As fissuras orais são as malformações craniofaciais mais freqüentes ao nascimento e apresentam incidências variáveis entre as diversas populações. Essas fissuras são subdivididas em dois grupos principais, as fissuras labiais com ou sem fissura de palato (FL±P) e as fissuras palatinas (FP), consideradas entidades distintas do ponto de vista embriológico, epidemiológico e etiológico. Estas malformações podem ser classificadas em sindrômicas ou não sindrômicas (NS) a depender da existência de outras alterações clínicas associadas. Para as FL±PNS e FPNS, o padrão de herança multifatorial e o modelo “doenças comuns-variantes comuns” foram propostos. Diversos estudos têm sido realizados na tentativa de se identificar os fatores genéticos de predisposição a estas malformações, particularmente para as FL±PNS. Entre estes fatores, o IRF6, comprovadamente associado à síndrome de Van der Woude (SVW), é um gene candidato associado às fissuras NS. Em algumas situações, a SVW torna-se clinicamente indistinguível das fissuras não sindrômicas, o que pode dificultar o aconselhamento genético destas famílias afetadas por fissuras. A associação entre FL±P e variantes comuns no IRF6 tem sido observada em vários estudos em diferentes populações, porém os resultados obtidos não explicam a alta herdabilidade das FL±P. Frente a este quadro, foi proposto mais um modelo genético para as fissuras NS, o modelo de “doenças comuns-variantes raras”. Diante destas questões, o presente trabalho foi realizado para tentar avaliar o impacto fenotípico de variantes no IRF6 em famílias com fissuras NS, através da verificação da ocorrência de mutações patogênicas, do tipo perda de função no IRF6, causativas da SVW entre casos não sindrômicos e da identificação da associação de variantes do IRF6 raras e comuns à predisposição de fissuras NS em casos familiais. Para testarmos estas hipóteses, foi realizado o sequenciamento do IRF6 em 304 pacientes com fissuras orais, não relacionados entre si, e com história familiar positiva para fissuras. Os resultados foram comparados com controles da população brasileira e com bancos de dados internacionais. A avaliação dos resultados sugere uma freqüência de aproximadamente 1% de mutações patogênicas para SVW entre os casos não sindrômicos familiais. Foram também encontradas variantes novas raras, de significado clínico ainda desconhecido, em 3,3% dos casos e observamos um excesso de variantes na região 5\'UTR entre os fissurados sugerindo que estas tenham um efeito funcional na regulação do IRF6 e eventual envolvimento com a ocorrência das fissuras orais NS. Além disso, foram detectadas novas associações com fissuras NS entre as variantes comuns já conhecidas. Além da análise mutacional do IRF6 entre pacientes com FL±P e FP, estudamos as FP isoladamente, com o objetivo de verificar a contribuição genética nas fissuras palatinas não sindrômicas, através de um estudo epidemiológico. Entende-se que estes estudos podem fornecer informações relevantes para o delineamento de estudos genéticos e para associações com possíveis fatores ambientais predisponentes à malformação. Entretanto, há um número limitado de estudos epidemiológicos sobre FP na literatura e em particular no Brasil, por isso, objetivamos estimar dados relacionados à consanguinidade, risco de recorrência e herdabilidade das FPNS a partir de uma amostra de 331 casos de FPNS na população brasileira. A frequência de casamentos consanguíneos foi semelhante à da população controle e os riscos de recorrência para irmãos dos probandos (∼1,5%) foi menor que o estimado na literatura mundial. Foi estimada uma herdabilidade de 95,81%, o que sugere grande atuação de componentes genéticos na etiologia das FP nesta população. Estes resultados sugerem a validade de maiores estudos na identificação dos fatores genéticos para as FPNS e demonstram a importância de se estudar o efeito dos diversos tipos de variantes no IRF6 em pacientes com fissuras orais / Oral clefts are the most common congenital craniofacial malformation and have different incidences rates among different populations. These oral clefts are subdivided into two main groups, cleft lip with or without palate cleft (CL±P) and cleft palate (CP), regarded as separate entities from embryological, epidemiological and etiological perspectives.These malformations are classified into syndromic or nonsyndromic (NS) depending on the existence of other associated clinical changes. For NSCL±P and NSCP, the multifactorial inheritance pattern and the “common disease-common variants” model have been proposed. Several studies have been conducted in an attempt to identify the genetic factors predisposing to these malformations, particularly for NSCL±P. Among these factors, the IRF6, demonstrably associated with Van der Woude (SVW) syndrome, is a candidate gene associated to NS clefts. In some situations, SVW becomes clinically indistinguishable from nonsyndromic clefts, which can hamper genetic counseling of cleft affected families. The association between CL±P and IRF6 common variants has been observed in several studies in different populations, but the results do not explain the high heritability of CL±P. Thus, an additional Another genetic model was proposed for NS clefts, the “common disease-rare variant” model. Given these issues, the present study tries to assess the phenotypic impact of variants in IRF6 in families with NS clefts by verifying the occurrence of loss-of-function mutations in IRF6, causative of SVW among nonsyndromic cases and also by the indentification of rare and common IRF6 variants predisposing NS clefts in familial cases. To test these hypotheses, the sequencing of IRF6 was performed for 304 unrelated cases of oral clets, with positive family history of clefts. results were compared with Brazilian population controls as well as international databases. The results suggests a prevalence of 1% for pathogenic mutations of SVW among nonsyndromic familial cases. It was also observed new rare variants of still unknown clinical significance in 3.3% of cases and it was observed an excess of variants in the 5\'UTR region among the cleft cases suggesting that they have a functional effect on the regulation of IRF6. Furthermore, new associations with NS clefts were detected among common variants already known. Besides mutational analysis of IRF6 for patients with CL±P and CP, the CP cases were studied, in order to verify the genetic contribution in nonsyndromic CP, by means of an epidemiological study. It is understood that these studies may provide relevant information for genetic study guidelines and for possible associations with environmental factors predisposing the malformation. However, there is a limited number of epidemiological studies on CP in the literature and mainly in Brazil, so this study also aims to estimate data related to inbreeding, recurrence risk and heritability of NSCP from a sample of 331 cases from a Brazilian population. The frequency of consanguineous marriages was similar to the control frequency and recurrence risks for siblings of probands (about 1.5%) was lower than estimated in the literature. A heritability of 95.81% was estimated, suggesting a high genetic component interaction in the etiology of CP in this population. Finally these results indicate the relevance of further studies on the identification of genetic factors for NSCP and demonstrate the importance of studying the effect of different types of variants in IRF6 in patients with oral clefts

As fissuras orais são as malformações craniofaciais mais freqüentes ao nascimento e apresentam incidências variáveis entre as diversas populações. Essas fissuras são subdivididas em dois grupos principais, as fissuras labiais com ou sem fissura de palato (FL±P) e as fissuras palatinas (FP), consideradas entidades distintas do ponto de vista embriológico, epidemiológico e etiológico. Estas malformações podem ser classificadas em sindrômicas ou não sindrômicas (NS) a depender da existência de outras alterações clínicas associadas. Para as FL±PNS e FPNS, o padrão de herança multifatorial e o modelo “doenças comuns-variantes comuns” foram propostos. Diversos estudos têm sido realizados na tentativa de se identificar os fatores genéticos de predisposição a estas malformações, particularmente para as FL±PNS. Entre estes fatores, o IRF6, comprovadamente associado à síndrome de Van der Woude (SVW), é um gene candidato associado às fissuras NS. Em algumas situações, a SVW torna-se clinicamente indistinguível das fissuras não sindrômicas, o que pode dificultar o aconselhamento genético destas famílias afetadas por fissuras. A associação entre FL±P e variantes comuns no IRF6 tem sido observada em vários estudos em diferentes populações, porém os resultados obtidos não explicam a alta herdabilidade das FL±P. Frente a este quadro, foi proposto mais um modelo genético para as fissuras NS, o modelo de “doenças comuns-variantes raras”. Diante destas questões, o presente trabalho foi realizado para tentar avaliar o impacto fenotípico de variantes no IRF6 em famílias com fissuras NS, através da verificação da ocorrência de mutações patogênicas, do tipo perda de função no IRF6, causativas da SVW entre casos não sindrômicos e da identificação da associação de variantes do IRF6 raras e comuns à predisposição de fissuras NS em casos familiais. Para testarmos estas hipóteses, foi realizado o sequenciamento do IRF6 em 304 pacientes com fissuras orais, não relacionados entre si, e com história familiar positiva para fissuras. Os resultados foram comparados com controles da população brasileira e com bancos de dados internacionais. A avaliação dos resultados sugere uma freqüência de aproximadamente 1% de mutações patogênicas para SVW entre os casos não sindrômicos familiais. Foram também encontradas variantes novas raras, de significado clínico ainda desconhecido, em 3,3% dos casos e observamos um excesso de variantes na região 5\'UTR entre os fissurados sugerindo que estas tenham um efeito funcional na regulação do IRF6 e eventual envolvimento com a ocorrência das fissuras orais NS. Além disso, foram detectadas novas associações com fissuras NS entre as variantes comuns já conhecidas. Além da análise mutacional do IRF6 entre pacientes com FL±P e FP, estudamos as FP isoladamente, com o objetivo de verificar a contribuição genética nas fissuras palatinas não sindrômicas, através de um estudo epidemiológico. Entende-se que estes estudos podem fornecer informações relevantes para o delineamento de estudos genéticos e para associações com possíveis fatores ambientais predisponentes à malformação. Entretanto, há um número limitado de estudos epidemiológicos sobre FP na literatura e em particular no Brasil, por isso, objetivamos estimar dados relacionados à consanguinidade, risco de recorrência e herdabilidade das FPNS a partir de uma amostra de 331 casos de FPNS na população brasileira. A frequência de casamentos consanguíneos foi semelhante à da população controle e os riscos de recorrência para irmãos dos probandos (∼1,5%) foi menor que o estimado na literatura mundial. Foi estimada uma herdabilidade de 95,81%, o que sugere grande atuação de componentes genéticos na etiologia das FP nesta população. Estes resultados sugerem a validade de maiores estudos na identificação dos fatores genéticos para as FPNS e demonstram a importância de se estudar o efeito dos diversos tipos de variantes no IRF6 em pacientes com fissuras orais / Oral clefts are the most common congenital craniofacial malformation and have different incidences rates among different populations. These oral clefts are subdivided into two main groups, cleft lip with or without palate cleft (CL±P) and cleft palate (CP), regarded as separate entities from embryological, epidemiological and etiological perspectives.These malformations are classified into syndromic or nonsyndromic (NS) depending on the existence of other associated clinical changes. For NSCL±P and NSCP, the multifactorial inheritance pattern and the “common disease-common variants” model have been proposed. Several studies have been conducted in an attempt to identify the genetic factors predisposing to these malformations, particularly for NSCL±P. Among these factors, the IRF6, demonstrably associated with Van der Woude (SVW) syndrome, is a candidate gene associated to NS clefts. In some situations, SVW becomes clinically indistinguishable from nonsyndromic clefts, which can hamper genetic counseling of cleft affected families. The association between CL±P and IRF6 common variants has been observed in several studies in different populations, but the results do not explain the high heritability of CL±P. Thus, an additional Another genetic model was proposed for NS clefts, the “common disease-rare variant” model. Given these issues, the present study tries to assess the phenotypic impact of variants in IRF6 in families with NS clefts by verifying the occurrence of loss-of-function mutations in IRF6, causative of SVW among nonsyndromic cases and also by the indentification of rare and common IRF6 variants predisposing NS clefts in familial cases. To test these hypotheses, the sequencing of IRF6 was performed for 304 unrelated cases of oral clets, with positive family history of clefts. results were compared with Brazilian population controls as well as international databases. The results suggests a prevalence of 1% for pathogenic mutations of SVW among nonsyndromic familial cases. It was also observed new rare variants of still unknown clinical significance in 3.3% of cases and it was observed an excess of variants in the 5\'UTR region among the cleft cases suggesting that they have a functional effect on the regulation of IRF6. Furthermore, new associations with NS clefts were detected among common variants already known. Besides mutational analysis of IRF6 for patients with CL±P and CP, the CP cases were studied, in order to verify the genetic contribution in nonsyndromic CP, by means of an epidemiological study. It is understood that these studies may provide relevant information for genetic study guidelines and for possible associations with environmental factors predisposing the malformation. However, there is a limited number of epidemiological studies on CP in the literature and mainly in Brazil, so this study also aims to estimate data related to inbreeding, recurrence risk and heritability of NSCP from a sample of 331 cases from a Brazilian population. The frequency of consanguineous marriages was similar to the control frequency and recurrence risks for siblings of probands (about 1.5%) was lower than estimated in the literature. A heritability of 95.81% was estimated, suggesting a high genetic component interaction in the etiology of CP in this population. Finally these results indicate the relevance of further studies on the identification of genetic factors for NSCP and demonstrate the importance of studying the effect of different types of variants in IRF6 in patients with oral clefts