Made available in DSpace on 2015-03-04T18:51:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Trenhago2.pdf: 15966707 bytes, checksum: 00c5e69b3e4ccb8745765adf1d2fa0a8 (MD5) Previous issue date: 2009-03-23 / Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior / This work describes the development of a software structure that currently controls the CAVE at LNCC, as well as its use for biological data visualization. This work also includes the adaptation and configuration of the InstantReality framework considering all particularities of the CAVE built at LNCC, which amongst other things does not have square walls all around (two walls have a particular shape). In order to accompish this task we make use of the emerging X3D technology. This work also proposes a process for fast development of biological data visualization. Such process has been used to develop a series of sample applications, which included geometric description of parts of the human cardiovascular system as well as other structures such as parts of worms and other creatures, visualization of proteine models and virus envelops both relying or not on some programming language. This work also introduces important aspects of complex surface visualization and describes the implementation of a GPU based ilumination model. Additionally, some justifications are presented regarding the use of Virtual Reality as a tool for bioinformatics visuzalization or biologic applications. Finally, this work evaluates the CAVE prototype, considering each of its components, in the light of the results achieved in the biologic visualization applications developed. Problems are identified and further improvements are proposed. / Este trabalho descreve o desenvolvimento de uma estrutura lógica de software para o controle do CAVE do LNCC e sua utilização na visualização de dados biológicos. Configuramos e adaptamos o framework InstantReality para fazer funcionar todos os componentes singulares do CAVE do LNCC ( uma parede não ortogonal, duas paredes com cinco lados, projetores convencionais, entre outros ) por meio de uma tecnologia emergente, o X3D, usado para distribuir conteúdo 3D multimídia pela Internet. Propomos um processo para o rápido desenvolvimento, recorrendo ou não a uma linguagem de programação, de aplicações para visualização de dados biológicos, tais como: descrição geométrica de parte do sistema cardiovascular humano, de parte de uma larva, visualização de modelos de proteínas e capsídios de vírus. Apresentamos questões importantes na visualização de superfícies complexas, como a importância do modelo de iluminação utilizado e descrevemos a implementação de um modelos de iluminação em GPU. Adicionalmente, justificamos o emprego da Realidade Virtual como ferramenta valiosa para a visualização em bioinformática, e mesmo na biologia. Finalmente, avaliamos a eficiência geral do CAVE e de cada componente,através dos resultados obtidos na visualização de cenários temáticos de interesse biológico. Identificamos possíveis problemas e sugerimos opções para uma melhoria geral do desempenho.

Este trabalho descreve o desenvolvimento de uma estrutura lógica de software para o controle do CAVE do LNCC e sua utilização na visualização de dados biológicos. Configuramos e adaptamos o framework InstantReality para fazer funcionar todos os componentes singulares do CAVE do LNCC ( uma parede não ortogonal, duas paredes com cinco lados, projetores convencionais, entre outros ) por meio de uma tecnologia emergente, o X3D, usado para distribuir conteúdo 3D multimídia pela Internet. Propomos um processo para o rápido desenvolvimento, recorrendo ou não a uma linguagem de programação, de aplicações para visualização de dados biológicos, tais como: descrição geométrica de parte do sistema cardiovascular humano, de parte de uma larva, visualização de modelos de proteínas e capsídios de vírus. Apresentamos questões importantes na visualização de superfícies complexas, como a importância do modelo de iluminação utilizado e descrevemos a implementação de um modelos de iluminação em GPU. Adicionalmente, justificamos o emprego da Realidade Virtual como ferramenta valiosa para a visualização em bioinformática, e mesmo na biologia. Finalmente, avaliamos a eficiência geral do CAVE e de cada componente,através dos resultados obtidos na visualização de cenários temáticos de interesse biológico. Identificamos possíveis problemas e sugerimos opções para uma melhoria geral do desempenho. / This work describes the development of a software structure that currently controls the CAVE at LNCC, as well as its use for biological data visualization. This work also includes the adaptation and configuration of the InstantReality framework considering all particularities of the CAVE built at LNCC, which amongst other things does not have square walls all around (two walls have a particular shape). In order to accompish this task we make use of the emerging X3D technology. This work also proposes a process for fast development of biological data visualization. Such process has been used to develop a series of sample applications, which included geometric description of parts of the human cardiovascular system as well as other structures such as parts of worms and other creatures, visualization of proteine models and virus envelops both relying or not on some programming language. This work also introduces important aspects of complex surface visualization and describes the implementation of a GPU based ilumination model. Additionally, some justifications are presented regarding the use of Virtual Reality as a tool for bioinformatics visuzalization or biologic applications. Finally, this work evaluates the CAVE prototype, considering each of its components, in the light of the results achieved in the biologic visualization applications developed. Problems are identified and further improvements are proposed.

Approved for public release, distribution is unlimited / alities. The extensible Markup Language (XML) is used for data storage and message exchange, Extensible 3D (X3D) Graphics for visualization and XML Schema-based Binary Compression (XSBC) for data compression. The AUV Workbench provides an intuitive cross-platform-capable tool with extensibility to provide for future enhancements such as agent-based control, asynchronous reporting and communication, loss-free message compression and built-in support for mission data archiving. This thesis also investigates the Jabber instant messaging protocol, showing its suitability for text and file messaging in a tactical environment. Exemplars show that the XML backbone of this open-source technology can be leveraged to enable both human and agent messaging with improvements over current systems. Integrated Jabber instant messaging support makes the NPS AUV Workbench the first custom application supporting XML Tactical Chat (XTC). Results demonstrate that the AUV Workbench provides a capable testbed for diverse AUV technologies, assisting in the development of traditional single-vehicle operations and agent-based multiple-vehicle methodologies. The flexible design of the Workbench further encourages integration of new extensions to serve operational needs. Exemplars demonstrate how in-mission and post-mission event monitoring by human operators can be achieved via simple web page, standard clients or custom instant messaging client. Finally, the AUV Workbench's potential as a tool in the development of multiple-AUV tactics and doctrine is discussed. / Civilian, Singapore Defence Science and Technology Agency