Made available in DSpace on 2014-06-12T17:40:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7018_1.pdf: 3136549 bytes, checksum: 280ee1ed895aab2c310600bb6667d8ae (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Uma questão central no emergente campo da Biologia Molecular Computacional diz respeito ao problema de seqüenciamento de DNA. Seqüenciar uma molécula de DNA significa determinar a ordem das suas bases componentes adenina (A), citosina (C), guanina (G) e timina (T). Em vista do comprimento de tais moléculas, muitas vezes da ordem de bilhões de bases, e das limitações existentes nos processos laboratoriais, os quais são capazes de manipular, no máximo, apenas 700 bases, esse se tornou um problema de natureza combinatorial e normalmente requer técnicas matemáticas e recursos computacionais para a sua solução. Dentre os vários métodos de seqüenciamento de DNA desenvolvidos nas últimas décadas, um que se tem mostrado particularmente promissor é o método denominado Seqüenciamento por Hibridização (do inglês Sequencing by Hybridization SBH), o qual se caracteriza por utilizar um chip de DNA para identificar o espectro da seqüência investigada, isto é, o conjunto de todas as subseqüências de um determinado tamanho que a compõem; e por tentar seqüenciá-la a partir das informações nele contidas. Recentemente, Halperin et al. (2002) apresentou duas variantes para o SBH. A primeira é baseada em um algoritmo, denominado algoritmo A, projetado para lidar com os dados gerados pelo chip clássico de seqüenciamento; e a segunda, mais abrangente, inclui um novo modelo de chip que conta com bases universais distribuídas randomicamente, e, para lidar com os dados provenientes dele, inclui também um outro algoritmo, denominado algoritmo B. Halperin et al. (2002) ainda sugeriu que a combinação adequada de alguns aspectos positivos dessas abordagens talvez pudesse gerar resultados práticos melhores do que os obtidos com a solução baseada apenas no algoritmo B. Este trabalho de pesquisa aponta os problemas de se implementar tal sugestão e, então, propõe uma abordagem alternativa que tende a superá-los, a qual mostrou-se ser mais geral, tendo, inclusive, a solução baseada no algoritmo B como um caso particular. Além disso, as simulações realizadas evidenciaram que os demais casos conseguem alcançar melhor rendimento em termos do tamanho da seqüência que pode ser corretamente determinada, empregando chips de menor custo

Este trabalho foi realizado com a finalidade de avaliar a degradação anaeróbia de benzoato por bactérias redutoras de sulfato (BRS). A primeira fase experimental avaliou essa degradação utilizando como inóculo biomassa de reator anaeróbio horizontal de leito fixo (RAHLF) utilizado no tratamento de água residuária de indústria de peróxidos orgânicos. Os ensaios foram realizados em reatores em batelada mantidos em temperatura de 33ºC ±1 e agitação de 150 rpm. Os reatores foram alimentados com meio para BRS e diferentes concentrações de benzoato e sulfato, estabelecendo as seguintes relações: 0,9 (890 mg/L e 970 mg/L), 0,8 (660 mg/L e 870 mg/L) e 0,6 (242 mg/L e 400 mg/L). Após 13 dias verificou-se valores de remoção do benzoato e utilização do sulfato iguais a: (0,9) 71,2% e 98%, (0,7) 97% e 99,9% e (0,6) 91,3% e 15%, respectivamente. Os exames microscópicos revelaram o predomínio de BRS. Na segunda fase experimental foi realizada a purificação celular, utilizando-se técnica de diluição seriada em meio líquido, obtendo-se cultura com predomínio de cocos, gram-negativos, diâmetro médio de 1,8 mm, não formadores de esporos e desulfoviridina positiva. Sendo identificadas como Desulfococcus multivorans através de seqüenciamento do DNAr 16S. As células foram submetidas a testes fisiológicos visando caracterizar o crescimento com diferentes aceptores de elétrons e substratos orgânicos. Nas condições em que predominaram cocos o consumo das fontes de carbono foram melhores quando as fontes aceptoras de elétron eram possuidoras de enxofre. Na terceira fase experimental foram realizados ensaios com a cultura purificada em reatores anaeróbios em batelada submetidos as seguintes concentrações de benzoato e sulfato estabelecendo relações de: (0,3) 600 mg/L e 2000 mg/L; (0,6) 606 mg/L e 1000 mg/L; (1,2) 600 mg/L e 500 mg/L; (1,8) 910 mg/L e 500 mg/L, respectivamente. Após, 13 dias de operação, verificou-se valores de remoção do benzoato e utilização do sulfato, iguais a: 99% e 61,2% (0,3), 99% e 100% (0,6), 99% e 100% (1,2) e 50% e 100% (1,8), respectivamente. A velocidade de crescimento (&#956) e o tempo de geração (Tg) foram respectivamente: 0,010 h-1 e 66,4 horas, para relação 0,6 e 0,011 h-1 e 66,1 horas, para a relação 0,3. / This work was carried out aiming to assess benzoate anaerobic degradation by sulfate-reducing bacteria (SRB). The first experimental phase consisted of assessing this degradation using biomass provided from a horizontal anaerobic immobilized bed reactor (HAIB) applied in the treatment of wastewater from an organic peroxide industry. The essays were carried out in batch reactors kept under 33ºC ±1 of temperature and 150 rpm of agitation. The reactors were fed with a specific culture medium for SRB and also with different concentrations of benzoate and sulfate, establishing the following relations: 0.9 (890 mg/L and 970 mg/L), 0.8 (680 mg/L and 870 mg/L) and 0.6 (242 mg/L and 400 mg/L), respectively. After 13 days of operation, benzoate removal and sulfate utilization efficiency values equal to: (0.9) 71.2% and 98%, (0.8) 97% and 99.9% and (0.6) 91.3% and 15%, respectively, were verified. The microscopic exams revealed the domain of SRB. In the second experimental phase cellular purification was carried out using the serial dilution technique in liquid medium, obtaining a culture with the domain of gram-negatives cocci, average diameter of 1,8 mm, nonspore-forming and desulfoviridin positive. These cells were identified as Desulfococcus multivorans through the use of ribosomal 16S DNA sequencing technique. This biomass was submitted to physiological tests aiming to characterize the growth with different electron acceptors and organic substrates. It was possible to verify that in the conditions where cocci took place, the consumption of carbon sources were better when the electron accepting sources possessed sulfur. In the third experimental phase essays with culture purified, the reactors were submitted to the following concentrations of benzoate and sulfate: relation (0.3), with 600.0 mg/L and 2000.0 mg/L; relation (0.6) with 606 mg/L and 1000 mg/L; relation (1.2), with 600 mg/L and 500 mg/L; relation (1.8), with 910 mg/L and 500 mg/L, respectively. After 13 days of operation, benzoate removal and sulfate utilization values were equal to: 99% and 61.2% (0.3), 99% and 100% (0.6), 99% and 100% (1.2) and 50% and 100% (1.8), respectively. The specific growth rate (&#956) and the generation time (Tg) of culture, were equal to: 0.010 h-1 and 66.4 hours for relation 0.6 and 0.011 h-1 and 66.1 hours for relation 0.3, respectively.

The bacterial identification in laboratories of microbiology is achieved by using several morphophysiological and genetic factors. Some members of the actinomycetes group, like the genera Rhodococcus, Gordonia, Nocardia and Dietzia have similar phenotypical characteristics. As result of this, the laboratorial detection of these microorganisms is often faced with bacterial identification problems. The present work analyzed 24 bacterial isolates from milk and skin of buffalo females (Bubalus bubalis), which previously had been identified as Rhodococcus equi, by using a restricted number of phenotypical tests for bacterial characterization. Using additional biochemical tests and molecular tools, the goal of this study was to perform the characterization of these isolates, as well as the differentiation of other microorganisms closely related. The results of the phenotypical tests had not allowed distinguishing definitely the isolates, once that they demonstrated relationship with two correlated genera, Rhodococcus and Dietzia. Despite the fact, these results allowed the separation of the isolates in three distinct biotypes. Only one of the isolates was confirmed as R. equi through the PCR multiplex specifically for this specie, as well DNA sequencing and DNA fragment analysis. All the other isolates only could be precisely identified after the DNA sequencing, where they were characterized as Dietzia maris. The sensitivity profile to antimicrobials demonstrated the biggest resistance of the D. maris isolates to oxacillin and rifampin, 96% and 87% respectively. The R. equi isolate, presented resistance to amikacin, oxacillin, penicillin, rifampin and tetracycline. Alert for the risk of the incorrect identification of the bacterial isolates by using diagnostic analysis based on phenotypical tests in order to differentiate R. equi and D. maris, besides the necessity to use of complementary tests for differentiation of these microorganisms. / A identificação bacteriana em laboratórios de microbiologia é realizada pela observação de um conjunto de fatores morfofisiológicos e genéticos. Alguns membros do grupo dos actinomicetos, como os gêneros Rhodococcus, Gordonia, Nocardia e Dietzia possuem características fenotípicas semelhantes. Por conseqüência, a identificação microbiológica destes agentes pode enfrentar algumas dificuldades. Neste trabalho foram analisados 24 isolados bacterianos oriundos de leite e pele de búfalas (Bubalus bubalis), os quais foram previamente identificados como Rhodococcus equi, com o uso de um número restrito de testes fenotípicos considerados discriminatórios para a caracterização bacteriana. Com o auxílio de testes bioquímicos adicionais e de ferramentas moleculares objetivou-se neste estudo, realizar a caracterização desses isolados, bem como a diferenciação de outros microrganismos intimamente relacionados. Os resultados dos testes fenotípicos não permitiram identificar os isolados com clareza, uma vez que foram condizentes com dois gêneros relacionados, Rhodococcus e Dietzia. Apesar disso, esses resultados permitiram a separação dos isolados em três fenótipos distintos. Apenas um dos isolados foi comprovado como R. equi com a realização da PCR multiplex para esta espécie, por seqüenciamento e análise de fragmentos de DNA. Os demais isolados analisados somente puderam ser identificados com exatidão após o seqüenciamento do DNA, onde foram caracterizados como Dietzia maris. O perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos revelou maior resistência dos isolados de D. maris para oxacilina e a rifampicina, 96% e 87% respectivamente. O isolado de R. equi, apresentou resistência à amicacina, oxacilina, penicilina, rifampicina e tetraciclina. Alerta-se para o risco da incorreta identificação dos isolados bacterianos pelo uso de análise diagnóstica baseada em testes fenotípicos, a fim de diferenciar R. equi e D. maris e para a necessidade de utilização de testes complementares para diferenciação destes microrganismos.

Este trabalho foi realizado com a finalidade de avaliar a degradação anaeróbia de benzoato por bactérias redutoras de sulfato (BRS). A primeira fase experimental avaliou essa degradação utilizando como inóculo biomassa de reator anaeróbio horizontal de leito fixo (RAHLF) utilizado no tratamento de água residuária de indústria de peróxidos orgânicos. Os ensaios foram realizados em reatores em batelada mantidos em temperatura de 33ºC ±1 e agitação de 150 rpm. Os reatores foram alimentados com meio para BRS e diferentes concentrações de benzoato e sulfato, estabelecendo as seguintes relações: 0,9 (890 mg/L e 970 mg/L), 0,8 (660 mg/L e 870 mg/L) e 0,6 (242 mg/L e 400 mg/L). Após 13 dias verificou-se valores de remoção do benzoato e utilização do sulfato iguais a: (0,9) 71,2% e 98%, (0,7) 97% e 99,9% e (0,6) 91,3% e 15%, respectivamente. Os exames microscópicos revelaram o predomínio de BRS. Na segunda fase experimental foi realizada a purificação celular, utilizando-se técnica de diluição seriada em meio líquido, obtendo-se cultura com predomínio de cocos, gram-negativos, diâmetro médio de 1,8 mm, não formadores de esporos e desulfoviridina positiva. Sendo identificadas como Desulfococcus multivorans através de seqüenciamento do DNAr 16S. As células foram submetidas a testes fisiológicos visando caracterizar o crescimento com diferentes aceptores de elétrons e substratos orgânicos. Nas condições em que predominaram cocos o consumo das fontes de carbono foram melhores quando as fontes aceptoras de elétron eram possuidoras de enxofre. Na terceira fase experimental foram realizados ensaios com a cultura purificada em reatores anaeróbios em batelada submetidos as seguintes concentrações de benzoato e sulfato estabelecendo relações de: (0,3) 600 mg/L e 2000 mg/L; (0,6) 606 mg/L e 1000 mg/L; (1,2) 600 mg/L e 500 mg/L; (1,8) 910 mg/L e 500 mg/L, respectivamente. Após, 13 dias de operação, verificou-se valores de remoção do benzoato e utilização do sulfato, iguais a: 99% e 61,2% (0,3), 99% e 100% (0,6), 99% e 100% (1,2) e 50% e 100% (1,8), respectivamente. A velocidade de crescimento (&#956) e o tempo de geração (Tg) foram respectivamente: 0,010 h-1 e 66,4 horas, para relação 0,6 e 0,011 h-1 e 66,1 horas, para a relação 0,3. / This work was carried out aiming to assess benzoate anaerobic degradation by sulfate-reducing bacteria (SRB). The first experimental phase consisted of assessing this degradation using biomass provided from a horizontal anaerobic immobilized bed reactor (HAIB) applied in the treatment of wastewater from an organic peroxide industry. The essays were carried out in batch reactors kept under 33ºC ±1 of temperature and 150 rpm of agitation. The reactors were fed with a specific culture medium for SRB and also with different concentrations of benzoate and sulfate, establishing the following relations: 0.9 (890 mg/L and 970 mg/L), 0.8 (680 mg/L and 870 mg/L) and 0.6 (242 mg/L and 400 mg/L), respectively. After 13 days of operation, benzoate removal and sulfate utilization efficiency values equal to: (0.9) 71.2% and 98%, (0.8) 97% and 99.9% and (0.6) 91.3% and 15%, respectively, were verified. The microscopic exams revealed the domain of SRB. In the second experimental phase cellular purification was carried out using the serial dilution technique in liquid medium, obtaining a culture with the domain of gram-negatives cocci, average diameter of 1,8 mm, nonspore-forming and desulfoviridin positive. These cells were identified as Desulfococcus multivorans through the use of ribosomal 16S DNA sequencing technique. This biomass was submitted to physiological tests aiming to characterize the growth with different electron acceptors and organic substrates. It was possible to verify that in the conditions where cocci took place, the consumption of carbon sources were better when the electron accepting sources possessed sulfur. In the third experimental phase essays with culture purified, the reactors were submitted to the following concentrations of benzoate and sulfate: relation (0.3), with 600.0 mg/L and 2000.0 mg/L; relation (0.6) with 606 mg/L and 1000 mg/L; relation (1.2), with 600 mg/L and 500 mg/L; relation (1.8), with 910 mg/L and 500 mg/L, respectively. After 13 days of operation, benzoate removal and sulfate utilization values were equal to: 99% and 61.2% (0.3), 99% and 100% (0.6), 99% and 100% (1.2) and 50% and 100% (1.8), respectively. The specific growth rate (&#956) and the generation time (Tg) of culture, were equal to: 0.010 h-1 and 66.4 hours for relation 0.6 and 0.011 h-1 and 66.1 hours for relation 0.3, respectively.