Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Ciências Animais, 2014. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2014-07-17T16:30:20Z No. of bitstreams: 1 2014_BarbaraBritoTocantins.pdf: 7646052 bytes, checksum: 2e7904b9892f30e3e2a05e6559754cc0 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-07-21T15:00:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_BarbaraBritoTocantins.pdf: 7646052 bytes, checksum: 2e7904b9892f30e3e2a05e6559754cc0 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-21T15:00:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_BarbaraBritoTocantins.pdf: 7646052 bytes, checksum: 2e7904b9892f30e3e2a05e6559754cc0 (MD5) / A soroprevalência da laringotraqueíte infecciosa aviária (LTI) foi determinada tendo como unidades de análise galinhas (Gallus gallus) criadas em propriedades rurais não tecnificadas. O estudo epidemiológico foi realizado com base na análise laboratorial do soro das aves e na investigação de fatores de risco associados à ocorrência da infecção por meio de um questionário respondido pelos proprietários dos animais. O diagnóstico de anticorpos contra o vírus da LTI (VLTI) foi realizado pela técnica de Ensaio Imunoenzimático de Fase Líquida (ELISA) após a obtenção de soro colhido de 230 galinhas proveniente de 50 propriedades abrangendo 10 regiões rurais (RR) do Distrito Federal (DF). Das 230 galinhas testadas, 111 apresentaram-se sororreagentes para a doença, indicando uma prevalência de 48,26%, com intervalo de confiança entre 43,26% e 53,26%. Oitenta e dois por cento das propriedades pesquisadas apresentaram ao menos um animal soropositivo para o VLTI. Os parâmetros avaliados pela investigação epidemiológica não identificaram fatores de risco que contribuíram para esta alta prevalência, já que não houve diferenças estatísticas significativas entre animais positivos e os eventos ou manejo a que os animais foram submetidos antes do estudo. Ainda é necessário estabelecer uma rotina diagnóstica e epidemiológica para o VLTI com o intuito de evitar surtos e impactos econômicos. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The seroprevalence of avian infectious laryngotracheitis (LTI) was studied in backyard poultry (Gallus gallus) in the Federal District, Brazil. The epidemiological study was based on laboratory analysis of serum from poultry and associated risk factors for disease occurrence using a questionnaire answered by the bird´s owners. The diagnosis of antibodies against the LTI virus (VLTI) was carried out by ELISA technique (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) of serum from 230 chickens from 50 properties over 10 different rural regions (RR) of the Federal District (DF). One hundred and eleven birds showed positive reaction for the disease, indicating a prevalence of 48,26%, with a confidence interval between 43,26% and 53,26%. Eighty two per cent of those investigated proprieties showed at least one positive animal for VLTI. The parameters evaluated by epidemiological investigation could not identify risk factors that contributed to this high prevalence as there were no significant differences between positive animals and events or management that animals have been submitted prior to study. In addition, is needed to establish diagnostic and epidemiological routine for VLTI in the region to prevent outbreaks and negative economic impacts.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-18T14:52:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2107997 bytes, checksum: 9af3c7a1788cd5f34e07226a97b0fc13 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-18T14:52:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2107997 bytes, checksum: 9af3c7a1788cd5f34e07226a97b0fc13 (MD5) Previous issue date: 2015-07-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A criação de aves em sistemas industrializados vem adquirindo, mundialmente, características que envolvem uma elevada densidade animal, o que, consequentemente, leva ao surgimento de condições epidemiológicas capazes de predisporem ao aparecimento de problemas sanitários. Diante deste contexto, aumenta-se a preocupação com as doenças infecciosas, dentre elas, a Bronquite Infecciosa das Galinhas (BIG), cujo agente etiológico é o Infectious bronchitis virus (IBV). O presente estudo teve como objetivo reconstruir a epidemiologia molecular do IBV, por meio de análises filogenéticas e filogeográficas dos genes estruturais N e S1, para estudo da evolução viral. Estas informações são importantes para estabelecer um padrão de dispersão em um contexto histórico geográfico, entender eventos biológicos no passado relacionados à dinâmica populacional e ajudar no desenvolvimento de estratégias efetivas de controle do IBV. Para isso, foram montados dois bancos de dados com sequências moleculares completas e parciais dos genes N e S1 obtidos no GenBank. O primeiro banco de dados (IBV1) contemplou sequências completas de S1 (N=256) e N (N=154) e o segundo banco de dados (IBV2) foi montado com sequências parciais de S1 (N=390) e N (N=173). Importantes parâmetros para estudo da evolução viral foram analisados nesse trabalho para os genes S1 e N do IBV, incluindo estimativas de eventos de recombinação, taxa de mutação, pressão de seleção, dinâmica populacional e dispersão espacial. Os resultados apontam que, na ausência de uma elevada taxa de mutação e pelo fato da seleção purificadora ser a principal forma de seleção natural no IBV, o processo de recombinação tem um papel fundamental na evolução do IBV. As análises de dinâmica populacional sugerem que, até meados da década de 2000, os diferentes programas de vacinação, juntamente com os métodos de biosseguridade, foram eficazes para controlar o crescimento do tamanho efetivo populacional do IBV. Contudo, a partir de 2007, o aumento da população de variantes do IBV, pode indicar que os protocolos vacinais, usados no presente, não estão sendo mais eficazes. Os resultados das análises de dispersão viral do gene S1 e N foram analisados de forma conjunta, a fim de reconstruir um padrão de dispersão do IBV ao longo de sua história evolutiva. O ponto de origem de todas as cepas atuais do IBV foi a China que, após dispersão local, disseminou para os Estados Unidos e, por conseguinte, se dispersou para diferentes países e continentes até alcançar a ampla distribuição mundial encontrada nos dias atuais. Os principais centros de dispersão atuais do IBV foram a China, Estados Unidos, Brasil, Taiwan e Europa. / The intensification of poultry in industrial systems has acquired, worldwide, features that involve a high stock density, which, consequently, leads to the emergence of epidemiological conditions that may predispose to the appearance of health problems. Given this context, the concern with infectious diseases increases, among the diseases is the Avian Infectious Bronchitis (IB), whose etiologic agent is the Infectious bronchitis virus (IBV). This study aimed to reconstruct the molecular epidemiology of IBV through phylogenetic and phylogeographic analyzes of structural genes N and S1, to the study of viral evolution. These pieces of information are important to establish a pattern of dispersion in a geographical historical context, to understand biological events in the past related to population dynamics and to help develop effective strategies for control of IBV. To establish a better outlook for discussion of IBV molecular epidemiology, there were created two databases with complete and partial molecular sequences of genes N and S1 obtained from GenBank. The first database (IBV1) considered complete sequences of the S1 (N = 256) subunit and of the N (N = 154) gene of IBV. To increase the extension of countries from which sequences are available, a second database (IBV2) was created with partial sequences of the S1 (N = 390) gene and the N (N = 173) gene. Important parameters for the study of viral evolution were analyzed in this work for the S1 and N genes of the IBV, including estimates of recombination events, mutation rate, selection pressure, population dynamics and spatial dispersion. The results show that, in the absence of a high mutation rate and because of the purifying selection to be the main form of natural selection in IBV, the recombination process plays a key role in the evolution of IBV. The analysis of population dynamics suggest that, until the mid-2000s, the different vaccination programs, along with the biosecurity methods have been effective in controlling the growth of effective population size of the IBV. However, since 2007, the increase in the population of IBV variants may indicate that the vaccine protocols, used in the present, have not been effective anymore. The results of analyzes of the viral spread of the gene S1 and N were analyzed together, in order to reconstruct a pattern of the IBV dispersion along its evolutionary history. The point of origin of all current strains of IBV was China, which after local dispersion spread to the United States of America and thus dispersed to different countries and continents until reaching the worldwide distribution found today. The current main scattering centers of the IBV were China, the United States, Brazil, Taiwan and Europe.