

Background: Obesity has been identified as a global epidemic and is associated with significant morbidity and mortality. Although obesity has been widely recognized for its consequences on physical health, its psychological burden in the adult populations remains unclear. Objectives: Our purpose was to address the relationship between Obesity status and psychological health within the adult young population in the Middle East and particularly in Lebanon (first aim). In addition, we intended to develop and validate a screening tool for the assessment of psychological distress (PD) in the obese young adult populations (second aim). Methods: To achieve the first aim, three studies were conducted. The first study was a systematic review and meta-analysis of observational studies that investigate the association between obesity and depression among adult populations in Middle Eastern countries. The second study was a cross sectional that aimed to explore the relationship between obesity and PD among the Lebanese University Students. The third study was conducted to examine the effects of actual body weight and body image on PD using a convenient sample of obese Lebanese young adults. The second aim was accomplished by conducting a fourth study to develop and validate a measure of PD related to obesity using three different samples of obese young adults. Results: The systematic review identified eight observational studies from six countries of the Middle East. Meta-analysis showed a significant positive association between obesity and depression (OR 1.27; 95% CI 1.11–1.44) particularly in women (Study1). Among the Lebanese university students, no evidence of a positive association was found between obesity and PD for both genders (Study 2). This result was confirmed in our third study in which body image dissatisfaction rather than obesity per se was associated with greater risk for PD. Finally, the “Obesity Specific Distress scale” (OSD) developed to measure distress in the obese young adult population demonstrated good psychometric properties regarding internal consistency, test-retest reliability, and construct validity (Study 4). Conclusions: Our meta-analysis suggests a positive association between obesity and depression among adult population in the Middle East which appeared to be more marked among women. This is of public health significance and provides a framework for establishing policy interventions to diagnose and treat depression in obese adults. In Lebanon, young obese adults who suffer from body image dissatisfaction are at increased risk of PD. Public health interventions targeting PD at the population level may need to promote healthy attitudes towards body weight, body shape and self-acceptance, regardless of weight status. Finally, the developed instrument used to assess young obese persons with high risk of PD can help promote a better understanding of the association between PD and obesity. This might improve the outcome and provide the patients with more efficient treatment. / Doctorat en Santé Publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

L’épidémiologie de terrain peut être définie comme un ensemble de méthodes de collecte et de traitement de l’information combinant successivement les approches de l’épidémiologie descriptive mais aussi celles de l’épidémiologie analytique. La finalité de l’analyse descriptive sera de décrire et de quantifier la survenue du phénomène étudié dans une population donnée, permettant ainsi la formulation d’hypothèses préalables à la phase analytique. Phase, qui se focalisera sur les "associations" entre des "facteurs de risque" et la survenue du phénomène étudié. Dans la réponse aux questionnements posés ces deux phases les méthodes statistiques seront des outils incontournables. Afin que les résultats produits par ces analyses soient non seulement utiles mais aussi valables et utilisables, une bonne identification et une application adéquate des méthodes d’analyse s’avèreront primordiales. <p>A côté de ce constat méthodologique, il y a, dans le champ des traumatismes, tant en Belgique, qu’en pays en développement, la quasi absence d’informations pertinentes et rigoureuses pour documenter l’importance de cette problématique dans le champ de la santé. Pourtant, selon l’Organisation Mondiale de la Santé, plus de 5 millions de personnes décèdent des suites d’un traumatisme chaque année, avec 90% de ces décès survenant dans les pays à faible revenu ou à revenu intermédiaire. En Europe, les données montrent qu’une personne décède toutes les deux minutes des suites d’un traumatisme, et que pour chaque citoyen européen qui en meure, 25 personnes sont admises à l’hôpital, 145 sont traitées en ambulatoire et plus encore se font soigner ailleurs. <p> Au vu du double constat, qui est, d’une part, que les méthodes statistiques ne sont pas toujours exploitées correctement, et d’autre part, qu’il y a un manque d’informations appropriées et rigoureuses pour documenter l’ampleur du problème des traumatismes; ce travail de thèse poursuit l’objectif majeur, de montrer l’intérêt qu’il y a à appliquer de manière pertinente, adéquate et complète, des méthodes statistiques (univariées, multivariables et multivariées) adaptées aux différentes sources de données disponibles, afin de documenter l’importance des traumatismes, et des facteurs qui y sont associés, tant en pays industrialisés (exemple de la Belgique) qu’en pays en développement (exemple du Cameroun).<p>La partie classiquement appelée "résultats", correspond dans ce travail à deux chapitres distincts. Le premier fait la synthèse de ce qui a été objectivé par la revue de la littérature en termes de sources de données exploitées et de méthodes d’analyse statistique utilisées. Le second correspond à l’exploitation de quatre bases de données :une "généraliste et populationnelle" (First Health of Young People Survey - Cameroun), une "généraliste et hospitalière" (Résumé Hospitalier Minimum - Belgique), une "spécifique et populationnelle" (données issue de compagnies d’assurances belges), et une " spécifique et hospitalière" (Service SOS Enfants du CHU St Pierre - Belgique). <p>Les constats majeurs à l’issue de ce travail sont qu’il est possible de trouver dans le panel des méthodes statistiques "classiques", les méthodes nécessaires pour répondre aux questionnements de surveillance "en routine" en termes d’occurrence et de facteurs associés. L’accent devrait être mis sur une (meilleure) utilisation (justifiée, correcte et complète) de ces méthodes et sur une meilleure présentation (plus complète) des résultats. L’utilisation adéquate s’assurant d’une part, par une meilleure formation en méthodologie statistique pour les praticiens mais aussi par l’intégration, à part entière, des statisticiens dans les équipes de recherches. En ce qui concerne les sources de données utilisées, le potentiel d’information existe. Chaque source de données a ses avantages et ses inconvénients mais utilisées conjointement elles permettent d’avoir une vision plus globale du fardeau des traumatismes. L’accent devrait être mis sur l’amélioration de la disponibilité, la mise en commun mais aussi sur la qualité des données qui seraient disponibles. Dès lors, en vue de s’intégrer dans une dynamique de "Système de Surveillance des Traumatismes", une réflexion sur une utilisation globale (qu’elle soit couplée ou non) de ces différentes sources de données devrait être menée. <p>En Belgique, de nombreuses données, contenant de l’information sur les traumatismes, sont collectées en routine, au travers des données hospitalières, et ponctuellement, au travers de données d’enquêtes. Actuellement, ces données, dont la qualité reste discutable pour certaines, sont sous-utilisées dans le champ qui nous intéresse. Dans le futur, "plutôt que de ne rien savoir", il est important de continuer à exploiter l’existant pour produire et diffuser de l’information, mais cette exploitation et cette diffusion doivent s’accompagner non seulement de réflexion mais aussi d’action sur la qualité des données. En ce qui concerne l’utilisation des méthodes statistiques, nous préconisons une double approche :l’intégration et la formation. Par intégration, nous entendons le fait qu’il faut d’une part considérer le statisticien comme un professionnel ayant à la fois des compétences techniques pointues sur les méthodes, qui pourront être mises à disposition pour garantir le bon déroulement de la collecte et de l’analyse des données, mais aussi comme un chercheur capable de s’intéresser plus spécifiquement à des problématiques de santé publique, comme la problématique des traumatismes par exemple. Par formation, nous entendons le fait qu’il est essentiel d’augmenter et/ou de parfaire non seulement les connaissances des futurs professionnels de la santé (publique) en cours de formation mais aussi celles des praticiens déjà actifs sur le terrain et dès lors premiers acteurs de la collecte de l’information et de son utilisation dans une démarche de prise de décision, de détermination de priorité d’action et d’évaluation. <p>L’objectif majeur de ce travail de thèse était de montrer l’intérêt qu’il y a à appliquer de manière pertinente, adéquate et complète, des méthodes statistiques adaptées aux différentes sources de données disponibles, afin de documenter l’importance des traumatismes, et des facteurs qui y sont associés. En ayant discuté de l’existence de plusieurs sources potentielles de données en Belgique et en ayant appliqué une série de méthodes statistiques univariées, multivariables et multivariées, sur quelques-unes de celles-ci, nous avons montré qu’il était possible de documenter le fardeau des traumatismes au-travers de résultats utiles mais aussi valables et utilisables dans une approche de santé publique.<p> / Doctorat en Sciences de la santé publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le cancer bronchique est la première cause de mortalité par cancer dans le monde, en raison d'un diagnostic à un stade avancé (IIIB et IV) et d'un pronostic sombre. Si les principaux facteurs de risques sont connus depuis de nombreuses décennies comme le tabagisme actif et les expositions professionnelles (amiante), 10 à 20 % de patients sont des non-fumeurs. Dans cette population, les étiologies restent plus controversées. Au niveau histologique, l'adénocarcinome est devenu le type histologique le plus fréquent et son association avec les facteurs de risque (tabagisme, exposition à l'amiante) fait débat. De même, la localisation tumorale est différente selon l'exposition aux différents facteurs de risque. Enfin, la survie du cancer bronchique semble être différente selon le sexe ou le statut tabagique. Suivant les expositions et les populations, les mécanismes de carcinogénèse diffèrent. C'est dans ce contexte, que notre étude a été menée sur une cohorte de 1493 patients atteints de cancer bronchique afin d'identifier des populations à risque et de mieux comprendre les voies de la carcinogénèse bronchique. / Lung cancer is the leading cause of death in the world. Most lung cancer are diagnosed at an advanced stage (IIIB and IV), with a poor prognosis. The main risk factors are well known like active smoking, and occupational exposure (asbestos), but 10 à 20% occur in never smokers. In this population, various studies have been conducted in order to identify possible risk factors, and although many have been identified, none seem to explain more than a small percentage of the cases. According to the histological types, adenocarcinoma is now the more frequent type, and its association with the main risk factors (tobacco exposure, asbestos exposure) is still studied. The tumoral location is associated with the exposure to the risk factors. Finally, the survival seems to be different between gender, and between smokers, and never smokers. All these characteristics are perhaps associated with different pathways of carcinogenesis. In this context, we have analyzed a cohort of 1493 patients with lung cancer in order to identify phenotypic markers, and to understand the mechanisms of the lung carcinogenesis.

Les troubles du sommeil restent peu étudiés chez la personne âgée (PA). Ils sont pourtant fréquents, associés à certaines maladies et peuvent être des marqueurs de pathologies latentes. L'objectif de cette thèse est d'étudier, chez la PA, les liens entre les troubles du sommeil (insomnie et somnolence diurne excessive (SDE)) et la survenue de maladies neuropsychiatriques ou cardiovasculaires à partir d'une cohorte prospective l'étude des 3 cités (3C) (9094 personnes âgées de 65 ans et plus recrutées sur 3 centres en France et suivies tous les 2 ans pendant 12 ans). Quatre études ont été réalisées dans le cadre de cette thèse. La 1ère suggère que les facteurs associés à la nature et au nombre de plaintes d'insomnie chez la PA ne seraient pas significativement différents selon le sexe. Cependant chez les femmes, les facteurs portant sur le style de vie tels que le traitement hormonal substitutif et un indice de masse corporelle élevé pourraient avoir un «effet protecteur». La 2ème montre que l'insomnie et la SDE seraient des facteurs de risque indépendants de dépression chez la PA même après l'exclusion des participants ayant eu une histoire passée de dépression. La 3ème met en évidence que le nombre de plaintes d'insomnie et les difficultés à maintenir le sommeil seraient négativement associés au déclin cognitif et la SDE apparaîtrait comme un facteur de risque de déclin cognitif chez la PA. Enfin, la 4ème indique que les plaintes d'insomnie seraient une conséquence des maladies cardiovasculaires, alors que la SDE serait un déterminant de maladie cardiovasculaire indépendant d'une histoire passée de maladie cardiovasculaire.Cette thèse apporte donc de nouvelles connaissances sur les déterminants de l'insomnie ainsi que sur les conséquences des troubles du sommeil sur la survenue de maladies neuropsychiatriques et cardiovasculaires. Elle suggère de nouvelles approches dans la prise en charge des troubles du sommeil et de leurs conséquences chez la PA. / Sleep complaints remain poorly studied in the elderly. However, they are common and associated with a number of specific diseases. They may also be markers of latent disease. The objective of this thesis is to study the relationship between sleep disorders (insomnia and excessive daytime sleepiness (EDS)) and the occurrence of neuropsychiatric and cardiovascular disorders in the elderly from a prospective cohort study: The Three Cities (3C) (9094 subjects aged 65 years and over recruited from three centers in France and followed every 2 years, during 12 years). Four studies were performed drawing from the 3C cohort. The first study suggests that factors associated with the type and the number of insomnia complaints in the elderly do not differ significantly according to gender. However, among women, factors related to lifestyle such as hormone replacement therapy and a higher body mass index may have a "protective effect". The second study shows that insomnia and EDS are independent risk factors for depression even after excluding participants who had a past history of depression. The third study reports that the number of insomnia complaints and difficulty in maintaining sleep appear to be negatively associated with cognitive decline whereas EDS may be a risk factor for cognitive decline in the elderly. Finally, the fourth study indicates that insomnia complaints are more likely a consequence of cardiovascular disease, while EDS seems to be a determinant of future cardiovascular disease independently of a past-history of cardiovascular disease. This thesis provides new knowledge on the determinants of insomnia and on the consequences of sleep complaints for the onset of neuropsychiatric disorders and cardiovascular disease. It suggests also new approaches for the prevention of these sleep complaints and their consequences in the elderly.

Contexte - La majorité des fumeurs adultes ont commencé à fumer à l'adolescence et sont devenus dépendants avant l'âge de vingt ans. La plupart des efforts de lutte contre le tabagisme des jeunes se sont centrés sur la prévention de l'initiation et peu sur l'aide au sevrage. Sur ce constat, nous avons proposé de mettre en place une démarche originale de sevrage basée sur une offre de proximité associant le sevrage médicamenteux aux thérapies cognitivo-comportementales. Dans une perspective de réduction des inégalités sociales de santé, nous avons souhaité centrer notre action sur une population particulièrement vulnérable habituellement peu sollicitée, celle des jeunes apprentis. Avant de généraliser une telle intervention, il était important d'en évaluer l'efficacité. Objectif - 1) décrire les caractéristiques du tabagisme dans une population socialement défavorisée, les apprentis 2) puis mettre en évidence les déterminants de la dépendance au tabagisme dans cette population 3) et enfin répondre à l'objectif principal qui est l'évaluation de l'efficacité de l'offre d'un programme de sevrage tabagique au sein de cette population.Méthode - Cette étude quasi-expérimentale, prospective, comparative s'est déroulée au cours des 2 années d'apprentissage. La population était composée de l'ensemble des stagiaires de huit CFA (Centre de Formation des Apprentis) en Lorraine. Le groupe intervention (3 CFA) a bénéficié du programme TABADO, et le groupe témoin (5 CFA) n'a reçu aucune intervention spécifique autre que les services éducatifs généralement disponibles. Résultats - Parmi les 1.814 élèves interrogés (770 dans le groupe intervention, 1044 dans le groupe témoin), 52% étaient fumeurs dont 89,4% de fumeurs quotidiens, et 5,7% ex-fumeurs. L'âge moyen d'initiation au tabagisme était de 12,1 ans (ET=2,1) et celui du début du tabagisme régulier de 13,8 ans (ET=1,6). La consommation actuelle des fumeurs s'élevait en moyenne à 12,8 cigarettes par jour (ET=7,8). Le score moyen de dépendance des adolescents fumeurs interrogés était de 6,1 (ET=2,8), d'après le test du Hooked On Nicotine Checklist (score de 0 à 10= fortement dépendant). Les déterminants de la dépendance mis en évidence étaient : le genre féminin, le tabagisme quotidien, une forte consommation moyenne journalière, la co-consommation de cannabis, un environnement fumeur et un haut score de vulnérabilité perçue. Les facteurs perçus comme incitant à fumer (automatisme du geste, gestion du stress et soutien du moral) étaient également des facteurs de dépendance. Sur les 584 fumeurs à J0 suivis à J0+12 mois, 17% étaient devenus abstinents dans le groupe d'intervention vs. 11,9% dans le groupe témoin (p = 0,08 univariée, p = 0,008 ajusté ; odds ratio [OR] 2,1; 95% intervalle de confiance [IC] 1.2 à 3.6). Conclusion - Notre étude a permis de produire des données originales sur l'efficacité d'une action de sevrage tabagique dans une jeune population socialement défavorisée qui avait été très peu investiguée jusqu'à présent. La combinaison de la proximité de l'action d'information et de soutien psychologique, et d'une offre gratuite de substituts nicotiniques paraît comme une condition du succès. La mise en évidence d'un effet groupe devrait permettre à l'avenir d'élaborer des programmes facilitant cet effet des réseaux sociaux / Context - Most smokers start smoking during adolescence and became smoking dependent before the age of 20. Efforts to fight against smoking in the teenage population have focused largely on programs to prevent rather than quit smoking. On this basis, we implemented an original approach of help to smoking cessation based on a nearness offer associating pharmacologic and cognitive-behavioural strategy with. In a perspective of reducing social health inequalities, we wanted to focus our efforts on a particularly vulnerable population usually not sought, the apprentices. Before expanding such programs, their efficacy must be assessed.Objective- 1) describe the characteristics of smoking in a socially disadvantaged population, the apprentices 2) then highlight the determinants of tobacco addiction in this population 3) and finally meet the main objective which is the evaluation of the effectiveness of offering a smoking cessation program in this population. Method - This quasi-experimental, prospective, comparative study was conducted during two years ofvocational training. The population was composed of all the students from eight VTC (Vocational Training Center) in Lorraine (France). The intervention group (3 CFA) has benefited from the TABADO program, and the control group (5 CFA) received no specific intervention other than educational services generally available. Results - Among the 1,814 students included (770 in the intervention group, 1044 in the control group), 52.0 % were smokers among whom 89.4 % daily smokers, and 5.7 % were ex-smokers. The average age of tobacco use initiation was 12.1 years (SD=2.1) and the average age at inception of regular cigarette smoking was 13.8 years (SD=1.6). Current consumption of the smokers was 12.8 cigarettes per day (SD = 7.8). The average score of smoking addiction was 6.1 (SD = 2.8), according to the Hooked On Nicotine Checklist test (score from 0 to 10 = strongly dependent). Factors significantly associated with dependence were female gender, daily cigarette use, high mean daily cigarette use, co-consumption of cannabis, a smoking environment and a high score of perceived vulnerability. Factors perceived as leading to smoking (automatic gesture, combating stress and supporting morale) were also dependence factors. Of 584 original smokers at 12-month follow-up, 17% in the intervention group were abstinent vs. 11.9% in the control group (univariate p=0.08; adjusted p=0.008; odds ratio [OR] 2.1; 95% confidence interval [CI] 1.2-3.6). Conclusions - Our study has produced original data on the effectiveness of a smoking cessation in a socially disadvantaged young people who had hardly been investigated so far. The combination of proximity to the action of information and psychological support, and an offer of free nicotine replacement therapy seems to be a prerequisite for success. The demonstration effect of a group should allow the future to develop programs that facilitate this effect of social networks

La lutte contre le Phoma du colza, causé par le champignon Leptosphaeria maculans, repose principalement sur la culture de variétés résistantes dont l'efficacité est peu durable. La reproduction sexuée confère un fort potentiel adaptatif au champignon confronté aux pressions de sélection exercées par les variétés résistantes : elle permet l'acquisition et l'association d'allèles de virulence, alors que les ascospores issues de la reproduction sexuée assurent la transmission de la maladie d'une saison culturale à la suivante. Nous faisons l'hypothèse qu'en début de contournement de résistance, la transmission de la virulence d'une génération à la suivante est limitée d'une part par la faible probabilité de reproduction sexuée entre isolats virulents et d'autre part par une dispersion des ascospores spatialement limitée. Pour tester cette hypothèse nous avons étudié (i) la dispersion des pycnidiospores par la pluie, (ii) la progression systémique du champignon dans la tige de colza et (iii) la structure spatiale des populations de L. maculans pour inférer les distances de dispersion des ascospores. Sous un générateur de gouttes en air calme, les pycnidiospores sont dispersées par les gouttelettes de pluie à moins de 40 cm de la macule source ; des résidus porteurs de pycnides peuvent causer des infections primaires de la maladie. Le succès de la phase systémique détecté par l'expression de nécroses au collet sur des plantules inoculées en conditions contrôlées augmente avec le nombre de points d'infection, mais diminue en présence de la résistance partielle ; la compétition entre individus peut limiter la présence concomitante des types sexuels au collet de la plante. Par conséquent, dans des champs avec des populations de L. maculans à faible densité, la dispersion des pycnidiospores par la pluie peut accroître la taille de la population pathogène et permettre la rencontre d'individus initialement distants, tandis que la progression systémique du champignon peut limiter la rencontre locale d'isolats virulents sexuellement compatibles. Pour 29 populations françaises génotypées à l'aide de marqueurs minisatellites, l'essentiel de la diversité génotypique est détectée à l'échelle d'une population (champ) ; l'absence de différenciation génétique entre populations distantes n'a pas permis de mettre en évidence une limitation des flux de gènes à l'échelle spatiale analysée. Ces résultats suggèrent que la dispersion du Phoma par les ascospores est beaucoup plus élevée que supposée et/ou que les tailles efficaces des populations du champignon dans une parcelle sont très grandes. Ces connaissances épidémiologiques devront être prises en compte pour améliorer les stratégies de déploiement durable des variétés résistantes.

Les modèles stochastiques classiques comportent des copules d'interactions linéaires, exprimant en général des interactions de paire. Il sera envisagé d'étendre ces modèles à des interactions non linéaires de type saturation ou de type triplet, en vue de traiter des applications réalistes, comme les diffusions épidémiques.Le but de cette thèse est d'introduire les fonctions copules en épidémiologie, et surtout d'appliquer ces fonctions sur le système de transmission de la Malaria afin de constater la dépendance entre les différents compartiments du système. Nous étudierons quelques modèles compartimentaux, qui sont une généralisation du modèle de Ross-Macdonald, en supposant que la population n'est pas constante et en prenant en compte des paramètres de transmission comme la fécondité, la mortalité et autres. Aussi, nous introduirons les classes d'âges dans certains de ces modèles compartimentaux, afin de trouver une relation entre les individus de ces classes d'âges à l'aide du modèle de Cox et des fonctions copules. Nous donnerons ensuite, deux exemples sur ces modèles : la Malaria au Mali et la peste en Europe au moyen-âge. Nous introduirons aussi les quantiles conditionnels et les fonctions copules archimédiennes, ce qui nous mènera à trouver une dépendance entre les différents compartiments des hôtes et des vecteurs. / The stochastic classical models include linear interactions copulas, expressing in general pair interactions. It is planned to extend these models to nonlinear interactions of saturation type or triplet type, to treat realistic applications, as the epidemics diffusions.The aim of this thesis is to apply the copulas functions in epidemiology, and especially to apply these functions in the transmission system of malaria to detect the dependence existing between compartments of the epidemic system. We will study some compartmental models, which are a generalization of the Ross-Macdonald model, assuming that the population is not constant and taking into account the transmission parameters such as fertility, mortality, etc. Also, we will introduce the age classes in some of these compartmental models, and study the relationships between individuals of these age classes, using the Cox model and the copulas functions. Then, we will give two examples of these models: the Malaria in Mali and the plague in Europe during the Middle Ages. We will introduce also the conditional quantiles and the Archimedean copulas functions, that will lead us to find dependencies between the different compartments of hosts and vectors.