Submitted by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-10-31T18:09:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) FINAL_Dissertação_Emily_-merged.pdf: 1720360 bytes, checksum: 3ac1b4f683fc14f20cfd1e063914a0da (MD5) / Approved for entry into archive by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-10-31T18:10:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) FINAL_Dissertação_Emily_-merged.pdf: 1720360 bytes, checksum: 3ac1b4f683fc14f20cfd1e063914a0da (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-31T18:10:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) FINAL_Dissertação_Emily_-merged.pdf: 1720360 bytes, checksum: 3ac1b4f683fc14f20cfd1e063914a0da (MD5) Previous issue date: 2018-09-13 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O câncer, de acordo com a Globocan, 2018, foi responsável por uma taxa de 8,2 milhões de mortes e 14,1 milhões de casos novos. No que diz respeito especificamente à incidência de câncer gástrico (CG), para o estado do Pará, estima-se no ano de2018 um número de homens afetados de 23,30 e 11,45 de mulheres. No desenvolvimento do adenocarcinoma gástrico foram identificadas alterações moleculares significativamente aumentadas em vias metabólicas. Um desses elementos são os miRNAS, pequenos RNAs não codificantes que atuam na regulação da expressão gênica e podem agir como oncogenes ou supressores tumorais. O objetivo deste estudo foi investigar a possibilidade de genes das amostras tumorais depositadas no banco de dados Atlas Genômico do Câncer (TCGA) de serem modificados por miRNAs diferencialmente expressos. A análise foi realizada por plataforma de sequenciamento, RNA-Seq, e utilizou o software R-peridot na análise de expressão diferencial de microRNAs, o resultado identificou seis miRNAs alterados significativamente. Em seguida a plataforma miRTargetLink Human foi empregada e identificou oito genes alvos desses miRNAs entre amostras tumorais e seus correspondentes tecidos adjacentes no CG. As análises funcionais mostraram genes que participam de três vias metabólicas importantes associadas ao câncer: adesão focal, via de sinalização RAP1 e pela via de sinalização de cálcio. Por fim, a utilização do cálculo Z-Score confirmou os achados significantes. / The cancer, according to Globocan, in 2018, was responsible for a rate of 8.2 million deaths and about 14.1 million new cases. Regarding the analysis of gastric cancer (GC), in the state of Pará, it was estimated that for the year 2018 the number of affected men would be 23.30 and 11.45 for women. In the development of gastric adenocarcinoma, several significantly increased molecular alterations were identified when compared to non-cancerous tissues. One of these elements are miRNAS, small non-coding RNAs that act on the regulation of gene expression and can act as oncogenes or tumor suppressors. The objective of this study was to investigate the possibility of genes from tumor samples (deposited in The Cancer Genome Atlas - TCGA database) to be modified by differentially expressed miRNAs. The analysis was performed by sequencing platform, RNA-Seq, and used the software R-peridot in differential expression analysis, whose result identified six miRNAs. Next, the miRTargetLink Human platform identified eight miRNA target genes between tumor samples and their corresponding adjacent CG tissues. Functional analyzes identified important genes that can be enriched by three pathways associated with cancer: focal adhesion, RAP1 signaling pathway and calcium signaling pathway. Finally, the use of the Z-Score calculation confirmed significant findings.

Os compostos de origem microbiana tem readquirido interesse pela biodisponibilidade, especificidade de alvo e diversidade química, mas as vias biosintéticas permanecem crípticas em condições de cultura. Uma estratégia para expressa-las é a super-expressão de genes ativadores. O laboratório de Bio-Produtos no ICB na USP tem trabalhado com Streptomyces olindensis produtor da Cosmomicina D uma molécula com atividade antitumoral de interesse devido ao padrão de glicosilação. O genoma de S. olindensis foi sequenciado e submetido ao NCBI (JJOH00000000) e utilizando o software antiSMASH foram identificados 33 clusters envolvidos na produção de metabolitos secundários. Encontraram-se clusters gênicos para a produção de metabolitos como Melanina, Geosmina, entre outros. Além, foi realizada uma analise de genômica comparativa para caracterizar e anotar as 22 vias biossintéticas desconhecidas em S. olindensis. Finalmente, escolheram-se a via do aminociclitol e um Policetídeo Tipo I para a super-expressão de genes reguladores levando a detecção do composto sob condições de cultura. / Microbial metabolites regain interest due to its bioavailability, target specificity and chemical diversity, but the biosynthetic pathways remain silenced under culture conditions. A strategy to obtain them is the over expression of regulatory genes. Bio-products laboratory at USP has been working with Streptomyces olindensis, products of Cosmomycin D, an antitumoral molecule with a distinctive glycosylation pattern. S. olindensis genome was sequenced and submitted to NCBI (JJOH00000000) and employing antiSMASH server 33 secondary metabolite related clusters were identified. Known pathways were found such as genes for melanin production, Geosmin and others. Additionally, a comparative genomic approach was used to characterize the 22 biosynthetic unknown pathways described in S. olindensis. Subsequently, Aminocyclitol and Polyketide Type I were chosen to evaluated, over expressing the regulatory genes, leading to the compound detection in regular culture conditions.

A hipóxia ocorre quando a demanda de oxigênio molecular necessário para gerar ATP é insuficiente. Os genes ativados por hipóxia compreendem o gene Hif-1a (Hipóxia-fator induzível 1a), Vegf-a (fator de crescimento endotelial vascular a), Arnt e Vhl (von Hippel-Lindau). Neste estudo foram utilizadas linhagens de camundongos geneticamente selecionados para alta (AIRmax) ou baixa (AIRmin) resposta inflamatória aguda (AIR). Foram realizados testes biológicos para caracterizar as reações inflamatórias produzidas por Biogel e TPA, bem como o tipo PAH cancerígeno. Testamos a expressão de mRNA de genes de hipóxia e caracterização de polimorfismo da região codificadora do Hif-1a no cromossomo 12. Camundongos AIRmax demonstraram uma maior reação inflamatória que os AIRmin para biogel e TPA enquanto o inverso foi observado com o DMBA. Os conjuntos de dados de fenótipos, expressão gênica e polimorfismo candidatam a região do cromossomo 12, que contém, entre outros, o gene Hif-1a, como participante da regulação da AIR. / Hypoxia occurs when the demand for molecular oxygen necessary to generate ATP is insufficient. Genes activated by hypoxia comprise the Hif-1a gene (Hypoxia-Inducible Factor 1a), Vegf-a (Vascular Endothelial Growth Factor a), Arnt and Vhl (von Hippel-Lindau). In this study we used lines of mice genetically selected for high (AIRmax) or low (AIRmin) acute inflammatory response (AIR). We conducted biological tests to characterize the inflammatory reactions produced by Biogel and TPA, and the type PAH carcinogen. We tested the mRNA expression of genes of hypoxia and characterization of polymorphism of the coding region of Hif-1a gene on chromosome 12. We found that the mice AIRmax had greater intensity of the inflammatory reaction that AIRmin to biogel and TPA while the reverse was observed with the DMBA. The data sets of phenotypes, gene expression and polymorphism applying the region of chromosome 12 that contains, among others, the gene Hif-1a, as part of the regulation of AIR.

A hipóxia ocorre quando a demanda de oxigênio molecular necessário para gerar ATP é insuficiente. Os genes ativados por hipóxia compreendem o gene Hif-1a (Hipóxia-fator induzível 1a), Vegf-a (fator de crescimento endotelial vascular a), Arnt e Vhl (von Hippel-Lindau). Neste estudo foram utilizadas linhagens de camundongos geneticamente selecionados para alta (AIRmax) ou baixa (AIRmin) resposta inflamatória aguda (AIR). Foram realizados testes biológicos para caracterizar as reações inflamatórias produzidas por Biogel e TPA, bem como o tipo PAH cancerígeno. Testamos a expressão de mRNA de genes de hipóxia e caracterização de polimorfismo da região codificadora do Hif-1a no cromossomo 12. Camundongos AIRmax demonstraram uma maior reação inflamatória que os AIRmin para biogel e TPA enquanto o inverso foi observado com o DMBA. Os conjuntos de dados de fenótipos, expressão gênica e polimorfismo candidatam a região do cromossomo 12, que contém, entre outros, o gene Hif-1a, como participante da regulação da AIR. / Hypoxia occurs when the demand for molecular oxygen necessary to generate ATP is insufficient. Genes activated by hypoxia comprise the Hif-1a gene (Hypoxia-Inducible Factor 1a), Vegf-a (Vascular Endothelial Growth Factor a), Arnt and Vhl (von Hippel-Lindau). In this study we used lines of mice genetically selected for high (AIRmax) or low (AIRmin) acute inflammatory response (AIR). We conducted biological tests to characterize the inflammatory reactions produced by Biogel and TPA, and the type PAH carcinogen. We tested the mRNA expression of genes of hypoxia and characterization of polymorphism of the coding region of Hif-1a gene on chromosome 12. We found that the mice AIRmax had greater intensity of the inflammatory reaction that AIRmin to biogel and TPA while the reverse was observed with the DMBA. The data sets of phenotypes, gene expression and polymorphism applying the region of chromosome 12 that contains, among others, the gene Hif-1a, as part of the regulation of AIR.