Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, Programa de Pós-Graduação em Física, 2015. / Submitted by Marília Freitas (marilia@bce.unb.br) on 2015-10-21T11:12:35Z No. of bitstreams: 1 2015_CarlosXavierdeOliveira.pdf: 5123574 bytes, checksum: 103e5054caf44ab0a01832c0f8d4728f (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2015-12-04T13:37:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_CarlosXavierdeOliveira.pdf: 5123574 bytes, checksum: 103e5054caf44ab0a01832c0f8d4728f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-04T13:37:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_CarlosXavierdeOliveira.pdf: 5123574 bytes, checksum: 103e5054caf44ab0a01832c0f8d4728f (MD5) / O estudo apresentado neste trabalho de dissertação é importante para conhecer as propriedades eletrônicas de algumas moléculas orgânicas que são de interesse em Física, Química e Química Industrial; tais como o benzeno (Bz), a anilina (An) e as nitroanilinas (NAn). Esses sistemas quando ionizados podem levar a espécies metaestáveis resultando em compostos intermediários de grande reatividade. Fizemos cálculos de estrutura eletrônica utilizando o programa Gaussian 09, partindo das espécies neutras para duplamente ionizadas. Esses cálculos mostraram que há desestabilização de algumas ligações interatômicas dos sistemas dicatiônicos em relação aos sistemas neutros, dando origem ao processo de fragmentação molecular. Nossos estudos revelaram modificações nos comprimentos da ligação, ordens de ligação (BO) e distribuição de carga em compostos aromáticos quando comparamos os sistemas duplamente ionizados com os neutros. Também investigamos a possibilidade de formação de dímeros motivados por resultados experimentais de fotofragmentação das NAns, obtidos recentemente em nosso grupo de pesquisa, na linha PGM (Plane Grating Monochromator) do Laboratório de Luz Síncrotron do Canadá (Canadian Light Source-CA). Os experimentos de espectroscopia de massa por tempo de voo mostraram assinaturas de metaestabilidade em seus espectros de coincidência elétron-íon-íon (PEPIPICO), as quais não podem ser explicadas pela fragmentação direta de moléculas isoladas. Sabendo disso, realizamos cálculos de estrutura eletrônica com otimização de geometria nos monômeros neutros e dicatiônicos e nos dímeros dicatiônicos, com o objetivo principal de propor um modelo teórico de fotofragmentação via cálculo de estrutura eletrônica. Empregamos o método DFT para a determinação de índices de ligação de Wiberg e cargas (CHELPG), utilizamos o funcional e o sistema de base UB3LYP/aug-cc-pVDZ para os cálculos dos monômeros. Já para os dímeros, usamos o funcional corrigido de longo alcance UwB97X-D/aug-cc-pVDZ de Head-Gordon. A partir da função de onda calculada anteriormente no Gaussian 09, determinamos as densidades eletrônicas e analisamos os mapas de contorno das densidades eletrônicas dos monômeros utilizando o programa Chemissian. As informações topológicas das ligações químicas entre pares de átomos, assim como, seus pontos críticos de ligação (BCP) foram investigadas utilizando a Teoria Quântica de Átomos em Moléculas (QTAIM). Essas grandezas foram esquematizadas utilizando o programa AIMAll. Concluímos que os monômeros dicatiônicos, apresentam maiores estiramentos das ligações nos pares de átomos do Benzeno r(C1-C2) e r(C4-C5); da Anilina r(C2-C3) e r(C7-C2); da Ortonitroanilina r(C2-C3), r(C3-C4), r(C3-N9) e r(C7-C2); da metanitroanilina r(C4-C5), r(C4-N9) e r(C7-C2) e por último da paranitroanilina r(C2-C3), r(C4-C5), r(C5-C6), r(C5-N9) e r(C7-C2). Sendo que o processo de transferência de carga e distribuição eletrônica nas nitroanilinas acontece na região do grupo doador de elétrons –NO2. Nos sistemas diméricos encontramos que os pontos críticos de ligação nos grupos –NH2 e –NO2 estabilizam suas densidades de cargas aproximadamente em 0.3 e/03 e 0.5 e/03 dando origem a ligações intermoleculares, o que estabiliza os sistemas An2+, oNAn2+, mNAn2+ e pNAn2+. / The study presented in this dissertation is important to know the electronic properties of some organic molecules that are of interest in Physics, Chemistry and Industrial Chemistry; such as benzene (Bz), aniline (An) and the nitroanilines (NAn). These systems when ionized can lead to metastable species resulting in intermediate compounds of great reactivity. We made electronic structure calculations using the Gaussian 09 program, starting from the neutral species to doubly ionized. These calculations showed that there is destabilization of some of the interatomic bonds in dicationics in relation to neutral systems, giving rise to molecular fragmentation process. Our studies revealed changes in the bond length, the bond order (BO) and the charge distribution in aromatic compounds when comparing the doubly ionized systems with neutral. We also investigated the possibility of dimer formation motivated by photofragmentation experimental results of nitroaniline, recently obtained in our research group, in beamline PGM (Plane Grating Monochromator) of Canadian Light Source Laboratory - CA. Time of Flight Mass spectroscopy experiments showed metastability signatures in the coincidence spectra electron-ion-ion (PEPIPICO), which cannot be explained by direct fragmentation of single molecules. Knowing this, we performed electronic structure calculations with geometry optimization in neutral and dicationic monomers and dicationic dimers, with the main objective to propose a theoretical model of photofragmentation via electronic structure calculation. We employ DFT method for determining the bonding index of Wiberg and charges (CHELPG), we use the functional and the base system UB3LYP / aug-cc-pVDZ for calculation of the monomers. As for the dimers, we use the corrected functional long-range UwB97X-D / aug-cc-pVDZ of Head-Gordon. From the wave function calculated earlier in Gaussian 09, we determine the electronic densities and analyze the contour maps of the electronic densities of the monomers using Chemissian program. The topological information of the chemical bonds between pairs of atoms, as well as its bond critical point (BCP) were investigated using the Quantum Theory of Atoms in Molecules (QTAIM). These quantities were outlined using the AIMAll program. We conclude that dicationic monomers have larger stretches of the bonds in the atoms pairs of benzene r(C1-C2) and r(C4-C5); of aniline r(C2-C3) and r(C2-C7); of ortho-nitroaniline r(C2-C3) r(C3 -C4) r(C3-N9) r(C2-C7); of meta-nitroaniline r(C4-C5), r(C4-N9) and r(C2-C7) and finally the para-nitroaniline r(C2-C3) r(C4-C5), r(C5-C6) r(C5 -N9) and r(C2-C7). Since the charge transfer process and the electronic distribution in nitroanilines happens in the electrons donor group region -NO2. In dimeric systems we found that the critical points in bond groups -NH2 and -NO2 stabilize their charge densities approximately in 0.3 e/03 and 0.5 e/03 resulting in intermolecular bonds, which stabilizes An2+, oNAn2+, mNAn2+ and pNAn2+.

Orientador: Profª. Drª. Fabiane Machado Vezzani / Co-orientador: Prof. Dr. Marcelo Ricardo de Lima / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Ciência do Solo. Defesa: Curitiba, 31/03/2015 / Inclui referências : f. 30-36 / Area de concentração : Solo e ambiente / Resumo: O estudo dos atributos de raízes e suas relações com os atributos do solo podem contribuir para o entendimento do papel das plantas sobre a atividade biológica e a agregação do solo. Assim, o objetivo deste trabalho foi analisar a relação das raízes em diferentes sistemas de uso do solo com indicadores microbiológicos e a estabilidade de agregados em Cambissolo Háplico Tb Distrófico no município de Antonina - PR. Os sistemas de uso foram: i: Floresta nativa situada às margens do rio Pequeno, ii: Milho em preparo convencional com enxada-rotativa e iii: Pupunha em preparo conservacionista, com preparo apenas no estabelecimento da cultura. Os atributos de raízes avaliados foram: densidade de comprimento (DCr), volume (Vr), área (Ar), carbono (Cr), nitrogênio (Nr), lignina e matéria seca. A matéria seca da parte área da vegetação também foi avaliada. Os atributos biológicos analisados foram: respiração basal (C-CO2) e carbono da biomassa microbiana do solo (C-BMS); quociente metabólico (qCO2); quociente microbiano (qMic) e atributos do solo: distribuição de agregados em classes de tamanho; diâmetro médio ponderado obtido via úmida (DMPu); granulometria, macronutrientes e polissacarídeos. O solo do sistema Pupunha apresentou maior proporção de agregados na classe 8-2 mm (73 g 100 g-1) na profundidade 0 a 5 cm, comparado ao solo da Floresta (52 g 100 g-1), essa maior estabilidade dos agregados foi atribuída ao maior teor de argila e menor teor de areia. O sistema Floresta foi superior aos sistemas Milho e Pupunha nos atributos de raízes nas profundidades 0 a 5 e 15 a 36 cm, no entanto, o efeito negativo do elevado teor de areia no solo da Floresta foi preponderante na estabilidade de agregados expressando na média da profundidade 0-30 cm DMPus de 2,8 mm, enquanto que o Pupunha e Milho apresentaram em média 3,4 e 3,5 mm, respectivamente. Os maiores valores de Ar e Vr na profundidade 0 a 5 cm estimulou a biomassa microbiana no Pupunha e na Floresta (C-BMS 942 e 848 mg C kg-1 solo, respectivamente), refletindo em eficiência no aproveitamento do carbono (qMic 5,1 e 4,7 % CO BMS-1, respectivamente), comparados ao Milho (C-BMS 428 mg C kg-1 solo e qMic 2,1 % CO BMS-1). O maior volume de raízes nos sistemas Floresta e Pupunha conferiu melhores condições para a biomassa microbiana e refletiu em estabilidade de agregados no sistema Pupunha, enquanto no sistema Milho o menor volume de raízes refletiu em menor biomassa microbiana e menor eficiência no aproveitamento de carbono. Na Floresta, a textura do solo influenciou negativamente na formação de macroagregados, mesmo na presença de grande densidade de raízes e alta atividade biológica. Os sistemas de uso Floresta e Pupunha que somaram maior volume de raízes refletiram em melhores condições biológicas. / Abstract: The study of the attributes of roots and their relationships with soil properties can contribute to the understanding of the role of plants on biological activity and soil aggregation. The objective of this study was to analyze the relationship of the roots in different soil use systems with microbiological indicators and aggregate stability in Inceptisoil in the municipality of Antonina - PR. Soil use systems were: i: native forest on the banks of the river Pequeno; ii: corn under conventional tillage with rotary hoe; and iii: Pupunha in conservation tillage, with tillage only in the establishment of culture. The roots attributes evaluated were: length density (CrD), volume (Vr), area (Ar), carbon (Cr), nitrogen (NR), lignin and dry matter. The dry matter of the foliage area was also evaluated. The soil biological attributes analyzed were: basal respiration (C-CO2) and carbon of microbial biomass (C-BMS); metabolic quotient (qCO2); microbial quotient (qMic). Other soil attributes were: aggregate distribution in size classes; weighted mean diameter in the wet way (DMPu); particle size, macronutrients and polysaccharides. The soil in the Pupunha system showed the highest proportion in 8-2 mm aggregate class (73 g 100 g-1) 0 to 5 cm depth compared to the Forest soil (52 g 100 g-1), which larger aggregate stability was attributed to the higher content of clay and smaller sand content. The root attributes in the depths from 0 to 5, and 15 to 36 cm in Forest system was superior to Pupunha and Corn systems. However, the negative effect of high sand content in the Forest soil was predominant in aggregate stability expressing on average DMPus 0-30 cm depth of 2.8 mm, while the Pupunha and Corn had an average 3.4 and 3.5 mm, respectively. The higher Vr values at 0 to 5 cm stimulated microbial biomass in Pupunha and Forest (BMS-C 942 and C 848 mg kg-1 soil, respectively), reflecting efficiency in carbon utilization (qMic 5, 1 and 4.7% CO BMS-1, respectively), compared to Corn (C-BMS 428 mg C kg-1 soil and qMic 2.1% CO BMS-1). The higher Vr in the Forest and Pupunha systems provide better conditions for microbial biomass and reflected in aggregate stability in Pupunha system, while the smaller Vr in the Corn reflected in lower microbial biomass and lower efficiency in the use of carbon. In the Forest, the soil texture had a negative influence in the macroaggregates proportion, even in the presence of high density of roots and high biological activity. Use systems Forest and Pupunha with higher volume of roots reflected in better biological conditions.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012. / Submitted by Gabriela Botelho (gabrielabotelho@bce.unb.br) on 2012-06-29T13:12:56Z No. of bitstreams: 1 2012_MurieleTabordaLottermann.pdf: 2431324 bytes, checksum: 6ce4316335a6c074d43d053cafea80ce (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-29T14:10:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_MurieleTabordaLottermann.pdf: 2431324 bytes, checksum: 6ce4316335a6c074d43d053cafea80ce (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-29T14:10:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_MurieleTabordaLottermann.pdf: 2431324 bytes, checksum: 6ce4316335a6c074d43d053cafea80ce (MD5) / A crise energética que vem atualmente sendo estabelecida mundialmente deve-se principalmente à elevação de preços e escassez de fontes de petróleo. Em virtude disso, novas fontes para a produção de combustíveis tem sido exploradas, entre elas, o amido para a produção de bioetanol. Para fermentação alcoólica o amido deve ser clivado para liberação das moléculas de glicose presentes em sua estrutura. Uma das enzimas necessárias nesse processo é a α-amilase, responsável pela hidrólise das ligações α-1,4 do amido liberando maltose e oligossacarídeos. Neste trabalho apresentamos estudo biofísico e estrutural de uma α-amilase (Amy1), proteína da levedura Cryptococcus flavus, expressa em Saccharomyces cerevisiae. A Amy1 foi obtida a partir do crescimento da levedura recombinante por 72 horas em meio de cultura com extrato de levedura como fonte de nitrogênio e purificada por cromatografia de troca iônica e de exclusão molecular. Essa enzima apresenta atividade ótima em pH 5,5. Estudos de dicroísmo circular (CD) da Amy1 recombinante em comparação com a proteína selvagem mostraram que a expressão em um organismo diferente não alterou significativamente a estrutura da α-amilase recombinante. A estrutura secundária da Amy1 recombinante em água a 25°C é constituída de 9,1% de α-hélice e 32,7% de folhas-β e da Amy1 selvagem de 8,2% de α-hélice e 34,7% de folhas-β. Nenhuma das proteínas apresentou padrão de desnaturação com a elevação da temperatura até 95°C, indicando a estabilidade estrutural dessas moléculas. Estudos de atenuação de fluorescência, utilizando atenuadores carregados e neutros e ajustes de Stern-Volmer, revelaram que a proteína recombinante apresenta uma população de triptofano predominantemente semi-enterrada. O microambiente desse aminoácido é parcialmente carregado positivamente, indicado pelos valores das constantes de Stern-Volmer (Ksv) obtidas para a partir da atenuação de fluorescência pela acrilamida, cloreto de césio e iodeto de potássio, nos pHs 5,5; 7,0 e 9,0. Mudanças conformacionais da proteína ocorrem em pHs neutro e alcalino levando a inativação da enzima. No entanto, as mudanças ocorridas em pH 5,5 são importantes para o aumento da atividade catalítica dessa enzima. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The energy crisis currently established worldwide has been the main motivation to explore new sources for fuel production, as starch used for bioethanol. In this process the α-amylase, responsible for the hydrolysis of the starch α-1-4 covalent bonds, is used to release maltose and oligosaccharides. Here, we present structural and biophysical studies of the α-amylase (Amy1) from yeast Cryptococcus flavus, expressed in Saccharomyces cerevisiae. The Amy1 was obtained from recombinant yeast in culture medium for 72 hours with yeast extract as nitrogen source. The enzyme was purified by ion exchange and molecular exclusion chromatography and presents optimal activity in pH 5.5. Structural studies using circular dichroism (CD) spectroscopy showed that recombinant and wild type amylases (Amy1) are structurally similar. The secondary structure content of recombinant and wild Amy1 in water at 25°C consists of 9.1% and 8.2% α-helix, 32.7% and 34.7% β-sheet, respectively. The amylases were characterized as thermal stable proteins, since none denaturation profile was observed under increasing temperature up to 95°C. Fluorescence decay studies using charged and neutral quenchers and Stern-Volmer approximation revealed that the recombinant protein has a population of tryptophan predominantly semi-buried. The tryptophan microenvironment is partially positively charged, indicated by the values of the Stern-Volmer constant (KSV) obtained from attenuation of fluorescence by acrylamide, cesium chloride and potassium iodide at pH 5.5, 7.0 and 9.0. Protein conformational changes occur in neutral and alkaline pH leading to inactivation of the enzyme. However, at pH 5.5 these conformational changes are important for increasing the catalytic activity of this enzyme.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-03-27T13:14:21Z No. of bitstreams: 1 2012_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 12579290 bytes, checksum: a110ee337316c3fde86e0f0a0a81a997 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-03-27T13:56:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 12579290 bytes, checksum: a110ee337316c3fde86e0f0a0a81a997 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-27T13:56:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 12579290 bytes, checksum: a110ee337316c3fde86e0f0a0a81a997 (MD5) / A doença de Alzheimer é a principal causa de demência entre pessoas com mais de 65 anos de idade. Embora sua etiologia não seja completamente conhecida, a diminuição dos níveis de acetilcolina tem sido associada fisiopatologia da doença. A hipótese colinérgica é uma linha terapêutica baseada no aumento do nível de acetilcolina por inibição reversível da enzima acetilcolinesterase (AChE). O presente trabalho tem como objetivo propor possíveis candidatos a inibidores da AChE, concebidos a partir dos derivados fenólicos do líquido da castanha de caju, por meio de modelagem molecular no âmbito da mecânica quântica. Para tanto, várias propriedades eletrônicas importantes no reconhecimento molecular pela enzima foram calculadas para os compostos estudados usando-se o nível de cálculo B3LYP e funções de base 6-311+G(2d.p). A análise de componentes principais revela que alguns destes compostos estão correlacionados com o donepezil, fármaco de atividade biológica conhecida. __________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Alzheimer's disease is the leading cause of dementia among people over 65 years of age. Although its etiology is not fully known, the decreased levels of acetylcholine has been linked to the pathophysiology of the disease. The cholinergic hypothesis is a line therapy based on increasing the level of acetylcholine by reversible inhibition of the enzyme acetylcholinesterase (AChE). This paper aims to propose possible candidates to AChE inhibitors, designed from the liquid phenolic derivatives of cashew, through molecular modeling in the context of quantum mechanics. To this end, several electronic properties important for the molecular recognition by the enzyme were calculated for the compounds studied using the B3LYP level of calculation and basis set functions 6-311+G(2d,p). The principal components analysis reveals that some of these compounds are correlated to donepezil, a drug with known biological activity.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2008. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-16T21:45:32Z No. of bitstreams: 1 2008_AdelsonJoelSilva.pdf: 6538658 bytes, checksum: d53ab6d55ab999a7948e18c47fa70a1c (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-16T21:46:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_AdelsonJoelSilva.pdf: 6538658 bytes, checksum: d53ab6d55ab999a7948e18c47fa70a1c (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-16T21:46:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_AdelsonJoelSilva.pdf: 6538658 bytes, checksum: d53ab6d55ab999a7948e18c47fa70a1c (MD5) / "O inibidor de quimotripsina de Schizolobium parahyba (SPCI) pertence à família Kunitz, inibindo especificamente quimotripsina na proporção molar de 1:1 (Ki = 5,85 x 10-8 M). Este trabalho visa analisar as modificações conformacionais resultantes da associação entre o SPCI e a -quimotripsina por meio de métodos espectroscópicos de fluorescência (estacionária e dinâmica), dicroísmo circular e espalhamento de luz dinâmica (ELD); a cristalização do complexo binário SPCI-quimotripsina também foi realizada utilizando o método da matriz esparsa em gota sentada. O SPCI foi purificado pela precipitação com ácido tricloroacético 1,2% seguido por cromatografia de troca catiônica. A purificação do complexo binário foi realizada por cromatografia de exclusão molecular. O espectro da emissão na interação das moléculas apresentou atenuação da intensidade da fluorescência fixa a max = 332. O gráfico de Stern-Volmer apresentou KSV (103 M-1) praticamente constante em diferentes temperaturas, excluindo a hipótese de atenuação estática ou dinâmica. O decaimento de fluorescência do SPCI ( 1 = 0,67 ns e 1 = 0,52; 2 = 4,98 ns e 2 = 0,45) e da -quimotripsina ( 1 = 0,88 ns e 1 = 0,37; 2 = 4,16 ns e 2 = 0,67) foram melhores ajustadas pelo modelo Discreto e Planck para dois tempos de vida baseado no valor mínimo do 2. Os parâmetros obtidos indicam que a -quimotripsina apresenta duas populações distintas de triptofano: enterrada ( 1) e exposta ( 2); o decaimento bi-exponencial encontrado para o SPCI indica subestados conformacionais do triptofano no estado excitado. A interação do inibidor com a quimotripsina foi analisada através da clássica equação de Stern-Volmer. A interação provocou modificações conformacionais nos micro-ambientes dos triptofanos do complexo, aumentando (redução da hidrofobicidade) e atenuando (aumento da hidrofobicidade) o tempo de vida. Essa modificação foi dependente da concentração da enzima. Os cálculos para Kq (1012 M-1s-1) mostraram que a atenuação registrada pela fluorescência estacionária e dinâmica ocorre por ligação molecular. Os experimentos de ELD mostraram que o SPCI apresenta forma monomérica em solução, independente da concentração, pH e temperatura. Portanto, a atenuação do tempo de vida do complexo é devido provavelmente a estados oligoméricos mais complexos (tetrâmero) da enzima. A presença de NaCl 0,2 M reduziram os valores do tempo de vida para ambas as moléculas separadamente, provavelmente pela redução das interações dos triptofanos com os resíduos circunvizinhos. O sal potencializou a atenuação do tempo de vida acima de 20 M da enzima. A análise do papel das ligações dissulfeto na interação também foi realizada. O gráfico de Stern-Volmer mostrou flutuação ao longo da titulação da quimotripsina, sugerindo flexibilidade conformaconal do SPCI nessas condições. A desnaturação térmica do inibidor não foi possível, mostrando que as ligações dissulfeto não são responsáveis pela estabilidade estrutural do inibidor. As reduções dessas ligações promoveram modificações em valores percentuais na estrutura secundária, o que poderá explicar a flexibilidade conformacional registrada na flutuação gráfica de Stern-Volmer. O cristal do complexo binário do SPCI com -quimotripsina difratando a 2,8 Å foi obtido na condição MES/NaOH 100 mM pH 5.5, PEG 6000 20% (w/v), LiCl2 200 mM e sulfobetaína não-detergente 201 (NDSB-201) como aditivo." . _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / "The inhibitor of chymotrypsin Schizolobium parahyba (SPCI) belongs to the Kunitz family, specifically inhibit chymotrypsin at molar ratio of 1:1 (Ki = 5.85 x 10-8 M). This paper aims to analyze the conformational changes resulting from the association between the SPCI-chymotrypsin and by means of fluorescence spectroscopic methods (stationary and dynamic), circular dichroism and dynamic light scattering (SLS), the crystallization of binary SPCI-chymotrypsin complex was also performed using the sparse matrix method in sitting drop. The SPCI was purified by precipitation with trichloroacetic acid 1.2% followed by cation exchange chromatography. The purification of the binary complex was performed by size exclusion chromatography. The emission spectrum of the interaction of the molecules showed attenuation of the fluorescence intensity of fixed max = 332. The Stern-Volmer plot showed KSV (103 M-1) almost constant at different temperatures, without the possibility of static or dynamic attenuation. The decay of fluorescence of GSI (1 = 0.67 ns and 1 = 0, 52, 2 = 4.98 ns and 2 = 0.45) and-chymotrypsin (1 = 0.88 ns and a = 0.37, 2 = 4.16 ns and 2 = 0.67) were better adjusted by Discreet and Planck model for two life times based on the minimum value of 2. The parameters obtained indicate that a-chymotrypsin shows two distinct populations of tryptophan: buried (1) exposed and (2), the bi-exponential decay found for the GSI indicates conformational substates in the excited state of tryptophan. The interaction of the inhibitor with chymotrypsin was analyzed by the classical Stern-Volmer equation. conformational changes triggered interaction in micro-environments of the tryptophans in the complex, increasing (reducing hydrophobicity) and damping ( increased hydrophobicity) the lifetime. This modification was dependent on the concentration of the enzyme. Calculations for KQ (1012 M-1s-1) showed that the fluorescence decay recorded for stationary and dynamic molecular link occurs.'s experiments showed ELD SPCI presents the monomeric form in solution, independent of concentration, pH and temperature. Therefore, the attenuation of the lifetime of the complex is probably due to more complex oligomeric state (tetramer) of the enzyme. The presence of 0.2 M NaCl reduced values ​​of lifetime for both molecules separately, probably by reducing the interactions of tryptophans with the surrounding residues. Salt enhanced the attenuation of lifetime above 20 M of the enzyme. The analysis of the role of disulfide bonds in the interaction also was performed. The Stern-Volmer plot showed fluctuation along the titration of chymotrypsin, suggesting flexibility conformaconal of SPCI under these conditions. The thermal denaturation of the inhibitor was not possible, showing that the disulfide bonds are not responsible for the structural stability of the inhibitor. The reductions of these links have promoted changes in percentages of the secondary structure, which may explain the conformational flexibility in the fluctuation recorded graphic Stern-Volmer. The crystal of the binary complex with SPCI-chymotrypsin diffracting to 2.8 Å was obtained on condition MES / 100 mM NaOH pH 5.5, 20% PEG 6000 (w / v), 200 mM LiCl2 sulfobetaína non-detergent and 201 (NDSB-201) as an additive. "

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2008. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-06-21T13:46:54Z No. of bitstreams: 1 2008_ThiagoAlexandreMMatheus.pdf: 614872 bytes, checksum: e8f32f0083e3d39b398d25336f44edb4 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-06-21T13:47:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_ThiagoAlexandreMMatheus.pdf: 614872 bytes, checksum: e8f32f0083e3d39b398d25336f44edb4 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-21T13:47:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_ThiagoAlexandreMMatheus.pdf: 614872 bytes, checksum: e8f32f0083e3d39b398d25336f44edb4 (MD5) / O principal objetivo desse trabalho é a obtenção das constantes espectroscópicas rovibracionais para o íon molecular H2+ nos estados eletrônicos excitados 7j?, 8j?, 8k?, 7i? e 7j?. As energias eletrônicas do H2+ foram encontradas via solução da equação de Hamilton-Jacobi. As curvas de energia potencial geradas pelas energias eletrônicas foram ajustadas através de Funções de Rydberg Generalizadas. Após a obtenção destas formas analíticas, as constantes espectroscópicas rovibracionais dos estados eletrônicos em estudo foram calculadas através da utilização de dois procedimentos distintos. No primeiro, as constantes rovibracionais são determinadas combinando as soluções da equação de Schrödinger nuclear e uma equação espectroscópica. O segundo refere-se ao método de Dunham. Todos resultados obtidos para o sistema H2+ nos estados eletrônicos estudados concordam com os valores teóricos encontrados na literatura. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The main objective of this work is to obtain spectroscopic constants rovibracionais for the H2 + molecular ion in the excited electronic states 7j?, 8j?, 8K?, 7i? and 7j?. The electronic energies of H2 + have been found via the solution of the Hamilton-Jacobi equation. The curves of potential energy generated by electronic energies were adjusted by Rydberg generalized functions. After obtaining these analytical forms, the constant rovibracionais spectroscopic study of electronic states were calculated by using two separate procedures. At first, the constants are determined rovibracionais combining the solutions of the Schrödinger equation and an equation nuclear spectroscopy. The second refers to the method of Dunham. All results obtained for the system H2 + electronic states studied in agreement with the theoretical values ​​found in literature.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-10-16T11:25:06Z No. of bitstreams: 1 2013_ManuelaSwertsBatistaLeite.pdf: 2017082 bytes, checksum: 291d02a0409cb1eb39172518522f9905 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-10-16T12:53:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_ManuelaSwertsBatistaLeite.pdf: 2017082 bytes, checksum: 291d02a0409cb1eb39172518522f9905 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-16T12:53:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_ManuelaSwertsBatistaLeite.pdf: 2017082 bytes, checksum: 291d02a0409cb1eb39172518522f9905 (MD5) / Em eucariotos, o DNA é organizado na forma de cromatina, cuja estrutura é formada por complexos nucleoproteicos chamados nucleossomos. Na porção proteica dos nucleossomos, há uma região superficial denominada patch acídico, que é alvo de interação de diversas proteínas, tanto oriundas de agentes infecciosos quanto endógenas. O patch acídico participa do mecanismo de compactação da cromatina, processo que dita desfechos de importantes eventos celulares por restringir o acesso de fatores de transcrição e outras proteínas reguladoras ao DNA. Desequilíbrios em modificações estruturais da cromatina são cada vez mais relacionados a doenças. Os objetivos deste trabalho foram: (i) buscar condições de maior estabilidade das longas fibras de cromatina visando futuros estudos estruturais, usando agentes desidratantes (detergentes); (ii) busca por um peptídeo ideal, ligante do patch acídico. Utilizando longas fibras de cromatina reconstituídas in vitro, verificamos distintas ações de detergentes sobre as fibras. A presença de Triton X-100 possibilitou uma melhor reconstituição e formação de diferentes arranjos de nucleossomo in vitro. Além disto, o Triton X-100 mostrou-se como um desestabilizador térmico das longas fibras de cromatina. O CHAPS, por sua vez, não afetou a estabilidade das fibras reconstituídas in vitro. Concluímos que o CHAPS pode ser um bom candidato para uso em futuros estudos estruturais. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In eukaryotic cells, DNA is organized in the form of chromatin, which is formed by nucleoprotein complexes called nucleosomes. In the surface of the protein portion of the nucleosomes, there is a region known as acidic patch, which is the site of interaction of several proteins, both derived from infectious agents as endogenous. The acidic patch also participates in the mechanism of chromatin compaction, a process that dictates important outcomes of cellular events by restricting access of transcription factors and other regulatory proteins to DNA. Unbalances in chromatin structural modifications have been increasingly linked to diseases. The objectives of this study were: (i) find conditions under which long chromatin fibers gain stability, aiming future structural studies, using dehydrating agents (detergents); (ii) search for an ideal peptide, ligand of the acidic patch. Using long chromatin fibers reconstituted in vitro, we found distinct actions of detergents on the fibers. Triton X-100 led to an improved reconstitution and formation of different nucleosome arrays in vitro. Furthermore, Triton X-100 was a thermal destabilizing agent of the long chromatin fibers. CHAPS, in turn, did not affect the stability of the reconstituted fibers in vitro. We concluded that CHAPS might be a good candidate to be used in future structural studies.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-graduação em Patologia Molecular, 2008. / Submitted by Suelen Silva dos Santos (suelenunb@yahoo.com.br) on 2011-05-02T18:17:45Z No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraMenezesCampos.pdf: 1238572 bytes, checksum: dab07da7d1c9342e2084f202e412302b (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2011-05-13T14:45:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraMenezesCampos.pdf: 1238572 bytes, checksum: dab07da7d1c9342e2084f202e412302b (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-13T14:45:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraMenezesCampos.pdf: 1238572 bytes, checksum: dab07da7d1c9342e2084f202e412302b (MD5) Previous issue date: 2008 / A renina é uma aspartil protease sintetizada in vivo pela remoção proteolítica do pró-segmento amino-terminal de seu precursor, a pró-renina. A catepsina B, uma tiol protease, tem sido sugerida como candidata à enzima conversora de pró-renina devido à sua co-localização com a renina nos grânulos secretórios e também pela sua capacidade de processar a pró-renina em renina in vitro e em cultura de células. Vetores de expressão de pró-renina selvagem (WT) e mutantes foram co-transfectados com catepsina B em células hipofisárias de ratos GH4C1, que naturalmente não converte pró-renina em renina. Mutações pontuais foram utilizadas para identificar quais aminoácidos presentes no sítio de clivagem da pró-renina são reconhecidos pela catepsina B. Experimentos de pulse-chase foram realizados para rastrear se a pró-renina radiomarcada é capaz de seguir para os grânulos secretórios das células GH4C1. Para investigar se a pró-renina humana poderia ativar o promotor do Peptídeo Natriurético Cerebral (BNP) em cardiomiócitos de ratos neonatos, essas células foram co-transfectadas com o plasmídeo repórter BNP-luciferase com (ou sem) angiotensinogênio humano. Os cardiomiócitos foram co-incubados com as células não-aderentes U937 transfectadas com pró-renina humana WT ou mutantes (-1-2 ou +5). Os cardiomiócitos foram lisados 96 horas após a eletroporação para a análise de geração de luciferase. Células não-transfectadas U937 foram usadas como grupo controle. Captopril e Losartan (10-7 M) foram usados para testar a participação da enzima conversora de angiotensina (ECA) e dos receptores AT1. Os resultados demonstraram que mutações pontuais na metionina -3(M/A), lisina -2(K/A) e leucina +2(L/A) reduzem o processamento da pró-renina pela catepsina B. Além disso, a remoção da cadeia glicosídica na asparagina +5 aumenta a conversão de pró-renina, sugerindo que a glicosilação poderia impedir o processamento enzimático da pró-renina. Nos experimentos de pulse-chase, a pró-renina não foi direcionada aos grânulos secretórios e a presença de catepsina B não alterou esse resultado, indicando que o processamento de pró-renina provavelmente ocorre fora dessas organelas. A pró-renina WT secretada pelas células U937 é capaz de ativar o promotor do BNP em cardiomiócitos de ratos transfectados com angiotensinogênio humano. O par de aminoácidos básicos arginina-lisina e a cadeia glicosídica +5 parecem ser tão importantes quanto a atividade enzimática da ECA e os receptores AT1 para a ativação do promotor do BNP em cardiomiócitos de ratos neonatos. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Renin is an aspartyl protease synthesized in vivo by proteolytic removal of amino-terminal prosegment of its precursor, prorenin. Cathepsin B, a thiol protease, has been proposed to be a good candidate for prorenin processing enzyme because of its co-localization with renin in secretory granules and also by its ability to activate prorenin in vitro and in cell culture. It was co-transfected vectors expressing wild type and mutant prorenins with cathepsin B in rat pituitary GH4C1 cells, which normally do not activate prorenin into renin unless cotransfected with a prorenin processing enzyme. Scanning mutagenesis was used to identify which amino acids at prorenin cleavage site are specifically recognized by cathepsin B. Pulsechase experiments were performed to follow whether radiolabeled prorenin is sorted to secretory granules. To investigate whether human prorenin could activate the Brain Natriuretic Peptide promoter (BNP) in neonatal rat cardiomyocytes, these cells were cotransfected with a reporter gene BNP-luciferase associated or not with a human angiotensinogen. The cardiomyocytes were co-incubated with no adherent U937 cells transfected with human prorenin wild type (WT) or mutants (-1-2 or +5). Cardiomyocytes were lysated 96 hours after electroporation for luciferase generation analysis. No transfected U937 cells were used as a control group. Captopril and Losartan at 10-7 M were used to test angiotensin converting enzyme (ACE) and AT1 receptors participation in this process. The results demonstrated that single mutations at - 3 methionine (M/A), -2 lysine (K/A) and +3 leucine (L/A) reduced prorenin processing by cathepsin B. Moreover, removal of N-linked oligosaccharides at +5 asparagine enhanced prorenin conversion by cathepsin B, showing that glycosylation seems impair enzymatic prorenin processing. In pulse-chase experiments, prorenin was not targeted to secretory granules and cathepsin B co-transfection did not changed this sorting, indicating that prorenin processing probably occurs outside these organelles. These findings suggest that cathepsin B removes prorenin prosegment at correct cleavage site and this proteolysis occurs outside the dense core granules. Prorenin WT secreted by U937 cells could activate the BNP promoter in rat cardiomyocytes transfected with human angiotensinogen. Dibasic arginine-lisine prorenin amino acids and N-linked glycosilation seems to be important as well as ACE enzymatic activity and AT1 receptors for BNP promoter activation.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:08:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1736_1.pdf: 219130 bytes, checksum: f6df4163a717bded0722e30f8a49b971 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2002 / Este trabalho tem por objetivo analisar a relação entre a inovação tecnológica e a estrutura organizacional a partir de um estudo de caso. A variável inovação tecnológica é representada pela automação do processo de triagem de correspondências, implementada no Centro de Tratamento de Cartas/Recife da Empresa Brasileira de Correios e Telégrafos, e a variável estrutura organizacional é representada pelos fatores delineadores das posições individuais, definidos por Mintzberg(1995). A abordagem ao tema difere das abordagens tradicionais por se analisar a relação entre estas variáveis no nível intra-organizacional e por realizá-la em uma empresa prestadora de serviços

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7183_1.pdf: 1932956 bytes, checksum: 3ac55e2beea77d667840995118b6e135 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Neste trabalho são tratados dois problemas relacionados à análise estrutural de proteínas. O primeiro, denominado Predição de Estrutura Secundária, diz respeito a um importante passo na inferência da conformação espacial de uma proteína: a localização de subestruturas recorrentes a partir de informações referentes à sua seqüência de aminoácidos. O segundo refere-se ao desenvolvimento de métodos para efetuar a Busca e Comparação de Padrões Estruturais, os quais podem ser utilizados para a classificação de proteínas ou mesmo na localização de possíveis sítios ativos. A abordagem apresentada para a predição de estrutura secundária engloba um estudo crítico dos principais preditores disponíveis na atualidade, além do desenvolvimento de um novo preditor objetivando propor um tratamento simples e eficiente para tal problema. Os resultados significativos obtidos motivaram a realização de novos experimentos. Métodos de extração de características foram então aplicados aos dados informados ao preditor. Uma análise comparativa do comportamento do preditor mediante a presença ou não de uma fase de redução de dimensionalidade foi também realizada. Para efetuar a busca e a comparação de padrões estruturais foi proposta uma representação simplificada para as estruturas de proteínas. Tal representação envolve informações sobre os elementos de estrutura secundária e interações espaciais entre estes, considerando a inclusão de parâmetros inéditos para este tipo de abordagem. Algoritmos clássicos da Teoria dos Grafos foram adaptados para tratar o problema de busca de ocorrências de motivos estruturais e obtenção de subestruturas comuns a um dado conjunto de proteínas. O trabalho traz ainda discussão de resultados de testes realizados com diferentes conjuntos de proteínas, conclusões e perspectivas futuras referentes a ambos os problemas abordados