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Identificação fenotípica e molecular de Rhodococcus equi e Dietzia maris em bubalinos / Phenotypical and molecular identification of Rhodococcus equi and Dietzia maris in buffaloes

Viana, Luciane Ribeiro 28 August 2007 (has links)
The bacterial identification in laboratories of microbiology is achieved by using several morphophysiological and genetic factors. Some members of the actinomycetes group, like the genera Rhodococcus, Gordonia, Nocardia and Dietzia have similar phenotypical characteristics. As result of this, the laboratorial detection of these microorganisms is often faced with bacterial identification problems. The present work analyzed 24 bacterial isolates from milk and skin of buffalo females (Bubalus bubalis), which previously had been identified as Rhodococcus equi, by using a restricted number of phenotypical tests for bacterial characterization. Using additional biochemical tests and molecular tools, the goal of this study was to perform the characterization of these isolates, as well as the differentiation of other microorganisms closely related. The results of the phenotypical tests had not allowed distinguishing definitely the isolates, once that they demonstrated relationship with two correlated genera, Rhodococcus and Dietzia. Despite the fact, these results allowed the separation of the isolates in three distinct biotypes. Only one of the isolates was confirmed as R. equi through the PCR multiplex specifically for this specie, as well DNA sequencing and DNA fragment analysis. All the other isolates only could be precisely identified after the DNA sequencing, where they were characterized as Dietzia maris. The sensitivity profile to antimicrobials demonstrated the biggest resistance of the D. maris isolates to oxacillin and rifampin, 96% and 87% respectively. The R. equi isolate, presented resistance to amikacin, oxacillin, penicillin, rifampin and tetracycline. Alert for the risk of the incorrect identification of the bacterial isolates by using diagnostic analysis based on phenotypical tests in order to differentiate R. equi and D. maris, besides the necessity to use of complementary tests for differentiation of these microorganisms. / A identificação bacteriana em laboratórios de microbiologia é realizada pela observação de um conjunto de fatores morfofisiológicos e genéticos. Alguns membros do grupo dos actinomicetos, como os gêneros Rhodococcus, Gordonia, Nocardia e Dietzia possuem características fenotípicas semelhantes. Por conseqüência, a identificação microbiológica destes agentes pode enfrentar algumas dificuldades. Neste trabalho foram analisados 24 isolados bacterianos oriundos de leite e pele de búfalas (Bubalus bubalis), os quais foram previamente identificados como Rhodococcus equi, com o uso de um número restrito de testes fenotípicos considerados discriminatórios para a caracterização bacteriana. Com o auxílio de testes bioquímicos adicionais e de ferramentas moleculares objetivou-se neste estudo, realizar a caracterização desses isolados, bem como a diferenciação de outros microrganismos intimamente relacionados. Os resultados dos testes fenotípicos não permitiram identificar os isolados com clareza, uma vez que foram condizentes com dois gêneros relacionados, Rhodococcus e Dietzia. Apesar disso, esses resultados permitiram a separação dos isolados em três fenótipos distintos. Apenas um dos isolados foi comprovado como R. equi com a realização da PCR multiplex para esta espécie, por seqüenciamento e análise de fragmentos de DNA. Os demais isolados analisados somente puderam ser identificados com exatidão após o seqüenciamento do DNA, onde foram caracterizados como Dietzia maris. O perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos revelou maior resistência dos isolados de D. maris para oxacilina e a rifampicina, 96% e 87% respectivamente. O isolado de R. equi, apresentou resistência à amicacina, oxacilina, penicilina, rifampicina e tetraciclina. Alerta-se para o risco da incorreta identificação dos isolados bacterianos pelo uso de análise diagnóstica baseada em testes fenotípicos, a fim de diferenciar R. equi e D. maris e para a necessidade de utilização de testes complementares para diferenciação destes microrganismos.
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Fenotipia e genotipia de Streptococcus equi isolados de equinos da região sul do Brasil / Phenotypic and genotypic analysis of Streptococcus equi isolated from horses in Southern Brazil

Kirinus, Jackeline Karsten 01 April 2010 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The phenotypic characteristics [morphology, biochemical fermentation, antimicrobial susceptibility, index of multiple resistances to antimicrobials (MAR), minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) of benzilpenicilin] of 38 Streptococcus equi isolates were evaluated in this study. The phenotypic analyses demonstrated three colony patterns, three carbohydrate fermentation patterns and variation from 0 to 0.4 in the index of multiple resistances to antimicrobials. All the isolates of S. equi demonstrated sensitivity to penicillin, both by the disc diffusion method and microdilution method. The average MIC and MBC for benzilpenincillin were of 0,0095 μg/mL and 0.0267 μg/mL for S. equi subsp. equi and of 0.0128 μg/mL and 0.0380 μg/mL for S. equi subsp. zooepidemicus. The samples of S. equi differed in the values of MIC and MBC (p<0,05). The size of the penicillin inhibition halo demonstrated a relation with the MIC and MBC for S. equi subsp. equi, however for the samples of S. equi subsp. zooepidemicus this relation was only verified with the MBC. The MIC of benzilpenincillin of the samples isolated from the Central, Planalto and South regions of Rio Grande do Sul were statistically similar, although different from the Paraná state sample, suggesting the atypical character of this strain. All S. equi isolates are sensitive to penicillin and sulfazotrim, confirming these as antibiotics of choice for the treatment of infections caused by this agent in the clinical veterinary practice. Genotypic characteristics were also analyzed (hsp60 gene partial sequencing and analysis) in 20 isolates of Streptococcus equi from clinical samples of horses with strangles. The phylogenetic analysis showed a politomy among the isolates, suggesting that the hsp60 gene does not allow the differentiation between S. equi subspecies. New studies are suggested with expansion of territory sampled or even with the application of other markers, in order to clarify the evolutionary patterns not resolved and to confirm or not the real genetic differences between subspecies. / As características fenotípicas [morfológicas, bioquímicas, susceptibilidade aos antimicrobianos, índice de resistência múltipla aos antimicrobianos - IRMA, concentração inibitória mínima (CIM), concentração bactericida mínina (CBM) da benzilpenicilina] de 38 isolados de Streptococcus equi foram avaliadas neste estudo. A fenotipia demonstrou três padrões de colônias, três perfis de fermentação de carboidratos e variação de 0 a 0,4 no índice de resistência múltipla aos antimicrobianos. Todos os isolados de S. equi demonstraram sensibilidade à penicilina, tanto pelo método de disco difusão quanto pelo método de microdiluição. A CIM e CBM média de benzilpenicilina foi de 0,0095 μg/mL e 0,0267 μg/mL para S. equi subesp. equi e de 0,0128 μg/mL e 0,0380 μg/mL para S. equi subesp. zooepidemicus. As amostras de S. equi diferiram para valores de CIM e CBM (p<0,05). O diâmetro do halo de inibição de penicilina demonstrou relação com a CIM e a CBM para S. equi subesp. equi, entretanto para as amostras de S. equi subesp. zooepidemicus esta relação somente foi verificada para a CBM. A CIM de benzilpenicilina frente às amostras isoladas da região Central, Planalto e Sul do estado do Rio Grande do Sul foram estatisticamente semelhantes, mas diferiram do isolado do estado do Paraná, sugerindo o caráter atípico desta cepa. Todos os isolados de S. equi são sensíveis à penicilina e sulfazotrim, antimicrobianos de eleição para as afecções por este agente na clínica veterinária. Também foram analisadas as características genotípicas (sequenciamento parcial e análise do gene hsp60) de 20 isolados de Streptococcus equi oriundos de amostras clínicas de animais com adenite equina. A filogenia mostrou uma politomia entre os isolados, e indicou que este marcador (gene hsp60) não permite a diferenciação das subespécies de S. equi. Sugere-se a realização de novos estudos com a ampliação da região amostrada ou mesmo com a aplicação de outros marcadores, a fim de esclarecer os padrões evolutivos não-resolvidos e confirmar ou não a diferenciação genética real entre as subespécies.

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