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Phylogenetic systematics of Hylodidae (Amphibia: Anura) / Sistemática filogenética de Hylodidae (Amphibia: Anura)

Pereira, Rachel Montesinos Martins 15 May 2017 (has links)
Hylodidae is composed of 46 species distributed in three genera: Crossodactylus (14 spp), Hylodes (25 spp), and Megaelosia (7 spp). These torrent-frogs are diurnal and associated with riverine habitats throughout the Atlantic Rain Forest. The high degree of habitat specificity observed in this group seems to be associated with an extremely conservative external morphology; however, other sources of evidence have been proved useful to distinguish species. My study was designed to review the status of the current hylodid systematics, performing a total evidence analysis that represents as many species (and populations) as possible; confirm the monophyly of currently valid nominal taxa; investigate the evolutionary history of some morphological characters; and reconstruct biogeographical changes in the distribution of hylodids. My total evidence analysis included morphological (293 characters) and molecular data (four mitochondrial and five nuclear genes) for up to 371 hylodid terminals plus 45 outgroups, and resulted in 713 most parsimonious trees. I recovered Hylodidae and its compounding genera as monophyletic, and recognized 58 lineages within this family. Three synapomorphies were identified for Hylodidae based on vocal sac morphology (external double vocal sac, internal double vocal sac, and opening of the m. interhyoideus through which the diverticulum passes). Analysis of the distribution of hylodids revealed the origin of this frog family in the East Atlantic river basin, with subsequent allopatric speciation in adjacent basins / Hylodidae é composta por 46 espécies distribuídas em três gêneros: Crossodactylus (14 spp), Hylodes (25 spp) e Megaelosia (7 spp). Essas rãs-de-corredeiras são diurnas e associadas à ambientes encachoeiradas ao longo da Mata Atlântica. O alto nível de especificacidade à esses habitats observado nesse grupo parece estar relacionado com a morfologia externa extremamente conservada; entretanto, outras fontes de evidências tem provado ser úteis para distinção de espécies. Meu estudo foi designado para revisar o status atual da sistemática dos hilodídeos através de uma análise de evidência total que representa o máximo de espécies (e populações) possíveis; confirmar o monofiletismo dos taxa válidos atualmente; avaliar a história evolutiva de alguns caracteres; e reconstruir mudanças biogeográficas na distribuição de Hylodidae. Minha análise de evidência total incluiu dados morfológicos (293 caracteres) e moleculares (quatro genes mitocondriais e cinco genes nucleares) para 34371 terminais de hilodídeos mais 45 terminais de grupo externo, resultando em 713 árvores mais parcimoniosas com 32.405 passos. Eu recuperei Hylodidae e todos os seus gêneros como monofiléticos e reconheci 59 linhagens dentro da família. Três sinapomorfias putativas foram identificadas para Hylodidae baseadas na morfologia do saco vocal (saco vocal externo duplo, saco vocal interno duplo e abertura no m. interhyoideus por onde o divertículo passa). Análises da distribuição dos hilodídeos revelaram a origem de Hylodidae na bacia Atlântico Leste com subsequentes especiações alopátricas em bacias subjacentes
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Phylogenetic analysis of the direct-developing frogs (Anura, Terrarana, Craugastoridae) / Análise filogenética das rãs de desenvolvimento direto (Anura, Terrarana, Craugastoridae)

Ospina-Sarria, Jhon Jairo Ospina 12 December 2018 (has links)
A major recent trend in systematics is the re-integration of morphological data into total evidence analysis. To date, few studies have explored the effects of incorporating morphological and molecular data into total evidence analyses; however, those that have done so have found that even a comparatively small phenomic dataset can have disproportionately large impacts on results. Given the demonstrated importance of morphological characters in testing the phylogenetic relationships, herein I provide a case in point for the exploration of the effects of incorporating morphological evidence as an independent source of phylogenetic evidence, and an important framework to test hypotheses supported by molecular evidence, in the superfamily Brachycephaloidea. In this study, 338 amphibian species are included, of which 318 species correspond to the superfamily Brachycephaloidea. All known genera within the superfamily were sampled. The complete dataset included 13,686 molecular characters (mitochondrial and nuclear markers) and 185 morphological characters, which were analyzed together. In addition, I performed additional analyses modifying the complete datasets to evaluate the effects of character and taxon sampling. As results, I found that the superfamily Brachycephaloidea does not represent a monophyletic as previously thought. Likewise, the phylogeny resulting from this analysis showed several taxa to be nonmonophyletic: Brachycephalidae and Craugastoridae as well as genera Craugastor, Psychrophynella, and Pristimantis. From the detailed examination of the impact of both character and taxon sampling on the phylogenetic relationships of the superfamily Brachycephaloidea, I found that the inclusion of a comparatively small phenomic dataset (185 character) as well as the inclusion of two key taxa (Atopophrynus syntomopus and Dischidodactylus duidensis) had disproportionately large impacts on the tree topology. Finally, I provide a new taxonomy for this group. In this, I recognize five families, of which three are morphologically diagnosable (Eleutherodactylidae, Hypodactylidae, and Strabomantidae) whereas the other two are diagnosable solely with molecular evidence (Ceuthomantidae and Craugastoridae). Likewise, 12 out of 26 genera included are morphologically diagnosable. / Uma grande tendência em estudos de sistemática filogenética é a reintegração de dados morfológicos em análises de evidência total. Até o momento, poucos estudos exploraram os efeitos da incorporação de dados morfológicos conjuntamente com dados moleculares em análises de evidência total. No entanto, aqueles que o fizeram concluíram que mesmo uma pequena base de dados fenômicos pode ter grandes e desproporcionais impactos nos resultados. Dada a demonstrada importância de caracteres morfológicos em testes de relacionamentos filogenéticos, aqui apresento um caso de exploração dos efeitos da incorporação de evidência morfológica como uma fonte independente de evidência filogenética e como importante \"framework\" para testar hipóteses suportadas por evidência molecular na superfamília Brachycephaloidea. Nesse estudo, 338 espécies de anfíbios foram incluídas, das quais 318 correspondem a espécies da superfamília Brachycephaloidea. Todos os gêneros conhecidos da superfamília foram amostrados. A base de dados completa inclui 13.686 caracteres moleculares (marcadores mitocondriais e nucleares) e 185 caracteres morfológicos, que foram analisados conjuntamente. Ademais, realizei análises adicionais modificando as bases de dados para avaliar os efeitos de amostragem de caracteres e táxons. Como resultado, encontrei que a superfamília Brachycephaloidea não é monofilética, como anteriormente considerada. Da mesma forma, a filogenia resultante da análise de evidência total mostrou que vários outros táxons também não são monofiléticos: as famílias Brachycephalidae e Craugastoridae, assim como os gêneros Craugastor, Psychrophrynella e Pristimantis. Através do exame detalhado do impacto de diferentes amostragens de caracteres e táxons sobre as relações filogenética na superfamília Brachycephaloidea, encontrei que a inclusão de dois táxons chaves (Atopophrynus syntomopus e Dischidodactylus duidensis) tiveram grandes e desproporcionais impactos na topologia das árvores. Finalmente, eu apresento uma nova taxonomia para as rãs de desenvolvimento direto, reconhecendo cinco famílias, das quais três são morfologicamente diagnosticáveis (Eleutherodactylidae, Hypodactylidae e Strabomantidae), enquanto as outras duas são diagnosticáveis apenas com evidência molecular (Ceuthomantidae e Craugastoridae). Da mesma forma, 12 dos 26 gêneros inclusos são morfologicamente diagnosticáveis.
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Sistematic review of subfamily Phryninae (Arachnida: Amblypygi) / Revisão sistemática da subfamí­lia Phryninae (Arachnida: Amblypygi)

Joya, Daniel Andres Chirivi 04 June 2018 (has links)
The subfamily Phryninae (Arachnida: Amblypygi) has not been recently revised, which causes many difficulties for species identification. Thus far, no phylogenetic hypothesis has been proposed for this subfamily. The nomenclature of diagnostic characters is not uniform, and most illustrations are poorly detailed. We reviewed the subfamily Phryninae, redescribed all known species, and described six new species. We proposed a unified nomenclature for teeth of chelicerae and pedipalpal spines. We performed a phylogenetic analysis using total evidence and direct optimization in the program POY. We built a morphological matrix of 92 terminals and 174 characters, and a molecular matrix with 1557 pb (markers COl, 12s and 16s). Both sets of information were analyzed separately to understand their influence over the total evidence analysis. The results of the three analyses were different: the morphological analysis did not recover the subfamily Phryninae as monophyletic, this analysis produced 90 equally parsimonious topologies, however, the strict concensus tree had good resolution. The molecular analysis did not recover the family Phrynidae as monophyletic, but Phryninae was recovered. Total evidence analysis allowed for obtain just one more parsimonious hypothesis which included all species of Phrynidae, and resolved the politomies obtained with the analysis using morphology only, in this hypothesis Phrynidae and its subfamilies are monophyletic. ln all results, the genera of Phryninae were polyphyletic. We selected the tree of total evidence analysis to build a new taxonomic proposal, we decided to keep Acanthophrynus, Phrynus, and Paraphrynus and to create five new genera: Caicedophrynus gen. nov., Cronopiophrynus gen. nov., Gabophrynus gen. nov., Gentiloprynus gen. nov., Girondophrynus gen. novo Accordingly, we proposed 44 nomenclatural changes. Our results showed that the diversity of this group could be greater, therefore, we highlight that populational and phylogeographic studies of Phryninae are important / A subfamília Phryninae (Arachnida: Amblypygi) não possui uma revisão recente. Isso traz muitas dificuldades na identificação das espécies. Nenhuma hipótese filogenética para a subfamília foi proposta. A nomenclatura dos caracteres diagnósticos não é uniforme e a maioria das ilustrações não é suficientemente detalhada. Aqui, nós revisamos a subfamília Phryninae, redescrevemos as espécies conhecidas e seis espécies novas, e propomos uma nomenclatura uniforme para os dentes das quelíceras e espinhos dos pedipalpos. Nós realizamos uma análise filogenética usando evidência total e otimização direta no programa POY. Construímos uma matriz morfológica de 92 terminais e 174 caracteres, e uma matriz molecular usando 1557 pb (marcadores COI, l2S e 16S). Os dois conjuntos de informação foram analisados separadamente para perceber a influência de cada um deles na análise de evidência total. Os resultados das três análises foram diferentes. A análise morfológica não recuperou a subfamília Phryninae como monofilética, resultando em 90 topologias igualmente parcimoniosas, Porém, a árvore de consenso estrito teve uma boa resolução. A análise molecular recuperou Phryninae como monofilética, embora não tenha recuperado a família Phrynidae. A análise de evidência total permitiu obter uma única hipótese mais parcimoniosa a qual inclui todas as espécies de Phrynidae, e permitiu resolver as politomias obtidas na análise morfológica. Nesta hipótese, tanto Phrynidae como suas subfamílias se mantiveram monofiléticas. Em todos os resultados, os gêneros de Phryninae são polifiléticos. A árvore da análise de evidência total foi selecionada para elaborar uma nova proposta taxonômica. Mantivemos os gêneros Acanthophrynus, Phrynus e Paraphrynus e criamos cinco gêneros novos: Caicedophrynus gen. nov., Cronopiophrynus gen. nov., Gabophrynus gen. nov., Gentilophrynus gen. nov., e Girondophrynus gen. novo Propusemos 44 mudanças nomenclaturais, Nossos resultados sugerem que a diversidade do grupo é maior do que a conhecida. Isso nos faz considerar importante análises populacionais e filogeográficas em Phryninae
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Taxonomy and Cladistic Analysis of Plakobranchidae (Gastropoda: Sacoglossa) / Taxonomia e Análise Cladística de Plakobranchidae (Gastropoda: Sacoglossa)

Galvão Filho, Hilton de Castro 26 June 2018 (has links)
The comprehension of the evolutionary history of the order Sacoglossa is fundamental to understand the adaptive radiation of Heterobranchia, the most morphologically heterogeneous group in Gastropoda. Sacoglossans form a well-supported monophyletic group, but the relationship of its internal clades is still confused. Plakobranchidae is the most diverse family and the main systematic problem of Sacoglossa since the lack of detailed descriptions provided many synonyms and invalid taxa from genus to species level. The family Plakobranchidae resulted in a monophyletic group only in few phylogenetic hypotheses of Sacoglossa. However, either molecular or morphological data were usually analyzed to reconstruct Sacoglossa phylogeny, while an integrative approach has never been applied for such purpose. A total 42 species, including 30 species of Plakobranchidae, 10 related species in Sacoglossa and other two heterobranchs, was analyzed to test the monophyly of Plakobanchidae and the relationship of its internal clades. A parsimonious phylogenetic analysis was performed in TNT considering 109 characters of external morphology, internal anatomy and ecology data. Molecular partial sequences of two mitochondrial (COI, 16S) and three nuclear (H3, 18S and 28S) genes were used to build a phylogenetic hypothesis under Bayesian Inference and Maximum Likelihood criteria. One final BI analysis was performed with a combined matrix with molecular, morphological and ecological data of all analyzed taxa. Plakobranchidae resulted as monophyletic only in morphological and combined data, but the monophyletic status of the genera Plakobranchus van Hasselt, Thuridilla Bergh and Elysia Risso, 1818 was fully supported by all analyses. Species within the multi-diverse Elysia form similar clades in all different analysis matching with prior synonymized names, meaning that old names might be resurrected for a better explanation of the natural history of this genus. / Compreender a evolução da ordem Sacoglossa é de fundamental importância para o entendimento da irradiação adaptativa de Heterobranchia, o grupo de Gastropoda mais morfologicamente diverso. Os sacoglossos formam um grupo monofilético bem suportado, mas as relações dos seus clados internos ainda é confusa. Plakobranchidae é a família mais diversa e com os principais problemas sistemáticos de Sacoglossa, uma vez que a ausência de descrições detalhadas contribuiu para muitas sinonimizações e invalidações de táxons em níveis de gênero e de espécie. A família Plakobranchidae resultou em um grupo monofilético apenas em poucas hipóteses filogenéticas de Sacoglossa. Entretanto, apenas dados moleculares ou morfológicos foram analisados para reconstruir a filogenia de Sacoglossa, enquanto que uma abordagem integrativa nunca foi feita para esse propósito. Um total de 42 espécies, incluidon 30 espécies de Plakobranhida, 10 de espécies próximas em Sacoglossa e dois outros heterobrâqnuios, foram analisados para testar a monofilia de Plakobranchidae e as relações entre seus grupos internos. Uma análise filogenética de parcimônia foi realizada no TNT considerando 109 caracteres da morfologia externa, anatomia interna e dados ecológicos. Sequências moleculares dois genes mitocondriais (COI, 16S) e três nucleares (H3, 18S e 28S) foram usados para construir hipóteses filogenéticas sob os critérios de Inferência Bayesiana e Máxima Verossimilhança. Uma última análise bayesiana foi feita com os dados moleculares, morfológicos e cológicos combinados em uma matriz. Plakobanchidae resultou como um grupo monofilético apenas nas análises com dados morfológicos e dados combinados, mas a monofilia dos gêneros Plakobranchus, Thurudilla e Elysia foram bem suportados em todas as análises. Espécies do multi-diverso Elysia formam clados similares nas diferentes análises que coincidem com nomes sinonimizados do gênero, o que significa que nomes antigos do grupo podem ser reerguidos para explicar melhor a história evolutiva do grupo.
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Revisão taxonômica e análise filogenética de Basiceros Schulz, 1906 (Formicidae, Myrmicinae, Basicerotini) / A taxonomic and phylogenetic analysis of the ant genus Basiceros Schulz, 1906 (Formicidae, Myrmicinae, Basicerotini)

Probst, Rodolfo da Silva 04 September 2015 (has links)
Myrmicinae Lepeletier de Saint-Fargeau, 1835 consiste na maior e mais diversificada subfamília de formigas. Embora monofilética, sua taxonomia e a compreensão de suas relações filogenéticas internas ainda merecem mais estudos, muito por conta da grande heterogeneidade morfológica que engloba. Dentre as seis tribos mirmicíneas reconhecidas recentemente, Attini é a que inclui o maior número de espécies. Este estudo representa a primeira tentativa de se analisar as relações filogenéticas internas de um agrupamento dentro da nova configuração reconhecida para esta tribo com base em caracteres moleculares de nove genes (mitocondriais e nucleares) e da morfologia externa. Com foco na taxonomia e sistemática do gênero Basiceros Schulz, 1906, representante de distribuição exclusivamente Neotropical, foram investigadas suas relações filogenéticas sob os métodos da máxima parcimônia (morfologia), máxima verossimilhança (moléculas) e inferência Bayesiana (moléculas e morfologia + moléculas). Os três métodos corroboram a monofilia de Basiceros e de todos seus representantes. Na tentativa de reconstruir a história evolutiva e as relações filogenéticas para o gênero, foi utilizada uma matriz com 53 caracteres morfológicos e 4309 caracteres moleculares. A análise de máxima parcimônia dos caracteres morfológicos sob enumeração implícita resultou em 1 árvore mais parcimoniosa de 117 passos, com índice de consistência 77 e índice de retenção 72; 4 sinapomorfias suportam a monofilia do gênero. As análises empregando dados moleculares sob máxima verossimilhança e inferência Bayesiana resultaram em topologias muito similares, com forte suporte para o gênero e suas espécies. As análises combinando dados moleculares e morfológicos recuperam com forte suporte o gênero como monofilético, com suas espécies estruturadas em dois clados. Após o exame de materialtipo para todas as espécies de Basiceros, oito espécies são reconhecidas para o gênero, das quais uma é descrita como nova; Basiceros redux (Donisthorpe, 1939) é transferida para o gênero Octostruma. Indivíduos de castas e sexos ainda não registrados (incluindo larvas, machos e intercastas) são aqui descritos pela primeira vez para diferentes espécies de Basiceros. A distribuição da maior parte das espécies é consideravelmente expandida em relação ao que se conhecia anteriormente. No âmbito do presente cenário taxonômico e hipótese de relacionamento filogenético, futuros trabalhos podem aplicar o arcabouço conhecido na tentativa de reconstruir a biogeografia destas formigas crípticas. / Myrmicinae Lepeletier of Saint-Fargeau, 1835 comprises the largest and most diverse subfamily of ants. Although monophyletic, their taxonomy and the understanding of the internal phylogenetic relationships are still poorly resolved, due to its great morphological heterogeneity. Among the six recently recognized myrmicine tribes, Attini includes the largest in number of species. This study represents the first attempt to analyze the internal phylogenetic relationships of a group within the newly defined Attini based on both mitochondrial and nuclear molecular characters and external morphology. Focusing on the exclusively Neotropical genus Basiceros Schulz, 1906, phylogenetic relationships were investigated under maximum parsimony (morphology), maximum likelihood (molecules) and Bayesian inference (molecules plus morphology + molecules). The three methods recovered the monophyly of Basiceros. To infer the evolutionary history and phylogenetic relationships of the genus a matrix of 53 morphological and 4309 molecular characters was constructed. The parsimony analysis of morphological characters under implicit enumeration resulted in 1 most parsimonious tree with 117 steps, consistency index of 77 and retention index of 72; 4 synapomorphies supporting the monophyly of Basiceros. The molecular phylogenetic analysis under both maximum likelihood and Bayesian inference resulted in very similar topologies, with strong support for the genus and all species. Molecular and morphological combined data recovered the monophyly of the genus and all representatives, divided in two recognized clades with strong support. After examining type material for all Basiceros taxa, eight species are recognized, one of which is described as new; Basiceros redux(Donisthorpe, 1939) is transferred to Octostruma. As part of this revisionary work, castes and sexes (including larvae, males and intercasts) are described for the first time for several species of Basiceros. The distributional range for most species is considerably expanded. Under this revised taxonomic framework and inferred phylogenetic relationships, future work can reconstruct the biogeographical history of this cryptic Neotropical ant genus.
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A PHYLOGENETIC ANALYSIS OF FASCIOLARIIDAE (GASTROPODA: BUCCINOIDEA) / ANÁLISE FILOGENÉTICA DE FASCIOLARIIDAE (GASTROPODA: BUCCINOIDEA)

Couto, Diogo Ribeiro do 20 January 2017 (has links)
The neogastropod family Fasciolariidae comprise of important representatives of tropical and subtropical molluscan assemblages, with over 500 species in the subfamilies Fasciolariinae, Fusininae and Peristerniinae. Fasciolariids with many well-known species such as tulip shells, horse-conchs, spindles, among others have a long complicated taxonomical history, with several genus names being used to group heterogeneous contingents of many unrelated species. Recently, however, taxonomical revisions have begun to set straight its taxonomy. The present work aims to resolve the phylogeny of the family Fasciolariidae, through: 1) a morphological phylogenetic parsimony analysis in TnT based on 95 characters and 53 taxa which revealed a monophyletic Fasciolariidae, with the genera Dolicholatirus and Teralatirus representing the first split in the family, followed by three splits that correspond to a fusinine grade, which also include the genus Pseudolatirus (Peristerniinae); a last split groups the peristerniine genera Peristernia and Fusolatirus, while the last group comprises of fasciolariines and the remaining peristerniines. None of these clades correspond to the present-day accepted circumscription of the three recognized subfamilies. 2) Complementing the work of Couto et al. (2016), which used a five-gene molecular dataset to analyze the phylogeny of the family. To this dataset, the previous morphological matrix was added, generating a total evidence dataset that was implemented in POY. This analysis revealed a non-monophyletic family with the genera Dolicholatirus and Teralatirus as non-fasciolariids; the remaining fasciolariids are well-supported, with the first split a monophyletic Fusininae and Pseudolatirus; a second split groups Peristernia and Fusolatirus; while the last, the remaining peristerniines and fasciolariines. Total evidence was congruent with the morphological data with the exception of the Fusininae that appeared as a crown-group and not as a grade; Lamellilatirus lamyi (Peristerniinae) nested within the fasciolariines. Finally, 3) supplement the phylogenetic analysis of Simone (2011), inserting the analyzed taxa from the morphological analysis in the same dataset. This resulted in a monophyletic Buccinoidea superfamily, a monophyletic Fasciolariidae, despite low resolution of relationship for internal taxa; Dolicholatirus nested within Fasciolariidae and the fusinines with Pseudolatirus appeared as a monophyletic crown-group. / A família de neogastrópodes Fasciolariidae é composta por representantes significativos da malacofauna em mares tropicais e subtropicais, com mais de 500 espécies descritas nas subfamílias Fasciolariinae, Fusininae e Peristerniinae. Os fasciolarídeos possuem um longo e confuso histórico taxonômico, com muitas espécies sendo alocados em gêneros claramente heterogêneos, resultando em agrupamentos que não refletem relação de parentesco. O presente estudo tem como objetico gerar hipóteses de filogenia da família Fasciolariidae; dessa maneira, foi realizada: 1) uma análise filogenética através de parcimonia no programa TnT, baseada em 95 caracteres morfológicos e 53 espécies, na qual demostrou a monofilia da família. Em relação aos arranjos internos dos fasciolarídeos, as subfamílias que compõem esse clado não são monofiléticas. Segundo a topologia obtida, observou-se que a primeira divergência separa um grupo com os gêneros Dolicholatirus e Teralatirus; a seguir, três divisões que correspondem a um grado de fusiníneos, que também inclui o gênero Pseudolatirus (Peristerniinae); uma última divisão, na qual se observa uma dicotomia que agrupa os gêneros de peristerníneos Peristernia e Fusolatirus, e os demais peristerníneos e fasciolaríneos. 2) Complementar o trabalho de Couto et al. (2016), que utilizaram dados moleculares de cinco genes para analisar a filogenia da família. A esses dados, foram incluídos também a matriz da análise morfológica, a fim de realizar uma análise de evidência total implementada no programa POY. O resultado dos dados concatenados corrobora com a análise molecular evidenciando a família Fasciolariidae como um clado não monofilético, uma vez que os gêneros Dolicholatirus e Teralatirus não estão incluídos na família; os demais fasciolarídeos formam um clado com uma primeira divisão que separa os fusiníneos e Pseudolatirus dos demais; uma segunda divisão compondo os peristerníneos Peristernia e Fusolatirus e a última agrupa os demais peristerníneos e fasciolaríneos. Dados de evidência total foram congruentes com a análise morfológica, com exceção dos fusiníneos, que apareceram como um grupo monofilético e Lamellilatirus lamyi (Peristerniinae) dentro dos fasciolaríneos. Finalmente, 3) inserir as espécies analisadas na análise morfológica, na matriz de dados de Simone (2011). Esta última análise resultou um uma superfamília Buccinoidea monofilética, a família Fasciolariidae sendo monofilético apesar de com uma topologia com pouca resolução interna para os táxons internos; Dolicholatirus e Teralatirus estão incluídos na família e os fusiníneos mais o gênero Pseudolatirus como um grupo monofilético.
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Revisão taxonômica e análise filogenética de Basiceros Schulz, 1906 (Formicidae, Myrmicinae, Basicerotini) / A taxonomic and phylogenetic analysis of the ant genus Basiceros Schulz, 1906 (Formicidae, Myrmicinae, Basicerotini)

Rodolfo da Silva Probst 04 September 2015 (has links)
Myrmicinae Lepeletier de Saint-Fargeau, 1835 consiste na maior e mais diversificada subfamília de formigas. Embora monofilética, sua taxonomia e a compreensão de suas relações filogenéticas internas ainda merecem mais estudos, muito por conta da grande heterogeneidade morfológica que engloba. Dentre as seis tribos mirmicíneas reconhecidas recentemente, Attini é a que inclui o maior número de espécies. Este estudo representa a primeira tentativa de se analisar as relações filogenéticas internas de um agrupamento dentro da nova configuração reconhecida para esta tribo com base em caracteres moleculares de nove genes (mitocondriais e nucleares) e da morfologia externa. Com foco na taxonomia e sistemática do gênero Basiceros Schulz, 1906, representante de distribuição exclusivamente Neotropical, foram investigadas suas relações filogenéticas sob os métodos da máxima parcimônia (morfologia), máxima verossimilhança (moléculas) e inferência Bayesiana (moléculas e morfologia + moléculas). Os três métodos corroboram a monofilia de Basiceros e de todos seus representantes. Na tentativa de reconstruir a história evolutiva e as relações filogenéticas para o gênero, foi utilizada uma matriz com 53 caracteres morfológicos e 4309 caracteres moleculares. A análise de máxima parcimônia dos caracteres morfológicos sob enumeração implícita resultou em 1 árvore mais parcimoniosa de 117 passos, com índice de consistência 77 e índice de retenção 72; 4 sinapomorfias suportam a monofilia do gênero. As análises empregando dados moleculares sob máxima verossimilhança e inferência Bayesiana resultaram em topologias muito similares, com forte suporte para o gênero e suas espécies. As análises combinando dados moleculares e morfológicos recuperam com forte suporte o gênero como monofilético, com suas espécies estruturadas em dois clados. Após o exame de materialtipo para todas as espécies de Basiceros, oito espécies são reconhecidas para o gênero, das quais uma é descrita como nova; Basiceros redux (Donisthorpe, 1939) é transferida para o gênero Octostruma. Indivíduos de castas e sexos ainda não registrados (incluindo larvas, machos e intercastas) são aqui descritos pela primeira vez para diferentes espécies de Basiceros. A distribuição da maior parte das espécies é consideravelmente expandida em relação ao que se conhecia anteriormente. No âmbito do presente cenário taxonômico e hipótese de relacionamento filogenético, futuros trabalhos podem aplicar o arcabouço conhecido na tentativa de reconstruir a biogeografia destas formigas crípticas. / Myrmicinae Lepeletier of Saint-Fargeau, 1835 comprises the largest and most diverse subfamily of ants. Although monophyletic, their taxonomy and the understanding of the internal phylogenetic relationships are still poorly resolved, due to its great morphological heterogeneity. Among the six recently recognized myrmicine tribes, Attini includes the largest in number of species. This study represents the first attempt to analyze the internal phylogenetic relationships of a group within the newly defined Attini based on both mitochondrial and nuclear molecular characters and external morphology. Focusing on the exclusively Neotropical genus Basiceros Schulz, 1906, phylogenetic relationships were investigated under maximum parsimony (morphology), maximum likelihood (molecules) and Bayesian inference (molecules plus morphology + molecules). The three methods recovered the monophyly of Basiceros. To infer the evolutionary history and phylogenetic relationships of the genus a matrix of 53 morphological and 4309 molecular characters was constructed. The parsimony analysis of morphological characters under implicit enumeration resulted in 1 most parsimonious tree with 117 steps, consistency index of 77 and retention index of 72; 4 synapomorphies supporting the monophyly of Basiceros. The molecular phylogenetic analysis under both maximum likelihood and Bayesian inference resulted in very similar topologies, with strong support for the genus and all species. Molecular and morphological combined data recovered the monophyly of the genus and all representatives, divided in two recognized clades with strong support. After examining type material for all Basiceros taxa, eight species are recognized, one of which is described as new; Basiceros redux(Donisthorpe, 1939) is transferred to Octostruma. As part of this revisionary work, castes and sexes (including larvae, males and intercasts) are described for the first time for several species of Basiceros. The distributional range for most species is considerably expanded. Under this revised taxonomic framework and inferred phylogenetic relationships, future work can reconstruct the biogeographical history of this cryptic Neotropical ant genus.
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A PHYLOGENETIC ANALYSIS OF FASCIOLARIIDAE (GASTROPODA: BUCCINOIDEA) / ANÁLISE FILOGENÉTICA DE FASCIOLARIIDAE (GASTROPODA: BUCCINOIDEA)

Diogo Ribeiro do Couto 20 January 2017 (has links)
The neogastropod family Fasciolariidae comprise of important representatives of tropical and subtropical molluscan assemblages, with over 500 species in the subfamilies Fasciolariinae, Fusininae and Peristerniinae. Fasciolariids with many well-known species such as tulip shells, horse-conchs, spindles, among others have a long complicated taxonomical history, with several genus names being used to group heterogeneous contingents of many unrelated species. Recently, however, taxonomical revisions have begun to set straight its taxonomy. The present work aims to resolve the phylogeny of the family Fasciolariidae, through: 1) a morphological phylogenetic parsimony analysis in TnT based on 95 characters and 53 taxa which revealed a monophyletic Fasciolariidae, with the genera Dolicholatirus and Teralatirus representing the first split in the family, followed by three splits that correspond to a fusinine grade, which also include the genus Pseudolatirus (Peristerniinae); a last split groups the peristerniine genera Peristernia and Fusolatirus, while the last group comprises of fasciolariines and the remaining peristerniines. None of these clades correspond to the present-day accepted circumscription of the three recognized subfamilies. 2) Complementing the work of Couto et al. (2016), which used a five-gene molecular dataset to analyze the phylogeny of the family. To this dataset, the previous morphological matrix was added, generating a total evidence dataset that was implemented in POY. This analysis revealed a non-monophyletic family with the genera Dolicholatirus and Teralatirus as non-fasciolariids; the remaining fasciolariids are well-supported, with the first split a monophyletic Fusininae and Pseudolatirus; a second split groups Peristernia and Fusolatirus; while the last, the remaining peristerniines and fasciolariines. Total evidence was congruent with the morphological data with the exception of the Fusininae that appeared as a crown-group and not as a grade; Lamellilatirus lamyi (Peristerniinae) nested within the fasciolariines. Finally, 3) supplement the phylogenetic analysis of Simone (2011), inserting the analyzed taxa from the morphological analysis in the same dataset. This resulted in a monophyletic Buccinoidea superfamily, a monophyletic Fasciolariidae, despite low resolution of relationship for internal taxa; Dolicholatirus nested within Fasciolariidae and the fusinines with Pseudolatirus appeared as a monophyletic crown-group. / A família de neogastrópodes Fasciolariidae é composta por representantes significativos da malacofauna em mares tropicais e subtropicais, com mais de 500 espécies descritas nas subfamílias Fasciolariinae, Fusininae e Peristerniinae. Os fasciolarídeos possuem um longo e confuso histórico taxonômico, com muitas espécies sendo alocados em gêneros claramente heterogêneos, resultando em agrupamentos que não refletem relação de parentesco. O presente estudo tem como objetico gerar hipóteses de filogenia da família Fasciolariidae; dessa maneira, foi realizada: 1) uma análise filogenética através de parcimonia no programa TnT, baseada em 95 caracteres morfológicos e 53 espécies, na qual demostrou a monofilia da família. Em relação aos arranjos internos dos fasciolarídeos, as subfamílias que compõem esse clado não são monofiléticas. Segundo a topologia obtida, observou-se que a primeira divergência separa um grupo com os gêneros Dolicholatirus e Teralatirus; a seguir, três divisões que correspondem a um grado de fusiníneos, que também inclui o gênero Pseudolatirus (Peristerniinae); uma última divisão, na qual se observa uma dicotomia que agrupa os gêneros de peristerníneos Peristernia e Fusolatirus, e os demais peristerníneos e fasciolaríneos. 2) Complementar o trabalho de Couto et al. (2016), que utilizaram dados moleculares de cinco genes para analisar a filogenia da família. A esses dados, foram incluídos também a matriz da análise morfológica, a fim de realizar uma análise de evidência total implementada no programa POY. O resultado dos dados concatenados corrobora com a análise molecular evidenciando a família Fasciolariidae como um clado não monofilético, uma vez que os gêneros Dolicholatirus e Teralatirus não estão incluídos na família; os demais fasciolarídeos formam um clado com uma primeira divisão que separa os fusiníneos e Pseudolatirus dos demais; uma segunda divisão compondo os peristerníneos Peristernia e Fusolatirus e a última agrupa os demais peristerníneos e fasciolaríneos. Dados de evidência total foram congruentes com a análise morfológica, com exceção dos fusiníneos, que apareceram como um grupo monofilético e Lamellilatirus lamyi (Peristerniinae) dentro dos fasciolaríneos. Finalmente, 3) inserir as espécies analisadas na análise morfológica, na matriz de dados de Simone (2011). Esta última análise resultou um uma superfamília Buccinoidea monofilética, a família Fasciolariidae sendo monofilético apesar de com uma topologia com pouca resolução interna para os táxons internos; Dolicholatirus e Teralatirus estão incluídos na família e os fusiníneos mais o gênero Pseudolatirus como um grupo monofilético.
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Sistematic review of subfamily Phryninae (Arachnida: Amblypygi) / Revisão sistemática da subfamí­lia Phryninae (Arachnida: Amblypygi)

Daniel Andres Chirivi Joya 04 June 2018 (has links)
The subfamily Phryninae (Arachnida: Amblypygi) has not been recently revised, which causes many difficulties for species identification. Thus far, no phylogenetic hypothesis has been proposed for this subfamily. The nomenclature of diagnostic characters is not uniform, and most illustrations are poorly detailed. We reviewed the subfamily Phryninae, redescribed all known species, and described six new species. We proposed a unified nomenclature for teeth of chelicerae and pedipalpal spines. We performed a phylogenetic analysis using total evidence and direct optimization in the program POY. We built a morphological matrix of 92 terminals and 174 characters, and a molecular matrix with 1557 pb (markers COl, 12s and 16s). Both sets of information were analyzed separately to understand their influence over the total evidence analysis. The results of the three analyses were different: the morphological analysis did not recover the subfamily Phryninae as monophyletic, this analysis produced 90 equally parsimonious topologies, however, the strict concensus tree had good resolution. The molecular analysis did not recover the family Phrynidae as monophyletic, but Phryninae was recovered. Total evidence analysis allowed for obtain just one more parsimonious hypothesis which included all species of Phrynidae, and resolved the politomies obtained with the analysis using morphology only, in this hypothesis Phrynidae and its subfamilies are monophyletic. ln all results, the genera of Phryninae were polyphyletic. We selected the tree of total evidence analysis to build a new taxonomic proposal, we decided to keep Acanthophrynus, Phrynus, and Paraphrynus and to create five new genera: Caicedophrynus gen. nov., Cronopiophrynus gen. nov., Gabophrynus gen. nov., Gentiloprynus gen. nov., Girondophrynus gen. novo Accordingly, we proposed 44 nomenclatural changes. Our results showed that the diversity of this group could be greater, therefore, we highlight that populational and phylogeographic studies of Phryninae are important / A subfamília Phryninae (Arachnida: Amblypygi) não possui uma revisão recente. Isso traz muitas dificuldades na identificação das espécies. Nenhuma hipótese filogenética para a subfamília foi proposta. A nomenclatura dos caracteres diagnósticos não é uniforme e a maioria das ilustrações não é suficientemente detalhada. Aqui, nós revisamos a subfamília Phryninae, redescrevemos as espécies conhecidas e seis espécies novas, e propomos uma nomenclatura uniforme para os dentes das quelíceras e espinhos dos pedipalpos. Nós realizamos uma análise filogenética usando evidência total e otimização direta no programa POY. Construímos uma matriz morfológica de 92 terminais e 174 caracteres, e uma matriz molecular usando 1557 pb (marcadores COI, l2S e 16S). Os dois conjuntos de informação foram analisados separadamente para perceber a influência de cada um deles na análise de evidência total. Os resultados das três análises foram diferentes. A análise morfológica não recuperou a subfamília Phryninae como monofilética, resultando em 90 topologias igualmente parcimoniosas, Porém, a árvore de consenso estrito teve uma boa resolução. A análise molecular recuperou Phryninae como monofilética, embora não tenha recuperado a família Phrynidae. A análise de evidência total permitiu obter uma única hipótese mais parcimoniosa a qual inclui todas as espécies de Phrynidae, e permitiu resolver as politomias obtidas na análise morfológica. Nesta hipótese, tanto Phrynidae como suas subfamílias se mantiveram monofiléticas. Em todos os resultados, os gêneros de Phryninae são polifiléticos. A árvore da análise de evidência total foi selecionada para elaborar uma nova proposta taxonômica. Mantivemos os gêneros Acanthophrynus, Phrynus e Paraphrynus e criamos cinco gêneros novos: Caicedophrynus gen. nov., Cronopiophrynus gen. nov., Gabophrynus gen. nov., Gentilophrynus gen. nov., e Girondophrynus gen. novo Propusemos 44 mudanças nomenclaturais, Nossos resultados sugerem que a diversidade do grupo é maior do que a conhecida. Isso nos faz considerar importante análises populacionais e filogeográficas em Phryninae
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Neuroanatomia e filogenia da família Cetopsidae (Osteichthyes, Ostariophysi, Siluriformes) com análise simultânea de dados morfológicos e moleculares / Neuroanatomy and phylogeny of the family Cetopsidae (Osteichthyes, Ostariophysi, Siluriformes) with simultaneous analysis of morphological and molecular data.

Abrahão, Vitor Pimenta 26 July 2018 (has links)
A família de Siluriformes Neotropicais Cetopsidae possui cinco gêneros e 43 espécies válidas, com ampla distribuição nas regiões norte e central da América do Sul, tanto cis- como trans-andina. Cetopsidae é proposta como um grupo monofilético, suportado pela maioria dos estudos morfológicos e moleculares. Os estudos evolutivos sobre o sistema nervoso de bagres neotropicais são bastante escassos, apesar desse complexo apresentarimportantes modificações potencialmente informativas para estudos de inferência filogenética. Para testar a significância dos caracteres neuroanatômicos em filogenias, a morfologia externa das principais subdivisões encefálicas de Cetopsidae foi descrita, ilustrada e interpretada. Além disso, análises comparativas do desenvolvimento desse complexo foram realizadas em Helogenes marmoratus e Cetopsis gobioides com o intuito de estabelecer homologias e compreender suas modificações ontogenéticas. Os caracteres foram delimitados e testados separadamente em análises filogenéticas e posteriormente combinados com caracteres morfológicos e moleculares com diferentes métodos de análise. Para determinar o volume de cada região analisada, um modelo elipsoide foi utilizado. Amplas comparações baseadas no formato, posição relativa e volume das principais regiões encefálicas são apresentadas para a maioria das espécies representativas de todos os gêneros de Cetopsidae. As mesmas comparações também foram realizadas ao longo do desenvolvimento de Helogenes marmoratus e Cetopsis gobioides. Além disso, comparações com integrantes de outras famílias filogeneticamente relacionadas em Siluriformes forneceram um amplo contexto para um maior entendimento das principais modificações evolutivas que moldaram o encéfalo doscetopsídeos. Análises filogenéticas de todos os caracteres morfológicos foram primeiramente conduzidas em separado, e posteriormente em matrizes concatenadas sob o critério da Parcimônia. Análises Bayesianas com sequências alinhadas e concatenadas de três genes mitocondriais (COI, 16S e Cytb) foram implementadas. Por fim, análises filogenéticas com todos os dados combinados foram conduzidas sob os critérios da Parcimônia e Bayesiano. Padrões morfológicos distintos foram definidos para cada uma das duas principais subdivisões de Cetopsidae, as subfamílias Helogeninae e Cetopsinae. Poucas variações intraespecíficas na morfologia externa do encéfalo xii existem entre todas as espécies examinadas aqui. As modificações observadas ao longo do desenvolvimento do encéfalo de Helogenes marmoratus e Cetopsis gobioides foram utilizadas para a formulação correta de caracteres e seus estados. Todos os gêneros foram recuperados como grupos monofiléticos pelos caracteres neuroanatômicos.Mapeamentos filogenéticos revelaram alguns padrões morfológicos sugestivos com especializações alimentares e outras características de história de vida correlacionadas ao sistema nervoso central. Os caracteres morfológicos e moleculares se mostraram bastante congruentes nas hipóteses filogenéticas, comas incongruências restritas à tribo Cetopsini. Todas as análises recuperaram Helogeninae como grupo-irmão dos demais cetopsídeos, seguido por Cetopsidiini, Denticetopsini e Cetopsini como grupos-irmãos sucessivos.Os resultados obtidos no presente estudo suportam a ideia de que análises amplas e concatenadas de dados morfológicos e moleculares resultam em hipóteses de relacionamentos robustas e bem suportadas. Os caracteres neuroanatômicos são altamente informativos para inferências filogenéticas, que podem ser exploradospara uma maior compreensão da evolução de Otophysi. / The Neotropical South American catfish Cetopsidae is a family of Siluriformes that includes five genera and 43valid species distributed over a large portion of northern and central regions of South America, on both sides of the Andean cordilleras. The monophyly of the family is supported by several previous studies, based on both morphological and molecular characters. Despite the scarcity of evolutionary studies on the nervous system of neotropical catfishes, that complex shows great variation potentially informative for phylogenetic inference. In order to test the significance of neurological traits in a phylogenetic framework, the gross morphology of brain subdivisions in the catfish family Cetopsidae is described, illustrated and interpreted. In addition, comparative analyzes of the development of this complex were carried out in Helogenes marmoratus and Cetopsis gobioidesin order to establish homologies and ontogenetic transformations. Characters were delimited and tested separately in phylogenetic analyzes and later combined with other morphological and molecular characters with different methods of analysis. The volume of major brain subdivision was calculated by an ellipsoid model. A comprehensive comparison based on shape, relative position, and volume of the main brain subdivisions is presented for representative species of all genera and most available species in the family. The same comparisons were also made throughout the development of Helogenes marmoratus and Cetopsis gobioides. Comparisons with other phylogenetically related siluriform families provide a broader context for the understanding of the main evolutionary transformations which shaped the cetopsid brain. Phylogenetic analyzes of all morphological characters were first conducted separately, and later in matrices concatenated under the Parsimony criterion. Bayesian analyzes of three aligned and concatenated mitochondrial gene sequences (COI, 16S and Cytb) were implemented. Analyzes of all the data combined were conducted under both Parsimony and Bayesian criteria. Profoundly distinct morphological patterns are identified for each of the two main cetopsid subdivisions, subfamilies Helogeninae and Cetopsinae. Little intraspecific variation on major subdivisions of the brain exists in species examined herein. The modifications observed throughout the development of the brain inHelogenes marmoratus and Cetopsis gobioides were used for the correct delimitation xiv of characters and their states. The monophyly of all genera is supported by putative neuroanatomic characters. Phylogenetic mapping reveals recurrent morphological patterns suggestive of an association with specific feeding specializations and other life-history traits. Morphological and molecular characters were highly congruent in phylogenetic hypotheses, with inconsistencies restricted to the tribe Cetopsini. All analyzes recovered Helogeninae as thesister group toall remaining cetopsids, followed by Cetopsidiini, Denticetopsini and Cetopsini as successive sister groups. Results of the present study support the idea that large and concatenated analyzes of morphological and molecular characters result in robust well-supported hypotheses of relationships. Neuroanatomical characters are highly informative for phylogenetic inferenceand area promising field to be explored in understanding the evolution of Otophysi.

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