Orientadores: D. S. Galvão, M. C. dos Santos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica de Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-07-19T20:34:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dantas_SocratesdeOliveira_D.pdf: 3133021 bytes, checksum: b5e75fccbf05e7c9c145d0208de815df (MD5) Previous issue date: 1994 / Resumo: Este trabalho está dividido em duas partes. Na primeira parte nós investigamos a estrutura eletrônica das elipticinas. As elipticinas constituem um familia de moléculas orgânicas que apresenta atividade citotóxica e antitumoral. Nós utilizamos métodos semi-empíricos como o AMl e ZINDO para estabelecer um modelo que permite explicar a seletividade biológica das elipticinas em termos de parâmetros eletrônicos. Demonstramos que é possível estabelecer um relação direta entre atividade citotóxica e momento de dipolo e densidade de carga crítica em alguns sítios específicos. Isto permite em princípio estabelecer uma metodologia para o design de novos derivados da elipticina com propriedades biológicas específicas. Na segunda parte investigamos alguns aspectos de eletrônica molecular. Em particular nós propusemos uma chave molecular tipo Carter, que ao contrário do proposto na literatura pode funcionar desde que espaçadores laterais e a presença de um campo estático externo sejam levados em consideração. Propusemos também um novo tipo de dispositivo molecular que pode ter a sua condutividade modulada por um campo elétrico sem a necessidade de contatos físicos ou de dopagem química. Nós observamos um comportamento não linear tipo transistor em função da intensidade do campo elétrico. Esta é a primeira demonstração teórica deste tipo de mecanismo para materiais orgânicos / Abstract: This work is divided into two parts. In part I we have investigated the electronic structure of ellipticines. Ellipticines are a family of organic molecules with antitumoral and cytotoxic activity. We have used sophisticated semiempirical methods as AM1 and ZINDO to build a model that correlates the biological selectivity shown by ellipticines with their electronic indexes. We have shown that a direct relationship between cytotoxic activity with dipole moment and critical charge density at specific sites is present. This allows, in principle, a new methodology for the design of better ellipticine derivatives with specific properties. In part II we have investigated some aspects of molecular electronics. In particular, we have proposed a functional Carter's switch in contrast with previous reported studies in the literature. The underlying mechanism for the switching function is the presence of lateral spacers associated with the presence of a static external electric field. We have also proposed a new type of molecular device with the conductivity modulated by the electric field and without the necessity of physical contacts or chemical doping. We have observed a non-linear, transistor-like, behavior as a function of the electric field strength. This is the first theoretical demonstration of such mechanisms for organic materials / Doutorado / Física / Doutor em Ciências

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciencias Fisicas e Matematicas / Made available in DSpace on 2012-10-16T04:37:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2016-01-08T17:07:35Z : No. of bitstreams: 1 82132.pdf: 1912542 bytes, checksum: e979a79daab65a77ad435777a79aedda (MD5) / Através de modificações estruturais na molécula actofenona xantoxilina, um produto natural ativo como antiespasmódico e isolado de folhas e ramos jovens de Sebastiana schottiana (Euforbiacea) com bons rendimentos, foram obtidos vários derivados que foram testados no íleo isolado de cobaia contraído pelo acetilcolina. Os resultados farmacológicos demonstraram que vários compostos foram mais potentes do que a própria xantoxilina, sugerindo que o grupo carbonila é essencial para a atividade antiespasmódica. O uso do método manual proposto por Topliss permitiu avaliar quantitativamente a correlação entre a estrutura química dos derivados benzilados e suas ações farmacológicas, cujos resultados indicaram que fatores eletrônicos e fatores hidrofóbicos são importantes para a atividade antiespasmódica destes compostos.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-06-25T14:55:47Z No. of bitstreams: 1 2013_NadiaMeloBorges.pdf: 1886000 bytes, checksum: 863cf22f9bb2753321604c402b7d6af0 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-06-26T12:25:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_NadiaMeloBorges.pdf: 1886000 bytes, checksum: 863cf22f9bb2753321604c402b7d6af0 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-26T12:25:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_NadiaMeloBorges.pdf: 1886000 bytes, checksum: 863cf22f9bb2753321604c402b7d6af0 (MD5) / Este trabalho foi dividido em duas partes, primeiro determinamos curvas de energia potencial (CEP) do sistema molecular He2, no estado eletrônico fundamental, usando função de base aug-cc-pv6z e dois métodos distintos: MRCI (do inglês "multireference configuration interaction") e MRCI+Q (do inglês "multireference configuration interaction with Davidson correction"). Em seguida, estas energias foram ajustadas usando a forma analítica de Rydberg generalizada de graus variando entre 4 e 10. De posse desses ajustes, calculamos a energia do primeiro nível vibracional (v = 0) desse sistema resolvendo a equação de Schrödinger nuclear. Através desses cálculos verificamos que o primeiro nível vibracional se encontra acima do limite da energia de dissociação do sistema He2. Este resultado corrobora para o fato da não existência de estados ligados no estado fundamental para a molécula He2. Na segunda parte deste trabalho, testamos as CEPs obtidas por Wang e colaboradores para as moléculas homonucleares envolvendo os gases nobres Ne (Ne2), Ar (Ar2), Kr (Kr2) e Xe (Xe2). Para tanto, foram calculados as energias vibracionais para essas CEPs. Os resultados obtidos concordaram muito bem tanto com os resultados experimentais como os teóricos existentes na literatura. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This work were divided in two parts, first we determined the He2 ground state potential energy curves (PEC) using the MRC’I (Multireference configuration interaction) and MRCI+Q (Multireference configuration interaction with Davidson correction) levels of calculations and aug-cc-pv6z basis set. These energies were fitted to Rydberg generalized analytical function with degrees varying from 4 to 10. Through these analytical functi¬ons, the first, vibrational energy (v = 0) was calculated solving the nuclear Schroodinger equation. It was verified that this level (v = 0) is localized above at the He2 dissociation limit. This fact suggests the absence of bound states to the electronic ground state of lie-2 molecule. In the second part of this study, we tested the CEPs built by Wang and collaborators for homonuclear molecules involving noble gases Ne (Xe2), Ar (Ar2), Kr (Kr2) and Xe (Xe2). This test consisted in the calculation of the vibrational energies for these PECs. The obtained results agreed very well with both experimental and theoretical results found in the literature.

Orientador: Nilson Ivo Tonin Zanchin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T21:57:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_CelisaCaldana_M.pdf: 3533582 bytes, checksum: 0766aeffae17a09254ca22c48c13f425 (MD5) Previous issue date: 2004 / Mestrado

Orientador: Francisco Javier Medrano Martin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T00:11:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Salmazo_AnitaPaulaTesta_M.pdf: 3523521 bytes, checksum: c953c7f73d24e98bbdce46507535161e (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: o sistema regulador de dois componentes responde a mudanças no meio ambiente, regulando genes envolvidos na adaptação de bactérias. Este sistema, normalmente é formado por duas proteínas, uma proteína sensora que nota a mudança ambiental, e outra proteína reguladora que regula os genes necessários para a resposta adequada. Assim, visando caracterizar as proteínas Xf0389 (reguladora) e Xf0390 (sensora) de Xy/ella fastidiosa, experimentos desde amplificação gênica até purificação protéica foram iniciados. Enquanto o gene Xf0390 foi amplificado e clonado em vetor pGEM-T-Easy, o gene Xf0389 foi inserido em vetor de clonagem e após a confirmação de similaridade do fragmento extraído do vetor com o gene descrito de X. fastidiosa, o fragmento foi subclonado em vetores de expressão (pET28a(+), pET29a(+) e pGEX4T-3). A proteína foi expressa em diferentes linhagens de Escherichia colí, para obtenção da mesma em sua forma solúvel. Através de experimentos de dicroísmo circular, a proteína foi caracterizada como estável e predominantemente rica em a-hélice. Esta última característica da estrutura secundária também foi mostrada pelo modelo construído para a proteína Xf0389, baseado na estrutura tridimensional da proteína "DNA binding response regulator D" (DrrD) de Thermotoga maritima que pertence a subfamília OmpR/PhoB / Abstract: The two-component regulatory system are signal transduction strategies used by bacteria in order to sense the surrounding the environment. This system is composed by two proteins, a transmembranic sensor protein (PhoQ) that interacts with the other one, a response regulator protein (PhoP) that once it has been phosphorilated, it generates a response by regulating the expression of several genes, involved in virulence and adaptation. In Xy/ella fastidiosa this system is formed, at least, by these two genes: Xf0389 (PhoP) and Xf0390 (PhoQ). The Xf0390 was cloned only in pGEM-T-Easy, while the Xf0389 was ais o cloned into the expression vector pET28a(+) and the protein was expressed in E. colí C43 (DE3) strain. Circular dichroism spectra of the purified protein show a high content in alpha-helix. A three-dimensional model of Xf0389 was built and the modeling was based on the protein DNA binding response regulator D (DrrD) from Thermotoga maritima (PDB accession code: 1 kgs). Typically, response regulators have two domains: a N-terminal regulatory domain which is phosphorilated and a C-terminal effector domain which has a DNA binding motif. Based on the sequence of the effector domain, there are three subfamilies: NtrC, NarUFixJ and OmpRlPhpB. Xf0389 has characteristics of the proteins belonging to the OmpRlPhoB subfamily / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Neste trabalho propomos um modelo molecular geral para o estudo da estrutura eletrônica de sólidos covalentes, utilizando o método do Espalhamento Múltiplo. Aplicamos o modelo ao cristal de GaAs com aglomeradosde 17 átomos. Analisamos os efeitos produzidos pelos elétrons pertencentes aos orbitais flutuantes, evidenciando a necessidade de tratarmos corretamente às condições de contôrno do aglomerado. Apresentamos os resultados para o gap de energia, largura da faixa de valência e a curva densidade de estados, resultados estes que concordam satisfatoriamente com a experiência. Utilizando o modelo proposto, estudamos ainda defeitos pontuais no cristal de GaAs tais como vacância de gálio, vacância de arsênio e impurezas substitucionais de cobre e selênio. A simulação de uma vacância de gálio no GaAs provocou o aparecimento de um nível de energia aceitador (profundo) e a vacância de arsênio provocou o aparecimento de 2 níveis doadores (profundos). Com a introdução de uma impureza de cobre no GaAs surgiu um nível aceitador energeticamente próximo ao nível produzido pela vacância de gálio. A impureza de selênio no GaAs provocou o aparecimento de um nível doador (raso) próximo a faixa de condução. Todos os resultados acima apresentados concordam perfeitamente com a evidência experimental. Por último incluímos o operador de massa de Ferreira-Leite para o estudo de níveis rasos de impureza. A partir dos resultados obtidos neste trabalho e da generalidade do modelo proposto abre-se um vasto campo para o estudo defeito em sólidos covalentes. / A molecular cluster model of tetrahedrally coordinated covalent semiconductors is proposed. The boundary condition at the cluster surface is the crucial problem. A general solution to this problem is suggested. The energy spectra of GaAs cluster with seventeen atoms are obtained within the framework of the selfconsistent field multiple scattering method. A critical analysis of the \"dangling bonds\" effects on the electronic structure of the cluster is performed, and a suitable simulation of the rest of the crystal at the cluster boundaries is discussed. lt is show that the main features of the perfect crystal electronic structure emerge from the cluster spectrum, when the proposed boundary condition is assumed. The model was applied to \"the study of the electronic structure of vacancies and substitutional impurities in GaAs. The proposed cluster model leads to the correct location of the electronic levels, introduced by the .impurity, with respect to the band edges. The agreement between the calculated results and the experimental ones suggests that the molecular cluster approach proposed is reliable to deal with a wide range of problems associated with the electronic structure of perfect and imperfect IV and III-V covalent semiconductors.

O trabalho apresenta um modelo para a descrição autoconsistente da polarização de spin em sistemas atômicos, onde o elétron e tratado como uma partícula de Dirac. O Hamiltoniano de interação de muitas partículas utilizado é obtido via teoria de perturbação covariante até primeira ordem em , constante de estrutura fina, e até termos da ordem (v/c)2, onde v representa a velocidade das partículas. Tal Hamiltoniano é uma boa descrição para sistemas de elétrons interagentes até uma densidade de aproximadamente 10.26 elétrons/cm3. No trabalho procura-se descrever os estados de uma partícula como \"orbitais atômicos\" e para tanto aproximações adicionais fazem-se necessárias. Além disso, a aproximação local por um gás de elétrons livres no tratamento dos termos de \"exchange\" e utilizada. Como aplicação do modelo é feito o cálculo da estrutura de multipletos para alguns sistemas atômicos. Obtém-se, também, um pequeno desdobramento em átomos com camadas fechadas (gases nobres) devido às interações magnética e de retardamento. / A relativistic, spin polarized, self-consistent, atomic system model is presented, the electrons being described as Dirac particles. The many-body interaction Hamiltonian used is correct until the orders and (v/c)2, with standing for the fine structure constant, v and c for the velocities of particles and light respectively. Such Hamiltonian may be used for the description of interacting electrons for densities lower than 10 26 electrons/cm3. The requirement for particles states as \"atomic orbitals\" implies some additional approximation. For exchange terms the local free electron gas approximation is used. As an application the multiplet structure for some atomic systems is presented. The model describes a break of degeneracy for closed shell atoms due to the magnetic and retarded interactions.

Estudamos neste trabalho a estrutura eletrônica de defeitos localizados em silício, responsáveis pela introdução de níveis profundos na faixa proibida do semicondutor. Utilizamos para tanto modelos de aglomerados moleculares dentro do formalismo do Espalhamento Múltiplo com aproximação local X para o potencial de troca (MS-X). Um tratamento adequado para os orbitais de superfície foi usado. Os defeitos estudados foram de dois tipos: defeitos simples (monovacância Si:V e oxigênio substitucional Si:O) e pares de defeitos vizinhos na rede (divacância Si : V IND 2) e par de átomos de fósforo Si: P IND 2). Os defeitos foram estudados em diferentes estados de carga (Si:O e Si : O POT -\', Si: P IND 2 e Si: P IND 2 POT + Si: V POT 0 IND 2, Si: V IND 2 POT + e Si: V POT IND 2) e no caso da divacância e do centro P IND 2 POT + foram incluídos efeitos de polarização de spin. Encontramos para todos os defeitos estudados indícios da ocorrência de efeitos Jahn-Teller. Incluímos análises das distorções dos primeiros vizinhos ao defeito nos sistemas Si: O POT , P IND 2 POT + e V POT IND 2. O modelo adotado mostrou-se capaz de descrever satisfatoriamente a estrutura eletrônica dos defeitos estudados, fornecendo resultados quantitativos que podem ser comparados diretamente com a experiência. / In this work we studied the electronic structure of deep-level defects in silicon. To do this we use molecular cluster models within the formalism of the Multiple Scattering method, in the local density functional approximation (X). The surface orbitals of the cluster are treated in a convenient way. The defects studied here were of two kinds: simple defects (single vacancy Si:V and oxygen substitutional Si:0), and pairs of defects occupying neighbouring sites in the lattice (divacancy Si :V2 and the pair of phosphoru- atoms Si :P2 ). The defects were studied in different charge states (Si:O and Si:O-, Si:P2 and Si:P+, Si:V20, SI:V2-) and for the divacancy and the center Si:P2+ the calculations were carried out to the spin-polarized limit. For all defects studied we found evidence as to the possible occurrence of Jahn-Teller effects. Analysis of nearest-neighbours distortions were included for the systems Si:O- , Si:V2+ and Si:V2-. The electronic structure of the defects studied here was satisfactorily described by the model we adopted, and quantitative results are given, that can be compared straightforwardly with experimental results.

Orientador: Paulo Mitsuo Imamura / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-23T06:09:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_Marta_D.pdf: 5272250 bytes, checksum: 9cda38f1c83576ab2b73350699be91f7 (MD5) Previous issue date: 1997 / Doutorado

Aplicamos a técnica da função de Green em conjunto com o modelo de força de valência para estudar algumas propriedades vibracionais de redes perturbadas. Apresentamos uma descrição teórica dos modos locais de vibração de vacâncias e anti-sítios em GaAs. Incluímos efeitos de relaxação simétrica para as vacâncias. Baseados em nossos resultados, podemos concluir que o modo vibracional respiratório medido em 227 cm-1 não é devido a vacância de arsênio, conforme fora anteriormente sugerido. Aplicamos o mesmo método para o estudo da variação de densidade de estados vibracionais da vacância em silício. Efeitos de relaxação simétrica e distorção tetragonal são incluídos. Tais resultados são aplicados ao cálculo da entropia de formação deste defeito em Si. A partir destes cálculos verificamos que a vacância pode ser o defeito nativo responsável pela alta entropia de auto-difusão obtida experimentalmente. Finalmente, empregamos o modelo de aglomerado molecular e o método de Hartree-Fock para estudar a estrutura eletrônica da vacância neutra em Si. Calculamos a energia total destes sistemas quando submetidos aos efeitos simultâneos de relaxação e distorção. Verificamos que este modelo fornece resultados equivalentes aos obtidos por métodos de função de Green autoconsistente para a relaxação e apresenta a vantagem adicional de conseguir calcular a energia de distorção. Discutimos as consequências destes resultados sobre a entropia de formação de vacância. / The Green\'s-function technique within the framework of a valence-force field Hamiltonian has been used to study vibrational properties of intrinsic defects in gallium arsenide and silicon. This theoretical approach has been employed to predict the local vibrational modes for vacancies and antisites in GaAs. Symmetrical relaxation was included for vacancies. Our results indicate that the arsenjc vacancy can not explain the breathing mode recently found in 227 cm -1 by Raman studies. The same procedure has been applied to study the changes induced by an isolated vacancy to the local vibrational density of states in silicon. In order to treat the dangling bonds reconstruction, relaxation and tetragonal distortion effects have been included. These calculations have led to the formation entropy of a single vacancy in Si. It has been found that the single vacancy may play an important role in self-diffusion at high temperatures for this material. We also have performed cluster total-energy calculations to study relaxation and distortion around a silicon vacancy. These calculations were carried out under the Hartree-Fock approximation. Our results show that the cluster model, besides providing relaxation energies with the same accuracy of self consistent Green\'s-function method, has the additional advantage of calculating distortion energies. Consequences of these total-energy calculations on formation entropy of this defect have also discussed.