Cette thèse se propose d’étudier la mise en œuvre de la pastorale par les jésuites et par les ordres mendiants (franciscains, dominicains et augustins) au Japon, au cours des XVIe et XVIIe siècles. Ce travail consiste à s’interroger sur les méthodes mises en œuvre par les religieux, ainsi qu’à la vie des chrétientés : le projet de conversion des missionnaires n’est pas analysé en terme quantitatif (y a-t-il eu de nombreuses conversions ?), mais en terme qualitatif : il s’agit de comprendre ce que signifie être un chrétien au Japon pour les missionnaires, mais également pour les convertis. Le propos est organisé en quatre parties. La première partie s’intéresse à la construction de l’espace missionnaire et vise à comprendre la façon dont les religieux s’approprient l’espace japonais, dans le but de faciliter l’enracinement du christianisme au Japon. La seconde partie étudie ceux qui conduisent la pastorale et sont en charge de la chrétienté, afin de repérer un profil de missionnaire spécifique à la mission japonaise. La troisième partie analyse les stratégies mises en place par les missionnaires pour convertir les Nippons, mais également la façon dont ces derniers pratiquent le christianisme et s’approprient la nouvelle religion. Enfin, la quatrième partie vise à mettre en perspective les trois premières, en questionnant la manière dont les missionnaires appréhendent la pastorale et en étudiant la diffusion d’une culture européenne au Japon. / This thesis examines the pastoral work carried out by the Jesuits and the mendicant Orders (Franciscans, Dominicans, Augustinians) in Japan during the 16th and 17th centuries. It analyses the methods developed by the missionaries as well as the lives of the new believers. The missionary project is not analysed in quantitative terms (number of conversions) but in qualitative ones: what does being Christian mean in Japan, for the missionaries, but also for the converts?The study is divided into four parts. The first one deals with the construction of the missionary territory; it aims at understanding how the missionaries manage Japan’s geography in order to help Christianity spread and take root in the country. In the second part, the lives and origins of the missionaries are analysed, allowing for a typical profile to be identified. The third part discusses the strategies deployed by the missionaries to convert the Japanese, and also the way the natives understand pastoral activities and appropriate the new religion. In the fourth and final part, the three first part are put into perspective by studying the way missionaries understood their pastoral work and the way they spread elements of European culture across Japan.