The Neon-S method has been used for the detection of Sclerotinia sclerotiorum in soybean and common beans since the agricultural year 2010. However, this method yields false positive readings due to other fungi that change medium pH. Thus, this study evaluated the contribution of increasing incubation period on the optimization of Neon-S reliability in different cultivars of soybeans and common beans. Nine treatments were evaluated in randomized blocks design, as a 3x3 factorial, with three replications. The factors were three detection methods (paper roll, Neon- S, and Neon S2) and three cultivars: naturally infected Pérola beans; naturally infected soybean cultivar BRS Valiosa RR, and artificially inoculated soybean cultivar Nidera 7255 RR). Inoculation of soybean Nidera 7255 RR was done by incubating the seeds for 72 h on PDA where the fungus was previously grown for seven days at 25 ºC. The three methods were compared, evaluating 400 seeds per replication, after incubation for seven days in Neon-S, for 15 days in Neon-S2, and for 30 days in paper roll, determining the presence of the fungus, and that of sclerotia adhered to the seeds. Twenty seeds were used per plate for media Neon-S and Neon-S2 (20 plates per replication), and 50 seeds per roll for the paper roll. Seeds were incubated at 20 ºC in BDO chamber in darkness. The data were submitted to the analysis of variance and the averages compared by the Tukey test at 5% probability. The interaction between detection method and cultivar was significant at 1% probability, indicating that the best method depends on the cultivar under study. Among the cultivars evaluated, artificially infected soybean presented the greatest indices of pathogen infection. A comparison of seed lots analyzed at the Plant Disease Clinic LAMIP proved greater sensibility of Neon-S in a total of 637 lots evaluated from 2008 to 2012. In that period, the paper roll test resulted in 21.88% positive samples, while in Neon-S 31.25% of them were positive. Another distinguishing factor among the lots analyzed was the percentage of infected and, or, contaminated seeds, which varied from one (0.25%) to five (1.25%). Therefore, detection of S. sclerotiorum by the Neon-S2 method can be optimized by incubation for 15 days, considering that, in this case, the formation of sclerotia near the infected seeds confirm the presence of the pathogen, avoiding false positive readings. Neon-S2 method increased detection sensibility of S. sclerotiorum in seed lots analyzed in comparison with the paper roll method; however, in comparison with Neon S method, despite its greater average, no significant differences were observed. / O método de Neon-S tem sido utilizado para a detecção de Sclerotinia sclerotiorum em sementes de soja e feijão a partir da safra de 2010. Porém, esse método possibilita a leitura de falsos positivos devido ao aparecimento de fungos que também alteram o pH do meio. O objetivo deste trabalho foi verificar se o aumento do período de incubação pode contribuir para otimizar a confiabilidade do teste Neon-S em diferentes cultivares de soja e feijão. Foram avaliados nove tratamentos em delineamento de blocos casualizados no esquema fatorial 3x3, com três repetições, sendo três métodos de detecção: rolo de papel, Neon-S e Neon S2 e três cultivares: Feijão Pérola infectados naturalmente; soja cultivar BRS Valiosa RR infectadas naturalmente e soja cultivar Nidera 7255 RR inoculada artificialmente. Para a inoculação da soja Nidera 7255 RR, as sementes foram incubadas em meio de cultivo BDA por 72 h, após o cultivo do fungo por sete dias na temperatura de 25 ºC. Os três métodos foram comparados, avaliando 400 sementes por repetição, meio Neon-S com incubação de sete dias, Neon-S2 com incubação de quinze dias e o rolo de papel por trinta dias, anotando-se a presença do fungo e a presença de escleródios aderidos às sementes. No meio Neon-S e Neon-S2 foram utilizadas 20 sementes por placa (20 placas por repetição). No rolo de papel foram usadas 50 sementes por rolo. As sementes foram incubadas 20 ºC em BOD, no escuro. Realizou-se a análise de variância dos dados e teste de comparação de médias (Tukey 5%). A interação entre o método de detecção e a cultivar utilizada foi significativo a 1% de probabilidade, indicando que o melhor método depende da cultivar avaliada. Dentro das cultivares avaliadas, a soja infectada artificialmente foi a que apresentou os maiores índices de infecção pelo patógeno. Usando os resultados de lotes de sementes, comprovou-se a maior sensibilidade do Neon-S num montante de 637 lotes testados no período de 2008 a 2012. Durante esse período, o teste de rolo apresentou 21,88% de amostras positivas, enquanto que o Neon-S foi de 31,25%. Outro fator diferenciador em relação aos lotes analisados foi a porcentagem de sementes contaminadas e ou infectadas, que variou de uma (0,25%) a cinco (1,25%). Assim a detecção de S. sclerotiorum pelo método Neon-S2 pode ser otimizada com a incubação por 15 dias, considerando que, neste caso, a formação de escleródios próximos às sementes infectadas confirma a presença do patógeno e evita a leitura de falsos positivos. O método Neon-S2 aumentou a sensibilidade de detecção de S. sclerotiorum em lotes de sementes analisadas quando comparado ao método de rolo, porém, quando comparado com o método Neon S, sua média foi maior, mas a diferença não foi significativa. / Mestre em Agronomia