Influenza aviaire est une maladie infectieuse contagieuse, due à des virus de la famille des Orthomyxoviridae, les virus Influenza A, touchant les oiseaux et susceptible d'entraîner une mortalité extrêmement élevée, notamment chez les volailles. Les souches hautement pathogènes des virus influenza aviaire provoquent une maladie sévère et mortelle chez les volailles et constituent un risque pour la santé publique. En février 2006, la France a été touchée par une épizootie d'influenza aviaire H5N1 hautement pathogène, qui s'est répandu dans l'avifaune sauvage de la zone humide la Dombes. La Dombes est une zone humide, mosaïque de plus de mille étangs, et une zone d'importance ornithologique internationale, abritant des milliers d'oiseaux d'eau. C'est une zone à risque pour la propagation de l'influenza aviaire de part à la fois la présence des populations d'oiseaux sauvages sur les étangs et de la proximité de ces populations aux élevages de volailles qui parsèment la région. L'objectif principal de ce travail est la modélisation du risque influenza aviaire dans la région de la Dombes. Ce travail est axé sur l'avifaune sauvage et sur le risque d'infection et de transmission de l'infection par les oiseaux sauvages. Nous avons, dans un premier temps, identifié les caractéristiques particulières à la Dombes, pouvant influer sur l'épidémiologie de l'influenza aviaire dans la région. Les trois acteurs principaux de l'écosystème de la Dombes sont les étangs, les populations d'oiseaux sauvages et les élevages de volailles. Ensuite, le risque influenza aviaire dans la Dombes a été décliné à deux niveaux : 1) dans l'écosystème d'un seul étang ; et 2) au sein d'un réseau d'étangs comme caractérisés en 1), où la propagation de l'infection peut se faire d'étang à étang. Au niveau étang, le risque influenza aviaire est modélisé, d'une part, par le temps de persistance des virus influenza aviaire dans l'eau de l'étang, et d'autre part, par la dynamique de l'infection au sein des populations d'oiseaux sauvages par transmission directe entre oiseaux et indirecte via l'eau de l'étang. Au niveau réseau d'étangs, l'analyse du risque permet d'identifier des groupements spatiaux d'étangs à risque élevé d'infection aux virus influenza aviaire. Quant au risque d'exposition des élevages aux virus influenza aviaire d'origine de l'avifaune sauvage, il est calculé en tenant compte à la fois de la proximité des élevages aux étangs susceptibles d'être infectés et de la probabilité de ces étangs à être infectés en cas d'épizootie. / Avian influenza is a contagious infectious disease caused by viruses of the family Orthomyxoviridae, influenza A viruses, affecting birds and known to cause extremely high mortality, especially in poultry. Highly pathogenic strains of avian influenza viruses cause severe and fatal disease in poultry and pose a risk to public health. In February 2006, France was hit by a highly pathogenic H5N1 avian influenza outbreak, affecting aquatic wildfowl in Dombes wetland. The Dombes is a wetland mosaic of more than a thousand ponds and an area of international ornithological importance, home to thousands of waterfowl. This is an area at risk for the spread of avian influenza viruses due to both the presence of wild birds on the ponds and the proximity of these populations to poultry farms that are present in the area. The main objective of this work is the modeling of the avian influenza risk in the Dombes region. This work is focused on the wildfowl and the risk of infection and transmission of infection by wild birds. As a first step, we have identified the specific characteristics of the Dombes area, which may affect the epidemiology of avian influenza in the region. The three main players in the Dombes ecosystem are the ponds, the wildfowl populations and the poultry farms. Secondly, the avian influenza risk in the Dombes was declined at two levels: 1) in the ecosystem of a single pond; and 2) within a network of ponds as characterized by 1), where the infection is spread from pond to pond. At the pond level, the avian influenza risk is modeled, on the one hand, by the persistence time of avian influenza viruses in the water of the pond, and, on the other hand, by the infection dynamics within wild bird populations by direct transmission between birds and indirectly through the water of the pond. At the ponds network, the risk analysis identifies spatial clusters of ponds at high risk of infection with avian influenza viruses. Concerning the risk of exposure of poultry farms to avian influenza viruses of wildfowl origin, it is calculated taking into account both the proximity of the farms to ponds likely to be infected and the probability of these ponds to become infected during an outbreak.

Contexte : Les phtalates et les phénols sont des perturbateurs endocriniens. Les données concernant leurs effets sur la croissance fœtale et durant l'enfance sont limitées et suggèrent un effet dépendant du sexe de certains phénols sur le poids de naissance. Une des limites de ces études est l'estimation de l'exposition, basée sur la mesure de leurs concentrations dans un petit nombre d'échantillons d'urine maternelle. En raison de la faible persistance de ces composés chimiques dans l'organisme, les concentrations urinaires varient dans le temps. Les concentrations dosées dans d'autres matrices comme le liquide amniotique pourraient être pertinentes pour estimer l'exposition fœtale.Objectifs : Les objectifs de la thèse étaient : 1) d'étudier les impacts potentiels de l'exposition prénatale aux phénols et aux phtalates sur la croissance du fœtus et de l'enfant ; 2) de caractériser la variabilité des concentrations urinaires de phénols au long de la grossesse et de comparer les concentrations de phénols dosées dans le liquide amniotique et l'urine maternelle recueillis le même jour ; 3) de caractériser le biais et l'impact sur la puissance statistique de l'utilisation d'un faible nombre d'échantillons urinaires pour estimer les expositions. Méthodes : Les associations entre les phénols, les phtalates et la croissance ont été étudiées parmi un sous-effectif de la cohorte mère-enfant EDEN ayant accouché de garçons (n =520). La croissance fœtale a été estimée à l'aide d'échographies réalisées pendant la grossesse et de mesures à la naissance. La croissance postnatale a été modélisée à partir de mesures répétées normalisées, réalisées entre la naissance et 3 ans. Les biomarqueurs d'exposition aux phtalates et phénols ont été dosés dans les urines maternelles recueillies une fois pendant la grossesse. La variabilité des concentrations urinaires de phénols et la correspondance avec les concentrations mesurées dans le liquide amniotique ont été étudiées chez 71 femmes enceintes recevant une amniocentèse au centre médical Mount Sinaï (NY, États-Unis). Un échantillon d'urine maternelle a été recueilli le jour de l'amniocentèse, et à deux autres reprises pendant la grossesse. L'étude concernant les biais est basée sur des données simulées. Résultats : Les concentrations de triclosan étaient négativement associées à tous les paramètres de croissance mesurés à la troisième échographie (p ≤ 0,16) et avec la périmètre crânien à la naissance (β = - 1,4 mm, IC 95%; -2.8; 0.0). Les parabènes étaient associés positivement avec le poids à la naissance (p < 0,05). Le méthyle et propyle parabènes étaient aussi positivement associés au poids et à la circonférence abdominale à 3 ans (p-valeurs comprises entre 0,02 et 0,14). En ce qui concerne la variabilité des concentrations urinaires pendant la grossesse, les coefficients de corrélation intra-classe (ICC) variaient entre 0,48 et 0,62 pour l'ensemble des phénols sauf le bisphénol A (ICC = 0,11). Seuls la benzophénone-3 et le propyle parabène ont été détectés dans au moins 50 % des échantillons de liquide amniotique. Pour ces composés les concentrations dosées dans l'urine maternelle et le liquide amniotique, recueillis le même jour, étaient positivement associés. Dans le cadre d'une simulation, nous avons estimé que 5 échantillons d’urine étaient nécessaires pour estimer correctement l’exposition aux produits chimiques ayant un ICC de 0,6, tandis que pour des produits chimiques avec un ICC de 0,15, environ 25 échantillons étaient nécessaires.Conclusion : Un seul échantillon d'urine était disponible pour évaluer les expositions des femmes de la cohorte EDEN et nos résultats peuvent être affectés d'un biais résultant d'erreurs de classification des expositions, notamment pour le bisphenol A pour lequel nous avons observé une variabilité importante des concentrations. Néanmoins, notre étude suggérait un effet de l'exposition prénatale à certains phénols sur la croissance pré- et post-natale. / Background: Phthalates and phenols belong to the family of short half-life endocrine disruptors. Data regarding their effects on fetal and early post-natal growth in Human are sparse and suggest a sex-specific effect of some phenols on birth weight. One of the limitations of these studies is exposure assessment usually based on the measurement of their concentrations in a small number of maternal urine samples collected during pregnancy. Because of their low persistence in the organisms and the likely episodic nature of the exposures, urinary concentrations of these chemicals are likely to vary. Chemical concentrations measured in alternative matrix, such as amniotic fluid, might be a relevant dosimeter of fetal exposure.Objectives: Objectives of the thesis were: to study the potential effects of prenatal exposures to phenols and phthalates on pre- and early post-natal growth; to characterize variability in maternal urine concentrations of phenols throughout pregnancy and to compare phenol concentrations in amniotic fluid to those measured in maternal urine collected same day; to characterize the impact of increasing the number of measurements to estimate exposure on bias and statistical power of epidemiological studies.Methods: Associations between phenols, phthalates and growth were studied among a subsample of pregnant women of the French EDEN cohort delivered boys (n =520). We measured fetal growth with ultrasound (three times during pregnancy) and birth measurements. We used standardized measures acquired between birth and 3 years of age to model postnatal growth. We measured biomarkers of phthalates and phenols in maternal urines collected once during pregnancy: 191 women were assessed in 2008 and 410 other women in 2012 (ntot = 601). Variability in phenol urine concentrations and relationship between concentrations measured in amniotic fluid and maternal urine collected on the same day were studied among 71 pregnant women presenting for an amniocentesis at the Mount Sinai Medical Center (NY, USA). Maternal urine was collected at the time of the amniocentesis appointment, and on two subsequent occasions. Urine and amniotic fluid were analyzed for nine phenols.The study aiming at characterizing bias was based on simulated data. Results: Among the subsample of 191 pregnant women from the EDEN cohort, we observed a negative association between dichlorophenols and birth weight and a positive association between benzophenone-3 and birth weight. The associations with dichlorophenols were not replicated in the larger subsample of the EDEN cohort (n = 520). Triclosan concentration was negatively associated with all of the growth parameters measured at the third ultrasound examination (p ≤ 0.16) and with head circumference measured at birth (β = - 1.4 mm, 95% CI; -2.8; 0.0). All of the parabens were positively associated with weight at birth (p < 0.05). These associations remained in childhood for methyl- and propyl-parabens. Regarding the variability in phenol urinary concentrations during pregnancy, the intraclass correlation coefficients (ICC) ranged between 0.48 and 0.62 for all phenols except bisphenol A (ICC = 0.11). Only benzophenone-3 and propylparaben were detectable in at least half of the amniotic fluid samples; for these phenols, concentrations in maternal urine and amniotic fluid were positively associated. In a simulation study, we estimated that 5 samples will be needed to correctly estimate exposure to chemicals with ICC of 0.6, while for chemicals with ICC of 0.15 around 25 samples would be needed.Conclusion: We only had spot urine sample to assess exposure in the EDEN cohort and findings may be affected by exposure misclassification, especially for bisphenol A for which we observed high variability in urine concentrations. Nevertheless, our study lends support to a potential effect of prenatal exposure to some phenols on pre- and early post-natal growth.

Les études internationales indiquent que la pollution atmosphérique présente des effets néfastes sur la santé. Au Liban, les taux de polluants atmosphériques dépassent les seuils recommandés par l’OMS et les législations sont presque absentes. Dans ce contexte, cette thèse tentera d’étudier les effets de l’exposition aux polluants de l’air sur la santé respiratoire, cardiaque et cutanée à Beyrouth en utilisant la méthodologie d’analyse des séries temporelles. Pour estimer l’effet de la pollution sur la santé de la population beyrouthine, nous avons principalement utilisé des données extraites des registres des urgences de sept hôpitaux ainsi que celles du réseau de surveillance de la qualité de l’air à Beyrouth et ce pour une période de dix-huit mois. L’analyse de régression, appliquée aux indicateurs de pollution, de santé et d’autres facteurs de confusion nous a permis de montrer une relation significative entre les admissions pour causes respiratoires, cardiaques et cutanées et l’augmentation des niveaux de polluants atmosphériques. Les analyses menées chez les enfants et les personnes âgées ont montré qu’il existe une relation significative entre les admissions aux urgences pour causes respiratoires et l’augmentation de la concentration des particules de 10µg.m-3 au-dessus des normes exigées et ceci au jour même. Cependant, nous avons montré qu’une association significative existe chez les adultes mais pour un délai de six à sept jours. La relation entre l’augmentation des niveaux de polluants et les admissions aux urgences pour causes cardiovasculaires n’a pas été très significative. Par contre une relation a été considérée positive et importante entre l’élévation des taux de polluants et les admissions aux urgences pour des maladies cutanées. En conclusion, nos résultats ont mis en évidence l’effet des polluants sur la santé des habitants à Beyrouth surtout chez des groupes vulnérables (enfants et personnes âgées) et ont souligné la nécessité de mener des études supplémentaires sur ce sujet. / International studies show that air pollution has adverse effects on health. In Lebanon, air pollutants exceed the limits recommended by WHO and laws barely exist. This thesis attempts to study the effects of exposure to air pollutants on respiratory, cardiovascular and skin diseases in Beirut using the methodology of time series analysis.To estimate the health effects of air pollution in Beirut, we mainly used data from emergency registers of seven hospitals as well as data from the air quality monitoring network in Beirut for a period of eighteen months. Regression analysis taking into consideration pollution and health indicators and other confounding factors allowed us to demonstrate a significant relationship between admissions for respiratory, cardiovascular and skin diseases and the increased levels of air pollutants. The analysis conducted in children and elderly groups apart have shown that there is a significant relationship, same day, between emergency admissions for respiratory causes and the increase in particles concentrations of 10μg.m-3. However, this significant association exists in adults group but for a delay of six to seven days. The relationship between increasing levels of air pollution and emergency admissions for cardiovascular causes was barely significant. Beside strong association was found between air pollutants and emergency admissions for skin diseases. In conclusion, our results proved the effect of air pollution on health in Beirut especially among vulnerable groups (children and elderly groups) and stressed the need to conduct additional studies on this subject.