Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-09T10:09:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 508161 bytes, checksum: 61f6ccb490fa28cb496e741671cc1f50 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T10:09:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 508161 bytes, checksum: 61f6ccb490fa28cb496e741671cc1f50 (MD5) Previous issue date: 2016-07-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A macaúba é uma espécie promissora na obtenção de óleo para biodiesel. Entretanto, ocorre em pequenas populações acarretando em depressão endogâmica, que limita seu desenvolvimento, reduz o número de frutos e causa efeitos negativos nos demais caracteres. Portanto, o objetivo deste trabalho foi estimar a depressão endogâmica em caracteres vegetativos e produtivos, correlações, valores e parâmetros genéticos e populacionais (índice de fixação e Nem), bem como o efeito da estruturação em populações na acurácia da avaliação genética. Os dados foram coletados nos anos de 2013 a 2015 no Banco Ativo de Germoplasma de Macaúba (Araponga-MG) e são referentes à 293 indivíduos pertencentes à 44 famílias de meios irmãos, sendo que oito destas possuem pelo menos um indivíduo autofecundado. As famílias foram agrupadas em sete populações conforme a localização geográfica. A depressão foi evidente em caracteres produtivos e vegetativos, sendo maior nos primeiros e, principalmente, no número de frutos para algumas famílias. Para caracteres produtivos, poucas famílias apresentaram depressão exogâmica em relação aos vegetativos. O índice de fixação (FST) foi elevado para caracteres vegetativos e reduzido para os produtivos. O Nem foi inferior a um (<1) para os caracteres vegetativos, o que indica diferenciação por deriva. O modelo com os efeitos de população e genético mostrou-se adequado, obtendo altos valores de acurácia para caracteres com alto FST. As herdabilidades foram relativamente altas para alguns caracteres. A correlação genética foi alta entre os caracteres produtivos e com relação a um vegetativo (número de inflorescências). A depressão endogâmica pode ser considerada como uma das causas da redução do número de frutos, sendo menos acentuada em caracteres com alto F ST e baixo Nem. A seleção de 52 indivíduos com um tamanho efetivo populacional acima de 30 é adequada para formação de um pomar de sementes, pois diminui deriva e possibilita um alto ganho genético para produção de óleo (180%), o qual é elevado devido à variância existente no Banco de Germoplasma de Macaúba. / The Macaw palm is an outstanding specie to produce biofuels from its oil. Although, it occurs in small populations, leading to inbreeding depression which limits its development, reduces the number of fruits and others traits. Hence, the aim at this work was to estimate inbreeding depression in vegetative and productive traits, mainly the number of fruits that is related to fruit abortion, correlations, genetic breeding values and population parameters (fixation index and Nem), as well as estimating the effect of structured populations in the accuracy of genetic evaluations. The data were collected from 2013 up to 2015 in Macaw palm Germoplasm Bank (Araponga-MG) and they refer to 293 individuals from 44 half-sib families. Eight out of these families have at least one inbred individual. All families were clustered in seven populations according to its geographic coordinates. The inbreeding depression was evident in productive and vegetative traits, the former were higher than the later. The reduction of number of fruits due to inbreeding was extremely higher in some families. For productive traits, few families showed outbreeding depression in relation to vegetative traits. The fixation index (FST) was higher for vegetative traits and lower for productive traits. O Nem was lower than one (<1) for vegetative traits which indicates genetic drift for them. The model used for estimating the genetic and population effects was suitable and obtained high values of accuracy for the traits with high values of FST. The heritability were slightly higher for some traits. The genetic correlation was higher among productive traits and with relation to one vegetative trait (number of inflorescences). The inbreeding depression can be considered as one of the causes of the reduction of number of fruits and it is lower in traits that have high F ST values and low N em values. The selection of 52 individuals has the effective population size upper 30 that is suitable for establishing seed-orchards, because reduces genetic drift and can obtain high genetic gain for oil production (180%), which is high due to the variability in the Macaw palm Germoplasm Bank.

Gymnotus pantherinus é uma espécie de peixe endêmica das drenagens costeiras brasileiras com distribuição desde o sul da Bahia até o Rio Grande do Sul, embora evidências morfológicas sugiram que esse táxon constitua um complexo de espécies. No presente trabalho, foram conduzidas análises filogenéticas com base em marcadores moleculares, mitocondriais e nucleares, com o objetivo de avaliar o status taxonômico do grupo. Padrões demográficos foram também inferidos para as populações de Gymnotus pantherinus (senso estrito). As análises filogenéticas sob o critério de Parcimônia, bem como as inferências bayesianas, mostraram que o grupo é composto por cinco linhagens geográficas estatisticamente bem suportadas. Das cinco linhagens identificadas, aquela composta por espécimes da Bahia e Espírito Santo é também suportada por evidências morfológicas, a qual propomos que seja reconhecida como uma nova espécie. As demais linhagens, das quais a mais recente é a de Gymnotus pantherinus senso estrito, foram consideradas como espécies incipientes. As análises populacionais revelaram que as populações de Gymnotus pantherinus (senso estrito) se apresentam altamente estruturadas, exibindo um alto índice de fixação e baixo compartilhamento de haplótipos, sendo reconhecidas três linhagens principais com alta associação geográfica. A maior diversidade genética foi encontrada na região do Vale do Ribeira e o clado SP/Sul é o que apresenta a divergência mais recente, a qual pode ter ocorrido após o Último Máximo Glacial. Populações localizadas a oeste da Serra do Mar (Paraíba do Sul, Alto Tietê e Alto Iguaçu) demonstram maior similaridade com drenagens adjacentes a leste, o que reforça a hipótese de captura de cabeceiras entre drenagens previamente postulada a partir do compartilhamento de fauna. Finalmente, os resultados apontam a existência de pelo menos cinco Unidades Evolutivas Significativas para a espécie, tendo implicações importantes na conservação dos riachos de Mata Atlântica. / Gymnotus pantherinus is an endemic fish species found in the Brazilian coastal drainages occurring from Bahia to Rio Grande do Sul states. Morphological evidence has suggested that Gymnotus pantherinus might constitute a species complex. In the present study, the taxonomic status of Gymnotus species group has been evaluated using both mitochondrial and nuclear markers. Demographic patterns have also been inferred for the Gymnotus pantherinus populations (stricto sensus). Parsimony and Bayesian phylogenetic inferences showed that the group is composed of five well supported geographic lineages. From those, a well supported lineage constituted by the specimens from Bahia and Espírito Santo states is also corroborated by morphological data. Thus, it is suggested that this lineage be recognized as a new species within Gymnotus. The other lineages, from which the most recent representative is the Gymnotus pantherinus lineage itself, have been considered as incipient species. The population analysis showed highly structured populations with low number of shared haplotypes and three main phylogenetic lineages with high geographic association. The higher genetic diversity was found in the Ribeira Valley region, while the clade SP/South was the most recently diverged, which may have occurred after the Last Glacial Maximum. Populations occurring west of the Serra do Mar were more closely related to the adjacent east drainages, which strengthens the hypothesis of headwaters stream capture. Finally, at least five evolutionary significant units can be recognized, with important implications for the conservation of Atlantic Forest streams.

Gymnotus pantherinus é uma espécie de peixe endêmica das drenagens costeiras brasileiras com distribuição desde o sul da Bahia até o Rio Grande do Sul, embora evidências morfológicas sugiram que esse táxon constitua um complexo de espécies. No presente trabalho, foram conduzidas análises filogenéticas com base em marcadores moleculares, mitocondriais e nucleares, com o objetivo de avaliar o status taxonômico do grupo. Padrões demográficos foram também inferidos para as populações de Gymnotus pantherinus (senso estrito). As análises filogenéticas sob o critério de Parcimônia, bem como as inferências bayesianas, mostraram que o grupo é composto por cinco linhagens geográficas estatisticamente bem suportadas. Das cinco linhagens identificadas, aquela composta por espécimes da Bahia e Espírito Santo é também suportada por evidências morfológicas, a qual propomos que seja reconhecida como uma nova espécie. As demais linhagens, das quais a mais recente é a de Gymnotus pantherinus senso estrito, foram consideradas como espécies incipientes. As análises populacionais revelaram que as populações de Gymnotus pantherinus (senso estrito) se apresentam altamente estruturadas, exibindo um alto índice de fixação e baixo compartilhamento de haplótipos, sendo reconhecidas três linhagens principais com alta associação geográfica. A maior diversidade genética foi encontrada na região do Vale do Ribeira e o clado SP/Sul é o que apresenta a divergência mais recente, a qual pode ter ocorrido após o Último Máximo Glacial. Populações localizadas a oeste da Serra do Mar (Paraíba do Sul, Alto Tietê e Alto Iguaçu) demonstram maior similaridade com drenagens adjacentes a leste, o que reforça a hipótese de captura de cabeceiras entre drenagens previamente postulada a partir do compartilhamento de fauna. Finalmente, os resultados apontam a existência de pelo menos cinco Unidades Evolutivas Significativas para a espécie, tendo implicações importantes na conservação dos riachos de Mata Atlântica. / Gymnotus pantherinus is an endemic fish species found in the Brazilian coastal drainages occurring from Bahia to Rio Grande do Sul states. Morphological evidence has suggested that Gymnotus pantherinus might constitute a species complex. In the present study, the taxonomic status of Gymnotus species group has been evaluated using both mitochondrial and nuclear markers. Demographic patterns have also been inferred for the Gymnotus pantherinus populations (stricto sensus). Parsimony and Bayesian phylogenetic inferences showed that the group is composed of five well supported geographic lineages. From those, a well supported lineage constituted by the specimens from Bahia and Espírito Santo states is also corroborated by morphological data. Thus, it is suggested that this lineage be recognized as a new species within Gymnotus. The other lineages, from which the most recent representative is the Gymnotus pantherinus lineage itself, have been considered as incipient species. The population analysis showed highly structured populations with low number of shared haplotypes and three main phylogenetic lineages with high geographic association. The higher genetic diversity was found in the Ribeira Valley region, while the clade SP/South was the most recently diverged, which may have occurred after the Last Glacial Maximum. Populations occurring west of the Serra do Mar were more closely related to the adjacent east drainages, which strengthens the hypothesis of headwaters stream capture. Finally, at least five evolutionary significant units can be recognized, with important implications for the conservation of Atlantic Forest streams.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-01-18Bitstream added on 2014-06-13T19:25:16Z : No. of bitstreams: 1 ramos_jzp_dr_rcla.pdf: 1486958 bytes, checksum: 1deaf8b552b3e70b44e3724804558867 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Durante o período de fevereiro de 2007 a janeiro de 2009, foram estudadas as taxocenoses de anuros de quatro Municípios do Lagamar Paulista, litoral sul do Estado de São Paulo, um complexo estuarino-lagunar caracterizado por três ilhas continentais e porções continentais adjacentes a esta ilhas. Com o objetivo de inventariar as comunidades de anuros da costa (Iguape e Pariquera-Açu) e das ilhas (Ilha de Cananéia, Ilha do Cardoso e Ilha Comprida) e revelar padrões de diversidade e similaridade faunística, foram realizadas campanhas mensais com duração de três a quatro dias consecutivos nos quais as espécies de anuros foram registradas através do uso de duas metodologias complementares (armadilhas de interceptação e queda e procura ativa). Os resultados obtidos através da análise dos dados de composição comparada de espécies revelaram que as comunidades estudadas estão estruturadas. As comunidades das ilhas de Cananéia e Comprida apresentaram um alto grau de similaridade em diversidade de espécies. O mesmo pode ser dito para Pariquera-Açu em relação à Iguape. A análise molecular da estrutura de populações de cinco espécies de anuros ocorrentes nos cinco locais estudados [Rhinella ornata, Dendrophryniscus leucomystax, Hypsiboas albomarginatus, Scinax sp. 1 (aff. alter) e Haddadus binotatus] revelou padrões diferenciados de estrutura e diferentes cenários de formação destas populações. Mecanismos pretéritos relacionados à colonização das ilhas por espécies de anuros, bem como características intrínsecas das espécies colonizadoras podem ter sido os maiores responsáveis pelos padrões de estrutrura de comunidades e estruturas populacionais observados para os locais estudados. O presente estudo evidencia a importância de estudos multidisciplinares para a compreensão da estrutura e evolução de populações e comunidades de anuros. / From February 2007 to January 2009 we studied the anuran taxocenosis of four municipalities of an estuary-lagoon complex in the south coast of São Paulo State (Lagamar) composed by three continental Islands and continental areas adjacent to these Islands. In order to survey the anuran communities from the continental areas (Iguape Pariquera-Acu) and Islands (Cananéia, Cardoso, and Comprida), and to determine patterns of diversity and faunal similarity we conducted monthly surveys lasting three to four days each in which anuran species were registered through two complementary methods (pitfall traps with drift fences and active search). The species composition analysis revealed that the anuran communities of the Lagamar are structured. Anuran communities from Cananéia and Comprida Island, as well as Pariquera-Açu and Iguape, were more similar regarding species composition. The analysis of molecular diversity patterns of five species shared among the studied areas [Rhinella ornata, Dendrophryniscus leucomystax, Hypsiboas albomarginatus, Scinax sp. 1 (aff. alter), and Haddadus binotatus] revealed different structural patterns and historical scenarios of populations arrangements. Historical mechanisms related to island colonization by some anuran species as well as intrinsic characteristics of these species may account for contemporary patterns of community and population structure. The present study reinforces the importance of interdisciplinary studies for the comprehension of population and community structure and evolution.

Submitted by Natalia de Souza Gonçalves (natalia.goncalves@ufpe.br) on 2016-09-23T12:01:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Caio Bruno Ribeiro Falcão_Programa de Pós-Graduação em Genética_CB_2016.pdf: 1323776 bytes, checksum: 25bf87d5c7e7ecd8429e2f3db35e5bbc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-23T12:01:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Caio Bruno Ribeiro Falcão_Programa de Pós-Graduação em Genética_CB_2016.pdf: 1323776 bytes, checksum: 25bf87d5c7e7ecd8429e2f3db35e5bbc (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / FACEPE / CNPQ / Os sistemas estuarinos da costa brasileira e sua fauna têm sido severamente impactados ao longo das últimas décadas. O Cardisoma guanhumi é um crustáceo difundido na culinária local do Nordeste do Brasil apresentando um grande valor de mercado, mas tem mostrado significativa diminuição nos seus estoques populacionais. A intensa captura de espécimes e a destruição de seus habitats incluiu C. guanhumi na Lista de Espécies da Fauna Ameaçadas de Extinção publicada em dezembro de 2014. Objetivando aferir a impactação sobre as populações de guaiamuns e sobre seus habitats ao longo de cinco estuários da costa pernambucana duas metodologias foram utilizadas: (i) análise de danificação genômica ao longo dos períodos de inverno e verão dos anos de 2012 e 2013, e (ii) avaliação de possíveis alterações da estrutura genética de C. guanhumi em um contexto espaço-temporal nos anos de 2012 e 2014. Os resultados das análises genotóxicas evidenciaram dano genômico no inverno do ano de 2012 que coincidiu com um rigoroso inverno e intensas chuvas atípicas para região. A avaliação da estruturação genética das populações nos dois anos não mostrou alterações significativas da diversidade genética nem mudança na estrutura da espécie. Os resultados obtidos sugerem que os manguezais/estuários pernambucanos têm recebido o aporte de componentes tóxicos, tendo em vista os danos genômicos detectados. Tais resultados alertam para a necessidade de uma maior atenção acerca da conservação dos manguezais/estuários pernambucanos. / Estuarine systems along the Brazilian coast and its wildlife have been severely impacted over the past decades. Cardisoma guanhumi is a crustacean widespread in local gastronomy of northeastern Brazil presenting a great market value, but has shown significant decrease in their population stocks. Intense capture of specimens and the destruction of their habitats included C. guanhumi in the Endangered Fauna Species List published in December 2014. In order to assess the impaction on the populations of blue crabs and about their habitats over five estuaries of the coast Pernambuco two methodologies were used: a genomic damage analysis over the winter and summer periods of the years 2012 and 2013 and an assessment of possible changes in the genetic structure of C. guanhumi in a space-time context in the years 2012 and 2014. The results of the analysis showed genomic genotoxic damage in the winter of 2012 year coincided with a harsh winter and heavy rains atypical for the region. The genetic structure of populations in both years showed no significant changes in the genetic diversity of the species or change in structure. The results suggest that mangroves / estuaries have received the injection of toxic components, considering the identified genomic damage. These results emphasize the need for greater attention on the conservation of Pernambuco estuaries.