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Prospecção de marcadores microssatélites e análise da estrutura populacional em Atta laevigata (Formicidae: Attini) /

Kakazu, Sergio. January 2012 (has links)
Resumo: Estudos recentes realizados no Laboratório de Evolução Molecular, Centro de Estudos de Insetos Sociais, Instituto de Biociências, UNESP - Campus Rio Claro, Brasil, evidenciaram a existência de duas linhagens de Atta laevigata, caracterizadas por marcadores mitocondriais, como clados irmãos dentro do grupo Atta, sugerindo isolamento reprodutivo e monofilia recíproca, resultantes de uma especiação recente. Portanto, Atta laevigata parece ser formada por dois pools gênicos distintos, cada um deles pertencente a uma possível espécie biológica distinta. Um alto grau de variação morfológica dificulta a diferenciação das duas prováveis espécies pela análise dos espinhos das operárias, que são os caracteres informativos à Taxonomia usualmente utilizados. Ainda que haja caracterização de genes mitocondriais, as informações filogenéticas moleculares resultantes dizem respeito somente à matrilinhagem, sendo necessária uma caracterização molecular por marcadores co-dominantes, como os microssatélites (SSRs), para testar a hipótese de ausência de fluxo gênico resultante de uma especiação recente. Na presente Dissertação de Mestrado, microssatélites foram isolados, amplificados e tiveram seu polimorfismo analisado para, a seguir, testar a existência de fluxo gênico entre as duas matrilinhagens. Nós apresentamos os resultados da construção de uma biblioteca enriquecida com SSRs e o desenho de primers para 23 locos microssatélites, para os quais protocolos de PCR foram otimizados e permitiram caracterizar o polimorfismo desses marcadores. Em 36 indivíduos da região Sudeste pertencentes à linhagem mitocondrial 2, oito loci apresentaram padrões de amplificação satisfatórios incluindo SSRs com tri e dinucleotídeos. Dois a 2 dezesseis alelos por locus foram encontrados e a heterozigosidade esperada variou... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Recent studies performed at the Laboratory of Molecular Evolution, Centre for the Study of Social Insects, Biosciences Institute, UNESP - Rio Claro, Brazil, evidenced the existence of two lineage of Atta laevigata, characterized by mitochondrial markers, as sister clades within the group Atta, suggesting reproductive isolation and reciprocal monophyly as a result of a recent speciation. Therefore, Atta laevigata appears to be formed by two distinct gene pools, each belonging to a potential distinct biological species. A high degree of morphological variation difficult the differentiation of the two potential species by analysis of the spines of workers, which are usually informative characters to the Taxonomy. The molecular phylogenetic information from mitochondrial genes reflects only the matrilineage, being necessary a molecular characterization of 3 co-dominant marker, such as microsatellites (SSR) to test the hypothesis of absence of gene flow resulting from a recent speciation. In this Dissertation, microsatellites were isolated, amplified, analyzed for their polymorphism, and used to test gene flow between the two matrilineages. We present the results of the construction of a library enriched with SSRs and design of primers for 23 microsatellite loci for which PCR protocols were optimized and used to characterize the polymorphism of these markers. In 36 individuals from the Southeast region and belonging to the mitochondrial lineage 2, eight loci showed satisfactory amplification patterns including SSRs with tri-and dinucleotides. Two to sixteen alleles per locus were found and the expected heterozygosity ranged from 0.07 to 0.94. The amplification of heterologous loci in another species of Atta, A. robusta, yielded positive result. One of the microsatellite loci showed significant deviation from... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Maurício Bacci Júnior / Coorientador: Alexandra Sanches / Banca: Marco Antonio del Lama / Banca: Cibele Biondo / Mestre
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Prospecção de marcadores microssatélites e análise da estrutura populacional em Atta laevigata (Formicidae: Attini)

Kakazu, Sérgio [UNESP] 01 March 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-01Bitstream added on 2014-06-13T18:50:07Z : No. of bitstreams: 1 kakazu_s_me_rcla.pdf: 402737 bytes, checksum: ddcc92c74e1b42c9eb74e821446b45a0 (MD5) / Estudos recentes realizados no Laboratório de Evolução Molecular, Centro de Estudos de Insetos Sociais, Instituto de Biociências, UNESP – Campus Rio Claro, Brasil, evidenciaram a existência de duas linhagens de Atta laevigata, caracterizadas por marcadores mitocondriais, como clados irmãos dentro do grupo Atta, sugerindo isolamento reprodutivo e monofilia recíproca, resultantes de uma especiação recente. Portanto, Atta laevigata parece ser formada por dois pools gênicos distintos, cada um deles pertencente a uma possível espécie biológica distinta. Um alto grau de variação morfológica dificulta a diferenciação das duas prováveis espécies pela análise dos espinhos das operárias, que são os caracteres informativos à Taxonomia usualmente utilizados. Ainda que haja caracterização de genes mitocondriais, as informações filogenéticas moleculares resultantes dizem respeito somente à matrilinhagem, sendo necessária uma caracterização molecular por marcadores co-dominantes, como os microssatélites (SSRs), para testar a hipótese de ausência de fluxo gênico resultante de uma especiação recente. Na presente Dissertação de Mestrado, microssatélites foram isolados, amplificados e tiveram seu polimorfismo analisado para, a seguir, testar a existência de fluxo gênico entre as duas matrilinhagens. Nós apresentamos os resultados da construção de uma biblioteca enriquecida com SSRs e o desenho de primers para 23 locos microssatélites, para os quais protocolos de PCR foram otimizados e permitiram caracterizar o polimorfismo desses marcadores. Em 36 indivíduos da região Sudeste pertencentes à linhagem mitocondrial 2, oito loci apresentaram padrões de amplificação satisfatórios incluindo SSRs com tri e dinucleotídeos. Dois a 2 dezesseis alelos por locus foram encontrados e a heterozigosidade esperada variou... / Recent studies performed at the Laboratory of Molecular Evolution, Centre for the Study of Social Insects, Biosciences Institute, UNESP - Rio Claro, Brazil, evidenced the existence of two lineage of Atta laevigata, characterized by mitochondrial markers, as sister clades within the group Atta, suggesting reproductive isolation and reciprocal monophyly as a result of a recent speciation. Therefore, Atta laevigata appears to be formed by two distinct gene pools, each belonging to a potential distinct biological species. A high degree of morphological variation difficult the differentiation of the two potential species by analysis of the spines of workers, which are usually informative characters to the Taxonomy. The molecular phylogenetic information from mitochondrial genes reflects only the matrilineage, being necessary a molecular characterization of 3 co-dominant marker, such as microsatellites (SSR) to test the hypothesis of absence of gene flow resulting from a recent speciation. In this Dissertation, microsatellites were isolated, amplified, analyzed for their polymorphism, and used to test gene flow between the two matrilineages. We present the results of the construction of a library enriched with SSRs and design of primers for 23 microsatellite loci for which PCR protocols were optimized and used to characterize the polymorphism of these markers. In 36 individuals from the Southeast region and belonging to the mitochondrial lineage 2, eight loci showed satisfactory amplification patterns including SSRs with tri-and dinucleotides. Two to sixteen alleles per locus were found and the expected heterozygosity ranged from 0.07 to 0.94. The amplification of heterologous loci in another species of Atta, A. robusta, yielded positive result. One of the microsatellite loci showed significant deviation from... (Complete abstract click electronic access below)
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Revisão taxonômica e análise filogenética do gênero Hylomyrma Forel, 1912 (Formicidae: Myrmicinae: Pogonomyrmecini), com base em dados morfológicos / Taxonomic review and phylogenetic analysis of the genus Hylomyrma Forel, 1912 (Formicidae: Myrmicinae: Pogonomyrmecini), based on morphological data.

Ulysséa, Mônica Antunes 14 July 2017 (has links)
A subfamília Myrmicinae é um grande desafio à sistemática de formigas por ser a maior e mais diversa subfamília de Formicidae, abrangendo cerca de seis mil espécies distribuídas mundialmente. As relações filogenéticas internas desta subfamília são fonte de discussão e incerteza na literatura. Os estudos moleculares desenvolvidos em Attini e Myrmicini (sensu Bolton) representaram os primeiros passos para a compreensão dos clados existentes em Myrmicinae. Recentemente, as 25 tribos estabelecidas para esta subfamília foram reorganizadas em apenas seis Attini, Crematogastrini, Myrmicini, Pogonomyrmecini, Solenopsidini e Stenammini. Hylomyrma Forel, 1912 o grupo objeto deste estudo atualmente pertence à tribo Pogonomyrmecini junto com outros dois gêneros, Patagonomyrmex Johnson & Moreau, 2016 e Pogonomyrmex Mayr, 1868. Hylomyrma é um gênero exclusivamente Neotropical cujas espécies habitam a serapilheira. Em decorrência do hábito críptico das espécies, a diversidade e a história natural do grupo são pouco conhecidas. Desde a revisão realizada por Kempf (1973), que reconheceu 12 espécies para o gênero, poucas foram as espécies incluídas em estudos filogenéticos e apenas uma espécie foi descrita posteriormente. O presente estudo teve por objetivo realizar um estudo de revisão taxonômica a partir da análise de uma quantidade extensa de material e investigar pela primeira vez as relações filogenéticas internas do gênero com base em caracteres morfológicos externos de operárias. Praticamente todos os espécimes-tipo designados para as espécies de Hylomyrma (com exceção do holótipo de H. reginae Kutter, 1977) foram examinados, além de 2.757 exemplares provenientes de 29 instituições. Quinze espécies novas foram reconhecidas, sendo 10 descritas com base tanto em operárias quanto em gines. Novos dados de distribuição foram registrados para as 13 espécies já conhecidas, bem como a descrição de cinco gines e seis machos. Além disso, o estudo taxonômico indica que a presença de espécimes cuja morfologia externa representa um mosaico entre gine e operária (intercastas) não é incomum no grupo, sendo observada para 11 espécies. O estudo filogenético foi realizado a partir de uma matriz composta por 88 caracteres e 31 terminais, sendo três espécies do grupo-externo. As análises de máxima parcimônia (MP) foram realizadas no programa TNT através de buscas tradicionais empregando o algorítmo de rearranjo de ramos TBR com 3.000 réplicas, 10 árvores salvas por réplica, random seed=0 e colapse trees=ON, sob esquemas de pesagem igual e implícitos. Os valores de concavidade (k) utilizados variaram entre 1-25. O suporte dos ramos foi calculado através do índice de Bremer. A análise com pesagem igual resultou em uma árvore com 269.274 passos (IC=0,379 e RI=0,59). Quatro diferentes árvores foram obtidas a partir das análises com pesagem implícita, k1, k3-9, k15 e k20-25. O resultado da análise filogenética corrobora a monofilia de Hylomyrma, com pelo menos nove sinapomorfias sustentando esta hipótese de agrupamento. Três grandes linhagens podem ser reconhecidas em Hylomyrma: A, espécies com tamanho corporal relativamente grande (car. 52, variando de 0,534 a 0,785); B, espécies com face posterior do pró-fêmur lisa (car. 45 1), estriação do primeiro tergito gastral restrita à base do segmento (car. 79 0) e presença de pelos ramificados no primeiro tergito do gáster (car. 85 1), condição posteriormente perdida por Hylomyrma sp. T; e C, caracterizado por espécies cujos pelos apresentam ramificações de tamanho igual (car. 15 0) e superfície dorsal do mesonoto com estriação irregular (car. 19 4). O conhecimento sobre a biologia das espécies de Hylomyrma é ainda bastante incipiente e grande parte das informações é proveniente de dados de rótulo e de raras observações em campo. As espécies deste grupo são comumente coletadas em amostras de serapilheira em florestas úmidas e secas, e plantações em locais ao nível do mar até elevações de 3.600 m. Aparentemente, as colônias de Hylomyrma são bastante pequenas, os ninhos são feitos em pequenos galhos caídos na serapilheira, os indivíduos são capazes de se fingir de mortos (tanatose) (observações pessoais) e as espécies apresentam dieta generalista. Como etapas futuras para a melhor compreensão deste grupo, sugere-se uma análise das relações internas dos gêneros através de ferramentas moleculares e a utilização de caracteres morfológicos de gines, bem como o estudo dos padrões biogeográficos e o estudo mais detalhado das intercastas para o entendimento da evolução de novidades morfológicas. / The subfamily Myrmicinae is a major challenge to ant systematics due to its outstanding diversity, which encompasses nearly six thousand species distributed worldwide. Phylogenetic relationships within this speciose subfamily are still subject to controversy in the literature. Molecular-based studies in Attini and Myrmicini (sensu Bolton) were the first to provide phylogenetic hypotheses for relationships within Myrmicinae. More recently, the twenty-five tribes of Myrmicinae were reorganized into only six Attini, Crematogastrini, Myrmicini, Pogonomyrmecini, Solenopsidini, and Stenammini. Hylomyrma Forel, 1912 the focal group of this study is currently classified in the tribe Pogonomyrmecini, along with two other genera, Patagonomyrmex Johnson & Moreau, 2016 and Pogonomyrmex Mayr, 1868. Members of Hylomyrma are exclusively found in the Neotropics, and live in leaf-litter. Due to their cryptic habits, the diversity and natural history of Hylomyrma species are still poorly known. Since the revision of Kempf (1973), who recognized 12 species in the genus, few representatives of Hylomyrma have been included in phylogenetic studies, and one species was described. Presented here is the first phylogenetic analysis of Hylomyrma based on a comprehensive taxon sampling, which is used as basis for a taxonomic revision of the genus. This study includes data retrieved from first-hand examination of nearly all types (except for the holotype of H. reginae Kutter, 1977), in addition to 2.757 exemplars from 29 institutions. Fifteen new species of Hylomyrma are recognized, ten of which were characterized based on worker and gyne morphology. New distribution records are provided for the thirteen previously known species, as well as morphological descriptions for gynes and males (in five and six species, respectively). Specimens showing features from both gynes and workers were observed in 11 species, suggesting that intercastes are not uncommon in this group. Phylogenetic analyses were performed on a matrix comprising 88 characters and 31 terminal taxa, including three species as outgroups. Maximum parsimony (MP) reconstructions were computed on the software TNT. The traditional search analysis were implemented with 3,000 replicates using the TBR algorithm, 10 trees saved per replication, random seed=0 and colapse trees=ON, under equal and implied weighing schemes. The concavity values (k) used were set between 1-25. The branch support was calculated by Bremer score. Unweighted MP analyses resulted in one cladogram with 269.274 steps (IC=0.379 and RI=0.59). Four different topologies were obtained for the following k intervals k1, k3-9, k15 and k20-25. Results strongly corroborate Hylomyrma as a monophyletic clade defined by nine synapomorphies. Internal phylogenetic relationships indicate three main lineages: A, species with large body lenght (char. 52, ranging from 0.534 to 0.785); B, species with posterior face of the anterior leg shiny (char. 45 1), first gastral tergite with very short striae (char. 79 0) and multibranched hairs (char. 85 1), condition subsequently lost by Hylomyrma sp. T; and C, characterized by species with multibranched hairs, being the branch with the same size (car. 15 0) and irregular striae on mesonotum dorsal side (car. 19 4). Natural history data, still unavailable for most Hylomyrma species, is mostly obtained from labels and scattered field observations. Exemplars are usually collected in leaf-litter samples in wet and dry forests, and cultivated areas from sea level up to elevations at 3,600 m. Hylomyrma colonies are apparently small, nests are made from small branches found in the leaf-litter, and these generalist ants which take on the appearance of being dead when they are threatened (thanatosis) (personal observations). Future developments in the systematics of Hylomyrma should include morphological characters based on gynes and molecular characters to increase the resolution of internal relationships, which will also allow the investigation of biogeographic patterns. A more detailed study of intercastes will shed light on the evolution of morphological novelties in ants.

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