Las universidades públicas del Perú reciben, desde el año 2003, como ingreso extraordinario y variable, el veinte por ciento (20%) que los gobiernos regionales perciben por concepto de canon, con el objetivo específico de destinarlo en investigación científica y tecnológica para el desarrollo regional. Sin embargo, la ley contemplaría una serie de restricciones y vacíos legales en el uso de estos recursos que limitarían y desnaturalizarían dicho efecto. No obstante, como resultado de una serie de procesos institucionales y regulatorios, las limitaciones referidas se habrían contrarrestado paulatinamente y de manera diferenciada. Para evidenciar ello, la presente investigación evalúa la evolución de la ejecución del presupuesto por concepto de canon que reciben las universidades públicas del Perú y su impacto en la producción científica de las universidades. Para lograrlo, en primera instancia, se caracteriza, desde un análisis descriptivo, el proceso de creación de capital humano, físico e institucional que realizan las universidades públicas con los recursos en mención desde el año 2005. Por otro lado, se identifica la manera en la que se dispone del porcentaje de canon que no se ejecuta (saldos de balance). Además, se analiza la validez y evolución de las restricciones impuestas por la Ley en cuestión. En segunda instancia, desde el desarrollo de un modelo de clase latente, se pretender evidenciar el impacto diferenciado de la evolución institucional y los procesos regulatorios del Canon sobre la producción científica de las universidades públicas. Finalmente, la presente investigación pone de manifiesto que, aunque inicialmente la ejecución del presupuesto se dio de manera decreciente y limitada, como lo sugiere parte de la evidencia empírica, seguidamente, sin embargo, como resultado de una serie de procesos de cambio institucional, la ejecución en este concepto aumentaría de manera diferenciada y sostenida.