RIBEIRO, Eliana Matos.Isolamento e caracterização parcial dos Genes beta-actina e miosina de cadeia pesada do Camarão rosa Farfantepenaeus subtilis. 2009. 107f. Dissertação(Mestrado em Engenharia de Pesca) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Maria Naires Souza (marianaires@ufc.br) on 2011-12-02T23:19:34Z No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Nascimento(vieiraaline@yahoo.com.br) on 2011-12-08T12:07:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-12-08T12:07:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) Previous issue date: 2009-03-04 / The penaeid shrimp Farfantepenaeus subtilis is an important native species for fisheries industry in Brazil. Among marine shrimps of commercial importance, penaeids are recognized as a valuable resource for fishery and aquaculture in tropical and subtropical regions. However, data on these species is extremely reduced, especially concerning genetic elements involved in animal muscle growth. Therefore, aiming at identifying shrimp genes directly associated with muscle contraction in this research, beta-actin and myosin heavy chain genes of the pink shrimp F. subtilis were isolated from its muscular abdominal and partially sequenced. Shrimps collected from Pacoti estuary, Ceará, were first identified through taxonomy and, then, through DNA amplification followed by sequencing of Cytochrome Oxidase subunit I (COI) and 16S. From fresh shrimp tissues, total RNA was extracted and complementary cDNA was obtained. Based on specific primers designed after sequence alignments performed against sequences at GenBank/NCBI, genes were amplified from RT-PCR (reverse transcriptase - polimerase chain reaction) and sequenced. A 760bp partial F. subtilis beta-actin cDNA fragment was obtained, while the partial F. subtilis myosin heavy chain cDNA was 570bp long. Sequence analyses using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) program indicated that F. subtilis beta-actin gene product is very similar to betaactin of other species of shrimps, while the myosin heavy chain protein is highly homologous to crustacean myosins heavy chain, confirming the identity of the isolated gene sequences. Alignment of these gene sequences with other sequences in GenBank showed high similarity with Penaeus monodon (93%) and Farfantepenaeus paulensis (88%). Results have showed the feasibility of partial gene identification as a means to identify genes of strategic interest. These data would help further attempts to elucidate the complete isolation of these genes, as well as the detection of other important genes, especially from shrimp species occurring at the Brazilian coast. Genes analyses involved with muscle growth might provide important genetic information on native species that are overexploited and may be viable for the shrimp cultivation. In addition, these data might also benefit the scientific community, improving a range of research areas such as physiology, phylogeny and evolution of penaeids / O camarão peneídeo Farfantepenaeus subtilis é uma importante espécie nativa do litoral nordestino que possui uma grande ocorrência na pesca. Dentre os camarões marinhos de importância comercial, os peneídeos se destacam por constituírem um valioso recurso para pesca e aqüicultura em regiões tropicais e subtropicais. Entretanto, a disponibilidade de informações sobre essas espécies é bastante escassa, principalmente em relação à estrutura genética que atua no crescimento muscular desses animais. Tendo como objetivo identificar genes envolvidos na contração muscular de camarões, neste trabalho foram parcialmente isolados e seqüenciados os genes de betaactina e miosina de cadeia pesada do camarão rosa F. subtilis, a partir do cDNA do músculo abdominal. Para tanto, camarões coletados no estuário do rio Pacoti, estado do Ceará, foram inicialmente identificados taxonomicamente e, depois através de amplificação de DNA seguida por sequenciamento das regiões citocromo oxidase subunidade I (COI) e 16S. Utilizando-se os tecidos frescos dos camarões, foi extraído o RNA total e foram obtidos os respectivos DNAs complementares (cDNAs). Baseado na construção de primers específicos a partir do alinhamento entre sequências descritas no Genbank/NCBI, os genes foram isolados por meio de RT-PCR (Reação em Cadeia da Polimerase através da transcriptase reversa) e seqüenciados. Foi obtido um fragmento parcial de 760 pares de base para o cDNA de beta-actina e para o cDNA de miosina de cadeia pesada foi obtido um fragmento de 570 pares de base. Análises das sequências realizadas pela ferramenta BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) revelaram alta similaridade com outras beta-actinas e miosinas de camarões, confirmando a identidade das sequências genéticas isoladas. Como resultado do alinhamento pareado entre as sequências desses genes obtidos no trabalho com as de outras espécies presentes no GenBank, pôde-se observar que as maiores similaridades foram com Penaeus monodon (93%) e com Farfantepenaeus paulensis (88%). Os resultados obtidos neste estudo demonstraram a viabilidade da metodologia utilizada na identificação de genes relacionados com características importantes. Esses dados irão facilitar o isolamento completo das sequências desses genes, além de contribuir para incentivar a identificação de outros genes importantes em camarões, principalmente os nativos do Brasil. Análise de genes que atuam desenvolvimento do tecido muscular do animal poderá fornecer informações genéticas importantes acerca de uma espécie nativa que está sendo superexplorada e que poderá ser viável para cultivo. Outrossim, esses dados beneficiarão a comunidade científica, servindo como base para estudos de fisiologia, filogenia e evolução em peneídeos

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O camarÃo peneÃdeo Farfantepenaeus subtilis à uma importante espÃcie nativa do litoral nordestino que possui uma grande ocorrÃncia na pesca. Dentre os camarÃes marinhos de importÃncia comercial, os peneÃdeos se destacam por constituÃrem um valioso recurso para pesca e aqÃicultura em regiÃes tropicais e subtropicais. Entretanto, a disponibilidade de informaÃÃes sobre essas espÃcies à bastante escassa, principalmente em relaÃÃo à estrutura genÃtica que atua no crescimento muscular desses animais. Tendo como objetivo identificar genes envolvidos na contraÃÃo muscular de camarÃes, neste trabalho foram parcialmente isolados e seqÃenciados os genes de betaactina e miosina de cadeia pesada do camarÃo rosa F. subtilis, a partir do cDNA do mÃsculo abdominal. Para tanto, camarÃes coletados no estuÃrio do rio Pacoti, estado do CearÃ, foram inicialmente identificados taxonomicamente e, depois atravÃs de amplificaÃÃo de DNA seguida por sequenciamento das regiÃes citocromo oxidase subunidade I (COI) e 16S. Utilizando-se os tecidos frescos dos camarÃes, foi extraÃdo o RNA total e foram obtidos os respectivos DNAs complementares (cDNAs). Baseado na construÃÃo de primers especÃficos a partir do alinhamento entre sequÃncias descritas no Genbank/NCBI, os genes foram isolados por meio de RT-PCR (ReaÃÃo em Cadeia da Polimerase atravÃs da transcriptase reversa) e seqÃenciados. Foi obtido um fragmento parcial de 760 pares de base para o cDNA de beta-actina e para o cDNA de miosina de cadeia pesada foi obtido um fragmento de 570 pares de base. AnÃlises das sequÃncias realizadas pela ferramenta BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) revelaram alta similaridade com outras beta-actinas e miosinas de camarÃes, confirmando a identidade das sequÃncias genÃticas isoladas. Como resultado do alinhamento pareado entre as sequÃncias desses genes obtidos no trabalho com as de outras espÃcies presentes no GenBank, pÃde-se observar que as maiores similaridades foram com Penaeus monodon (93%) e com Farfantepenaeus paulensis (88%). Os resultados obtidos neste estudo demonstraram a viabilidade da metodologia utilizada na identificaÃÃo de genes relacionados com caracterÃsticas importantes. Esses dados irÃo facilitar o isolamento completo das sequÃncias desses genes, alÃm de contribuir para incentivar a identificaÃÃo de outros genes importantes em camarÃes, principalmente os nativos do Brasil. AnÃlise de genes que atuam desenvolvimento do tecido muscular do animal poderà fornecer informaÃÃes genÃticas importantes acerca de uma espÃcie nativa que està sendo superexplorada e que poderà ser viÃvel para cultivo. Outrossim, esses dados beneficiarÃo a comunidade cientÃfica, servindo como base para estudos de fisiologia, filogenia e evoluÃÃo em peneÃdeos / The penaeid shrimp Farfantepenaeus subtilis is an important native species for fisheries industry in Brazil. Among marine shrimps of commercial importance, penaeids are recognized as a valuable resource for fishery and aquaculture in tropical and subtropical regions. However, data on these species is extremely reduced, especially concerning genetic elements involved in animal muscle growth. Therefore, aiming at identifying shrimp genes directly associated with muscle contraction in this research, beta-actin and myosin heavy chain genes of the pink shrimp F. subtilis were isolated from its muscular abdominal and partially sequenced. Shrimps collected from Pacoti estuary, CearÃ, were first identified through taxonomy and, then, through DNA amplification followed by sequencing of Cytochrome Oxidase subunit I (COI) and 16S. From fresh shrimp tissues, total RNA was extracted and complementary cDNA was obtained. Based on specific primers designed after sequence alignments performed against sequences at GenBank/NCBI, genes were amplified from RT-PCR (reverse transcriptase - polimerase chain reaction) and sequenced. A 760bp partial F. subtilis beta-actin cDNA fragment was obtained, while the partial F. subtilis myosin heavy chain cDNA was 570bp long. Sequence analyses using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) program indicated that F. subtilis beta-actin gene product is very similar to betaactin of other species of shrimps, while the myosin heavy chain protein is highly homologous to crustacean myosins heavy chain, confirming the identity of the isolated gene sequences. Alignment of these gene sequences with other sequences in GenBank showed high similarity with Penaeus monodon (93%) and Farfantepenaeus paulensis (88%). Results have showed the feasibility of partial gene identification as a means to identify genes of strategic interest. These data would help further attempts to elucidate the complete isolation of these genes, as well as the detection of other important genes, especially from shrimp species occurring at the Brazilian coast. Genes analyses involved with muscle growth might provide important genetic information on native species that are overexploited and may be viable for the shrimp cultivation. In addition, these data might also benefit the scientific community, improving a range of research areas such as physiology, phylogeny and evolution of penaeids