Η παρούσα ειδική ερευνητική εργασία υλοποιήθηκε στα πλαίσια του Μεταπτυχιακού Προγράμματος “Ηλεκτρονική και Η/Υ” του τμήματος Φυσικής του Πανεπιστημίου Πατρών. Σκοπός της εργασίας αυτής είναι η ανάπτυξη ενός συστήματος βασισμένου σε τεχνολογία FPGA [1-2]. Το σύστημα αυτό έχει τη δυνατότητα να λαμβάνει εικόνες, και αφού τις επεξεργαστεί κατάλληλα, τις αποθηκεύει στη μνήμη του και στη συνέχεια τις απεικονίζει σε μία LCD οθόνη αφής [3-4,8]. Τέλος, η διαχείριση των λειτουργιών που ενσωματώνει το σύστημα γίνεται μέσω της οθόνης αυτής [5]. Στο πρώτο κεφάλαιο πραγματοποιείται σύντομη περιγραφή του συστήματος, της βασικής αναπτυξιακής πλατφόρμας, DE2 της Altera [6], καθώς και του περιβάλλοντος ανάπτυξης Quartus II [12]. Tο δεύτερο κεφάλαιο χωρίζεται σε δύο μέρη. Στο πρώτο μέρος γίνεται παρουσίαση της TRDB-D5M CMOS Camera της Altera [9], των γενικών χαρακτηριστικών της και των απαραίτητων καταχωρητών για τη σωστή ρύθμισή της. Στο δεύτερο μέρος παρουσιάζεται η οθόνη TRDB_LTM LCD Touch Panel της Altera [7], η οποία επιλέχθηκε τόσο για την απεικόνιση των εικόνων όσο και για τον έλεγχο του συστήματος μέσω αυτής. Στο τρίτο κεφάλαιο πραγματοποιείται η πλήρης περιγραφή του συστήματος, που υλοποιήθηκε μέσω της γλώσσας ανάπτυξης υλικού Verilog HDL και ενσωματώθηκε στο FPGA [10-11], με σκοπό τη διαχείριση των δεδομένων που λαμβάνονται από την Camera. Στο τέταρτο κεφάλαιο παρουσιάζονται τα αποτελέσματα της εργασίας αυτής, τα συμπεράσματα που προέκυψαν, καθώς επίσης και προτάσεις για μελλοντική ανάπτυξη του συστήματος. Τέλος, στο παράρτημα Α παρουσιάζεται ο συνολικός κώδικας που υλοποιήθηκε και ενσωματώθηκε στο FPGA. / The present inquiring master thesis was realized as part of the postgraduate program “Electronics and Computer Science” of the department of Physics of University of Patras. The aim of this master thesis is the development of an FPGA technology based system [1-2] that has the ability to receive images, save them on its memory after appropriate processing and finally project them on an LCD touch panel [3-4,8]. The management of the system operations is realized through this touch panel [5]. Within the first chapter, we briefly describe the system, the basic development board of Altera [6], used to develop it, and finally the environment Quartus II [12]. We separated the second chapter in two parts. The first part presents the TRDB-D5M CMOS Camera of Altera [9], with its basic characteristics and the necessary registers for its appropriate regulation. The second part presents the TRDB-LTM LCD touch panel of Altera [7], which was chosen to portray images and allow the system control. The third chapter describes the system itself, realized in Verilog HDL, and incorporated in the FPGA [10-11], in order to manage the data received by the camera. The fourth chapter presents the results of this master thesis along with important conclusions and suggestions to further research. Finally, in appendix A we present the total code that was realized and incorporated in the FPGA.

Methods for aproximate string matching of various sequences used in bioinformatics are crucial part of development in this branch. Tasks are of very large time complexity and therefore we want create a hardware platform for acceleration of these computations. Goal of this work is to design a generalized architecture based on FPGA technology, which can work with various types of sequences. Designed acceleration card will use especially dynamic algorithms like Needleman-Wunsch and Smith-Waterman.