Résumé: Introduction : Le rotavirus est la principale cause de gastro-entérite aiguë (GEA) chez les tout-petits à travers le monde. En 2011, le vaccin antirotavirus monovalent (RV1) a été introduit dans le programme de vaccination universel du Québec afin de réduire la morbidité reliée à la gastro-entérite à rotavirus (GERV). Ce mémoire avait pour objectif de décrire les taux d’hospitalisation pour GEA et GERV avant et après l’implantation du programme chez les jeunes enfants estriens (étude d’impact) ainsi que la couverture vaccinale et d’évaluer l’efficacité vaccinale (EV) du RV1 (étude d’efficacité). Méthode : Le jumelage d’une banque de données hospitalières avec le registre régional de vaccination a permis d’extraire une cohorte d’enfants nés au Centre hospitalier universitaire de Sherbrooke (CHUS), vivant en Estrie et âgés de moins de cinq ans durant la période d’étude de juin 2004 à mai 2014 (n = 37 757). Cette cohorte a été suivie de façon rétrospective afin d’examiner les taux annuels d’hospitalisation pour GEA et GERV des années pré- (2004/2005-2010/2011) et post-implantation (2011/2012-2013/2014), globalement et selon diverses caractéristiques socioéconomiques. De plus, l’EV du RV1 a été calculée à l’aide de trois cohortes d’enfants : (1) les enfants vaccinés nés en 2011-2013 (n = 5 033), (2) les enfants non vaccinés nés en 2011-2013 (n = 1 239) et (3) les enfants non vaccinés nés en 2008-2010 (n = 6 436). Résultats : Le taux d’hospitalisation pour GEA a évolué de 81/10 000 enfants de moins de cinq ans en période pré-implantation à 46/10 000 en période post-implantation (réduction relative = 43 %, p < 0,001). Suite à l’implantation du programme, la couverture vaccinale a rapidement augmenté pour atteindre 81 %. Malgré une couverture vaccinale similaire parmi les différents groupes, les plus faibles réductions relatives ont été observées chez les groupes défavorisés. L’EV ajustée pour une série complète était de 62 % (intervalle de confiance [IC] 95 % : 37-77 %) et de 94 % (IC 95 % : 52-99 %) contre les hospitalisations pour GEA et GERV, respectivement. Les enfants vivant dans des quartiers ayant une proportion élevée de familles à faible revenu avaient une EV plus faible contre les hospitalisations pour GEA (30 % contre 78 %, p = 0,027). Conclusion : Trois ans après son introduction dans le programme universel, le RV1 a réduit de façon significative les gastro-entérites sévères chez les jeunes enfants estriens. Ce vaccin est très efficace pour prévenir les hospitalisations pour GERV, particulièrement chez les groupes plus aisés. D’autres études en contexte similaire sont nécessaires pour déterminer les facteurs reliés à une plus faible EV chez les groupes vulnérables. / Abstract: Introduction: Rotavirus is the main cause of acute gastroenteritis (AGE) among young children worldwide. In 2011, the monovalent rotavirus vaccine (RV1) was introduced into the Quebec universal immunization program to reduce morbidity related to rotavirus gastroenteritis (RVGE). This thesis aimed to examine AGE and RVGE hospitalization rates before and after implementation of the program in young children from the Eastern Townships (impact study) and the vaccine coverage, and to assess vaccine effectiveness (VE) of the RV1 (effectiveness study). Methods: The pairing of a tertiary hospital database with the regional immunization registry allowed to extract a cohort of children born at the Centre hospitalier universitaire de Sherbrooke (CHUS), living in Eastern Townships and aged less than five years during the study period from June 2004 to May 2014 (n= 37,757). This cohort was retrospectively followed-up to examine AGE and RVGE annual hospitalization rates of pre- (2004/2005-2010/2011) and post-program years (2011/2012-2013/2014), globally and according to several socioeconomic characteristics. Moreover, RV1 VE was calculated using three children cohorts: (1) vaccinated children born in 2011-2013 (n=5,033), (2) unvaccinated children born in 2011-2013 (n=1,239), and (3) unvaccinated children born in 2008-2010 (n=6,436). Results: AGE hospitalization rates evolved from 81/10,000 children aged less than five years in pre-program period to 46/10,000 in post-program period (relative reduction=43%, p<0.001). Following implementation of the program, vaccine coverage rapidly increased to reach 81%. Despite similar vaccine coverage among different groups, lowest relative reductions were observed in disadvantaged groups. Adjusted VE of a complete series was 62% (95% confidence interval [CI]: 37%-77%) and 94% (95% CI: 52%-99%) against AGE and RVGE hospitalizations, respectively. Children living in neighbourhoods with higher rates of low-income families had lower VE against AGE hospitalizations (30% vs. 78%, p=0.027). Conclusion: Three years following its introduction into the universal vaccination program, RV1 significantly reduced severe gastroenteritis in young children in the Eastern Townships. This vaccine was highly effective to prevent RVGE hospitalizations, particularly among the most well-off. Further studies in similar setting are needed to determine factors related to lower VE among vulnerable groups.

Les gastroentérites aiguës (GEA) représentent un lourd fardeau pour la population pédiatrique. Elles sont responsables d’une mortalité importante, particulièrement chez les enfants de moins de 5 ans dans les pays à faibles revenus, et ont un impact socio-économique non négligeable dans les pays à hauts revenus. La prévalence des différents entéropathogènes potentiellement impliqués dans les GEA varie selon les études, dépendamment de la technique diagnostique utilisée, de la population étudiée – âge des patients, co-morbidités, situation géographique et socio-économique – et du moment où l’étude a été réalisée.Campylobacter est l’un des pathogènes entériques majeurs dans les pays à hauts revenus. Les espèces Campylobacter jejuni et coli sont les plus fréquemment retrouvées par les méthodes de culture sur des milieux sélectifs utilisées en routine dans la plupart des laboratoires de microbiologie. Cependant l’utilisation d’autres méthodes, comme la technique « de filtration » ou les techniques de PCR, permet de mettre en évidence d’autres campylobacters tels que Campylobacter concisus dont le rôle dans les GEA est sujet à controverse.Dans ce contexte, l’objectif général de ce travail de thèse est l’amélioration de la prise en charge diagnostique des GEA en pédiatrie à Bruxelles. Cet objectif se détaille en deux sousobjectifs: d’abord une étude de prévalence des entéropathogènes - et potentiels entéropathogènes -, ensuite une amélioration de techniques diagnostiques. Ces éléments sont détaillés ci-dessous.La première partie de ce travail nous a permis de recruter deux groupes de patients :l’un atteint de GEA (185 cas) et l’autre asymptomatique (179 témoins), mais comparables notamment en termes d’âge, de fréquentation de la crèche ou de l’école, de vaccination contre rotavirus, et de traitement par antibiotique. Au vu des techniques diagnostiques utilisées dans notre étude, Campylobacter jejuni-coli était le principal reponsable de GEA dans notre population (14% des cas), suivi de rotavirus (11% des cas). Seules 6 souches de C. concisus ont pu être retrouvées parmi les cas et 4 parmi les contrôles, ceci ne nous permettant pas de tirer de conclusions quant à un éventuel rôle de ce germe.Malgré une couverture vaccinale satisfaisante de plus de 80% parmi les cas et les témoins recrutés, rotavirus reste le deuxième entéropathogène en termes d’importance avec 11% des cas infectés dans la population étudiée. Si le calcul de l’efficacité vaccinale réalisé dans la seconde partie de ce travail n’a pas montré de résultat statistiquement significatif, les enfants de moins de 12 mois comptaient significativement plus de cas de GEA à rotavirus chez les non vaccinés que chez les vaccinés. La couverture vaccinale pourrait donc encore être améliorée afin de mieux couvrir cet âge à risque de GEA compliquée.Le faible nombre de souches de C. concisus retrouvé dans la première partie du travail nous a poussé à tenter d’améliorer la technique de culture dite « de filtration » utilisée au LHUB-ULB pour la mise en évidence des campylobacters, particulièrement des « non jejuni-coli ». En trois étapes, nous avons pu montrer la supériorité de la combinaison comprenant la gélose Columbia contenant 5% de sang de mouton, avec des filtres en polycarbonate comportant des pores de 0,60 μm de diamètre et une mise en culture dans une atmosphère microaérophile enrichie en hydrogène (7%) afin d’obtenir une meilleure sensibilité de la technique de filtration. Ces améliorations ont fait passer C. concisus en première position en termes de fréquence de Campylobacter, devant C. jejuni.Cette proposition de standardisation de la méthode permettra de faciliter la comparaison de futures études sur le sujet et d’augmenter le nombre de souches de C. concisus isolées afin de tester les hypothèses proposées de génotypes potentiellement pathogènes et de facteurs devirulence sur un échantillon plus large de souches.Parmi les techniques diagnostiques actuelles en microbiologie, les méthodes basées sur l’amplification d’acides nucléiques sont passées sur le devant de la scène, attrayantes par leur rapidité de résultats et par leur haut taux de réponse positive. L’une de ces techniques, le Luminex xTAG GPP a pu être testé sur les échantillons des cas et des témoins. Les résultats soulèvent quelques questions concernant l’utilité de cette technique pour la prise en charge clinique des patients au vu des hauts taux de positivité chez cas et témoins impliquant une réserve dans l’interprétation des résultats, particulièrement pour Salmonella. Certains faux négatifs gênent également l’implémentation en routine de ce test :certaines bactéries retrouvées en culture (Shigella, Yersinia, Campylobacter) ne sont pas détectées par le Luminex. Son intérêt est donc faible en clinique dans l’état actuel de la méthode.Ce travail permet de poser des balises pour l’interprétation des tests microbiologiques effectués et d’attirer l’attention des cliniciens sur l’importance de rester critique en ce qui concerne les résutats obtenus :un résultat positif n’indique pas systématiquement que l’entéropathogène détecté est responsable de la clinique présentée et un négatif ne l’absout pas pour autant. Pareillement, les microbiologistes doivent connaître les besoins des cliniciens afin de proposer des tests qui peuvent y répondre, tant en réduisant le délai de réponse qu’en améliorant la pertinence de celle-ci, selon le contexte de la demande :un individu malade, une prise en charge d’épidémie, une étude épidémiologique. Autant de situations où une discussion et une réflexion sont nécessaires afin d’améliorer la prise en charge des patients et d’éliminer les tests inadéquats générant des coûts inutiles pour le patient, l’hôpital et la société. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les épidémies de gastro-entérite aigüe liées à l’eau du robinet demeurent un enjeu de santé publique au 21ème siècle dans les pays développés. La majorité des dispositifs de surveillance mis en place dans les pays se caractérisent par une sous-déclaration. En France, l’amélioration de la surveillance de ces évènements repose sur l’exploitation des données de l’Assurance Maladie. L’objectif de notre travail est de proposer une méthode pour améliorer la sensibilité et la spécificité de la détection des épidémies de gastro-entérite aigüe d’origine hydrique. Trois études ont été menées pour i) évaluer la capacité des données de l’Assurance Maladie à décrire des épidémies de gastro-entérite aigüe d’origine hydrique, ii) adapter une méthode de détection spatio-temporelle en intégrant l’exposition à l’eau du robinet, iii) évaluer les performances de cette méthode. Notre travail a permis de développer une méthode de détection spatio-temporelle des épidémies hydriques en tenant compte des unités géographiques de distribution d’eau avec une bonne sensibilité et une bonne valeur prédictive positive. Les performances de détection sont principalement liées à la taille de l’épidémie. La capacité des données de l’Assurance Maladie à détecter des épidémies d’origine hydrique peut être influencée par les habitudes de recours aux soins, la sensibilisation de la population au risque infectieux d’origine hydrique et le niveau d’agrégation temporel des cas de gastro-entérite aigüe. La finalité de nos travaux de recherche est l’application opérationnelle pour la détection automatisée des épidémies hydriques dans une finalité de prévention et de réduction de leur impact sanitaire. / Waterborne disease outbreaks (WBDO) of acute gastrointestinal illness remain a public health concern in the 21st century in developed countries. Almost all surveillance systems implemented in countries are characterized by underreporting. In France, the improvement of monitoring these events is based on the use of data from the French Health Insurance. The aim of our work was to propose a method to improve the sensitivity and specificity of the detection of WBDO. Three studies were conducted to i) evaluate the ability of French Health Insurance data to describe WBDO ii) apply a method of space-time detection by integrating the exposure to tap water, iii) evaluate the performance of this method. Our work allowed developing a method of space-time detection of WBDO by taking into account geographical units for drinking water networks units with a good sensitivity and positive predictive value. The performances for detection are mainly related to the size of the epidemic. The ability of the data from the French Health Insurance to detect WBDO can be influenced by the health-seeking behavior of people, awareness of the population to the risk of WBDO and the temporal aggregation level of cases of acute gastrointestinal illness. The purpose of our research is to carry out an operational design for the automated detection of WBDO in a purpose of prevention and reduction of health impact.