Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2011. / Submitted by Luiza Moreira Camargo (luizaamc@gmail.com) on 2011-06-22T19:59:45Z No. of bitstreams: 1 2011_AdrianaRodriguesReiseSilva.pdf: 1383850 bytes, checksum: bda6f54e30bfc4599edf47cbaa38c1f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Guilherme Lourenço Machado(gui.admin@gmail.com) on 2011-06-27T13:32:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_AdrianaRodriguesReiseSilva.pdf: 1383850 bytes, checksum: bda6f54e30bfc4599edf47cbaa38c1f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-27T13:32:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_AdrianaRodriguesReiseSilva.pdf: 1383850 bytes, checksum: bda6f54e30bfc4599edf47cbaa38c1f4 (MD5) / A metilação do DNA nos estágios iniciais de desenvolvimento embrionário tem sido considerada importante para a reprogramação diferenciada dos genomas parentais, para a ativação transcricional do genoma embrionário (AGE) e o completo desenvolvimento. No entanto, a dinâmica da metilação do DNA (DM-DNA) parece diferir entre espécies e pode ser alterada pelo ambiente in vitro. Neste sentido, o coelho aparece como um modelo pertinente para a análise dos eventos epigenéticos envolvidos na regulação da AGE, apresentando uma AGE tardia como a maioria dos mamíferos. Além disso, nestes animais, embriões desenvolvidos tanto in vivo como in vitro são de fácil obtenção, o que é de grande interesse. No entanto, a variação da metilação do DNA nunca foi quantificada durante o desenvolvimento pré-implantação de embriões de coelhos desenvolvidos in vivo e a desmetilação do pró-núcleo paterno é ainda controversa nestes animais. Este estudo relatou a dinâmica da reprogramação da metilação do DNA em embriões de coelhos desenvolvidos in vivo (DIV) e cultivados in vitro (CIV) nos estágios de uma célula a blastocisto. Embriões cultivados in vitro foram coletados após a fecundação in vivo e cultivados em meio B2. Os embriões foram imunomarcados com anticorpos anti 5-metilcitosina e o DNA marcado com EthD-2. Em seguida foi realizada a quantificação da imunofluorescência. Os resultados mostraram que a DM-DNA foi diferente entre os pró-núcleos materno e paterno de zigotos DIV. O pró-núcleo materno apresentou um nível constante de metilação durante o estágio de uma célula, resultando em uma metilação de manutenção durante a replicação do DNA. Por outro lado, no pró-núcleo paterno uma desmetilação parcial ocorreu antes da replicação, provavelmente por uma desmetilação ativa do DNA, enquanto uma metilação de manutenção ocorrreu durante a fase S. Além disso, uma desmetilação ocorreu durante as clivagens celulares em embriões DIV e CIV. Mas, a DM-DNA foi diferente entre os grupos de DIV e CIV. Este estudo forneceu a primeira descrição detalhada da DM-DNA em embriões de coelhos e em conjunto, a extensão destes resultados in vivo abre caminho para uma análise das consequências de diferentes condições de cultivo in vitro na metilção do DNA. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / DNA methylation in the early embryo has been considered important for differential parental genome reprogramming, embryonic genome transcriptional activation (EGA) and further development. However, DNA methylation dynamics (DNA-MD) seems to differ among species and may be altered by the in vitro culture environment. The rabbit thus appears to be a pertinent model for analyses of the epigenetic events involved in EGA regulation due to its delayed EGA as in most mammals. Moreover, in these animals, both in vivo and in vitro developed embryos are easy to obtain. However, the variation of DNA methylation was never quantified during the preimplantation development of in vivo-developed rabbit embryos and paternal pronucleus demethylation is still controversial in these animals. This study reported DNA-MD in in vivo-developed (IVD) and in vitro cultured (IVC) rabbit embryos from one cell to the blastocyst stage. IVC embryos were collected after in vivo fertilization and cultured in B2 medium. Immunostaining for 5-methyl cytosine and DNA labeling by EthD2 were performed and the embryos were analyzed by fluorescence quantification. The results showed that DNA-MD differed between the maternal and paternal pronuclei in IVD zygotes. The maternal pronucleus displayed a constant DNA methylation level over the one cell stage, resulting in a maintenance methylation throughout DNA replication. On the other hand, in the paternal pronucleus, partial demethylation occurred before replication, probably by active DNA demethylation, while a maintenance methylation took place over the S-phase. Moreover, a demethylation took place during cell cleavages in IVD and IVC rabbit embryos. Nonetheless, DNA-MD differed between the IVD and IVC groups. This study provided the first detailed description of DNA-MD in rabbit embryos and taken together, the extent of these in vivo results paves the way to the analysis of the consequences of different in vitro culture conditions in DNA methylation.

Submitted by Marcos Anselmo (marcos.anselmo@unipampa.edu.br) on 2016-09-12T14:04:28Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) THAIS MARIA BENTO PIRES LOPA.pdf: 1723701 bytes, checksum: 15bddce3f3af02db9d84d441abc84c12 (MD5) / Approved for entry into archive by Marcos Anselmo (marcos.anselmo@unipampa.edu.br) on 2016-09-12T14:05:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) THAIS MARIA BENTO PIRES LOPA.pdf: 1723701 bytes, checksum: 15bddce3f3af02db9d84d441abc84c12 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-12T14:05:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) THAIS MARIA BENTO PIRES LOPA.pdf: 1723701 bytes, checksum: 15bddce3f3af02db9d84d441abc84c12 (MD5) Previous issue date: 2015-09-15 / As raças sintéticas, oriundas do cruzamento do Bos taurus indicus com Bos taurus taurus, como o Braford, vêm conquistando muitos criadores pela capacidade de adaptação a diversos ambientes, mantendo bom desempenho produtivo e reprodutivo. Atualmente, devido aos altos custos, a busca por eficiência no sistema de produção é crescente e selecionar animais pelo melhor desempenho, priorizando as características de maior retorno econômico, mostra-se de extrema importância. A ferramenta utilizada para aumentar a frequência dos alelos favoráveis numa população é o melhoramento genético. Entretanto, este processo pode levar a alterações significativas na estrutura genética da população resultando num aumento da homozigose, endogamia e diminuição da diversidade genética da população. Esta é muito importante pois otimiza a capacidade de adaptação e chance de sobrevivência, sendo fundamental para manter o progresso genético.. Por estes motivos, é fundamental monitorar a estrutura genética das populações sob seleção para manter baixas as taxas de endogamia e garantir o progresso genético. A partir dessa premissa se objetivou caracterizar a estrutura populacional da raça Braford, com um histórico de seleção de mais de 30 anos, verificando as principais variáveis influenciadas pelas estratégias de seleção como endogamia, tamanho efetivo populacional (Ne) e intervalo de gerações. Verificar o perfil genético dos dez principais touros pais através da comparação das médias das diferenças esperadas na progênie (DEPs) dos seus descendentes (7.142 filhos) com a população avaliada no programa genético PampaPlus para as características de peso ao nascer (PN), peso a desmama (PD), peso ao sobreano (PS), perímetro escrotal (PE) e para o índice de classificação final do programa (IQG), verificando os níveis médios de endogamia fornecidos pelo programa. O arquivo de pedigree contêm 278.095 informações e os resultados da análise populacional foi obtido através do programa de análise populacional POPREP. O estudo demonstrou que a integridade do pedigree está melhorando no decorrer dos anos, o que beneficia a acurácia das avaliações genéticas. O intervalo médio de gerações foi de 5,8 anos e se observou um gradual aumento da idade média dos pais ao nascimento dos filhos, maior longevidade reprodutiva das matrizes e baixa reposição dos reprodutores. O aumento do coeficiente de endogamia por ano é consideravelmente baixo, 0,000116, porém o número de animais endogâmicos está crescendo com um coeficiente médio de endogamia nos últimos cinco anos (2008 a 2013) de 4,8%, e deve ser monitorado para não afetar o progresso genético da população. O Ne através do censo dos pais e coeficiente de endogamia individual foi de 3.363 e 160 respectivamente, valores estes distantes do limite considerado preocupante, indicando haver variabilidade genética. No perfil genético dos touros pais se observou superioridade em 50% dessas linhagens mostrando progresso genético dentro da raça. O nível médio de endogamia dos descendentes apurado (0,0085) indica que os criadores ainda podem utilizar a genética destas linhagens, pois há diferenças entre elas. O aumento do número de criadores e de animais registrados indica expansão da raça, porém apenas 30% dos criatórios de Braford fazem avaliação genética. Concluindo-se que muito ainda pode ser feito no melhoramento genético do Braford, pois os parâmetros populacionais encontram-se preservados e os ganhos genéticos podem ser incrementados através de um trabalho de seleção orientado. / Synthetic breeds produced by crossing Bos taurus indicus and Bos taurus taurus, as the Braford, have gained many breeders due to their resilience to perform under harsh environments and good productive and reproductive performance. Currently, due to high production costs, the search for efficiency in beef cattle production systems is increasing and selection of animals for performance, prioritizing traits of higher economic value has proved to be extremely important. The tool used to increase the frequency of favorable alleles in a population is the genetic improvement. However, this process can lead to significant changes in the genetic structure of populations resulting in increased homozygosity, inbreeding and reduction of genetic diversity, which is very important to optimize the adaptability and allow sustained genetic progress. For these reasons, it is essential to monitor the genetic structure of populations under selection in order to maintain low inbreeding rates and ensure genetic progress. Given this premise, the main goal of this work was to characterize the population structure of Brazilian Braford breed included in its studbook in order to quantify the variables that might be influenced by the selection strategies such as inbreeding, effective population size (Ne) and generation interval; assess the genetic profile of the top ten Braford bulls by comparing the averages of expected progeny differences (EPDs) with the population evaluated in the genetic program PampaPlus for birth weight (BW), weaning weight (WW), yearling weight (YW), yearling scrotal (SC), final index ranking (FIR) and the average levels of inbreeding provided by the program. The pedigree file containing 278,095 records was analyzed and the parameters were computed using the program POPREP. The study showed that pedigree integrity is improving over the years, which benefits the accuracy of genetic evaluations. The average generation interval was 5.8 years and it was observed a gradual increase in the average age of parents at the birth of their progeny, an increase in reproductive longevity of dams and low sire replacement. The increase in the inbreeding coefficient over the years is considerably low (F = 0.000116, but the number of inbred animals is growing with an average coefficient of inbreeding in the last five years years (2008 to 2013) of 4.8% and it should be monitored in the population to not affect the genetic progress. The effective population size calculated trough the census of parents and individual inbreeding coefficient were 3.363 and 160 respectively, being distant from the limit considered dangerous and indicating the existence of good genetic variability for effective selection. The genetic profile of the ten main bulls showed superiority in 50% of the lines indicating genetic progress within the breed. The progenies´ inbreeding coefficient (F = 0.0085) indicates that breeders can use these genetic lines since there are genetic variation among them. The increase in the number of breeders and purebred animals indicates expansion of the breed. Notwithstanding, only 30% of the Braford breeders are enrolled in the Braford improvement program. In conclusion, the Braford population studied has plenty of genetic variation to be used in selection and there is a good potential of genetic gains to be achieved through genetic improvement programs.

O objetivo foi avaliar o desempenho produtivo e o rendimento de carcaça de diferentes linhagens e sexagem de frangos de corte. O trabalho foi realizado na UTFPR com 576 aves das linhagens Cobb, Ross e Hubbard, dispostas nas sexagem macho, fêmea ou misto, dispostos em delineamento inteiramente casualizado (DIC), num bifatorial 3 x 3 (linhagens x sexagem), com quatro repetições em cada tratamento e 16 aves em cada unidade experimental. Realizado o acompanhamento diário, com pesagens e cálculos de consumo de ração e conversão alimentar semanal. No abate, foi realizado o rendimento de carcaça e dos cortes de cada tratamento. Em outro comparativo, foram utilizados dados de 141 lotes abatidos no período de fevereiro a dezembro de 2012, referentes a produtores integrados a cooperativa avícola da Região Sudoeste do Paraná, com os dados de desempenho das mesmas linhagens e sexagens. Para análise dos dados através do programa estatístico Assistat. O peso vivo, ganho de peso, consumo de ração e conversão alimentar apresentaram diferenças significativas no decorrer das fases avaliadas, porém, no final não houve diferenças significativas. O desempenho dos machos apresentou-se superioridade em todas as variáveis. No rendimento de carcaça não foi possível observar diferenças significativas entre as linhagens e sexagens das aves, mas para alguns cortes destaca-se a linhagem Cobb. Nos dados dos lotes a linhagem Hubbard apresentou melhores resultados de mortalidade, peso vivo, ganho de peso diário, conversão alimentar, índice de eficiência produtiva e densidade. Houve interação entre linhagem e sexagem, apresentando os machos Hubbard o melhor desempenho zootécnico. Existem diferenças zootécnicas entre as linhagens e a sexagem utilizadas na avicultura de corte. / The objective was to evaluate the performance and carcass yield of different strains and sexing of broilers. The study was conducted at UTFPR with 576 birds of Cobb, Ross and Hubbard, arranged as male, female or mixed sexing, arranged in a completely randomized design (DIC) in a 3 x 3 factorial (strains x sexing), with four replications in each treatment and 16 birds in each experimental unit. Conducted daily monitoring, with weighing and calculation of feed intake and feed conversion weekly. At slaughter, carcass yield and cuts of each treatment was performed. Data were used from 141 slaughtered batches from February a December, 2012, relating to integrated poultry cooperative in the Southwest Region of Paraná, with the performance data of the same lines and sexagens producers in other comparative. For data analysis using the statistical program Assistat. Body weight, weight gain, feed intake and feed conversion were significantly on over the course of the evaluated phases differences, but in the end there were no significant differences. The performance of male presented superior in all parameters. Carcass yield was not observed significant differences between strains and sexagens birds but for some highlights cuts to Cobb. On data from the batches Hubbard provided higher mortality, body weight, daily weight gain, feed efficiency, productive efficiency and density. There was interaction between strain and sexing, presenting the best male Hubbard animal performance. There are differences between animal husbandry and sexing strains used in poultry production.